Enrichment of integral membrane proteins for proteomic analysis using liquid chromatography-tandem mass spectrometry

Journal of Proteome Research

Volumn 1, Issue 4, 2002, Pages 351-360

  Blonder, Josip ^a   Goshe, Michael B ^a   Moore, Ronald J ^a   Pasa Tolic, Ljiljana ^a   Masselon, Christophe D ^a   Lipton, Mary S ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

Hydrophobic proteins; Mass spectrometry; Membrane proteins; Proteomics; Sample preparation

Indexed keywords

CARBONIC ACID; MEMBRANE PROTEIN; PROTEOME; SURFACTANT;

ALGORITHM; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CYTOPLASM; DEINOCOCCUS RADIODURANS; EXTRACTION; HYDROPHOBICITY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; NONHUMAN; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN DOMAIN; PROTEOMICS; SOLUBILIZATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; BACTERIAL PROTEINS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DEINOCOCCUS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; MASS SPECTROMETRY; MEMBRANE PROTEINS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEOME; TEMPERATURE;

DEINOCOCCUS RADIODURANS;

EID: 0036665518     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0255248     Document Type: Article

References (60)

1. Wallin, E.; von Heijne, G. Protein Sci. 1998, 7, 1029-1038.
2. Santoni, V.; Molloy, M.; Rabilloud, T. Electrophoresis 2000, 21, 1054-1070.
3. Cowan, S. W.; Schirmer, T.; Rummel, G.; Steiert, M.; Ghosh, R.; Pauptit, R. A.; Jansonius, J. N.; Rosenbusch, J. P. Nature 1992, 358, 727-733.
4. Schirmer, T. J. Struct. Biol. 1998, 121, 101-109.
5. Molloy, M. P.; Herbert, B. R.; Slade, M. B.; Rabilloud, T.; Nouwens, A. S.; Williams, K. L.; Gooley, A. A. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 2871-2881.
6. Nouwens, A. S.; Cordwell, S. J.; Larsen, M. R.; Molloy, M. P.; Gillings, M.; Willcox, M. D. P.; Walsh, B. J. Electrophoresis 2000, 21, 3797-3809.
7. Wilkins, M. R.; Gasteiger, E.; Sanchez, J. C.; Bairoch, A.; Hochstrasser, D. F. Electrophoresis 1998, 19, 1501-1505.
8. Molloy, M. P. Anal. Biochem. 2000, 280, 1-10.
9. Rabilloud, T. Electrophoresis 1996, 17, 813-829.
10. Santoni, V.; Kieffer, S.; Desclaux, D.; Masson, F.; Rabilloud, T. Electrophoresis 2000, 21, 3329-3344.
11. Molloy, M. P.; Herbert, B. R.; Williams, K. L.; Gooley, A. A. Electrophoresis 1999, 20, 701-704.
12. Barnidge, D. R.; Dratz, E. A.; Jesaitis, A. J.; Sunner, J. Anal. Biochem. 1999, 269, 1-9.
13. Loo, R. R. O.; Dales, N.; Andrews, P. C. Protein Sci. 1994, 3, 1975-1983.
14. Rosinke, B.; Strupat, K.; Hillenkamp, F.; Rosenbusch, J.; Dencher, N.; Kruger, U.; Galla, H. J. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 1462-1468.
15. Buttner, K.; Bernhardt, J.; Scharf, C.; Schmid, R.; Mader, U.; Eymann, C.; Antelmann, H.; Volker, A.; Volker, U.; Hecker, M. Electrophoresis 2001, 22, 2908-2935.
16. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132.
17. Nakai, K.; Horton, P. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 34-35.
18. Smith, P. K.; Krohn, R. I.; Hermanson, G. T.; Mallia, A. K.; Gartner, F. H.; Provenzano, M. D.; Fujimoto, E. K.; Goeke, N. M.; Olson, B. J.; Klenk, D. C. Anal. Biochem. 1985, 150, 76-85.
19. Fujiki, Y.; Hubbard, A. L.; Fowler, S.; Lazarow, P. B. J. Cell Biol. 1982, 93, 97-102.
20. Park, Z. Y.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2001, 73, 2558-2564.
21. Russell, W. K.; Park, Z. Y.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2001, 73, 2682-2685.
22. Shen, Y. F.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Tang, K. Q.; Pasa-Tolic, L.; Veenstra, T. D.; Lipton, M. S.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 1766-1775.
23. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
24. Klein, P.; Kanehisa, M.; Delisi, C. Biochim. Biophys. Acta 1985, 815, 468-476.
25. Yamaguchi, K.; Yu, F.; Inouye, M. Cell 1988, 53, 423-432.
26. von Heijne, G. Protein Eng. 1989, 2, 531-534.
27. Boyd, D.; Schierle, C.; Beckwith, J. Protein Sci. 1998, 7, 201-205.
28. Krogh, A.; Larsson, B.; von Heijne, G.; Sonnhammer, E. L. L. J. Mol. Biol. 2001, 305, 567-580.
29. Lancy, P., Jr.; Murray, R., G., E. Can. J. Microbiol. 1978, 162-176.
30. Hagerhall, C. Biochim. Biophys. Acta-Bioenerg. 1997, 1320, 107-141.
31. Vibat, C. R. T.; Cecchini, G.; Nakamura, K.; Kita, K.; Gennis, R. B. Biochemistry 1998, 37, 4148-4159.
32. Iwata, S.; Ostermeier, C.; Ludwig, B.; Michel, H. Nature 1995, 376, 660-669.
33. Iwata, S. J. Biochem. (Tokyo) 1998, 123, 369-375.
34. White, O.; Eisen, J. A.; Heidelberg, J. F.; Hickey, E. K.; Peterson, J. D.; Dodson, R. J.; Haft, D. H.; Gwinn, M. L.; Nelson, W. C.; Richardson, D. L.; Moffat, K. S.; Qin, H. Y.; Jiang, L. X.; Pamphile, W.; Crosby, M.; Shen, M.; Vamathevan, J. J.; Lam, P.; McDonald, L.; Utterback, T.; Zalewski, C.; Makarova, K. S.; Aravind, L.; Daly, M. J.; Minton, K. W.; Fleischmann, R. D.; Ketchum, K. A.; Nelson, K. E.; Salzberg, S.; Smith, H. O.; Venter, J. C.; Fraser, C. M. Science 1999, 286, 1571-1577.
35. Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Udseth, H. R.; Harkewicz, R.; Belov, M. E.; Masselon, C.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2001, 22, 1652-1668.
36. Battista, J. R. Annu. Rev. Microbiol. 1997, 51, 203-224.
37. Daly, M. J. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 280-285.
38. Issaq, H. J. Electrophoresis 2001, 22, 3629-3638.
39. Watarai, H.; Inagaki, Y.; Kubota, N.; Fuju, K.; Nagafune, J.; Yamaguchi, Y.; Kadoya, T. Electrophoresis 2000, 21, 460-464.
40. Qi, S. Y.; Moir, A.; Oconnor, D. J. Bacteriol. 1996, 178, 5032-5038.
41. Langen, H.; Takacs, B.; Evers, S.; Berndt, P.; Lahm, H. W.; Wipf, B.; Gray, C.; Fountoulakis, M. Electrophoresis 2000, 21, 411-429.
42. Rosenkrands, I.; King, A.; Weldingh, K.; Moniatte, M.; Moertz, E.; Andersen, P. Electrophoresis 2000, 21, 3740-3756.
43. Regula, J. T.; Ueberle, B.; Boguth, G.; Gorg, A.; Schnolzer, M.; Herrmann, R.; Frank, R. Electrophoresis 2000, 21, 3765-3780.
44. Bumann, D.; Meyer, T. F.; Jungblut, P. R. Proteomics 2001, 1, 473-479.
45. Phadke, N. D.; Molloy, M. P.; Steinhoff, S. A.; Ulintz, P. J.; Andrews, P. C.; Maddock, J. R. Proteomics 2001, 1, 705-720.
46. Molloy, M. P.; Phadke, N. D.; Maddock, J. R.; Andrews, P. C. Electrophoresis 2001, 22, 1686-1696.
47. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat Biotechnol 2001, 19, 946-951.
48. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
49. Rowe, E. S.; Zhang, F.; Leung, T. W.; Parr, J. S.; Guy, P. T. Biochemistry 1998, 37, 2430-2440.
50. Westh, P.; Trandum, C. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1421, 261-272.
51. Fink, A. L.; Painter, B. Biochemistry 1987, 26, 1665-1671.
52. Welinder, K. G. Anal. Biochem. 1988, 174, 54-64.
53. Zaks, A.; Klibanov, A. M. J. Biol. Chem. 1988, 263, 3194-3201.
54. Schmitke, J. L.; Stern, L. J.; Klibanov, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12918-12923.
55. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
56. Conrads, T. P.; Alving, K.; Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2132-2139.
57. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
58. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
59. Goshe, M. B.; Conrads, T. P.; Panisko, E. A.; Angell, N. H.; Veenstra, T. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2578-2586.
60. Goshe, M. B.; Veenstra, T. D.; Panisko, E. A.; Conrads, T. P.; Angell, N. H.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 607-616.