Biomarker discovery in urine by proteomics

Journal of Proteome Research

Volumn 1, Issue 2, 2002, Pages 161-169

  Pang, James X ^a   Ginanni, Nicole ^a   Dongre, Ashok R ^a   Hefta, Stanley A ^a   Opiteck, Gregory J ^a  

^a BRISTOL MYERS SQUIBB   (United States)

Author keywords

Biomarkers; Inflammation; LC LC; Proteome; SEQUEST; Urine

Indexed keywords

ALPHA2 GLYCOPROTEIN; AMYLASE; APOLIPOPROTEIN D; BENCE JONES PROTEIN; BINDING PROTEIN; BIOLOGICAL MARKER; CD14 ANTIGEN; CD59 ANTIGEN; CYSTATIN; EPIDERMAL GROWTH FACTOR; FIBRONECTIN; GALECTIN; GANGLIOSIDE GM2; IMMUNOGLOBULIN G; IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN; IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN; KERATIN; LITHOSTATHINE; MANNAN BINDING LECTIN; MYOSIN; OROSOMUCOID; PEPTIDE; PERLECAN; PROSTAGLANDIN SYNTHASE; PROTEIN; RAUWOLFIA ALKALOID; SERINE PROTEINASE; SERUM ALBUMIN; TAMM HORSFALL GLYCOPROTEIN; THROMBIN;

ADULT; ARTICLE; CAPILLARY CHROMATOGRAPHY; CASE REPORT; HUMAN; INFLAMMATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MALE; MASS SPECTROMETRY; PILONIDAL SINUS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEOMICS; SOLID PHASE EXTRACTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS; URINALYSIS;

ANIMALS; BIOLOGICAL MARKERS; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; HUMANS; OROSOMUCOID; PROTEOMICS; URINE;

RAUVOLFIA;

EID: 0036523738     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr015518w     Document Type: Article

References (47)

1. Lesko, L. J.; Atkinson, A. J., Jr. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2001, 41, 347-66.
2. Stein, J, P.; Grossfeld, G. D.; Ginsberg, D. A.; Esrig, D.; Freeman, J. A.; Figueroa, A. J.; Skinner, D. G.; Cote, R.J.J. Urol. 1998, 160, 645-59.
3. Balavoine, J. F.; de Rochemonteix, B.; Williamson, K.; Seckinger, P.; Cruchaud, A.; Dayer, J. M. J. Clin. Invest. 1986, 78, 1120-4.
4. Banks, R. E.; Porter, W. H.; Whelan, P.; Smith, P. H.; Selby, P. J. J. Clin. Pathol. 1995, 48, 179-80.
5. Marshall, T.; Williams, K. Electrophoresis 1996, 17, 1265-72.
6. Anderson, N. G.; Anderson, N. L.; Tollaksen, S. L. Clin. Chem. 1979, 25, 1199-210.
7. Celis, J. E., Ostergaardm, M. The Danish Biotechnology Programme; The Danish Cancer Society and The Danish Centre for Molecular Gerontology: 2001; Vol. 2001 (http://biosun.biobase.dk/cgi-bin/gel_launcher?Normal+urine+1+ (IEF)uurine_1).
8. Grover, P. K.; Resnick, M. I. Electrophoresis 1997, 18, 814-8.
9. Vlahou, A.; Schellhammer, P. F.; Mendrinos, S.; Patel, K.; Kondylis, F. I.; Gong, L.; Nasim, S.; Wright, G. L., Jr. Am. J. Pathol. 2001, 158, 1491-502.
10. Lammers, R. L.; Gibson, S.; Kovacs da, V.; Sears, W.; Strachan, G. Ann. Emerg. Med. 2001, 38, 505-12.
11. Schneider, I. H.; Thaler, K.; Kockerling, F. Int. J. Colorectal Dis. 1994, 9, 200-2.
12. Smith, P. K.; Krohn, R. I.; Hermanson, G. T.; Mallia, A. K.; Gartner, F. H.; Provenzano, M. D.; Fujimoto, E. K.; Goeke, N. M.; Olson, B. J.; Klenk, D. C. Anal. Biochem. 1985, 150, 76-85.
13. Barnidge, D. R.; Dratz, E. A.; Jesaitis, A. J.; Sunner, J. Anal. Biochem. 1999, 269, 1-9.
14. Shevchenko, A.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 850-8.
15. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-7.
16. Gatlin, C. L.; Eng, J. K.; Cross, S. T.; Detter, J. C.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2000, 72, 757-63.
17. Yates, J. R., III.; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426-36.
18. Dongre, A. R.; Opiteck, G. J.; Rios, C.; Friedrichs, M.; Hefta, S. A. Manuscript in preparation.
19. Persson, B. Exs 2000, 88, 215-31.
20. Ritchie, R. F.; Palomaki, G. E.; Neveux, L. M.; Navolotskaia, O.; Ledue, T. B.; Craig, W. Y. J. Clin. Lab Anal. 2000, 14, 284-92.
21. Schmidt, M. I.; Duncan, B. B.; Sharrett, A. R.; Lindberg, G.; Savage, P. J.; Offenbacher, S.; Azambuja, M. I.; Tracy, R. P.; Heiss, G. Lancet 1999, 353, 1649-52.
22. Ebrini, I.; Agnello, D.; Miller, I.; Villa, P.; Fratelli, M.; Ghezzi, P.; Gemeiner, M.; Chan, J.; Aebersold, R.; Gianazza, E. Electrophoresis 2000, 21, 2170-9.
23. Hak, A. E.; Pols, H. A.; Stehouwer, C. D.; Meijer, J.; Kiliaan, A. J.; Hofman, A.; Breteler, M. M.; Witteman, J. C. J. Clin. Endocrinol. Metab. 2001, 86, 4398-405.
24. SWISS-PROT; Swiss Institute of Bioinformatics and European Molecular Biology Laboratory, Release 01, July 1986; Vol. 2001.
25. Takamiya, A.; Takeda, M.; Yoshida, A.; Kiyama, H. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 2001, 42, 2427-33.
26. Platt, B.; Fiddler, G.; Riedel, G.; Henderson, Z. Brain Res. Bull. 2001, 55, 257-67.
27. Aloisi, F.; Borsellino, G.; Samoggia, P.; Testa, U.; Chelucci, C.; Russo, G.; Peschle, C.; Levi, G. J. Neurosci. Res. 1992, 32, 494-506.
28. Ueno, S.; Maruki, Y.; Nakamura, M.; Tomemori, Y.; Kamae, K.; Tanabe, H.; Yamashita, Y.; Matsuda, S.; Kaneko, S.; Sano, A. Nat. Genet. 2001, 28, 121-2.
29. Lyon, K. F. J. Vet. Dent. 1994, 11, 25-7.
30. Nockher, W. A.; Wick, M.; Pfister, H. W. J. Neuroimmunol. 1999, 101, 161-9.
31. Lapa e Silva, J. R.; Possebon da Silva, M. D.; Lefort, J.; Vargaftig, B. B. Toxicology 2000, 152, 31-5.
32. Dusetti, N. J.; Mallo, G. V.; Ortiz, E. M.; Keim, V.; Dagorn, J. C.; lovanna, J. L. Arch. Biochem. Biophys. 1996, 330, 129-32.
33. Mizuno, M.; Nishikawa, K.; Spiller, O. B.; Morgan, B. P.; Okada, N.; Okada, H.; Matsuo, S. Arthritis Rheum. 2001, 44, 2425-34.
34. Umeda, F.; Ono, Y.; Masakado, M.; Sekiguchi, N.; Yamauchi, T.; Hashimoto, T.; Nawata, H. Diabetes 1996, 45, S111-3.
35. Ono, Y.; Umeda, F.; Sekiguchi, N.; Hashimoto, T.; Masakado, M.; Nawata, H. J. Diabetes Complications 1998, 12, 252-8.
36. SWISS-PROT; Swiss Institute of Bioinformatics and the European Molecular Biology Laboratory, 2001; Vol. 1986.
37. Xu, S.; Venge, P. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1482, 298-307.
38. Mizutani, K.; Oka, N.; Akiguchi, I.; Satoi, H.; Kawasaki, T.; Kaji, R.; Kimura, J. Neuroreport 1999, 10, 703-6.
39. Tsai, C. Y.; Wu, T. H.; Sun, K. H.; Lin, W. M.; Yu, C. L. Ann. Rheum. Dis. 1992, 51, 168-72.
40. Romisch, J.; Krahl, U.; Hock, J.; Blaser, J.; Fricke, R.; Maasjosthusmann, U.; Tschesche, H. Haemostasis 1996, 26, 170-7.
41. Kida, D.; Yoneda, M.; Miyaura, S.; Ishimaru, T.; Yoshida, Y.; Ito, T.; Ishiguro, N.; Iwata, H.; Kimata, K. J. Rheumatol. 1999, 26, 1230-8.
42. Birn, H.; Fyfe, J. C.; Jacobsen, C.; Mounier, F.; Verroust, P. J.; Orskov, H.; Willnow, T. E.; Moestrup, S. K.; Christensen, E. I. J. Clin. Invest. 2000, 105, 1353-61.
43. del Mar Cabrera, M.; Valle, J.; Pajares, J. M.; Romero, I.; Zomeno, M.; Mate, J. Hepatogastroenterology 2001, 48, 1316-20.
44. Tizzani, A.; Casetta, G.; Piana, P.; Bellina, M.; Pecchio, F.; Aimo, G.; Adamo, R. Int. J. Biol. Markers 1987, 2, 184-6.
45. Sellar, G. C.; Steel, D. M.; Zafiropoulos, A.; Seery, L. T.; Whitehead, A. S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994, 200, 1521-8.
46. Hart, P. H. Immunol. Cell Biol. 2001, 79, 149-53.
47. Ishizaka, M.; Ohe, Y.; Senbongi, T.; Wakabayashi, K.; Ishikawa, K. Neuroreport 2001, 12, 1161-5.