Disassembly of nanodiscs with cholate

Nano Letters

Volumn 7, Issue 6, 2007, Pages 1692-1696

  Shih, Amy Y ^a,b   Freddolino, Peter L ^a,b   Sligar, Stephen G ^a,b   Schulten, Klaus ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHOLATES; DISASSEMBLY; NANODISCS;

COMPUTATIONAL METHODS; COMPUTER SIMULATION; LIPIDS; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; X RAY SCATTERING;

ESTERS;

CHOLIC ACID DERIVATIVE; MEMBRANE PROTEIN; NANOMATERIAL;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; LIPID BILAYER; MACROMOLECULE; METHODOLOGY; NANOTECHNOLOGY; PARTICLE SIZE; PROTEIN BINDING; SURFACE PROPERTY; ULTRASTRUCTURE;

CHOLATES; COMPUTER SIMULATION; LIPID BILAYERS; MACROMOLECULAR SUBSTANCES; MEMBRANE PROTEINS; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; NANOSTRUCTURES; NANOTECHNOLOGY; PARTICLE SIZE; PROTEIN BINDING; SURFACE PROPERTIES;

EID: 34547275004     PISSN: 15306984     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl0706906     Document Type: Article

References (49)

1. Bayburt, T. H.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. Nano Lett. 2002, 2, 853-856.
2. Shih, A. Y.; Denisov, I. G.; Phillips, J. C.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Biophys. J. 2005, 88, 548-556.
3. Lu, D.; Aksimentiev, A.; Shih, A. Y.; Cruz-Chu, E.; Freddolino, P. L.; Arkhipov, A.; Schulten, K. Phys. Biol. 2006, 3, S40-S53.
4. Shih, A. Y.; Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3674-3684.
5. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Arkhipov, A.; Schulten, K. J. Struct. Biol. 2007, 157, 579-592.
6. Denisov, I.; Grinkova, Y.; Lazarides, A.; Sligar, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3477-3487.
7. Sligar, S. G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 312, 115-119.
8. Service, R. F. Science 2004, 304, 674.
9. Nath, A.; Atkins, W. M.; Sligar, S. G. Biochemistry 2007, 46, 2059-2069.
10. Bayburt, T. H.; Sligar, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6725-6730.
11. Civjan, N. R.; Bayburt, T. H.; Schuler, M. A.; Sligar, S. G. Biotechniques 2003, 35, 556-560, 562-563.
12. Baas, B. J.; Denisov, I. G.; Sugar, S. G. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 430, 218-228.
13. Duan, H.; Civjan, N. R.; Sugar, S. G.; Schuler, M. A. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 424, 141-153.
14. Davydov, D. R.; Fernando, H.; Baas, B. J.; Sligar, S. G.; Halpert, J. R. Biochemistry 2005, 44, 13902-13913.
15. Denisov, I. G.; Grinkova, Y. V.; Baas, B. J.; Sligar, S. G. J. Biol. Chem. 2006, 281, 23313-23318.
16. Denisov, I. G.; Baas, B. J.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. J. Biol. Chem. 2007, 282, 7066-7076.
17. Bayburt, T. H.; Sligar, S. G. Protein Sci. 2003, 12, 2476-2481.
18. Bayburt, T. H.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. Arch. Biochem. Biophys. 2006, 450, 215-222.
19. Boldog, T.; Grimme, S.; Li, M.; Sligar, S. G.; Hazelbauer, G. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11509-11514.
20. Leitz, A.; Bayburt, T.; Barnakov, A.; Springer, B.; Sligar, S. Biotechniques 2006, 40, 601-612.
21. Shaw, A. W.; Pureza, V. S.; Sligar, S. G.; Morrissey, J. H. J. Biol. Chem. 2007, 282, 6556-6563.
22. Shaw, A. W.; McLean, M. A.; Sligar, S. G. FEBS Lett. 2004, 556, 260-264.
23. Denisov, I.; McLean, M.; Shaw, A.; Grinkova, Y.; Sligar, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15580-15588.
24. Li, Y.; Kijac, A. Z.; Sligar, S.; Rienstra, C. M. Biophys. J. 2006, 91, 3819-3828.
25. Wang, X.; Olsen, L.; Roderick, S. Structure 2002, 10, 581-588.
26. Segrest, J. P.; Jones, M. K.; Klon, A. E.; Sheldahl, C. J.; Hellinger, M.; De Loof, H.; Harvey, S. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 31755-31758.
27. Koppaka, V.; Silvestro, L.; Engler, J.; Brouillette, C.; Axelsen, P. J. Biol. Chem. 1999, 274, 14541-14544.
28. Segrest, J. P.; Harvey, S. C.; Zannis, V. Trends Cardiovasc. Med. 2000, 10, 246-252.
29. Li, H.; Lyles, D. S.; Thomas, M. J.; Pan, W.; Sorci-Thomas, M. G. J. Biol. Chem. 2000, 275, 37048-37054.
30. Panagotopulos, S.; Horace, E.; Maiorano, J.; Davidson, W. J. Biol. Chem. 2001, 276, 42965-42970.
31. Tricerri, M. A.; Behling, Agree, A. K.; Sanchez, S. A.; Bronski, J.; Jonas, A. Biochemistry 2001, 40, 5065-5074.
32. Klon, A. E.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. Biochemistry 2002, 41, 10895-10905.
33. Klon, A. E.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. J. Mol. Biol. 2002, 324, 703-721.
34. Li, L.; Chen, J.; Mishra, V. K.; Kurtz, J. A.; Cao, D.; Klon, A. E.; Harvey, S. C.; Anantharamaiah, G.; Segrest, J. P. J. Mol. Biol. 2004, 343, 1293-1311.
35. Silva, R. A. G. D.; Milliard, G. M.; Li, L.; Segrest, J. P.; Davidson, W. S. Biochemistry 2005, 44, 8600-8607.
36. Davidson, W. S.; Gangani, R. A.; Silva, D. Curr. Opin. Lipidol. 2005, 16, 295-300.
37. Gorshkova, I. N.; Liu, T.; Kan, H. Y.; Chroni, A.; Zannis, V. I.; Atkinson, D. Biochemistry 2006, 45, 1242-1254.
38. Catte, A.; Patterson, J. C.; Jones, M. K.; Jerome, W. G.; Bashtovyy, D.; Su, Z.; Gu, F.; Chen, J.; Allste, M. P.; Harvey, S. C.; Li, L.; Weinstein, G.; Segrest, J. P. Biophys. J. 2006, 90, 4345-4360.
39. Sachs, J. N.; Petrache, H. I.; Woolf, T. B. Chem. Phys. Lipids 2003, 126, 211-223.
40. Zagrovic, B.; Jayachandran, G.; Millett, I. S.; Doniach, S.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2005, 353, 232-41.
41. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
42. CGTools Plugin in VMD, http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/ cgtools/.
43. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
44. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
45. MacKerrel, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415.
46. Svergun, D. I.; Barberato, C.; Koch, M. H. J. J. Appl. Crystallogr. 1995, 28, 768-773.
47. Svergun, D. I. J. Appl. Crystallogr. 1992, 25, 495-403.
48. Jonas, A. Methods Enzymol. 1986, 128, 553-582.
49. Jonas, A.; Kézdy, K. E.; Wald, J. H. J. Biol. Chem. 1989, 264, 4818-4824.