Structure and IR spectrum of phenylalanyl-glycyl-glycine tripetide in the gas-phase: IR/UV experiments, Ab initio quantum chemical calculations, and molecular dynamic simulations

Chemistry - A European Journal

Volumn 11, Issue 23, 2005, Pages 6803-6817

  Reha D ^a   Valdes H ^a   Vondrasek J ^a   Hobza, P ^a   Abu Riziq, Ali ^b   Crews, Bridgit ^b   De Vries, Mattanjah S ^b  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

Ab initio calculations; Amino acids; Gas phase chemistry; IR spectroscopy; Peptides

Indexed keywords

AB INITIO CALCULATIONS; GAS-PHASE CHEMISTRY; PEPTIDES;

POLYPEPTIDES; QUANTUM THEORY; RESONANCE; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; THERMODYNAMICS;

NUCLEIC ACIDS;

OLIGOPEPTIDE; PHENYLALANYL GLYCYL GLYCINE; PHENYLALANYL-GLYCYL-GLYCINE;

CHEMISTRY; CONFERENCE PAPER; GAS; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METHODOLOGY; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; ULTRAVIOLET SPECTROPHOTOMETRY;

GASES; OLIGOPEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; SPECTROPHOTOMETRY, ULTRAVIOLET;

EID: 27944469502     PISSN: 09476539     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.200500465     Document Type: Conference Paper

References (52)

1. R. J. Petrella, M. Karplus, J. Mol. Biol. 2001, 312, 1161.
2. S. G. Pennathur, R. Anishetty, BMC Struct. Biol. 2002, 2, 9.
3. G. Duan, V. H. Smith, Jr., D. F. Weaver, Int. J. Quantum Chem. 2002, 90, 669.
4. J. Vondrášek, L. Bendová, V. Klusák, P. Hobza, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2615.
5. L. C. Snoek, E. G. Robertson, R. T. Kroemer, J. P. Simons, Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 49.
6. L. C. Snoek, R. T. Kroemer, M. R. Hockridge, J. P. Simons, Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1819.
7. B. C. Dian, A. Longarte, S. Mercier, D. A. Evans, D. J. Wales, T. S. Zwier, J. Chem. Phys. 2002, 117, 10688.
8. I. Hünig, K. Kleinermanns, Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2650.
9. M. Gerhards, C. Unterberg. A. Gerlach, Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 5563.
10. W. Chin, M. Mons, J. P. Dognon, F. Piuzzi, B. Tardivel, I. Dimicoli, Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2700.
11. I. Compagnon, J, Oomens, J. Bakker, G. Meijer, G. Helden, Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 13.
12. C. Desfrancois, S. Carles, J. P. Schermann, Chem. Rev. 2000, 100, 3943.
13. G. Meijer, M. S. de Vries, H. E. Hunziker, H. R. Wendt. Appl. Phys. B 1990, 51, 395.
14. E. Nir, C. Janzen, P. Imhof, K. Kleinermanns, M.S. de Vries. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4604.
15. M. Schmitt, H. Muller, K. Kleinermanns, Chem. Phys. Lett. 1994, 218, 246.
16. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, Jr., D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
17. C. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell, P.A. Kollman, J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
18. CHARMM: A Program for Macromolecular Energy, Minimization, and Dynamics Calculations: B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
19. "CHARMM: The Energy Function and Its Parameterization with an Overview of the Program": A. D. MacKerell, Jr., B. Brooks, C. L. Brooks, III, L. Nilsson, B. Roux, Y. Won, M. Karplusin, in The Encyclopedia of Computational Chemistry, Vol. 1 (Eds.: P. von R. Schleyer, N. L. Allinger, T. Clark, J. Gasteiger, P. A. Kollman, H. F. Schaefer III. P. R. Schreiner), Wiley, Chichester, 1998. pp. 271-277.
20. M. Elstner, P. Hobza, T. Frauenheim, S. Suhai, E. Kaxiras, J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149.
21. M. Elstner, T. Frauenheim, E. Kaxiras. G. Seifert, S. Suhai, Phys. Status Solidi B 2000, 217, 357.
22. F. Ryjáček. O. Engkwist, J. Vacek. M. Kratochvíl, P. Hobza. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1197.
23. M. Feyereisen, G. Fitzgerald, A. Komornicki, Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 359.
24. O. Vahtras, J. Almlöf, M. Feyereisen, Chem. Phys. Lett. 1993, 213, 514.
25. D. E. Bernholdt, R. J. Harrison, Chem. Phys. Lett. 1996, 250, 470.
26. T. H. Dunning, Jr., J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
27. R. A. Kendall, T. H. Dunning, Jr., J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
28. P. Jurečka, P. Nachtigall, P. Hobza, Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4578.
29. T. H. Dunning, Jr., J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9062.
30. A. Halkier, T. Helgaker, P. Jørgensen, W. Klopper, H. Kock, L. Olsen, A. K. Wilson, Chem. Phys. Lett. 1998, 256, 243.
31. P. Jurečka, P. Hobza, Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89.
32. P. Hobza, J. Šponer, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11802.
33. I. Da̧bkowska, H. Valdés González, P. Jurečka, P. Hobza, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1131.
34. C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
35. A. D. Becke, Phys. Rev. A 1988 38, 3098.
36. K. Burke, J. P. Perdew, Y. Wang, Electronic Density Functional Theory: Recent Progress and New Directions (Eds.: J. F. Dobson, G. Vignale, M. P. Das), Plenum, New York, 1998.
37. J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof, Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
38. W. J. Hehre, L. Radom, P. von R. Schleyer, J. A. Pople, Ab initio Molecular Orbital Theory, Wiley, New York, 1986.
39. R. Ahlrichs, M. Bär, M. Häser, H. Horn, C. Kölmel, Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
40. Gaussian 03, Revision A.1, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P.M.W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2003.
41. MOLPRO, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, version 2002.1, R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, P. Celani, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, G. Hetzer, P. J. Knowles, T. Korona, R. Lindh, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, F. R. Manby, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, G. Rauhut, M. Schütz, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson, H.-J. Werner.
42. AMBER 6: D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wand, R. E. Duke, T. Luo, K. M. Merz, B. Wang, D. A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J. W. Caldwell, W. S. Ross, and P. A. Kollman, 2004, University of California, San Francisco.
43. R. Cohen, B. Brauer, E. Nir, M. S. De Vries, J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6351.
44. B. C. Dian, J. R. Clarkson, T. S. Zwier, Science 2004, 303, 1169.
45. F. G. Amar, R. S. Berry, J. Chem. Phys. 1986, 55, 5943;
46. M. F. Stillinger, T. A. Weber, Phys. Rev. A 1982, 23, 987.
47. M. Kratochvil, O. Enkvist, J. Šponer, P. Jungwirth, P. Hobza, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6921.
48. K. J. Jalkanen, M. Elstner, S, Suhai, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2004, 675, 61.
49. J. Chocholoušová, J. Vacek, F. Huisken, O. Werhahn, P. Hobza, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11540.
50. R. Car, M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
51. P. Hobza, J. Šponer, Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
52. E. Subramanian, J. J. Sahayamary, Int. J. Pept. Protein Res. 1989, 34, 211.