Discovery of an allosteric site in the caspases

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 34, 2004, Pages 12461-12466

  Hardy, Jeanne A ^a   Lam, Joni ^a   Nguyen, Jack T ^a,b   O'Brien, Tom ^a   Wells, James A ^a  

^a Sunesis Pharmaceuticals Inc   (United States)

^b Hermes Biosciences Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CASPASE; CASPASE 3; CASPASE 7; CYSTEINE; ENZYME PRECURSOR; PROTEINASE;

ALLOSTERISM; ARTICLE; CONFORMATIONAL TRANSITION; CRYSTAL STRUCTURE; DISULFIDE BOND; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME CONFORMATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BINDING; PROTEIN ENGINEERING; PROTEIN FAMILY;

ALLOSTERIC REGULATION; ALLOSTERIC SITE; AMIDES; BINDING SITES; CASPASES; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DIMERIZATION; DISULFIDES; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEIN STRUCTURE, QUATERNARY;

EID: 4344654060     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0404781101     Document Type: Article

References (40)

1. Denault, J. B. & Salvesen, G. S. (2002) Chem. Rev. 102, 4489-4500.
2. Reed, J. C. (2001) Trends Mol. Med. 7, 314-319.
3. Howard, A. D., Kostura, M. J., Thornberry, N., Ding, G. J., Limjuco, G., Weidner, J., Salley, J. P., Hogquist, K. A., Chaplin, D. D., Mumford, R. A., et al. (1991) J. Immunol. 147, 2964-2969.
4. Sleath, P. R., Hendrickson, R. C., Kronheim, S. R., March, C. J. & Black, R. A. (1990) J. Biol. Chem. 265, 14526-14528.
5. Thornberry, N. A., Rano, T. A., Peterson, E. P., Rasper, D. M., Timkey, T., Garcia-Calvo, M., Houtzager, V. M., Nordstrom, P. A., Roy, S., Vaillancourt, J. P., et al. (1997) J. Biol. Chem. 272, 17907-17911.
6. Okamoto, Y., Anan, H., Nakai, E., Morihira, K., Yonetoku, Y., Kurihara, H., Sakashita, H., Terai, Y., Takeuchi, M., Shibanuma, T., et al. (1999) Chem. Pharm. Bull. (Tokyo) 47, 11-21.
7. Lee, D., Long, S. A., Adams, J. L., Chan, G., Vaidya, K. S., Francis, T. A., Kikly, K., Winkler, J. D., Sung, C. M., Debouck, C., et al. (2000) J. Biol. Chem. 275, 16007-16014.
8. Shi, Y. (2002) Mol. Cell 9, 459-470.
9. Chai, J., Wu, Q., Shiozaki, E., Srinivasula, S. M., Alnemri, E. S. & Shi, Y. (2001) Cell 107, 399-407.
10. Erlanson, D. A., Braisted, A. C., Raphael, D. R., Randal, M., Stroud, R. M., Gordon, E. M. & Wells, J. A. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 9367-9372.
11. Arkin, M. R., Randal, M., DeLano, W. L., Hyde, J., Luong, T. N., Oslob, J. D., Raphael, D. R., Taylor, L., Wang, J., McDowell, R. S., et al. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 1603-1608.
12. Erlanson, D. A., Lam, J. W., Wiesmann, C., Luong, T. N., Simmons, R. L., DeLano, W. L., Choong, I. C., Burdett, M. T., Flanagan, W. M., Lee, D., et al. (2003) Nat. Biotechnol. 21, 308-314.
13. Erlanson, D. A., McDowell, R. S., He, M. M., Randal, M., Simmons, R. L., Kung, J., Waight, A. & Hansen, S. K. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 5602-5603.
14. Braisted, A. C., Oslob, J. D., Delano, W. L., Hyde, J., McDowell, R. S., Waal, N., Yu, C., Arkin, M. R. & Raimundo, B. C. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 3714-3715.
15. Rotonda, J., Nicholson, D. W., Fazil, K. M., Gallant, M., Gareau, Y., Labelle, M., Peterson, E. P., Rasper, D. M., Ruel, R., Vaillancourt, J. P., et al. (1996) Nat. Struct. Biol 3, 619-625.
16. Nguyen, J. T. & Wells, J. A. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 7533-7538.
17. Erlanson, D. A., Wells, J. A. & Braisted, A. C. (2004) Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 33, 199-223.
18. Pflugrath, J. W. (1999) Acta Crystallogr. D 55, 1718-1725.
19. Collaborative Computational Project, (1994) Acta Crystallogr. D 50, 760-763.
20. Jones, T. A., Zou, J. Y., Cowan S. W. & Kjeldgaard, M. (1991) Acta Crystallogr. A 47, 110-119.
21. Willenbrock, F. & Brocklehurst, K. (1984) Biochem. J. 222, 805-814.
22. Chai, J., Shiozaki, E., Srinivasula, S. M., Wu, Q., Dataa, P., Alnemri, E. S. & Shi, Y. (2001) Cell 104, 769-780.
23. Kossiakoff, A. A., Chambers, J. L., Kay, L. M. & Stroud, R. M. (1977) Biochemistry 16, 654-664.
24. Freer, S. T., Kraut, J., Robertus, J. D., Wright, H. T. & Xuong, N. H. (1970) Biochemistry 9, 1997-2009.
25. Birktoft, J. J., Kraut, J. & Freer, S. T. (1976) Biochemistry 15, 4481-4485.
26. Dennis, M. S., Eigenbrot, C., Skelton, N. J., Ultsch, M. H., Santell, L., Dwyer, M. A., O'Connell, M. P. & Lazarus, R. A. (2000) Nature 404, 465-470.
27. Schweizer, A., Briand, C. & Grutter, M. G. (2003) J. Biol. Chem. 278, 42441-42447.
28. Renatus, M., Stennicke, H. R., Scott, F. L., Liddington, R. C. & Salvesen, G. S. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 14250-14255.
29. Shiozaki, E. N., Chai, J., Rigotti, D. J., Riedl, S. J., Li, P., Srinivasula, S. M., Alnemri, E. S., Fairman, R. & Shi, Y. (2003) Mol. Cell 11, 519-527.
30. Traxler, P., Bold, G., Buchdunger, E., Caravatti, G., Furet, P., Manley, P., O'Reilly, T., Wood, J. & Zimmermann, J. (2001) Med. Res. Rev. 21, 499-512.
31. Rath, V. L., Ammirati, M., Danley, D. E., Ekstrom, J. L., Gibbs, E. M., Hynes, T. R., Mathiowetz, A. M., McPherson, R. K., Olson, T. V., Treadway, J. L., et al. (2000) Chem. Biol. 7, 677-682.
32. Grimsby, J., Sarabu, R., Corbett, W. L., Haynes, N. E., Bizzarro, F. T., Coffey, J. W., Guertin, K. R., Hilliard, D. W., Kester, R. F., Mahaney, P. E., et al. (2003) Science 301, 370-373.
33. Soudijn, W., van Wijngaarden, I. & AP, I. J. (2002) Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 5, 749-755.
34. Last-Barney, K., Davidson, W., Cardozo, M., Frye, L. L., Grygon, C. A., Hopkins, J. L., Jeanfavre, D. D., Pav, S., Qian, C., Stevenson, J. M., et al. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 5643-5650.
35. Arkin, M. R. & Wells, J. A. (2004) Nat. Rev. Drug Discovery 3, 301-317.
36. Wei, Y., Fox, T., Chambers, S. P., Sintchak, J., Coll, J. T., Golec, J. M., Swenson, L., Wilson, K. P. & Charifson, P. S. (2000) Chem. Biol. 7, 423-432.
37. Riedl, S. J., Fuentes-Prior, P., Renatus, M., Kairies, N., Krapp, S., Huber, R., Salvesen, G. S. & Bode, W. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 14790-14795.
38. Rano, T. A., Timkey, T., Peterson, E. P., Rotonda, J., Nicholson, D. W., Becker, J. W., Chapman, K. T. & Thornberry, N. A. (1997) Chem. Biol. 4, 149-155.
39. Watt, W., Koeplinger, K. A., Mildner, A. M., Heinrikson, R. L., Tomasselli, A. G. & Watenpaugh, K. D. (1999) Structure Fold Des. 7, 1135-1143.
40. Wiesmann, C., Barr, K. J., Kung, J., Zhu, J., Erlanson, D. A., Shen, W., Fahr, B. J., Zhong, M., Taylor, L., Randal, M., et al. (2004) Nat. Struct. Mol. Biol. 11, 730-737.