Genome-wide metabolic model to improve understanding of CD4+ T cell metabolism, immunometabolism and application in drug design

Molecular BioSystems

Volumn 12, Issue 2, 2016, Pages 431-443

  Han, Feifei ^a,b   Li, Gonghua ^a   Dai, Shaoxing ^a   Huang, Jingfei ^a,c,d  

^a KUNMING INSTITUTE OF ZOOLOGY   (China)

^b UNIVERSITY OF CHINESE ACADEMY OF SCIENCES   (China)

^c SOOCHOW UNIVERSITY   (China)

^d The Collaborative Innovation Center of Yunnan Natural Products and Biological Pharmacy   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

IMMUNOLOGIC FACTOR; TRANSCRIPTOME;

ADAPTIVE IMMUNITY; BIOLOGICAL MODEL; CD4+ T LYMPHOCYTE; CELL CULTURE; DRUG DESIGN; DRUG EFFECTS; HUMAN; IMMUNOLOGY; METABOLISM;

ADAPTIVE IMMUNITY; CD4-POSITIVE T-LYMPHOCYTES; CELLS, CULTURED; DRUG DESIGN; HUMANS; IMMUNOLOGIC FACTORS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, BIOLOGICAL; TRANSCRIPTOME;

EID: 84956525141     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5mb00480b     Document Type: Article

References (74)

1. G. Mazzoccoli S. Carughi M. Sperandeo V. Pazienza F. Giuliani A. Greco J. Biol. Regul. Homeostatic Agents 2011 25 405 416
2. K. N. Pollizzi J. D. Powell Nat. Rev. Immunol. 2014 14 435 446
3. T. N. Schumacher C. Gerlach J. W. van Heijst Nat. Rev. Immunol. 2010 10 621 631
4. J. J. O'Shea W. E. Paul Science 2010 327 1098 1102
5. D. O'Sullivan E. L. Pearce Trends Immunol. 2015 36 71 80
6. R. Wang D. R. Green Nat. Immunol. 2012 13 907 915
7. N. J. MacIver R. D. Michalek J. C. Rathmell Annu. Rev. Immunol. 2013 31 259 283
8. E. L. Pearce E. J. Pearce Immunity 2013 38 633 643
9. R. Wang D. R. Green F1000 Biology Reports 2012 4 9
10. S. J. Bensinger H. R. Christofk Semin. Cell Dev. Biol. 2012 23 352 361
11. M. G. Vander Heiden L. C. Cantley C. B. Thompson Science 2009 324 1029 1033
12. I. Samudio M. Fiegl M. Andreeff Cancer Res. 2009 69 2163 2166
13. Y. Zheng G. M. Delgoffe C. F. Meyer W. Chan J. D. Powell J. Immunol. 2009 183 6095 6101
14. I. Chepelev G. Wei Q. Tang K. Zhao Nucleic Acids Res. 2009 37 e106
15. C. Trapnell L. Pachter S. L. Salzberg Bioinformatics 2009 25 1105 1111
16. P. De Wit M. H. Pespeni J. T. Ladner D. J. Barshis F. Seneca H. Jaris N. O. Therkildsen M. Morikawa S. R. Palumbi Mol. Ecol. Resour. 2012 12 1058 1067
17. V. Law C. Knox Y. Djoumbou T. Jewison A. C. Guo Y. Liu A. Maciejewski D. Arndt M. Wilson V. Neveu A. Tang G. Gabriel C. Ly S. Adamjee Z. T. Dame B. Han Y. Zhou D. S. Wishart Nucleic Acids Res. 2014 42 D1091 D1097
18. M. Kuhn M. Campillos I. Letunic L. J. Jensen P. Bork Mol. Syst. Biol. 2010 6 343
19. I. Thiele N. Swainston R. M. Fleming A. Hoppe S. Sahoo M. K. Aurich H. Haraldsdottir M. L. Mo O. Rolfsson M. D. Stobbe S. G. Thorleifsson R. Agren C. Bolling S. Bordel A. K. Chavali P. Dobson W. B. Dunn L. Endler D. Hala M. Hucka D. Hull D. Jameson N. Jamshidi J. J. Jonsson N. Juty S. Keating I. Nookaew N. Le Novere N. Malys A. Mazein J. A. Papin N. D. Price E. Selkov Sr. M. I. Sigurdsson E. Simeonidis N. Sonnenschein K. Smallbone A. Sorokin J. H. van Beek D. Weichart I. Goryanin J. Nielsen H. V. Westerhoff D. B. Kell P. Mendes B. O. Palsson Nat. Biotechnol. 2013 31 419 425
20. N. C. Duarte S. A. Becker N. Jamshidi I. Thiele M. L. Mo T. D. Vo R. Srivas B. O. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1777 1782
21. J. Schellenberger J. O. Park T. M. Conrad B. O. Palsson BMC Bioinf. 2010 11 213
22. M. Uhlen L. Fagerberg B. M. Hallstrom C. Lindskog P. Oksvold A. Mardinoglu A. Sivertsson C. Kampf E. Sjostedt A. Asplund I. Olsson K. Edlund E. Lundberg S. Navani C. A. Szigyarto J. Odeberg D. Djureinovic J. O. Takanen S. Hober T. Alm P. H. Edqvist H. Berling H. Tegel J. Mulder J. Rockberg P. Nilsson J. M. Schwenk M. Hamsten K. von Feilitzen M. Forsberg L. Persson F. Johansson M. Zwahlen G. von Heijne J. Nielsen F. Ponten Science 2015 347 1260419
23. M. Uhlen P. Oksvold L. Fagerberg E. Lundberg K. Jonasson M. Forsberg M. Zwahlen C. Kampf K. Wester S. Hober H. Wernerus L. Bjorling F. Ponten Nat. Biotechnol. 2010 28 1248 1250
24. A. I. Su T. Wiltshire S. Batalov H. Lapp K. A. Ching D. Block J. Zhang R. Soden M. Hayakawa G. Kreiman M. P. Cooke J. R. Walker J. B. Hogenesch Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6062 6067
25. S. A. Becker B. O. Palsson PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000082
26. J. Schellenberger R. Que R. M. Fleming I. Thiele J. D. Orth A. M. Feist D. C. Zielinski A. Bordbar N. E. Lewis S. Rahmanian J. Kang D. R. Hyduke B. O. Palsson Nat. Protoc. 2011 6 1290 1307
27. A. Bordbar N. E. Lewis J. Schellenberger B. O. Palsson N. Jamshidi Mol. Syst. Biol. 2010 6 422
28. K. Breuer A. K. Foroushani M. R. Laird C. Chen A. Sribnaia R. Lo G. L. Winsor R. E. W. Hancock F. S. L. Brinkman D. J. Lynn Nucleic Acids Res. 2013 41 D1228 D1233
29. S. Bhattacharya S. Andorf L. Gomes P. Dunn H. Schaefer J. Pontius P. Berger V. Desborough T. Smith J. Campbell E. Thomson R. Monteiro P. Guimaraes B. Walters J. Wiser A. J. Butte Immunol. Res. 2014 58 234 239
30. J. D. Orth I. Thiele B. O. Palsson Nat. Biotechnol. 2010 28 245 248
31. J. M. Toung M. Morley M. Li V. G. Cheung Genome Res. 2011 21 991 998
32. A. Bordbar N. E. Lewis J. Schellenberger B. O. Palsson N. Jamshidi Mol. Syst. Biol. 2010 6 422
33. A. Mardinoglu R. Agren C. Kampf A. Asplund I. Nookaew P. Jacobson A. J. Walley P. Froguel L. M. Carlsson M. Uhlen J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2013 9 649
34. V. A. Gerriets J. C. Rathmell Trends Immunol. 2012 33 168 173
35. W. H. Koppenol P. L. Bounds C. V. Dang Nat. Rev. Cancer 2011 11 325 337
36. K. A. Frauwirth J. L. Riley M. H. Harris R. V. Parry J. C. Rathmell D. R. Plas R. L. Elstrom C. H. June C. B. Thompson Immunity 2002 16 769 777
37. A. N. Macintyre V. A. Gerriets A. G. Nichols R. D. Michalek M. C. Rudolph D. Deoliveira S. M. Anderson E. D. Abel B. J. Chen L. P. Hale J. C. Rathmell Cell Metab. 2014 20 61 72
38. T. Eleftheriadis G. Pissas A. Karioti G. Antoniadi N. Antoniadis V. Liakopoulos I. Stefanidis J. Basic Clin. Physiol. Pharmacol. 2013 24 271 276
39. L. Berod C. Friedrich A. Nandan J. Freitag S. Hagemann K. Harmrolfs A. Sandouk C. Hesse C. N. Castro H. Bahres S. K. Tschirner N. Gorinski M. Gohmert C. T. Mayer J. Huehn E. Ponimaskin W. R. Abraham R. Muller M. Lochner T. Sparwasser Nat. Med. 2014 20 1327 1333
40. M. S. Ardawi Metabolism 1988 37 99 103
41. E. L. Carr A. Kelman G. S. Wu R. Gopaul E. Senkevitch A. Aghvanyan A. M. Turay K. A. Frauwirth J. Immunol. 2010 185 1037 1044
42. L. V. Sinclair J. Rolf E. Emslie Y. B. Shi P. M. Taylor D. A. Cantrell Nat. Immunol. 2013 14 500 508
43. R. Stern A. A. Asari K. N. Sugahara Eur. J. Cell Biol. 2006 85 699 715
44. P. L. Bollyky J. D. Lord S. A. Masewicz S. P. Evanko J. H. Buckner T. N. Wight G. T. Nepom J. Immunol. 2007 179 744 747
45. A. J. Day C. A. de la Motte Trends Immunol. 2005 26 637 643
46. M. Schlemmer U. Suchner B. Schapers E. M. Duerr B. Alteheld T. Zwingers P. Stehle H. G. Zimmer Clin. Nutr. 2015 10.1016/j.clnu.2014.12.021
47. V. F. Cruzat M. M. Rogero J. Tirapegui Cell Biochem. Funct. 2010 28 24 30
48. K. D. Singleton P. E. Wischmeyer Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008 373 445 449
49. H. M. Ko N. I. Kang Y. S. Kim Y. M. Lee Z. W. Jin Y. J. Jung S. Y. Im J. H. Kim Y. H. Shin B. H. Cho H. K. Lee Clin. Exp. Allergy 2008 38 357 364
50. C. Varol I. Zvibel L. Spektor F. D. Mantelmacher M. Vugman T. Thurm M. Khatib E. Elmaliah Z. Halpern S. Fishman J. Immunol. 2014 193 4002 4009
51. D. B. Ballak R. Stienstra A. Hijmans L. A. Joosten M. G. Netea C. J. Tack Cytokine 2013 62 96 103
52. S. E. Shoelson A. B. Goldfine Nat. Med. 2009 15 373 374
53. J. Lee M. C. Walsh K. L. Hoehn D. E. James E. J. Wherry Y. Choi J. Immunol. 2014 192 3190 3199
54. M. Lochner L. Berod T. Sparwasser Trends Immunol. 2015 36 81 91
55. M. I. Malandrino R. Fucho M. Weber M. Calderon-Dominguez J. F. Mir L. Valcarcel X. Escote M. Gomez-Serrano B. Peral L. Salvado S. Fernandez-Veledo N. Casals M. Vazquez-Carrera F. Villarroya J. J. Vendrell D. Serra L. Herrero Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2015 308 E756 E769
56. M. Schrader H. D. Fahimi Biochim. Biophys. Acta 2006 1763 1755 1766
57. J. A. Hollenbaugh J. Munger B. Kim Virology 2011 415 153 159
58. L. J. Sitole A. A. Williams D. Meyer Mol. BioSyst. 2013 9 18 28
59. E. W. Taylor Toxicology 2010 278 124 130
60. S. T. Chang P. Sova X. Peng J. Weiss G. L. Law R. E. Palermo M. G. Katze mBio 2011 2 e00134
61. L. Jerby T. Shlomi E. Ruppin Mol. Syst. Biol. 2010 6 401
62. Y. Zhao J. Huang Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011 415 450 454
63. A.-D. Zhang S.-X. Dai J.-F. Huang BioMed Res. Int. 2013 2013 187509
64. F. Molinari M. Frattini Front. Oncol. 2013 3 326
65. S. Phin M. W. Moore P. D. Cotter Front. Oncol. 2013 3 240
66. T. D. Bunney M. Katan Nat. Rev. Cancer 2010 10 342 352
67. N. Chalhoub S. J. Baker Annu. Rev. Pathol. 2009 4 127 150
68. G. P. Lobo K. A. Waite S. M. Planchon T. Romigh J. A. Houghton C. Eng Hum. Mol. Genet. 2008 17 2877 2885
69. R. D. Michalek V. A. Gerriets S. R. Jacobs A. N. Macintyre N. J. MacIver E. F. Mason S. A. Sullivan A. G. Nichols J. C. Rathmell J. Immunol. 2011 186 3299 3303
70. M. Peyrou L. Bourgoin A. L. Poher J. Altirriba C. Maeder A. Caillon M. Fournier X. Montet F. Rohner-Jeanrenaud M. Foti J. Hepatol. 2015 62 421 429
71. S. Shrestha K. Yang C. Guy P. Vogel G. Neale H. Chi Nat. Immunol. 2015 16 178 187
72. C. Gille C. Bolling A. Hoppe S. Bulik S. Hoffmann K. Hubner A. Karlstadt R. Ganeshan M. Konig K. Rother M. Weidlich J. Behre H. G. Holzhutter Mol. Syst. Biol. 2010 6 411
73. O. J. Oyeyemi O. Davies D. L. Robertson J. M. Schwartz Bioinformatics 2015 31 1075 1083
74. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. B 1995 57 289 300