Mixed atomistic and coarse-grained molecular dynamics: Simulation of a membrane-bound ion channel

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 31, 2006, Pages 15045-15048

  Shi, Qiang ^a   Izvekov, Sergei ^a   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMS; COLUMN CHROMATOGRAPHY; COMPUTER SIMULATION; LIPIDS; MASS SPECTROMETERS; MATHEMATICAL MODELS;

GRAMICIDIN; PEPTIDES; WATER ENVIRONMENT; WATER MOLECULES;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 33748266722     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp062700h     Document Type: Article

References (47)

1. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Srinivas, G.; Klein, M. L. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, R481.
2. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144.
3. Chu, J.-W.; Izvekov, S.; Voth, G. A. Mol. Simul. In press, 2006.
4. Smit, B.; Hilbers, P. A. J.; Esselink, K.; Rupert, L. A. M.; van Os, N. M.; Schlijper, A. G. Nature (London) 1990, 348, 624.
5. Goetz, R.; Lipowsky, R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7397.
6. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464.
7. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750.
8. Murtola, T.; Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9156.
9. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469.
10. Stevens, M. J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11942.
11. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theor. Comput. 2006, 2, 637.
12. Friedel, M.; Shea, J. E. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5809.
13. Brown, S.; Fawzi, N. J.; Head-Gordon, T. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 10712.
14. Fujitsuka, Y.; Takada, S.; Luthey-Schulten, Z. A.; Wolynes, P. G. Proteins 2004, 54, 88.
15. Smith, A. V.; Hall, C. K. Proteins 2001, 44, 344.
16. Buchete, N. V.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Protein Sci. 2004, 13, 862.
17. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 70.
18. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 16180.
19. Zacharias, M. Protein Sci. 2003, 12, 1271.
20. Shih, A. Y.; Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3674.
21. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697.
22. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4431.
23. Neri, M.; Anselmi, C.; Cascella, M.; Maritan, A.; Carloni, P. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 218102.
24. Gao, J. L.; Truhlar, D. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467.
25. Friesner, R. A.; Guallar, V. Annu. Rev. Phys. Chem. 2005, 56, 389.
26. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
27. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
28. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
29. Scott, W. R. P.; Hunenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Mark, A. E.; Billeter, S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Kruger, P.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596.
30. Gō, N. J. Stat. Phys. 1983, 30, 413.
31. Tirion, M. M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 1905.
32. Bahar, I.; Rader, A. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 586.
33. Brannigan, G.; Brown, F. L. H. J Chem. Phys. 2004, 120, 1059.
34. Meyer, H.; Biermann, O.; Faller, R.; Reith, D.; Muller-Plathe, F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6264.
35. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323.
36. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105.
37. Wang, Y.; Izvekov, S.; Yan, T.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3564.
38. Wallace, B. A. J. Struct. Biol. 1998, 121, 123.
39. Koeppe, R. E., II; Andersen, O. S. Annu. Rev. Biophys. Biomech. 1996, 25, 231.
40. Andersen, O. S. Annu. Rev. Physiol. 1984, 46, 531.
41. Wallace, B. A. Annu. Rev. Biophys. Chem. 1990, 19, 127.
42. Tieleman, D. P.; Biggin, P. C.; Smith, G. R.; Sansom, M. S. P. Q. Rev. Biophys. 2001, 34, 473.
43. Roux, B.; Karplus, M. Annu. Rev. Biolphys. Biomol. Struct. 1994, 23, 731.
44. Woolf, T. B.; Roux, B. Proteins 1996, 24, 92.
45. Forester, T. R.; Smith, W. DL_POLY user manual; CCLRC, Daresbury Laboratory, Daresbury, Warrington, U.K., 1995.
46. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
47. Ketchem, R. R.; Roux, B.; Cross, T. A. Structure 1997, 5, 1655.