Metabolomics method to comprehensively analyze amino acids in different domains

Analyst

Volumn 140, Issue 8, 2015, Pages 2726-2734

  Gu, Haiwei ^a,b   Du, Jianhai ^c   Carnevale Neto, Fausto ^a,d   Carroll, Patrick A ^e   Turner, Sally J ^c   Chiorean, E Gabriela ^a,f   Eisenman, Robert N ^e   Raftery, Daniel ^a,e  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^b EAST CHINA UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

^c UNIVERSITY OF WASHINGTON SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^d SÃO PAULO STATE UNIVERSITY UNESP   (Brazil)

^e USA   (United States)

^f INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID;

ADOLESCENT; ADULT; AGED; FEMALE; HUMAN; MALE; METABOLOMICS; MIDDLE AGED; PROCEDURES; TUMOR CELL LINE; VERY ELDERLY; YOUNG ADULT;

ADOLESCENT; ADULT; AGED; AGED, 80 AND OVER; AMINO ACIDS; CELL LINE, TUMOR; FEMALE; HUMANS; MALE; METABOLOMICS; MIDDLE AGED; YOUNG ADULT;

EID: 84952877498     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4an02386b     Document Type: Article

References (52)

1. H. Gu G. A. N. Gowda D. Raftery Future Oncol. 2012 8 1207 1210
2. G. A. N. Gowda S. C. Zhang H. W. Gu V. Asiago N. Shanaiah D. Raftery Expert Rev. Mol. Diagn. 2008 8 617 633
3. A. Scalbert L. Brennan O. Fiehn T. Hankemeier B. S. Kristal B. van Ommen E. Pujos-Guillot E. Verheij D. Wishart S. Wopereis Metabolomics 2009 5 435 458
4. J. K. Nicholson E. Holmes J. M. Kinross A. W. Darzi Z. Takats J. C. Lindon Nature 2012 491 384 392
5. T. W. M. Fan A. N. Lane J. Biomol. NMR 2011 49 267 280
6. M. L. Reaves J. D. Rabinowitz Curr. Opin. Biotechnol. 2011 22 17 25
7. J. R. Bain R. D. Stevens B. R. Wenner O. Ilkayeva D. M. Muoio C. B. Newgard Diabetes 2009 58 2429 2443
8. O. Yanes R. Tautenhahn G. J. Patti G. Siuzdak Anal. Chem. 2011 83 2152 2161
9. O. Warburg Science 1956 123 309 314
10. M. G. V. Heiden L. C. Cantley C. B. Thompson Science 2009 324 1029 1033
11. J. Kim C. V. Dang Cancer Res. 2006 66 8927 8930
12. I. Samudio M. Fiegl M. Andreeff Cancer Res. 2009 69 2163 2166
13. D. M. Hockenbery Environ. Mol. Mutagen 2010 51 476 489
14. R. J. DeBerardinis A. Mancuso E. Daikhin I. Nissim M. Yudkoff S. Wehrli C. B. Thompson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 19345 19350
15. D. R. Wise R. J. DeBerardinis A. Mancuso N. Sayed X. Y. Zhang H. K. Pfeiffer I. Nissim E. Daikhin M. Yudkoff S. B. McMahon C. B. Thompson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18782 18787
16. M. Jain R. Nilsson S. Sharma N. Madhusudhan T. Kitami A. L. Souza R. Kafri M. W. Kirschner C. B. Clish V. K. Mootha Science 2012 336 1040 1044
17. Y. Miyagi M. Higashiyama A. Gochi M. Akaike T. Ishikawa T. Miura N. Saruki E. Bando H. Kimura F. Imamura M. Moriyama I. Ikeda A. Chiba F. Oshita A. Imaizumi H. Yamamoto H. Miyano K. Horimoto O. Tochikubo T. Mitsushima M. Yamakado N. Okamoto PLoS One 2011 6 e24143
18. V. M. Asiago L. Z. Alvarado N. Shanaiah G. A. N. Gowda K. Owusu-Sarfo R. A. Ballas D. Raftery Cancer Res. 2010 70 8309 8318
19. Z. Cai J. S. Zhao J. J. Li D. N. Peng X. Y. Wang T. L. Chen Y. P. Qiu P. P. Chen W. J. Li L. Y. Xu E. M. Li J. P. M. Tam R. Z. Qi W. Jia D. Xie Mol. Cell. Proteomics 2010 9 2617 2628
20. J. Casado-Vela A. Cebrian M. T. G. del Pulgar J. C. Lacal Clin. Transl. Oncol. 2011 13 617 628
21. C. V. Dang Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 2011 76 369 374
22. E. J. Sloan D. E. Ayer Genes Cancer 2010 1 587 596
23. J. M. O'Shea D. E. Ayer Cold Spring Harbor Perspect. Med. 2013 3 a014258
24. P. A. Carroll, D. Diolaiti, L. McFerrin, H. Gu, D. Djukovic, J. Du, P. F. Cheng, S. Anderson, M. Ulrich, J. B. Hurley, D. Raftery, D. E. Ayer and R. N. Eisenman, Cancer Cell 2015 27 271 285
25. A. B. Leichtle J. M. Nuoffer U. Ceglarek J. Kase T. Conrad H. Witzigmann J. Thiery G. M. Fiedler Metabolomics 2012 8 643 653
26. J. Ma E. Giovannucci M. Pollak A. Leavitt Y. Z. Tao J. M. Gaziano M. J. Stampfer J. Natl. Cancer Inst. 2004 96 546 553
27. S. Nishiumi T. Kobayashi A. Ikeda T. Yoshie M. Kibi Y. Izumi T. Okuno N. Hayashi S. Kawano T. Takenawa T. Azuma M. Yoshida PLoS One 2012 7 e40459
28. N. Okamoto Y. Miyagi A. Chiba M. Akaike M. Shiozawa A. Imaizumi H. Yamamoto T. Ando M. Yamakado O. Tochikubo Int. J. Med. Sci. 2009 1 1 8
29. M. Y. Park T. Hastie J. R. Stat. Soc. Ser. B Stat. Methodol. 2007 69 659 677
30. M. H. Chen D. K. Dey J. Stat. Plann. Inference 2003 111 37 55
31. Z. Bursac C. H. Gauss D. K. Williams D. W. Hosmer Source Code Biol. Med. 2008 3 17
32. A. Kiezun I.-T. A. Lee N. Shomron Bioinformation 2009 3 311 313
33. T. A. Murphy C. V. Dang J. D. Young Metab. Eng. 2013 15 206 217
34. C. u. M. Rocha J. Carrola A. n. S. Barros A. M. Gil B. J. Goodfellow I. M. Carreira J. o. Bernardo A. Gomes V. Sousa L. Carvalho I. F. Duarte J. Proteome Res. 2011 10 4314 4324
35. S. Wei Y. Suryani G. A. N. Gowda N. Skill M. Maluccio D. Raftery Metabolites 2012 2 701 716
36. D. O'Dwyer L. D. Ralton A. O'Shea G. I. Murray PLoS One 2011 6 e27718
37. H. Randhawa S. Chikara D. Gehring T. Yildirim J. Menon K. M. Reindl BMC Cancer 2013 13 321
38. P. R. Nambiar R. R. Gupta V. Misra Mutat. Res., Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2010 693 3 18
39. S. D. Markowitz M. M. Bertagnolli N. Engl. J. Med. 2009 361 2449 2460
40. E. R. Fearon B. Vogelstein Cell 1990 61 759 767
41. A. E. Noffsinger Annu. Rev. Pathol.:Mech. Dis 2009 4 343 364
42. B. B. Tan Y. P. Qiu X. Zou T. L. Chen G. X. Xie Y. Cheng T. T. Dong L. J. Zhao B. Feng X. F. Hu L. X. Xu A. H. Zhao M. H. Zhang G. X. Cai S. J. Cai Z. X. Zhou M. H. Zheng Y. Zhang W. Jia J. Proteome Res. 2013 12 3000 3009
43. J. Zhu D. Djukovic L. Deng H. Gu F. Himmati E. G. Chiorean D. Raftery J. Proteome Res. 2014 13 4120 4130
44. D. Heber L. O. Byerly R. T. Chlebowski Cancer 1985 55 225 229
45. S. E. Ong B. Blagoev I. Kratchmarova D. B. Kristensen H. Steen A. Pandey M. Mann Mol. Cell. Proteomics 2002 1 376 386
46. M. Mann Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006 7 952 958
47. F. Schmidt M. Strozynski S. S. Salus H. Nilsen B. Thiede Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007 21 3919 3926
48. J. M. Pratt J. Petty I. Riba-Garcia D. H. L. Robertson S. J. Gaskell S. G. Oliver R. J. Beynon Mol. Cell. Proteomics 2002 1 579 591
49. A. Marimuthu Y. Subbannayya N. A. Sahasrabuddhe L. Balakrishnan N. Syed N. R. Sekhar T. V. Katte S. M. Pinto S. M. Srikanth P. Kumar H. Pawar M. K. Kashyap J. Maharudraiah H. Ashktorab D. T. Smoot G. Ramaswamy R. V. Kumar Y. L. Cheng S. J. Meltzer J. C. Roa R. Chaerkady T. S. K. Prasad H. C. Harsha A. Chatterjee A. Pandey Proteomics: Clin. Appl. 2013 7 355 366
50. M. Fountoulakis H. W. Lahm J. Chromatogr. A 1998 826 109 134
51. E. J. Robel A. B. Cranea Anal. Biochem. 1972 48 233 246
52. A. N. Lane T. W. M. Fan M. Bousamra R. M. Higashi J. Yan D. M. Miller OMICS: J. Integr. Biol. 2011 15 173 182