Integrating "top-down" and "bottom-up" mass spectrometric approaches for proteomic analysis of Shewanella oneidensis

Journal of Proteome Research

Volumn 1, Issue 3, 2002, Pages 239-252

  VerBerkmoes, Nathan C ^a   Bundy, Jonathan L ^a,b   Hauser, Loren ^a   Asano, Keiji G ^a   Razumovskaya, Jane ^a   Larimer, Frank ^a   Hettich, Robert L ^a   Stephenson Jr , James L ^a,b  

^a OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b RTI INTERNATIONAL   (United States)

Author keywords

Database searching; Intact proteins; LC MS MS; Mass spectrometry; Microbial proteomics

Indexed keywords

PROTEOME;

ANALYTIC METHOD; ANION EXCHANGE; ARTICLE; BIOREMEDIATION; CELL LYSATE; CHEMICAL ANALYSIS; FOURIER TRANSFORMATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MEASUREMENT; MICROORGANISM; MOLECULAR WEIGHT; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN MODIFICATION; SHEWANELLA;

AMINO ACID SEQUENCE; BACTERIAL PROTEINS; CELL FRACTIONATION; CHROMATOGRAPHY; DATABASES, PROTEIN; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEOME; SEQUENCE ALIGNMENT; SHEWANELLA;

BACTERIA (MICROORGANISMS); SHEWANELLA; SHEWANELLA ONEIDENSIS;

EID: 0036589851     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr025508a     Document Type: Article

References (45)

1. Mann, M.; Hendrickson, R. C.; Pandey, A. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 437-473.
2. Gygi, S. P.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 489-494.
3. Shevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14440-14445.
4. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011-5015.
5. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Protein Sci. 1994, 3, 1347-1350.
6. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
7. Wilm, M.; Shevchenko, A.; Houthaeve, T.; Breit, S.; Schweigerer, L.; Fotsis, T.; Mann, M. Nature 1996, 379, 466-469.
8. Nordhoff, E.; Egelhofer, V.; Giavalisco, P.; Eickhoff, H.; Horn, M.; Przewieslik, T.; Theiss, D.; Schneider, U.; Lehrach, H.; Gobom, J. Electrophoresis 2001, 22, 2844-2855.
9. Lopez, M. F.; Kristal, B. S.; Chernokalskaya, E.; Lazarev, A.; Shestopalov, A. I.; Bogdanova, A.; Robinson, M. Electrophoresis 2000, 21, 3427-3240.
10. Hanash, S. M. Electrophoresis 2000, 21, 1202-1209.
11. Swiderek, K. M.; Davis, M. T.; Lee, T. D. Electrophoresis 1998, 19, 989-97.
12. Sechi, S.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1998, 70, 5150-5158.
13. Thiede, B.; Lamer, S.; Mattow, J.; Siejak, F.; Dimmler, C.; Rudel, T.; Jungblut, P. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 496-502.
14. Jeannot, M. A.; Zheng, J.; Li, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 512-520.
15. Bordini, E.; Hamdan, M.; Righetti, P. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 2209-2215.
16. Bonaventura, C.; Bonaventura, J.; Stevens, R.; Millington, D. Anal. Biochem. 1994, 222, 44-48.
17. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 1997, 69, 767-776.
18. Peng, J.; Gygi, S. P. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 1083-1091.
19. Smolka, M. B.; Zhou, H.; Purkayastha, S.; Aebersold, R. Anal. Biochem. 2001, 297, 25-31.
20. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
21. Spahr, C. S.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Robinson, J. H.; Bures, E. J.; Beierle, J.; Mort, J.; Courchesne, P. L.; Chen, K.; Wahl, R. C.; Yu, W.; Luethy, R.; Patterson, S. D. Proteomics 2001, 1, 93-107.
22. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
23. Davis, M. T.; Beierle, J.; Bures, E. T.; McGinley, M. D.; Mort, J.; Robinson, J. H.; Spahr, C. S.; Yu, W.; Luethy, R.; Patterson, S. D. J. Chromatogr. B 2001, 752, 281-291.
24. Wolters, D. A. W., M. P.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
25. Mortz, E.; O'Connor, P. B.; Roepstorff, P.; Kelleher, N. L.; Wood, T. D.; McLafferty, F. W.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8264-8267.
26. Kelleher, N. L.; Taylor, S. V.; Grannis, D.; Kinsland, C.; Chiu, H. J.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. Protein Sci. 1998, 7, 1796-1801.
27. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
28. Loo, R. R.; Cavalcoli, J. D.; VanBogelen, R. A.; Mitchell, C.; Loo, J. A.; Moldover, B.; Andrews, P. C. Anal. Chem. 2001, 73, 4063-4070.
29. Meng, F. Y.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952-957.
30. Venkateswaran, K.; Moser, D. P.; Dollhopf, M. E.; Lies, D. P.; Saffarini, D. A.; MacGregor, B. J.; Ringelberg, D. B.; White, D. C.; Nishijima, M.; Sano, H.; Burghardt, J.; Stackebrandt, E.; Nealson, K. H. Int. J. Syst. Bacteriol. 1999, 49, 705-724.
31. DiChristina, T. J.; Moore, C. M.; Haller, C. A. J. Bacteriol. 2002, 184, 142-151.
32. Glasauer, S.; Langley, S.; Beveridge, T. J. Science 2002, 295, 117-119.
33. Devreese, B.; Vanrobaeys, F.; Van Beeumen, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 50-6.
34. Thompson, D. K.; Beliaev, A. S.; Giometti, C. S.; Tollaksen, S. L.; Khare, T.; Lies, D. P.; Nealson, K. H.; Lim, H.; Yates, J. R., III; Brandt, C. C.; Tiedje, J. M.; Zhou, J. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 881-92.
35. Butt, A.; Davison, M. D.; Smith, G. J.; Young, J. A.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Proteomics 2001, 1, 42-53.
36. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
37. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., III. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
38. Melander, W. R.; el Rassi, Z.; Horvath, C. J. Chromatogr. 1989, 469, 3-27.
39. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
40. Nielsen, H.; Engelbrecht, J.; Brunak, S.; von Heijne, G. Int. J. Neural. Syst. 1997, 8, 581-599.
41. Leys, D.; Tsapin, A. S.; Nealson, K. H.; Meyer, T. E.; Cusanovich, M. A.; Van Beeumen, J. J. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 1113-1117.
42. Beliaev, A. S.; Saffarini, D. A.; McLaughlin, J. L.; Hunnicutt, D. Mol. Microbiol. 2001, 39, 722-730.
43. Tatusov, R. L.; Koonin, E. V.; Lipman, D. J. Science 1997, 278, 631-637.
44. Tatusov, R. L.; Natale, D. A.; Garkavtsev, I. V.; Tatusova, T. A.; Shankavaram, U. T.; Rao, B. S.; Kiryutin, B.; Galperin, M. Y.; Fedorova, N. D.; Koonin, E. V. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 22-28.
45. Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashima, S.; Nakaya, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 42-46.