Bioinformatic Comparison of Structures and Homology-Models of Matrix Metalloproteinases

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 1, 2004, Pages 21-31

  Andreini, Claudia ^a   Banci, Lucia ^a,b   Bertini, Ivano ^a,b   Luchinat, Claudio ^a,b   Rosato, Antonio ^a,b  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

^b ProtEra Srl   (Italy)

Author keywords

Cancer; Collagen; Hemopexin; Matrix metalloproteinase; MMP

Indexed keywords

COLLAGENASE 3; GELATINASE A; GELATINASE B; HEMOPEXIN; INTERSTITIAL COLLAGENASE; MACROPHAGE ELASTASE; MATRILYSIN; MATRIX METALLOPROTEINASE; MATRIX METALLOPROTEINASE 14; MATRIX METALLOPROTEINASE 15; MATRIX METALLOPROTEINASE 16; MATRIX METALLOPROTEINASE 17; MATRIX METALLOPROTEINASE 19; MATRIX METALLOPROTEINASE 20; MATRIX METALLOPROTEINASE 21; MATRIX METALLOPROTEINASE 23; MATRIX METALLOPROTEINASE 24; MATRIX METALLOPROTEINASE 25; MATRIX METALLOPROTEINASE 26; MATRIX METALLOPROTEINASE 27; MATRIX METALLOPROTEINASE 28; MATRIX METALLOPROTEINASE 5; MATRIX METALLOPROTEINASE 6; NEUTROPHIL COLLAGENASE; STROMELYSIN; STROMELYSIN 2; STROMELYSIN 3; UNCLASSIFIED DRUG;

AMINO ACID SUBSTITUTION; ARTICLE; BIOINFORMATICS; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME SPECIFICITY; ENZYME STRUCTURE; ENZYME SUBSTRATE COMPLEX; HYDROPHILICITY; HYDROPHOBICITY; MODEL; PHYLOGENY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FAMILY; SEQUENCE HOMOLOGY;

BINDING SITES; CATALYTIC DOMAIN; COMPUTATIONAL BIOLOGY; HUMANS; MATRIX METALLOPROTEINASES; MODELS, MOLECULAR; PHYLOGENY; STRUCTURAL HOMOLOGY, PROTEIN;

EID: 1242307294     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0340476     Document Type: Article

References (71)

1. Borkakoti, N. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1998, 70, 73-94.
2. Sternlicht, M. D.; Werb, Z. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2001, 17, 463-516.
3. Docherty, A. J.; O'Connell, J.; Crabbe, T.; Angal, S.; Murphy, G. Trends Biotechnol. 1992, 10, 200-207.
4. Hembry, R. M.; Murphy, G. J. Rheumatol. 1992, 19, 61-64.
5. Peress, N.; Perillo, E.; Zucker, S. J. Neuriphatol. Exp. Neurol. 1995, 54, 16-22.
6. Wernicke, D.; Seyfert, C.; Hinzmann, B.; Gromnica-Ihle, E. J. Rheumatol. 1996, 23, 590-595.
7. Shapiro, S. D. Curr. Opin. Cell Biol. 1998, 10, 602-608.
8. Egeblad, M.; Werb, Z. Nat. Rev. Cancer 2002, 2, 161-174.
9. Visse, R.; Nagase, H. Circ. Res. 2003, 92, 827-839.
10. King, M. K.; Coker, M. L.; Goldberg, A.; McElmurray, J. H.; Gunasighe, H. R.; Mukherjee, R.; Zile, M. R.; O'Neill, T. P.; Spinale, F. G. Circ. Res. 2003, 92, 177-185.
11. Daja, M. M.; Niu, X.; Zhao, Z.; Brown, J. M.; Russell, P. J. Prostate Cancer Prostatic Dis. 2003, 6, 15-26.
12. Jung, S. S.; Zhang, W. B.; Van Nostrand: W. E. J. Neurochem. 2003, 85, 1208-1215.
13. Lorenzl, S.; Albers, D. S.; Relkin, N.; Ngyuen, T.; Hilgenberg, S. L.; Chirichigno, J.; Cudkowicz, M. E.; Beal, M. F. Neurochem. Int. 2003, 43, 191-196.
14. McCawley, L. J.; Matrisian, L. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 13, 534-540.
15. Vincenti, M. P.; White, L. A.; Schroen, D. J.; Benbow, U.; Brinckeroff, C. E. Crit. Rev. Eukaryot. Gene Expr. 1996, 6, 391-411.
16. Woessner, J. F., Jr.; Nagase, H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 21 491-21 494.
17. Coussens, L. M.; Fingleton, B.; Matrisian, L. M. Science 2002, 295, 2387-2392.
18. Overall, C. M.; Lopéz-Otín, C. Nat. Rev. Cancer 2002, 2, 657-672.
19. Leeman, M. F.; Curran, S.; Murray, G. I., CRC Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2002, 37, 149-166.
20. Lauer-Fields, J. L.; Tuzinski, K. A.; Shimokawa, K.-I.; Nagase, H.; Fields, G. B. J. Biol. Chem. 2000, 275, 13 282-13 290.
21. Patterson, M. L.; Atkinson, S. J.; Knäuper, V.; Murphy, G. FEBS Lett. 2001, 503, 158-162.
22. Tam, E. M.; Wu, Y. I.; Butler, G. S.; Stack, M. S.; Overall, C. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 39 005-39 014.
23. Roeb, E.; Schleinkofer, K.; Kernebeck, T.; Pötsch, S.; Jansen, B.; Behrmann, I.; Matern, S.; Grötzinger, J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 50 326-50 332.
24. Chen, E. I.; Li, W.; Godzik, A.; Howard, E. W.; Smith, J. W. J. Biol. Chem. 2003, 278, 17 158-17 163.
25. Overall, C. M. Mol. Biotechnol. 2002, 22, 51-86.
26. Massova, I.; Kotra, L. P.; Fridman, R.; Mobashery, S. FASEB J. 1998, 12, 1075-1095.
27. Whittaker, M.; Floyd, C. D.; Brown, P.; Gearing, A. J. Chem. Rev. 1999, 99, 2735-2776.
28. Borkakoti, N. J. Mol. Med. 2000, 78, 261-268.
29. van Gastel, M.; Canters, G. W.; Krupka, H.; Messerschmidt, A.; de Waal, E. C.; Warmerdam, G. C. M.; Groenen, E. J. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2322-2328.
30. Bertini, I.; Calderone, V.; Fragai, M.; Luchinat, C.; Mangani, S.; Terni, B. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 2673-2676.
31. Li, J.; Brick, P.; O'Hare, M. C.; Skarzynski, T.; Lloyd, L. F.; Curry, V. A.; Clark, I. M.; Bigg, H. F.; Hazleman, B. L.; Cawston, T. E. Structure 1995, 3, 541-549.
32. Libson A. M.; Gittis A. G.; Collier I. E.; Marmer B. L.; Goldberg G. I.; Lattman E. E. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 938-942.
33. Gomis-Ruth, F. X.; Gohlke, U.; Betz, M.; Knauper, V.; Murphy, G.; Lopez-Otin, C.; Bode, W. J. Mol. Biol. 1996, 264, 556-566.
34. Cha H.; Kopetzki E.; Huber R.; Lanzendorfer M.; Brandstetter H. J. Mol. Biol. 2002, 320, 1065-1079.
35. Morgunova, E.; Tuuttila, A.; Bergmann, U.; Isupov, M.; Lindqvist, Y.; Schneider, G.; Tryggvason, K. Science 1999, 284, 1667-1670.
36. Gomis-Ruth, F. X.; Maskos, K.; Betz, M.; Bergner, A.; Huber, R.; Suzuki, K.; Yoshida, N.; Nagase, H.; Brew, K.; Bourenkov, G. P.; Bartunik, H.; Bode, W. Nature 1997, 389, 77-81.
37. Fernandez-Catalan, C.; Bode, W.; Huber, R.; Turk, D.; Calvete, J. J.; Lichte, A.; Tschesche, H.; Maskos, K. EMBO J. 1998, 17, 5238-5248.
38. Morgunova, E.; Tuuttila, A.; Bergmann, U.; Tryggvason, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7414-7419.
39. Pavlovski, A. G.; Williams, M. G.; Ye, Q.-Z.; Ortwine, D. F.; Purchase II, C. F.; White, A. D.; Dhanaraj, V.; Roth, B. D.; Johnson, L. L.; Hupe, D.; Humblet, C.; Blundell, T. L. Protein Sci. 1999, 8, 1455-1462.
40. Kridel, S. J.; Sawai, H.; Ratnikov, B. I.; Chen, E. I.; Li, W.; Godzik, A.; Strongin, A. Y.; Smith, J. W. J. Biol. Chem. 2002, 277, 23 788-23 793.
41. Bernardo, M. M.; Brown, S.; Zhi-Hong, L.; Fridman, R.; Mobashery, S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 11 201-11 207.
42. Terp, G. E.; Cruciani, G.; Christensen, I. T.; Jørgensen, F. S. J. Med. Chem. 2002, 45, 2675-2684.
43. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaeffer, A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-3402.
44. Schultz, J.; Milpetz, F.; Bork, P.; Ponting, C. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5857-5864.
45. Letunic, I.; Goodstadt, L.; Dickens, N. J.; Doerks, T.; Schultz, J.; Mott, R.; Ciccarelli, F.; Copley, R. R.; Ponting, C. P.; Bork, P. Nucl. Acids Res. 2002, 30, 242-244.
46. Thompson, J. D.; Higgins, D. G.; Gibson, T. J. Nucl. Acids Res. 1994, 22, 4673-4680.
47. Felsenstein, J. Cladistics 1989, 5, 164-166.
48. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779-815.
49. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
50. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss, D. S.; Thornton, J. M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283-291.
51. Sippl, M. J. Proteins Struct. Funct. Genet. 1993, 17, 355-362.
52. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 51-55.
53. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L. ; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 6; University of California: San Francisco, 1999.
54. Wallon, U. M.; Overall, C. M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 7473-7481.
55. Knauper, V.; Docherty, A. J.; Smith, B.; Tschesche, H.; Murphy, G. FEBS Lett. 1997, 405, 60-64.
56. Lo Conte, L.; Chothia, C.; Janin, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 2177-2198.
57. Clark, I. E.; Cawston, T. E. Biochem. J. 1989, 263, 201-206.
58. Murphy, G.; Allan, J. A.; Willenbrock, F.; Cockett, M. I.; O'Connell, J. P.; Docherty, A. J. J. Biol. Chem. 1992, 267, 9612-9618.
59. Murphy, G.; Willenbrock, F.; Ward, R. V.; Cockett, M. I.; Eaton, D.; Docherty, A. J. Biochem. J. 1992, 283 (Pt 3), 637-641.
60. O'Connell, J. P.; Willenbrock, F.; Docherty, A. J.; Eaton, D.; Murphy, G. J. Biol. Chem. 1994, 269, 14 967-14 973.
61. Knauper, V.; Cowell, S.; Smith, B.; Lopez-Otin, C.; O'Shea, M.; Morris, H.; Zardi, L.; Murphy, G. J. Biol. Chem. 1997, 272, 7608-7616.
62. Gioia, M.; Fasciglione, G. F.; Marini, S.; D'Alessio, S.; De Sanctis, G. ; Diekmann, O.; Pieper, M.; Politi, V.; Tschesche, H.; Coletta, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 23 123-23 130.
63. Spurlino, J. C.; Smallwood, A. M.; Carlton, D. D.; Banks, T. M.; Vavra, K. J.; Johnson, J. S.; Cook, E. R.; Falvo, J.; Wahl, R. C.; Pulvino, T. A.; Wendoloski, J. J.; Smith, D. L. Proteins Struct. Funct. Genet. 1994, 19, 98-109.
64. Natchus, M. G.; Bookland, R. G.; Laufersweiler, M. J.; Pikul, S.; Almstead, N. G.; De, B.; Janusz, M. J.; Hsieh, L. C.; Gu, F.; Pokross, M. E.; Patel, V. S.; Garver, S. M.; Peng, S. X.; Branch, T. M.; King, S. L.; Baker, T. R.; Foltz, D. J.; Mieling, G. E. J. Med. Chem. 2001, 44, 1060-1071.
65. Browner, M. F.; Smith, W. W.; Castelhano, A. L. Biochemistry 1995, 34, 6602-6610.
66. Gavuzzo, E.; Pochetti, G.; Mazza, F.; Gallina, C.; Gorini, B.; D'Alessio, S.; Pieper, M.; Tschesche, H.; Tucker, P. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 3377-3385.
67. Rowsell, S.; Hawtin, P.; Minshull, C. A.; Jepson, H.; Brockbank S. M.; Barratt, D. G.; Slater, A. M.; McPheat, W. L.; Waterson, D.; Henney, A. M.; Pauptit, R. A. J. Mol. Biol. 2002, 319, 173-181.
68. Gall, A. L.; Ruff, M.; Kannan, R.; Cuniasse, P.; Yiotakis, A.; Dive, V.; Rio, M. C.; Basset, P.; Moras, D. J. Mol. Biol. 2001, 307, 577-586.
69. Lang, R.; Kocourek, A.; Braun, M.; Tschesche, H.; Huber, R.; Bode, W.; Maskos, K. J. Mol. Biol. 2001, 312, 731-742.
70. Lovejoy, B.; Welch, A. R.; Carr, S.; Luong, C.; Broka, C.; Hendricks, R. T.; Campbell, J. A.; Walker, K. A.; Martin, R.; Van Wart, H.; Browner, M. F. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 217-221.
71. Botos I.; Meyer E.; Swanson S. M.; Lemaitre V.; Eeckhout Y.; Meyer, E. F. J. Mol. Biol. 1999, 292, 837-844.