Single molecule studies of homologous recombination

Molecular BioSystems

Volumn 4, Issue 11, 2008, Pages 1094-1104

  Finkelstein, Ilya J ^a   Greene, Eric C ^a  

^a Och Spine at New York Presbyterian Hospitals   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EXODEOXYRIBONUCLEASE V; RAD51 PROTEIN; RECA PROTEIN;

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; GENETIC RECOMBINATION; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; REVIEW;

ANIMALS; EXODEOXYRIBONUCLEASE V; HUMANS; MODELS, BIOLOGICAL; RAD51 RECOMBINASE; REC A RECOMBINASES; RECOMBINATION, GENETIC;

EID: 58149352850     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b811681b     Document Type: Review

References (131)

1. A. M. van Oijen Mol. Biosyst. 2007 3 117 125
2. N. A. Tanner S. M. Hamdan S. Jergic P. M. Schaeffer N. E. Dixon A. M. van Oijen Nat. Struct. Mol. Biol. 2008 15 170 176
3. P. R. Bianco L. R. Brewer M. Corzett R. Balhorn Y. Yeh S. C. Kowalczykowski R. J. Baskin Nature 2001 409 374 378
4. P. C. Blainey A. M. van Oijen A. Banerjee G. L. Verdine X. S. Xie Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 5752 5757
5. C. Joo S. A. McKinney M. Nakamura I. Rasnik S. Myong T. Ha Cell 2006 126 515 527
6. T. K. Prasad R. B. Robertson M. L. Visnapuu P. Chi P. Sung E. C. Greene J. Mol. Biol. 2007 369 940 953
7. I. Amitani R. J. Baskin S. C. Kowalczykowski Mol. Cell 2006 23 143 148
8. M. N. Dessinges T. Lionnet X. G. Xi D. Bensimon V. Croquette Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6439 6444
9. J. Gorman A. Chowdhury J. A. Surtees J. Shimada D. R. Reichman E. Alani E. C. Greene Mol. Cell 2007 28 359 370
10. E. A. Abbondanzieri W. J. Greenleaf J. W. Shaevitz R. Landick S. M. Block Nature 2005 438 460 465
11. L. Bai T. J. Santangelo M. D. Wang Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006 35 343 360
12. K. M. Herbert A. La Porta B. J. Wong R. A. Mooney K. C. Neuman R. Landick S. M. Block Cell 2006 125 1083 1094
13. P. V. Cornish D. N. Ermolenko H. F. Noller T. Ha Mol. Cell 2008 30 578 588
14. M. Gonzalez R. Reyes C. Damas R. Alonso A. R. Bello Gen. Comp. Endocrinol. 2008 155 857 868
15. S. C. Blanchard H. D. Kim R. L. Gonzalez, Jr J. D. Puglisi S. Chu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 12893 12898
16. S. C. Blanchard R. L. Gonzalez H. D. Kim S. Chu J. D. Puglisi Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 1008 1014
17. R. A. Capaldi R. Aggeler Trends Biochem. Sci. 2002 27 154 160
18. G. Kaim M. Prummer B. Sick G. Zumofen A. Renn U. P. Wild P. Dimroth FEBS Lett. 2002 525 156 163
19. R. Yasuda H. Noji M. Yoshida K. Kinosita, Jr H. Itoh Nature 2001 410 898 904
20. D. N. Fuller D. M. Raymer J. P. Rickgauer R. M. Robertson C. E. Catalano D. L. Anderson S. Grimes D. E. Smith J. Mol. Biol. 2007 373 1113 1122
21. D. N. Fuller D. M. Raymer V. I. Kottadiel V. B. Rao D. E. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16868 16873
22. J. T. Finer R. M. Simmons J. A. Spudich Nature 1994 368 113 119
23. C. M. Coppin J. T. Finer J. A. Spudich R. D. Vale Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 1913 1917
24. S. C. Kuo M. P. Sheetz Science 1993 260 232 234
25. C. Kural H. Kim S. Syed G. Goshima V. I. Gelfand P. R. Selvin Science 2005 308 1469 1472
26. E. J. Peterman H. Sosa W. E. Moerner Annu. Rev. Phys. Chem. 2004 55 79 96
27. K. O. Greulich Chemphyschem 2005 6 2458 2471
28. M. L. Visnapuu D. Duzdevich E. C. Greene Mol. Biosyst. 2008 4 394 403
29. B. R. Cairns Nat. Struct. Mol. Biol. 2007 14 989 996
30. I. Rasnik S. Myong T. Ha Nucleic Acids Res. 2006 34 4225 4231
31. R. Seidel C. Dekker Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 80 86
32. C. Bustamante Z. Bryant S. B. Smith Nature 2003 421 423 427
33. G. Luo M. Wang W. H. Konigsberg X. S. Xie Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12610 12615
34. S. C. Kowalczykowski D. A. Dixon A. K. Eggleston S. D. Lauder W. M. Rehrauer Microbiol. Rev. 1994 58 401 465
35. G. R. Smith S. K. Amundsen P. Dabert A. F. Taylor Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1995 347 13 20
36. B. Michel H. Boubakri Z. Baharoglu M. LeMasson R. Lestini DNA Repair 2007 6 967 980
37. C. Wyman D. Ristic R. Kanaar DNA Repair 2004 3 827 833
38. R. Seidel J. G. Bloom C. Dekker M. D. Szczelkun EMBO J. 2008 27 1388 1398
39. J. San Filippo P. Sung H. Klein Annu. Rev. Biochem. 2008 77 229 257
40. K. M. Dohoney J. Gelles Nature 2001 409 370 374
41. N. Handa P. R. Bianco R. J. Baskin S. C. Kowalczykowski Mol. Cell 2005 17 745 750
42. T. T. Perkins H. W. Li R. V. Dalal J. Gelles S. M. Block Biophys. J. 2004 86 1640 1648
43. M. Spies I. Amitani R. J. Baskin S. C. Kowalczykowski Cell 2007 131 694 705
44. M. Spies P. R. Bianco M. S. Dillingham N. Handa R. J. Baskin S. C. Kowalczykowski Cell 2003 114 647 654
45. C. C. Yeykal E. C. Greene Cell Cycle 2006 5 1033 1038
46. T. van der Heijden R. Seidel M. Modesti R. Kanaar C. Wyman C. Dekker Nucleic Acids Res. 2007 35 5646 5657
47. D. Ristic M. Modesti T. van der Heijden J. van Noort C. Dekker R. Kanaar C. Wyman Nucleic Acids Res. 2005 33 3292 3302
48. T. K. Prasad C. C. Yeykal E. C. Greene J. Mol. Biol. 2006 363 713 728
49. M. Modesti D. Ristic T. van der Heijden C. Dekker J. van Mameren E. J. Peterman G. J. Wuite R. Kanaar C. Wyman Structure 2007 15 599 609
50. J. Mine L. Disseau M. Takahashi G. Cappello M. Dutreix J. L. Viovy Nucleic Acids Res. 2007 35 7171 7187
51. I. Cisse B. Okumus C. Joo T. Ha Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12646 12650
52. R. Galletto I. Amitani R. J. Baskin S. C. Kowalczykowski Nature 2006 443 875 878
53. A. Graneli C. C. Yeykal R. B. Robertson E. C. Greene Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 1221 1226
54. S. Myong I. Rasnik C. Joo T. M. Lohman T. Ha Nature 2005 437 1321 1325
55. T. van der Heijden M. Modesti S. Hage R. Kanaar C. Wyman C. Dekker Mol. Cell 2008 30 530 538
56. T. van der Heijden J. van Noort H. van Leest R. Kanaar C. Wyman N. H. Dekker C. Dekker Nucleic Acids Res. 2005 33 2099 2105
57. P. R. Bianco J. J. Bradfield L. R. Castanza A. N. Donnelly J. Mol. Biol. 2007 374 618 640
58. A. V. Nimonkar I. Amitani R. J. Baskin S. C. Kowalczykowski J. Biol. Chem. 2007 282 30776 30784
59. R. Amit O. Gileadi J. Stavans Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 11605 11610
60. A. Dawid V. Croquette M. Grigoriev F. Heslot Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 11611 11616
61. C. Dennis A. Fedorov E. Kas L. Salome M. Grigoriev EMBO J. 2004 23 2413 2422
62. Y. W. Han T. Tani M. Hayashi T. Hishida H. Iwasaki H. Shinagawa Y. Harada Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 11544 11548
63. D. A. Arnold and S. C. Kowalczykowski, in Encyclopedia of Life Sciences, John Wiley & Sons, Ltd, Chichester, 1999
64. L. J. Roman S. C. Kowalczykowski Biochemistry 1989 28 2873 2881
65. L. J. Roman S. C. Kowalczykowski Biochemistry 1989 28 2863 2873
66. M. R. Singleton M. S. Dillingham M. Gaudier S. C. Kowalczykowski D. B. Wigley Nature 2004 432 187 193
67. M. R. Singleton M. S. Dillingham D. B. Wigley Annu. Rev. Biochem. 2007 76 23 50
68. K. Arakawa R. Uno Y. Nakayama M. Tomita Gene 2007 392 239 246
69. R. Uno Y. Nakayama M. Tomita Gene 2006 380 30 37
70. A. F. Taylor G. R. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 5226 5230
71. A. F. Taylor D. W. Schultz A. S. Ponticelli G. R. Smith Cell 1985 41 153 163
72. A. S. Ponticelli D. W. Schultz A. F. Taylor G. R. Smith Cell 1985 41 145 151
73. L. J. Roman S. C. Kowalczykowski J. Biol. Chem. 1989 264 18340 18348
74. M. Spies S. C. Kowalczykowski Mol. Cell 2006 21 573 580
75. S. Gurrieri K. S. Wells I. D. Johnson C. Bustamante Anal. Biochem. 1997 249 44 53
76. R. S. Myers A. Kuzminov F. W. Stahl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 6244 6248
77. A. Koppen S. Krobitsch B. Thoms W. Wackernagel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 6249 6253
78. D. A. Schafer J. Gelles M. P. Sheetz R. Landick Nature 1991 352 444 448
79. G. Charvin D. Bensimon V. Croquette Single Mol. 2002 3 43 48
80. C. E. Bell Mol. Microbiol. 2005 58 358 366
81. M. M. Cox Annu. Rev. Microbiol. 2003 57 551 577
82. M. M. Cox Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2007 42 41 63
83. M. M. Cox Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 127 138
84. M. M. Cox Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1999 63 311 366
85. S. L. Lusetti M. M. Cox Annu. Rev. Biochem. 2002 71 71 100
86. K. Schlacher P. Pham M. M. Cox M. F. Goodman Chem. Rev. 2006 106 406 419
87. Z. Lin H. Kong M. Nei H. Ma Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 10328 10333
88. T. Nishinaka Y. Doi R. Hara E. Yashima J. Mol. Biol. 2007 370 837 845
89. R. Fulconis A. Bancaud J. F. Allemand V. Croquette M. Dutreix J. L. Viovy Biophys. J. 2004 87 2552 2563
90. R. Fulconis J. Mine A. Bancaud M. Dutreix J. L. Viovy EMBO J. 2006 25 4293 4304
91. B. F. Pugh M. M. Cox J. Biol. Chem. 1987 262 1326 1336
92. M. Hegner S. B. Smith C. Bustamante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 10109 10114
93. G. V. Shivashankar M. Feingold O. Krichevsky A. Libchaber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 7916 7921
94. S. C. Kowalczykowski J. Clow R. A. Krupp Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 3127 3131
95. R. Roy S. Hohng T. Ha Nat. Methods 2008 5 507 516
96. S. A. McKinney C. Joo T. Ha Biophys. J. 2006 91 1941 1951
97. P. Morel A. Stasiak S. D. Ehrlich E. Cassuto J. Biol. Chem. 1994 269 19830 19835
98. P. Baumann S. C. West Trends Biochem. Sci. 1998 23 247 251
99. E. M. Zaitseva E. N. Zaitsev S. C. Kowalczykowski J. Biol. Chem. 1999 274 2907 2915
100. A. Agrawal R. Deo G. D. Wang M. D. Wang S. Nie Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 3298 3303
101. S. Van Komen G. Petukhova S. Sigurdsson P. Sung J. Biol. Chem. 2002 277 43578 43587
102. A. Graneli C. C. Yeykal T. K. Prasad E. C. Greene Langmuir 2006 22 292 299
103. G. Tombline C. D. Heinen K. S. Shim R. Fishel J. Biol. Chem. 2002 277 14434 14442
104. P. Chi S. Van Komen M. G. Sehorn S. Sigurdsson P. Sung DNA Repair 2006 5 381 391
105. J. A. Solinger K. Kiianitsa W. D. Heyer Mol. Cell 2002 10 1175 1188
106. T. M. Holzen P. P. Shah H. A. Olivares D. K. Bishop Genes Dev. 2006 20 2593 2604
107. P. Chi Y. Kwon C. Seong A. Epshtein I. Lam P. Sung H. L. Klein J. Biol. Chem. 2006 281 26268 26279
108. W. D. Heyer X. Li M. Rolfsmeier X. P. Zhang Nucleic Acids Res. 2006 34 4115 4125
109. T. L. Tan R. Kanaar C. Wyman DNA Repair 2003 2 787 794
110. A. Flaus D. M. Martin G. J. Barton T. Owen-Hughes Nucleic Acids Res. 2006 34 2887 2905
111. G. Petukhova S. Stratton P. Sung Nature 1998 393 91 94
112. S. Sigurdsson S. Van Komen G. Petukhova P. Sung J. Biol. Chem. 2002 277 42790 42794
113. J. A. Solinger G. Lutz T. Sugiyama S. C. Kowalczykowski W. D. Heyer J. Mol. Biol. 2001 307 1207 1221
114. Z. Zhang H. Y. Fan J. A. Goldman R. E. Kingston Nat. Struct. Mol. Biol. 2007 14 397 405
115. A. Alexeev A. Mazin S. C. Kowalczykowski Nat. Struct. Biol. 2003 10 182 186
116. K. Kiianitsa J. A. Solinger W. D. Heyer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 9767 9772
117. G. Petukhova S. Van Komen S. Vergano H. Klein P. Sung J. Biol. Chem. 1999 274 29453 29462
118. M. Lisby J. H. Barlow R. C. Burgess R. Rothstein Cell 2004 118 699 713
119. X. Yu S. C. West E. H. Egelman J. Mol. Biol. 1997 266 217 222
120. K. Yamada T. Miyata D. Tsuchiya T. Oyama Y. Fujiwara T. Ohnishi H. Iwasaki H. Shinagawa M. Ariyoshi K. Mayanagi K. Morikawa Mol. Cell 2002 10 671 681
121. R. Shah R. Cosstick S. C. West EMBO J. 1997 16 1464 1472
122. R. Shah R. J. Bennett S. C. West Cell 1994 79 853 864
123. R. Shah R. J. Bennett S. C. West Nucleic Acids Res. 1994 22 2490 2497
124. D. E. Adams S. C. West J. Mol. Biol. 1996 263 582 596
125. A. R. Carter G. M. King T. T. Perkins Optics Express 2007 15 13434
126. A. R. Carter G. M. King T. A. Ulrich W. Halsey D. Alchenberger T. T. Perkins Appl. Opt. 2007 46 421 427
127. C. Deufel S. Forth C. R. Simmons S. Dejgosha M. D. Wang Nat. Methods 2007 4 223 225
128. J. R. Moffitt Y. R. Chemla S. B. Smith C. Bustamante Annu. Rev. Biochem. 2008 77 205 228
129. S. Hohng C. Joo T. Ha Biophys. J. 2004 87 1328 1337
130. A. M. Smith S. Nie J. Am. Chem. Soc. 2008 130 11278 11279
131. M. Howarth W. Liu S. Puthenveetil Y. Zheng L. F. Marshall M. M. Schmidt K. D. Wittrup M. G. Bawendi A. Y. Ting Nat. Methods 2008 5 397 399