Proteomics in 2002: A year of technical development and wide-ranging applications

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 12, 2003, Pages 2891-2905

  Figeys, Daniel ^a,b  

^a MDS Proteomics Inc   (Canada)

^b NATIONAL RESEARCH COUNCIL CANADA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEOME;

ANALYTIC METHOD; BIOINFORMATICS; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR INTERACTION; NONHUMAN; PEPTIDE MAPPING; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN SYNTHESIS; PROTEOMICS; REVIEW;

ANIMALS; BIOTECHNOLOGY; HUMANS; ORGAN SPECIFICITY; PROTEOMICS;

EID: 0038116819     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac030142m     Document Type: Review

References (204)

1. Wilkins, M. R.; Sanchez, J. C.; Golley, A. A.; Appel, R. D.; HumpherySmith, I.; Hochstrasser, D. F.; Williams, K. L. Genet. Eng. Rev. 1996, 13, 19-50.
2. Guttman, A.; Csapo, Z.; Robbins, D. Proteomics 2002, 2, 469-74.
3. Poland, J.; Bohme, A.; Schubert, K.; Sinha, P. Electrophoresis 2002, 23, 4067-71.
4. Gorg, A.; Boguth, G.; Kopf, A.; Reil, G.; Parla, H.; Weiss, W. Proteomics 2002, 2, 1652-7.
5. Klein, J.; Harding, G.; Klein, E. J. Proteome Res. 2002, 41-5.
6. Hoving, S.; Gerrits, B.; Voshol H.; Muller, D.; Roberts, R. C.; Van Oostrum, J. Proteomics 2002, 2, 127-34.
7. Ross, A. R.; Lee, P. J.; Smith, D. L.; Langridge, J. I.; Whetton, A. D.; Gaskell, S. J. Proteomics 2002, 2, 928-36.
8. Ros, A.; Faupel, M.; Mees, H.; Van Oostrum, J.; Ferrigno, R.; Reymond, F.; Michel, P.; Rossier, J. S.; Girault, H. H. Proteomics 2002, 2.
9. Luche, S.; Santoni, V.; Rabilloud, T. Proteomics 2003, 3, 249-53.
10. Unlu, M.; Morgan, M. E.; Mindsen; J. S. Electrophoresis 1997, 18, 2071-7.
11. Yan, J. X.; Devenish, A. T.; Wait, R.; Stone, T.; Lewis, S.; Fowler, S. Proteomics 2002, 2, 1682-98.
12. Jiang, H.; English, A. M. J. Proteome Res. 2002, 1, 345-50.
13. Smolka, M.; Zhou, H.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 19-29.
14. Malmstrom, L.; Malmstrom, J.; Marko-Varga, G.; Westergren-Thorsson, G. J. Proteome Res. 2002, 1, 135-8.
15. Cho, S. Y.; Park, K. S.; Shim, J. E.; Kwon, M. S.; Joo, K. H.; Lee, W. S.; Chang, J.; Kim, H.; Chung, H. C.; Kim, H. O.; Paik, Y. K. Proteomics 2002, 2, 1104-13.
16. Randic, M.; Novic, M.; Vracko, M. J. Proteome Res. 2002, 1, 217-226.
17. Randic, M.; Zupan, J.; Novic, M.; Gute, B. D.; Basak, S. C. SAR QSAR Environ. Res. 2002, 13, 689-703.
18. Randic, M.; Basak, S. C. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 983-92.
19. Randic, M. Int. J. Quantum Chem. 2002, 90, 848-58.
20. Russell, W. K.; Park, Z.-Y.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2001, 73, 2682-5.
21. Craft, D.; Doucette, A.; Li, L. J. Proteome Res. 2002, 1, 537-47.
22. Peterson, D. S.; Rohr, T.; Svec, F.; Frechet, J. M. J. Proteome Res. 2002, 1, 563-8.
23. Peterson, D. S.; Rohr, T.; Frantisek, S.; Fréchet, J. M. J. Anal. Chem. 2002, 74, 4081-8.
24. Sawasaki, T.; Ogasawara, T.; Morishita, R.; Endo, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14652-7.
25. Lamla, T.; Stiege, W.; Erdmann, V. A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 466-71.
26. Liu, B.; Huang, L.; Sihlbom, C.; Burlingame, A.; Marks, J. D. J. Mol. Biol. 2002, 315, 1063-73.
27. Braun, P.; Hu, Y.; Shen, B.; Halleck, A.; Koundinya, M.; Harlow, E.; LaBaer, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2654-9.
28. Doyle, S. A.; Murphy, M. B.; Massi, J. M.; Richardson, P. M. J. Proteome Res. 2002, 1, 531-6.
29. Lo, L.-C.; Pang, T.-L.; Kuo, C.-H.; Chiang, Y.-L.; Wang, H.-Y.; Lin, J.-J. J. Proteome Res. 2002, 35-40.
30. Stancato, L. F.; Petricoin, E. F., III. Electrophoresis 2001, 22, 2120-4.
31. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Todd Stukenberg, P.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-5.
32. Ficarro, S.; Chertihin, O.; Westbrook, V. A.; White, F.; Jayes, F.; Kalab, P.; Marto, J. A.; Shabanowitz, J.; Herr, J. C.; Hunt, D.; Visconti, P. E. J. Biol. Chem. 2003, 278 (13), 1579-89; electronic publication 2002.
33. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375-8.
34. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-82.
35. Goshe, M. B.; Veenstra T. D.; Panisko, E. A.; Conrads T. P.; Angell, N. H.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 607-16.
36. Li, W.; Boykins, R. A.; Backlund, P. S.; Wang, G.; Chen, H. C. Anal. Chem. 2002, 74, 5701-10.
37. Ruse, C. I.; Willard, B.; Jin, J. P.; Haas, T.; Kinter, M.; Bond, M. Anal. Chem. 2002, 74, 1658-64.
38. Chen, S. L.; Huddleston, M. J.; Shou, W.; Deshaies, R. J.; Annan, R. S.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 13, 186-96.
39. Maguire, P. B.; Wynne, K. J.; Harney, D. F.; O'Donoghue, N. B.; Stephens, G.; Fitzgerald, D. J. Proteomics 2002, 2, 642-8.
40. Imam-Sghiouar, N.; Laude-Lemaire, I.; Labas, V.; Pflieger, D.; Le Caër, J.-P.; Caron, M.; Nabias, D. K.; Joubert-Caron, R. Proteomics 2002, 2, 828-38.
41. Grønborg, M.; Kristiansen, T. Z.; Stensballe, A.; Andersen, J. S.; Ohara, O.; Mann, M.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 517-27.
42. Zappacosta, F.; Huddleston, M. J.; Karcher, R. L.; Gelfand, V. I.; Carr, S. A.; Annan, R. S. Anal. Chem. 2002, 74, 3221-31.
43. Fenaille, F.; Tabet, J. C.; Guy, P. A. Anal. Chem. 2002, 74, 6298-304.
44. MacDonald, J. A.; Mackey, A. J.; Pearson, W. R.; Haystead, T. A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 314-22.
45. Raska, C. S.; Parker, C. E.; Dominski, Z.; Marzluff, W. F.; Glish, G. L.; Pope, R. M.; Borchers, C. H. Anal. Chem. 2002, 74, 3429-33.
46. Ruse, C. I.; Willard, B.; Jin, J. P.; Haas, T.; Kinter, M.; Bond, M. Anal. Chem. 2002, 74, 1658-64.
47. Zhang, X.; Jin, Q. K.; Carr, S. A.; Annan, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2325-32.
48. MacCoss, M. J.; McDonald, W. H.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7900-5.
49. Steen, H.; Pandey, A.; Andersen, J. S.; Mann, M. Sci. STKE 2002, 154, 116.
50. Gronborg, M.; Kristiansen, T. Z.; Stensballe, A.; Andersen, J. S.; Ohara, O.; Mann, M.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Mol. Cell. Biol. 2002, 1, 517-27.
51. Vaish, N. K.; Dong, F.; Andrews, L.; Schweppe, R. E.; Ahn, N. G.; Blatt, L.; Seiwert, S. D. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 810-5.
52. Schweitzer, B.; Roberts, S.; Grimwade, B.; Shao, W.; Wang, M.; Qin, F.; Shu, Q.; Laroche, I.; Zhou, Z.; Tchernev, V. T.; Christiansen, J.; Velleca, M.; Kingsmore, S. F. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 359-65.
53. Pellois, J. P.; Zhou, X.; Srivannavit, O.; Zhou, T.; Gulari, E.; Gao, X. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 922-6.
54. Woodbury, R. L.; Varnum, S. M.; Zangar, R. C. J. Proteome Res. 2002, 1, 233-7.
55. Wang, C. C.; Huang, R.-P.; Sommer, M.; Lisoukov, H.; Huang, R.; Lin, Y.; Miller, T.; Burke, J. J. Proteome Res. 2002, 1, 337-43.
56. Zhu, H.; Bilgin, M.; Bangham, R.; Hall, D.; Casamayor, A.; Bertone, P.; Lan, N.; Jansen, R.; Bidlingmaier, S.; Houfek, T.; Mitchell, T.; Miller, P.; Dean, R. A.; Gerstein, M.; Snyder, M. Science 2001, 293, 2101-5.
57. Pavlickova, P.; Jensen, N. M.; Paul, H.; Schaeferling, M.; Giammasi, C.; Kruschina, M.; Du, W.-D.; Theisen, M.; Ibba, M.; Ortigano, F.; Kambhampati, D. J. Proteome Res. 2002, 1, 227-31.
58. Zhou, G.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2002, 19, 512-5.
59. Borisov, O. V.; Goshe, M. B.; Conrads, T. P.; Rakov, V. S.; Veenstra, T. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 2284-92.
60. Zhang, R.; Regnier, F. E. J. Proteome Res. 2002, 1, 139-47.
61. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Thompson, R. A.; Xiong, L.; Regnier, F. E. Anal. Chem 2002, 74, 3662-3669.
62. Qiu, Y.; Sousa, E. A.; Hewick, R. M.; Wang, J. H. Anal. Chem 2002, 74, 4969-4979.
63. Gu, S.; Pan, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2002, 74, 5774-85.
64. Berger, S. J.; Lee, S. W.; Anderson, G. A.; Paša-Tolic, L.; Tolic, N.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4994-5000.
65. Zhu, H.; Hunter, T. C.; Pan, S.; Yau, P. M.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2002, 74, 1687-94.
66. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 163-70.
67. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-86.
68. Stewart, II.; Thomson, T.; Figeys, D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2456-65.
69. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-42.
70. Reynolds, K. Yao, X.; Fenselau, C. J. Proteome Res. 2002, 1, 27-33.
71. Liu, P.; Regnier, F. E. J. Proteome Res. 2002, 1, 443-50.
72. Bearsley, R. L.; Reilly, J. P. J. Proteome Res. 2002, 2, 15-21.
73. Chelius, D.; Bondarenko, P. V. J. Proteome Res. 2002, 1, 317-23.
74. Pratt, J. M.; Petty, J.; Riba-Garcia I.; Robertson, D. H. L.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 579-91.
75. Wilkins, J. A.; Xiang, R.; Horváth, C. Anal. Chem. 2002, 74, 3933-41.
76. Wagner, K.; Miliotis, T.; Marko-Varga, G.; Bischoff, R.; Unger, K. K. Anal. Chem. 2002, 74, 809-20.
77. Kachman, M. T.; Wang, H.; Schwartz, D. R.; Cho, K. R.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 2002, 74, 1779-91.
78. Lubman, D. M.; Kachman, M. T.; Wang, H.; Gong, S.; Yan, F.; Hamler, R. L.; O'Neil, K. A.; Zhu, K.; Buchanan, N. S.; Barder, T. J. J. Chromatogr., B 2002, 782, 183-96.
79. Michels, D. A.; Hu, S.; Regine, M.; Schoenherr, R. M.; Eggertson, M. J.; Dovichi, N. J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 69-74.
80. Gevaert, K.; Damme, J. V.; Goethals, M.; Thomas, G. R.; Hoorelbeke, B.; Demol, H.; Martens, L.; Puype, M.; Staes, A.; Vandekerckhove, J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 896-903.
81. Lee, H.; Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 4353-60.
82. Arnott, D.; Kishiyama, A.; Luis, E. A.; Ludlum, S. G.; Marsters, J. C.; Stults, J. T. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 148-56.
83. Blonder, J.; Goshe, M. B.; Moore, R. J.; Pasa-Tolic, L.; Masselon, C. D.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2002, 1, 351-60.
84. Gilligan, J. J.; Schuck, P.; Yergey, A. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2041-7.
85. Liebler, D. C.; Hansen, B. T.; Davey, S. W.; Tiscareno, L.; Mason, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 203-10.
86. Eddes, J. S.; Kapp, E. A.; Frecklington, D. F.; Connolly, L. M.; Layton, M. J.; Moritz, R. L.; Simpson, R. J. Proteomics 2002, 2, 1097-103.
87. Sadygov, R. G.; Eng, J.; Eberhard, D.; Saraf, A.; McDonald, H.; MacCoss, M. J.; Yates, J. R., III. J. Proteome Res. 2002, 1, 211-5.
88. Mackey, A. J.; Haystead, T. A.; Pearson, W. R. Mol Cell Proteomics 2002, 1, 139-47.
89. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., III. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-6.
90. Rusconi, F.; Belghazi, M. Bioinformatics 2002, 18, 644-5.
91. Field, H. I.; Fenyo, D.; Beavis, R. C. Proteomics 2002, 2, 36-47.
92. Lian, Z.; Kluger, Y.; Greenbaum, D. S.; Tuck, D.; Gerstein, M.; Berliner, N.; Weissman, S. M.; Newburger, P. E. Blood 2002, 100, 3209-20.
93. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Ideker, T.; Rist, B.; Eng, J.; Hood, L.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 323-33.
94. Chen, G.; Gharib, T. G.; Huang, C. C.; Taylor, J. M. G.; Misek, D. E.; Kardia, S. L. R.; Giordano, T. J.; Iannettoni, M. D.; Orringer, M. B.; Hanash, S. M.; Beer, D. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 304-13.
95. Ørntoft, T. F.; Thykjaer, T.; Waldman, F. M.; Wolf, H.; Celis, J. E. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 37-45.
96. Wait, R.; Miller, I.; Eberini, I.; Cairoli, F.; Veronesi, C.; Battocchio, M.; Germeiner, M.; Gianazza, E. Electrophoresis 2002, 23, 3418-27.
97. Benvenuti, S.; Cramer, R.; Bruce, J.; Waterfield, M. D.; Jat, P. S. Oncogene 2002, 21, 4403-13.
98. Shiio, Y.; Donohoe, S.; Yi, E. C.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Eisenman, R. N. EMBO J. 2002, 21, 5088-96.
99. Tan, Y. P.; Lin, Q.; Wang, X. H.; Joshi, S.; Hew, C. L.; Leung, K. Y. Infect. Immun. 2002, 70, 6475-80.
100. Trémoulet, F.; Duché, O.; Namane, A.; Martinie, B.; Labadie, J. C. FEMS Microbiol. Lett. 2002, 215, 7-14.
101. Duché, O.; Trémoulet, F.; Namane, A.; Consortium, T. E. L. G.; Labadie, J. C. FEMS Microbiol. Lett. 2002, 215, 183-8.
102. Hesketh, A. R.; Chandra, G.; Shaw, A. D.; Rowland, J. J.; Kell, D. B.; Bibb, M. J.; Chater, K. F. Mol. Microbiol. 2002, 46, 917-32.
103. Montigiani, S.; Falugi, F.; Scarselli, M.; Finco, O.; Petracca, R.; Galli, G.; Mariani, M.; Manetti, R.; Agnusdei, M.; Cevenini, R.; Donati, M.; Nogarotto, R.; Norais, N.; Garaguso, I.; Nuti, S.; Saletti, G.; Rosa, D.; Ratti, G.; Grandi, G. Infect. Immun. 2002, 70, 368-79.
104. Klose, J.; Nock, C.; Herrmann, M.; Stuhler, K.; Marcus, K.; Bluggel, M.; Krause, E.; Schalkwyk, L. C.; Rastan, S.; Brown, S. D.; Bussow, K.; Himmelbauer, H.; Lehrach, H. Nat. Genet. 2002, 30, 385-93.
105. Fountoulakis, M.; Juranville, J. F.; Dierssen, M.; Lubec, G. Proteomics 2002, 2, 547-76.
106. Gozal, E.; Gozal, D.; Pierce, W. M.; Thongboonkerd, V.; Scherzer, J. A.; Sachleben, L. R. J.; Brittian, K. R.; Guo, S. Z.; Cai, J.; Klein, J. B. J. Neurochem. 2002, 83, 331-45.
107. Chen, W.; Ji, J.; Zhao, R.; Ru, B. Neurochem. Res. 2002, 27, 871-81.
108. Zabel, C.; Chamrad, D. C.; Priller, J.; Woodman, B.; Meyer, H. E.; Bates, G. P.; Klose, J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 366-75.
109. Beranova-Giorgianni, S.; Giorgianni, F.; Desiderio, D. M. Proteomics 2002, 2, 534-42.
110. Carboni, L.; Piubelli, C.; Righetti, P. G.; Jansson, B.; Domenici, E. Electrophoresis 2002, 23, 4132-41.
111. Yu, L. R.; Johnson, M. D.; Conrads, T. P.; Smith, R. D.; Morrison, R. S.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2002, 23, 1591-8.
112. Che, F. Y.; Fricker, L. D. Anal. Chem. 2002, 74, 3190-8.
113. Wulfkuhle, J. D.; Sgroi, D. C.; Krutzsch, H.; McLean, K.; McGarvey, K.; Knowlton, M.; Chen, S.; Shu, H.; Sahin, A.; Kurek, R.; Wallwiener, D.; Merino, M. J.; Petricoin, E. F., III; Zhao, Y.; Steeg, P. S. Cancer Res. 2002, 62, 6740-9.
114. Chen, S. T.; Pan, T. L.; Tsai, Y. C.; Huang, C. M. Cancer Lett 2002, 181, 95-107.
115. Hathout, Y.; Riordan, K.; Gehrmann, M.; Fenseleau, C. J. Proteome Res. 2002, 1, 435-42.
116. Fratelli, M.; Demol, H.; Casagrande, S.; Eberini, I.; Salmona, M.; Bonetto, V.; Mengozzi, M.; Duffieux, F.; Miclet, E.; Bachi, A.; Vandekerckhove, J.; Gianazza, E.; Ghezzi, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 3505-10.
117. Yuan, X.; Russell, T.; Wood, G.; Desiderio, D. M. Electrophoresis 2002, 23, 1185-96.
118. Sickmann, A.; Dormeyer, W.; Wortelkamp, S.; Woitalla, D.; Kuhn, W.; Meyer, H. E. J. Chromatogr., B 2002, 771, 167-96.
119. Davidsson, P.; Sjogren, M.; Andreasen, N.; Lindbjer, M.; Nilsson, C. L.; Westman-Brinkmalm, A.; Blennow, K. Brain Res. Mol. Brain Res. 2002, 109, 128-33.
120. Choe, L. H.; Dutt, M. J.; Relkin, N.; Lee, K. H. Electrophoresis 2002, 23, 2247-51.
121. Davidsson, P.; Westman-Brinkmalm, A.; Nilsson, C. L.; Lindbjer, M.; Paulson, L.; Andreasen, N.; Sjogren, M.; Blennow, K. Neuroreport 2002, 13, 611-5.
122. Uchida, T.; Fukawa, A.; Uchida, M.; Fujita, K.; Saito, K. J. Proteome Res. 2002, 1, 495-9.
123. Xia, S. H.; Hu, L. P.; Hu, H.; Ying, W. T.; Xu, X.; Cai, Y.; Han, Y. L.; Chen, B. S.; Wei, F.; Qian, X. H.; Cai, Y. Y.; Shen, Y.; Wu, M.; Wang, M. R. Oncogene 2002, 21, 6641-8.
124. Zhou, G.; Li, H.; DeCamp, D.; Chen, S.; Shu, H.; Gong, Y.; Flaig, M.; Gillespie, J. W.; Hu, N.; Taylor, P. R.; Emmert-Buck, M. R.; Liotta, L. A.; Petricoin III, E. F.; Zhao, Y. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 117-23.
125. Crabb, J. W.; Miyagi, M.; Gu, X.; Shadrach, K.; West, K. A.; Sakaguchi, H.; Kamei, M.; Hasan, A.; Yan, L.; Rayborn, M. E.; Salomon, R. G.; Hollyfield, J. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14682-7.
126. Pitarch, A.; Sanchez, M.; Nombela, C.; Gil, C. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 967-82.
127. Nandakumar, M. P.; Marten, M. R. Electrophoresis 2002, 23, 2216-22.
128. Melin, P.; Schnurer, J.; Wagner, E. G. Mol. Genet. Genomics 2002, 267, 695-702.
129. Thomas-Hall, S.; Watson, K.; Scorzetti, G. Int. J. Sys. Evol. Microbiol. 2002, 52, 2303-8.
130. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Scheiltz, D. M.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-7.
131. Schwertz, H.; Langin, T.; Platsch, H.; Richert, J.; Bomm, S.; Schmidt, M.; Hillen, H.; Blaschke, G.; Meyer, J.; Darius, H.; Buerke, M. Proteomics 2002, 2, 988-95.
132. McDonough, J. L.; Neverova, I.; Van Eyk, J. E. Proteomics 2002, 2, 978-97.
133. Labugger, R.; McDonough, J. L.; Neverova, I.; Van Eyk, J. E. Proteomics 2002, 2, 673-8.
134. Neverova, I.; Van Eyk, J, E. Proteomics 2002, 2002, 1.
135. Charlwood, J.; Skehel, J. M.; King, N.; Camilleri, P.; Lord, P.; Bugelski, P.; Atif, U. J. Proteome Res. 2002, 1, 73-82.
136. Kim, J.; Kim, S. H.; Lee, S. U.; Ha, G. H.; Kang, D. G.; Ha, N. Y.; Ahn, J. S.; Cho, H. Y.; Kang, S. J.; Lee, Y. J.; Hong, S. C.; Ha, W. S.; Bae, J. M.; Lee, C. W.; Kim, J. W. Electrophoresis 2002, 23, 4142-56.
137. Fountoulakis, M.; Suter, L. J. Chromatogr., B 2002, 782, 197-218.
138. Man, W. J.; White, I. R.; Bryant, D.; Bugelski, P.; Camilleri, P.; Cutler, P.; Heald, G.; Lord, P. G.; Wood, J.; Kramer, K. Proteomics 2002, 2, 1577-85.
139. Neumann, M.; von Bredow, C.; Ratjen, F.; Griese, M. Proteomics 2002, 2, 683-9.
140. Predic, J.; Soskic, V.; Bradley, D.; Godovac-Zimmermann, J. Biochemistry 2002, 41, 1070-8.
141. Malmstrom, J.; Larsen, K.; Hansson, L.; Lofdahl, C. G.; Norregard-Jensen, O.; Marko-Varga, G.; Westergren-Thorsson, G. Proteomics 2002, 2, 394-404.
142. Kanamoto, T.; Hellman, U.; Heldin, C. H.; Souchelnytskyi, S. EMBO J. 2002, 21, 1219-30.
143. Ostrowski, L. E.; Blackburn, K.; Radde, K. M.; Moyer, M. B.; Schlatzer, D. M.; Moseley, A.; Boucher, R. C. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 451-65.
144. Linnane, A. W.; Kopsidas, G.; Zhang, C.; Yarovaya, N.; Kovalenko, S.; Papakostopoulos, P.; Eastwood, H.; Graves, S.; Richardson, M. Free Radical Res. 2002, 36, 445-53.
145. Taurin, S.; Seyrantepe, V.; Orlov, S. N.; Tremblay, T. L.; Thibault, P.; Bennett, M. R.; Hamet, P.; Pshezhetsky, A. V. Circ. Res. 2002, 91, 915-22.
146. Isfort, R. J.; Wang, F.; Greis, K. D.; Sun, Y.; Keoungh, T. W.; Bodine, S. C.; Anderson, N. L. J., Chromatogr., B 2002, 769, 323-32.
147. Isfort, R. J.; Wang, F.; Greis, K. D.; Sun, Y.; Keough, T. W.; Farrar, R. P.; Bodine, S. C.; Anderson, N. L. Proteomics 2002, 2, 543-50.
148. Jones, M. B.; Krutzsch, H.; Shu, H.; Zhao, Y.; Liotta, L. A.; Kohn, E. C.; Petricoin, E. F., III. Proteomics 2002, 2, 76-84.
149. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature 2002, 419, 537-42.
150. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. K.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520-6.
151. Greenbaum, D. C.; Baruch, A.; Grainger, M.; Bozdech, Z.; Medzihradszky, K. F.; Engel, J.; DeRisi, J.; Holder, A. A.; Bogyo, M. Science 2002, 298, 2002-6.
152. Cohen, A. M.; Rumpel, K.; Coombs, G. H.; Wastling, J. M. Int. J. Parasitol. 2002, 32, 39-51.
153. Salekdeh, G. H.; Siopongco, J.; Wade, L. J.; Ghareyazie, B.; Bennett, J. Proteomics 2002, 2, 1131-45.
154. Koller, A.; Washburn, M. P.; Lange, B. M.; Andon, N. L.; Deciu, C.; Haynes, P. A.; Hays, L.; Schieltz, D.; Ulaszek, R.; Wei, J.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11969-74.
155. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-7.
156. Bardel, J.; Louwagie, M.; Jaquinod, M.; Jourdain, A.; Luche, S.; Rabilloud, T.; Macherel, D.; Garin, J.; Bourguignon, J. Proteomics 2002, 2, 880-98.
157. Mikami, S.; Kishimoto, T.; Hori, H.; Mitsui, T. Biosci. Biochnol. Biochem. 2002, 66, 1170-3.
158. Andon, N. L.; Hollingworth, S.; Koller, A.; Greenland, A. J.; Yates, J. R., III; Haynes, P. A. Proteomics 2002, 2, 1156-68.
159. Maltman, D. J.; Simon, W. J.; Wheeler, C. H.; Dunn, M. J.; Wait, R.; Slabas, A. R. Electrophoresis 2002, 23, 626-9.
160. Ferro, M.; Salvi, D.; Rivière-Rolland, H.; Vermat, T.; Seigneurin-Berny, D.; Grunwald, D.; Garin, J.; Joyard, J.; Rolland, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11487-92.
161. Chivasa, S.; Ndimba, B. K.; Simon, W. J.; Robertson, D.; Yu, X. L.; Knox, J. P.; Bolwell, P.; Slabas, A. R. Electrophoresis 2002, 23, 1754-65.
162. Fukao, Y.; Hayashi, M.; Nishimura, M. Plant Cell Physiol. 2002, 43, 689-96.
163. Ahram, M.; Best, C. J. M.; Flaig, M. J.; Gillespie, J. W.; Leiva, I. M.; Chuaqui, R. F.; Zhou, G.; Shu, H.; Duray, P. H.; Linehan, W. M.; Raffeld, M.; Ornstein, D. K.; Zhao, Y.; Petricoin, E. F., III; Emmert-Buck, M. R. Mol. Carcinog. 2002, 33, 9-15.
164. Meehan, K. L.; Holland, J. W.; Dawkins, H. J. Prostate 2002, 50, 54-63.
165. Rabilloud, T.; Strub, J.-M.; Carte, N.; Luche, S.; Dorsselaer, A. V.; Lunardi, J.; Giegé, R. Florentz, C. Biochemistry 2002, 41, 144-50.
166. Pflieger, D.; Le Caër, J.-P.; Lemaire, C.; Bernard, B. A.; Dujardin, G.; Rossier, J. Anal. Chem. 2002, 74, 2400-6.
167. Zhou, Z.; Licklider, L. J.; Gygi, S.; Reed, R. Nature 2002, 419, 182-5.
168. Rappsilber, J.; Ryder, U.; Lamond, A. I.; Mann, M. Genome Res. 2002, 12, 1231-45.
169. Pizarro-Cerda, J.; Jonquieres, R.; Gouin, E.; Vandekerckhove, J.; Garin, J.; Cossart, P. Cell. Microbiol. 2002, 4, 101-15.
170. Galeva, N.; Altermann, M. Proteomics 2002, 2, 713-22.
171. Low, T. Y.; Seow, T. K.; Chung, M. C. M. Proteomics 2002, 2, 1229-39.
172. Petricoin III, E. F.; Ornstein, D. K.; Paweletz, C. P.; Ardekani, A.; Hackett, P. S.; Hitt, B. A.; Velassco, A.; Trucco, C.; Wiegand, L.; Wood, K.; Simone, C. B.; Levine, P. J.; Linehan, W. M.; Emmert-Buck, M. R.; Steinberg, S. M.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A. J. Natl. Cancer Inst. 2002, 94, 1576-8.
173. Petricoin, E. F.; Ardekani, A. M.; Hitt, B. A.; Levine, P. J.; Fusaro, V. A.; Steinberg, S. M.; Mills, G. B.; Simone, C. B.; Fishman, D. A.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A. Lancet 2002, 359, 572-7.
174. Adam, B. L.; Qu, Y.; Davis, J. W.; Ward, M. D.; Clements, M. A.; Cazares, L. H.; Semmes, O. J.; Schellhammer, P. F.; Yasui, Y.; Feng, Z.; Wright, G. L. J. Cancer Res. 2002, 62, 3609-14.
175. Li, J.; Zhang, Z.; Rosenzweig, J.; Wang, Y. Y.; Chan, D. W. Clin. Chem. 2002, 48, 1296-304.
176. Paweletz, C. P.; Trock, B.; Pennanen, M.; Tsangaris, T.; Magnant, C.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F., III. 2001, 17, 301-7.
177. Rai, A. J.; Zhang, Z.; Rosenzweig, J.; Shih, I. E. M.; Pham, T.; Fung, E. T.; Sokoll, L. J.; Chan, D. W. Arch. Pathol. Lab. Med. 2002, 126, 1518-26.
178. Adkins, J. N.; Varnum, S. M.; Auberry, K. J.; Moore, R. J.; Angell, N. H.; Smith, R. D.; Springer, D. L.; Pounds, J. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 947-55.
179. Lee, S. J.; Evers, S.; Roeder, D.; Parlow, A. F.; Risteli, J.; Risteli, L.; Lee, Y. C.; Feizi, T.; Langen, H.; Nussenzweig, M. C. Science 2002, 295, 1898-901.
180. Smith, D. L.; Evans, C. A.; Pierce, A.; Gaskell, S. J.; Whetton, A. D. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 876-84.
181. Juan, H. F.; Lin, J. Y.; Chang, W. H.; Wu, C. Y.; Pan, T. L.; Tseng, M. J.; Khoo, K. H.; Chen, S. T. Electrophoresis 2002, 23, 2490-504.
182. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-51.
183. Sinz, A.; Bantscheff, M.; Mikkat, S.; Ringel, B.; Drynda, S.; Kekow, J.; Thiesen, H. J.; Glocker, M. O. Electrophoresis 2002, 23, 3445-56.
184. Pang, J. X.; Ginanni, N.; Dongre, A. R.; Hefta, S. A.; Opiteck, G. J. J. Proteome Res. 2002, 1, 161-9.
185. Thongboonkerd, V.; McLeish, K. R.; Arthur, J. M.; Klein, J. B. Kidney Int. 2002, 62, 1461-9.
186. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S.-L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Surensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W. V.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180-3.
187. Gavin, A.-C.; Bösche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A.-M.; Cruciat, C.-M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M.-A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-7.
188. Shevchenko, A.; Schaft, D.; Roguev, A.; Pim Pijnappel, W. W. M.; Stewart, A. F.; Shevchenko, A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 204-12.
189. Walsh, E. P.; Lamont, D. J.; Beattie, K. A.; Stark, M. J. R. Biochemistry 2002, 41, 2409-20.
190. Bécamel, C.; Alonso, G.; Galéotti, N.; Demey, E.; Jouin, P.; Ullmer, C.; Dumuis, A.; Bockaert, J.; Marin, P. EMBO J. 2002, 21, 2332-42.
191. Nelson, T. J.; Backlund, P. S.; Yergey, A. L.; Alkon, D. L. Mol. Cell, Proteomics 2002, 1, 253-9.
192. Jorgensen, P.; Nishikawa, J. L.; Breitkreutz, B. J.; Tyers, M. Science 2002, 297.
193. Wehrman, T.; Kleaveland, B.; Her, J.-H.; Bslint, R. F.; Blau, H. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 3469-74.
194. Eyckerman, S.; Verhee, A.; Van der Heyden, J.; Lemmens, I.; Van Ostade, X.; Vandekerckhove, J.; Tavemier, J. Nat. Cell. Biol. 2002, 3, 1114-9.
195. Mellor, J. C.; Yanai, I.; Clodfelter, K. H.; Mintseris, J.; DeLisi, C. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 306-9.
196. Walhout, A. J.; Reboul, J.; Shtanko, O.; Bertin, N.; Vaglio, P.; Ge, H.; Lee, H.; Doucette-Stamm, L.; Gunsalus, K. C.; Schetter, A. J.; Morton, D. G.; Kemphues, K. J.; Reinke, V.; Kim, S. K.; Piano, F.; Vidal, M. Curr. Biol. 2002, 12, 1952-8.
197. Bader, G. D.; Hogue, C. W. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 991-7.
198. Grindrod, P. Phys. Rev. 2002, 66, 1-7.
199. Winssinger, N.; Ficarro, S.; Schultz, P. G.; Harris, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1139-44.
200. Adam, G. C.; Sorensen, E. J.; Cravatt, B. F. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 828-35.
201. Fogh, R.; Ionides, J.; Ulrich, E.; Boucher, W.; Vranken, W.; Linge, J. P.; Habeck, M.; Rieping, W.; Bhat, T. N.; Westbrook, J.; Henrick, K.; Gilliland, G.; Berman, H.; Thornton, J.; Nilges, M.; Markley, J.; Laue, E. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 416-8.
202. Müller, A.; MacCallum, R. M.; Sternberg, J. E. Genome Res. 2002, 1625-41.
203. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 124, 672-8.
204. VerBerkmoes, N. C.; Bundy, J. L.; Hauser, L.; Asano, K. G.; Razumovskaya, J.; Larimer, F.; Hettich, R. L.; Stephenson, J. L. J. J. Proteome Res. 2002, 1, 239-52.