Bioinformatics challenges in proteomics

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 8, Issue 8, 2005, Pages 705-715

  Englbrecht, Claudia C ^a   Facius, Axel ^a  

^a INSTITUTE OF EPIDEMIOLOGY   (Germany)

Author keywords

2D gels; 3D structure; Bioinformatics; Functional domains; Mass spectrometry; Protein networks; Proteomics; Proteomics databases

Indexed keywords

BIOINFORMATICS; CELL FUNCTION; COMPUTER MODEL; COMPUTER PROGRAM; DISSOCIATION; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; GENE EXPRESSION; GENOME; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; PROBABILITY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE; PROTEOMICS; REVIEW; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

ANIMALS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 24744434370     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620705774962454     Document Type: Review

References (108)

1. Klose, J. Humangenetik, 1975, 26, 231.
2. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem., 1975, 250, 4007.
3. Raman, B.; Cheung, A.; Marten, M. R. Electrophoresis, 2002, 23, 2194.
4. Appel, R. D.; Hochstrasser, D. F.; Funk, M.; Vargas, J. R.; Pellegrini, C.; Muller, A. F.; Scherrer, J. R. Electrophoresis, 1991, 12, 722.
5. Hochstrasser, D. F.; Appel, R. D.; Vargas, R.; Perrier, R.; Vurlod, J. F.; Ravier, F.; Pasquali, C.; Funk, M.; Pellegrini, C.; Muller, A. F. et al. MD Comput., 1991, 8, 85.
6. Conradsen, K.; Pedersen, J. Biometrics, 1992, 48, 1273.
7. Rosengren, A. T.; Salmi, J. M.; Aittokallio, T.; Westerholm, J.; Lahesmaa, R.; Nyman, T. A.; Nevalainen, O. S. Proteomics, 2003, 3, 1936.
8. Zhan, X.; Desiderio, D. M. Electrophoresis, 2003, 24, 1818.
9. Melle, C.; Ernst, G.; Schimmel, B.; Bleul, A.; Koscielny, S.; Wiesner, A.; Bogumil, R.; Moller, U.; Osterloh, D.; Halbhuber, K. J.; von Eggeling, F. Cancer Res., 2004, 64, 4099.
10. Bergman, A. C.; Benjamin, T.; Alaiya, A.; Waltham, M.; Sakaguchi, K.; Franzen, B.; Linder, S.; Bergman, T.; Auer, G.; Appella, E.; Wirth, P. J.; Jornvall, H. Electrophoresis, 2000, 21, 679.
11. Smilansky, Z. Electrophoresis, 2001, 22, 1616.
12. Fievet, J.; Dillmann, C.; Lagniel, G.; Davanture, M.; Negroni, L.; Labarre, J.; de Vienne, D. Proteomics, 2004, 4, 1939.
13. Gembitsky, D. S.; Lawlor, K.; Jacovina, A.; Yaneva, M.; Tempst, P. Mol. Cell. Proteomics, 2004, 3, 1102.
14. Charboneau, L.; Scott, H.; Chen, T.; Winters, M.; Petricoin, E. F., 3rd; Liotta, L. A.; Paweletz, C. P. Brief Funct. Genomic Proteomic, 2002, 1, 305.
15. Michaud, G. A.; Salcius, M.; Zhou, F.; Bangham, R.; Bonin, J.; Quo, H.; Snyder, M.; Predki, P. F.; Schweitzer, B. I. Nat. Biotechnol., 2003, 21, 1509.
16. Wingren, C.; Ingvarsson, J.; Lindstedt, M.; Borrebaeck, C. A. Nat. Biotechnol., 2003, 21, 223.
17. de Wildt, R. M.; Mundy, C. R.; Gorick, B. D.; Tomlinson, I. M. Nat. Biotechnol., 2000, 18, 989.
18. Aebersold, R.; Mann, M. Nature, 2003, 422, 198.
19. Steen, H.; Mann, M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2004, 5, 699.
20. Skilling, J. S. Obset Gynecol. Clin. North. Am., 1988, 25, 417.
21. Wedd, N. S.; Weddslist ed., 2004.
22. Schmidt, F.; Schmid, M.; Jungblut, P. R.; Mattow, J.; Facius, A.; Pleissner, K. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2003, 14, 943.
23. Binz, P. A.; Muller, M.; Walther, D.; Bienvenut, W. V.; Gras, R.; Hoogland, C.; Bouchet, G.; Gasteiger, E.; Fabbretti, R.; Gay, S.; Palagi, P.; Wilkins, M. R.; Rouge, V.; Tonella, L.; Paesano, S.; Rossellat, G.; Karmime, A.; Bairoch, A.; Sanchez, J. C.; Appel, R. D.; Hochstrasser, D. F. Anal. Chem., 1999, 71, 4981.
24. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature, 2002, 419, 537.
25. Romijn, E. P.; Krijgsveld, J.; Heck, A. J. J. Chromatogr. A, 2003, 1000, 589.
26. Pearcy, J. O.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2001, 12, 599.
27. Schulz-Knappe, P.; Zucht, H. D.; Heine, G.; Jurgens, M.; Hess, R.; Schrader, M. Combin. Chem. High Throughput Screen., 2001, 4, 207.
28. Nesvizhskii, A. I.; Aebersold, R. Drug Discov. Today, 2004, 9, 173.
29. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem., 2003, 75, 4646.
30. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem., 2002, 74, 5383.
31. Lubeck, O. S., C. Gu, S. Chen, X. Cai, D. M. In Proceedings of the IEEE, 2002; 90, 1868.
32. Bafna, V. E., N. In RECOMB'03: Berlin, Germany, 2003.
33. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol., 2002, 20, 163.
34. Demine, R.; Walden, P. Rapid Commun. Mass. Spectrom., 2004, 18, 907.
35. Zhang, W.; Krutchinsky, A. N.; Chait, B. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2003, 14, 1012.
36. Standing, K. G. Curr. Opin. Struct. Biol., 2003, 13, 595.
37. Shevchenko, A.; Chernushevich, I.; Wilm, M.; Mann, M. Methods Mol. Biol., 2000, 146, 1.
38. Liska, A. J.; Shevchenko, A. Proteomics, 2003, 3, 19.
39. Shevchenko, A.; Sunyaev, S.; Loboda, A.; Bork, P.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem., 2001, 73, 1917.
40. Ong, S. E.; Foster, L. J.; Mann, M. Methods, 2003, 29, 124.
41. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowbum, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 6591.
42. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol., 1999, 17, 994.
43. Von Haller, P. D.; Yi, E.; Donohoe, S.; Vaughn, K.; Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Eng, J.; Li, X. J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Watts, J. D. Mol. Cell Proteomics, 2003, 2, 426.
44. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J. Mol. Biol., 1990, 215, 403.
45. Zhang, Z.; Schaffer, A. A.; Miller, W.; Madden, T. L.; Lipman, D. J.; Koonin, E. V.; Altschul, S. F. Nucl. Acids Res., 1998, 26, 3986.
46. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucl. Acids Res., 1997, 25, 3389.
47. Strack, N.; Mewes, W. In German Conference on Bioinformatics, 1999, pp. 59.
48. Rice, P.; Longden, I.; Bleasby, A. Trends Genet., 2000, 16, 276.
49. Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A. Appl. Bioinformatics, 2002, 1, 107.
50. Rabiner, L. R. Proceedings of the IEEE, 1989, 77, 257.
51. Eddy, S. R. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol., 1995, 3, 114.
52. Eddy, S. R. Curr. Opin. Struct. Biol., 1996, 6, 361.
53. Krogh, A.; Brown, M.; Mian, I. S.; Sjolander, K.; Haussler, D. J. Mol. Biol., 1994, 235, 1501.
54. Baldi, P.; Chauvin, Y.; Hunkapiller, T.; McClure, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 1059.
55. Eddy, S. R. Bioinformatics, 1998, 14, 755.
56. Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. Nucl. Acids Res., 2004, 32 (Database issue) D138.
57. Sonnhammer, E. L.; Eddy, S. R.; Birney, E.; Bateman, A.; Durbin, R. Nucl. Acids Res., 1998, 26, 320.
58. Siepel, A.; Haussler, D. J. Comput. Biol., 2004, 11, 413.
59. Snel, B.; Bork, P.; Huynen, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 5890.
60. Yu, H.; Zhu, X.; Greenbaum, D.; Karro, J.; Gerstein, M. Nucl. Acids Res., 2004, 32, 328.
61. von Mering, C.; Zdobnov, E. M.; Tsoka, S.; Ciccarelli, F. D.; Pereira-Leal, J. B.; Ouzounis, C. A.; Bork, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 15428.
62. Tornow, S.; Mewes, H. W. Nucl. Acids Res., 2003, 31, 6283.
63. Spirin, V.; Mirny, L. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 12123.
64. Huynen, M. A.; Snel, B.; von Mering, C.; Bork, P. Curr. Opin. Cell Biol., 2003, 15, 191.
65. von Mering, C.; Huynen, M.; Jaeggi, D.; Schmidt, S.; Bork, P.; Snel, B. Nucl. Acids Res., 2003, 31, 258.
66. Ito, T.; Chiba, T.; Ozawa, R.; Yoshida, M.; Hattori, M.; Sakaki, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001, 98, 4569.
67. Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T. A.; Judson, R. S.; Knight, J. R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P.; Qureshi-Emili, A.; Li, Y.; Godwin, B.; Conover, D.; Kalbfleisch, T.; Vijayadamodar, G.; Yang, M.; Johnston, M.; Fields, S.; Rothberg, J. M. Nature, 2000, 403, 623.
68. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature, 2002, 415, 180.
69. Gavin, A. C; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Crucial, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature, 2002, 415, 141.
70. Rain, J. C.; Selig, L.; De Reuse, H.; Battaglia, V.; Reverdy, C.; Simon, S.; Lenzen, G.; Petel, F.; Wojcik, J.; Schachter, V.; Chemama, Y.; Labigne, A.; Legrain, P. Nature, 2001, 409, 211.
71. Li, S.; Armstrong, C. M.; Bertin, N.; Ge, H.; Milstein, S.; Boxem, M.; Vidalain, P. O.; Han, J. D.; Chesneau, A.; Hao, T.; Goldberg, D. S.; Li, N.; Martinez, M.; Rual, J. F.; Lamesch, P.; Xu, L.; Tewari, M.; Wong, S. L.; Zhang, L. V.; Berriz, G. F.; Jacotot, L.; Vaglio, P.; Reboul, J.; Hirozane-Kishikawa, T.; Li, Q.; Gabel, H. W.; Elewa, A.; Baumgartner, B.; Rose, D. J.; Yu, H.; Bosak, S.; Sequerra, R.; Fraser, A.; Mango, S. E.; Saxton, W. M.; Strome, S.; Van Den Heuvel, S.; Piano, F.; Vandenhaute, J.; Sardet, C.; Gerstein, M.; Doucette-Stamm, L.; Gunsalus, K. C.; Harper, J. W.; Cusick, M. E.; Roth, F. P.; Hill, D. E.; Vidal, M. Science, 2004, 303, 540.
72. Giot, L.; Bader, J. S.; Brouwer, C.; Chaudhuri, A.; Kuang, B.; Li, Y.; Hao, Y. L.; Ooi, C. E.; Godwin, B.; Vitols, E.; Vijayadamodar, G.; Pochart, P.; Machineni, H.; Welsh, M.; Kong, Y.; Zerhusen, B.; Malcolm, R.; Varrone, Z.; Collis, A.; Minto, M.; Burgess, S.; McDaniel, L.; Stimpson, E.; Spriggs, F.; Williams, J.; Neurath, K.; Ioime, N.; Agee, M.; Voss, E.; Furtak, K.; Renzulli, R.; Aanensen, N.; Carrolla, S.; Bickelhaupt, E.; Lazovatsky, Y.; DaSilva, A.; Zhong, J.; Stanyon, C. A.; Finley, R. L. Jr.; White, K. P.; Braverman, M.; Jarvie, T.; Gold, S.; Leach, M.; Knight, J.; Shimkets, R. A.; McKenna, M. P.; Chant, J.; Rothberg, J. M. Science, 2003, 302, 1727.
73. Pellegrini, M.; Marcotte, E. M.; Thompson, M. J.; Eisenberg, D.; Yeates, T. O. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 4285.
74. Pagel, P.; Mewes, H. W.; Frishman, D. Trends Genet., 2004, 20, 72.
75. Pagel, P.; Wong, P.; Frishman, D. J. Mol. Biol., (in press).
76. Dandekar, T.; Snel, B.; Huynen, M.; Bork, P. Trends Biochem. Sci., 1998, 23, 324.
77. Kolesov, G.; Mewes, H.; Frishman, D. J. Mol. Biol., 2001, 311, 639.
78. Koonin, E. V.; Fedorova, N. D.; Jackson, J. D.; Jacobs, A. R.; Krylov, D. M.; Makarova, K. S.; Mazumder, R.; Mekhedov, S. L.; Nikolskaya, A. N.; Rao, B. S.; Rogozin, I. B.; Smirnov, S.; Sorokin, A. V.; Sverdlov, A. V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y. I.; Yin, J. J.; Natale, D. A. Genome Biol., 2004, 5, R7.
79. Huynen, M. A.; Snel, B.; Bork, P. Trends Genet., 2001, 17, 304.
80. Marcotte, E. M.; Pellegrini, M.; Ng, H. L.; Rice, D. W.; Yeates, T. O.; Eisenberg, D. Science, 1999, 285, 751.
81. Huynen, M.; Snel, B.; Lathe, W., 3rd; Bork, P. Genome Res., 2000, 10, 1204.
82. Pazos, F.; Valencia, A. Protein Eng., 2001, 14, 609.
83. Goh, C. S.; Bogan, A. A.; Joachimiak, M.; Walther, D.; Cohen, F. E. J. Mol. Biol., 2000, 299, 283.
84. Pazos, F.; Valencia, A. Proteins, 2002, 47, 219.
85. Fraser, H. B.; Hirsh, A. E.; Wall, D. P.; Eisen, M. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 9033.
86. Matthews, L. R.; Vaglio, P.; Reboul, J.; Ge, H.; Davis, B. P.; Garrels, J.; Vincent, S.; Vidal, M. Genome Res., 2001, 11, 2120.
87. Walhout, A. J.; Sordella, R.; Lu, X.; Hartley, J. L.; Temple, G. F.; Brasch, M. A.; Thierry-Mieg, N.; Vidal, M. Science, 2000, 287, 116.
88. Wojcik, J.; Schachter, V. Bioinformatics, 2001, 17 (Suppl 1), S296.
89. Yu, H.; Luscombe, N. M.; Lu, H. X.; Zhu, X.; Xia, Y.; Han, J. D.; Bertin, N.; Chung, S.; Vidal, M.; Gerstein, M. Genome Res., 2004, 14, 1107.
90. Zhang, L. V.; Wong, S. L.; King, O. D.; Roth, F. P. BMC Bioinformatics, 2004, 5, 38.
91. Yamanishi, Y.; Vert, J. P.; Kanehisa, M. Bioinformatics, 2004, 20 (Suppl 1), 1363.
92. Martin, S.; Roe, D.; Faulon, J. L. Bioinformatics, 2004, (Epub ahead of print).
93. Drawid, A.; Gerstein, M. J. Mol. Biol., 2000, 301, 1059.
94. Jansen, R.; Yu, H.; Greenbaum, D.; Kluger, Y.; Krogan, N. J.; Chung, S.; Emili, A.; Snyder, M.; Greenblatt, J. F.; Gerstein, M. Science, 2003, 302, 449.
95. Brown, M. P.; Grundy, W. N.; Lin, D.; Cristianini, N.; Sugnet, C. W.; Furey, T. S.; Ares, M. Jr.; Haussler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 262.
96. Podgorelec, V.; Kokol, P.; Stiglic, B.; Rozman, I. J. Med. Syst., 2002, 26, 445.
97. Babic, S. H.; Kokol, P.; Podgorelec, V.; Zorman, M.; Sprogar, M.; Stiglic, M. M. J. Med Syst., 2000, 24, 43.
98. Frank, E.; Hall, M.; Trigg, L.; Holmes, G.; Witten, I. H. Bioinformatics, 2004, 20, 2479.
99. Gentleman, R.; Ihaka, R. The R Programming Language 2.0.0 ed., 1997, www.r-project.org.
100. Tramontano, A. Nat. Struct. Biol., 2003, 10, 87.
101. Venclovas, C. Proteins, 2003, 53 (Suppl 6), 380.
102. Tramontano, A.; Morea, V. Proteins, 2003, 53 (Suppl 6), 352.
103. Kinch, L. N.; Wrabl, J. O.; Krishna, S. S.; Majumdar, I.; Sadreyev, R. I.; Qi, Y.; Pei, J.; Cheng, H.; Grishin, N. V. Proteins, 2003, 53 (Suppl 6), 395.
104. Aloy, P.; Stark, A.; Hadley, C.; Russell, R. B. Proteins, 2003, 53 (Suppl 6), 436.
105. Melamud, E.; Moult, J. Proteins, 2003, 53 (Suppl 6), 561.
106. Fischer, D.; Rychlewski, L.; Dunbrack, R. L. Jr.; Ortiz, A. R.; Elofsson, A. Proteins, 2003, 53 (Suppl 6), 503.
107. Rychlewski, L.; Fischer, D.; Elofsson, A. Proteins, 2003, 53 (Suppl 6), 542.
108. Koh, I. Y.; Eyrich, V. A.; Marti-Renom, M. A.; Przybylski, D.; Madhusudhan, M. S.; Eswar, N.; Grana, O.; Pazos, F.; Valencia, A.; Sali, A.; Rost, B. Nucl. Acids Res., 2003, 31, 3311.