Mass spectrometry of modified RNAs: Recent developments

Analyst

Volumn 141, Issue 1, 2016, Pages 16-23

  Wetzel, Collin ^a   Limbach, Patrick A ^a  

^a UNIVERSITY OF CINCINNATI   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEOSIDE; RNA;

CHEMISTRY; DEVICES; MASS SPECTROMETRY; PROCEDURES;

MASS SPECTROMETRY; NUCLEOSIDES; RNA;

EID: 84949995164     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5an01797a     Document Type: Review

References (82)

1. T. Carell C. Brandmayr A. Hienzsch M. Müller D. Pearson V. Reiter I. Thoma P. Thumbs M. Wagner Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 7110 7131
2. M. Helm J. D. Alfonzo Chem. Biol. 2014 21 174 185
3. I. Moukadiri M. J. Garzon G. R. Bjork M. E. Armengod Nucleic Acids Res. 2013 42 2602 2623
4. P. C. Thiaville D. Iwata-Reuyl V. de Crécy-Lagard RNA Biol. 2014 11 1529 1538
5. R. J. L. Giegé, in DNA and RNA modification enzymes: comparative structure, mechanism, functions, cellular interactions and evolution, ed., H. Grosjean, Landes Bioscience, Austin, TX, 2009, p. 18
6. W. A. Cantara P. F. Crain J. Rozenski J. A. McCloskey K. A. Harris X. Zhang F. A. P. Vendeix D. Fabris P. F. Agris Nucleic Acids Res. 2011 39 D195 D201
7. M. Machnicka K. Milanowska O. Osman E. Purta M. Kurkowska A. Olchowik W. Januszewski S. Kalinowski S. Dunin-Horkawicz K. Rother M. Helm J. Bujnicki H. Grosjean Nucleic Acids Res. 2012 D262 267
8. J. A. Doudna Nat. Struct. Biol. 2000 7 954 956
9. H. Akashi Curr. Opin. Genet. Dev. 2001 11 660 666
10. K. Fujishima A. Kanai Front. Genet. 2014 5 142
11. R. Guymon S. C. Pomerantz P. F. Crain J. A. McCloskey Biochemistry 2006 45 4888 4899
12. M. D. Ermolaeva Curr. Issues Mol. Biol. 2001 3 91 97
13. K. A. Dittmar E. M. Mobley A. J. Radek T. Pan J. Mol. Biol. 2004 337 31 47
14. L. Fu C. Guerrero N. Zhong N. Amato Y. Liu S. Liu Q. Cai D. Ji S. Jin L. Niedernhofer G. Pfeifer G. Xu Y. Wang J. Am. Chem. Soc. 2014 136 3
15. Y. Fu D. Dominissini G. Rechavi C. He Nat. Rev. Genet. 2014 15 293 306
16. T. Yokogawa Y. Kumazawa K. Miura K. Watanabe Nucleic Acids Res. 1989 17 2623 2638
17. D. Kanduc Prep. Biochem. 1994 24 167 174
18. Y. Kumazawa T. Yokogawa E. Hasegawa K. Miura K. Watanabe J. Biol. Chem. 1989 264 13005 13011
19. Y. Kumazawa T. Yokogawa H. Tsurui K. Miura K. Watanabe Nucleic Acids Res. 1992 20 2223 2232
20. M. Schaefer T. Pollex K. Hanna F. Lyko Nucleic Acids Res. 2009 37 e12
21. P. B. Cattenoz R. J. Taft E. Westhof J. S. Mattick RNA 2013 19 257 270
22. C.-X. Song C. Yi C. He Nat. Biotechnol. 2012 30 1107 1116
23. U. Birkedal M. Christensen-Dalsgaard N. Krogh R. Sabarinathan J. Gorodkin H. Nielsen Angew. Chem., Int. Ed. 2015 54 451 455
24. J. A. McCloskey S. Nishimura Acc. Chem. Res. 1977 10 403 409
25. J. A. Kowalak S. C. Pomerantz P. F. Crain J. A. McCloskey Nucleic Acids Res. 1993 21 4577 4584
26. C. M. Castleberry, L. P. Rodicio and P. A. Limbach, Curr. Protoc. Nucleic Acid Chem, 2008, ch. 10, Unit 10 12
27. W. D. Van Dongen W. M. A. Niessen Bioanalysis 2011 3 541 564
28. W. M. Cai, Y. H. Chionh, F. Hia, C. Gu, S. Kellner, M. E. McBee, C. S. Ng, Y. L. J. Pang, E. G. Prestwich, K. S. Lim, I. Ramesh Babu, T. J. Begley and P. C. Dedon, in Methods Enzymol, ed., H. Chuan, Academic Press, 2015, vol. 560, pp. 29-71
29. H. Kasai K. Murao S. Nishimura J. G. Liehr P. F. Crain J. A. McCloskey Eur. J. Biochem. 1976 69 435 444
30. P. F. Crain, in Methods Enzymol, Academic Press, 1990, vol. 193, pp. 782-790
31. K. Miyauchi S. Kimura T. Suzuki Nat. Chem. Biol. 2013 9 105 111
32. C. Dumelin Y. Chen A. Leconte Y. Chen D. Liu Nat. Chem. Biol. 2012 8 913 919
33. D. Su C. T. Y. Chan C. Gu K. S. Lim Y. H. Chionh M. E. McBee B. S. Russell I. R. Babu T. J. Begley P. C. Dedon Nat. Protocols 2014 9 828 841
34. C. T. Chan M. Dyavaiah M. S. DeMott K. Taghizadeh P. C. Dedon T. J. Begley PLoS Genet. 2010 6 e1001247
35. P. C. Dedon T. J. Begley Chem. Res. Toxicol. 2014 27 330 336
36. C. Brandmayr M. Wagner T. Brückl D. Globisch D. Pearson A. C. Kneuttinger V. Reiter A. Hienzsch S. Koch I. Thoma P. Thumbs S. Michalakis M. Müller M. Biel T. Carell Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 11162 11165
37. D. Globisch D. Pearson A. Hienzsch T. Brückl M. Wagner I. Thoma P. Thumbs V. Reiter A. C. Kneuttinger M. Müller S. A. Sieber T. Carell Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 9739 9742
38. S. Kellner J. Neumann D. Rosenkranz S. Lebedeva R. F. Ketting H. Zischler D. Schneider M. Helm Chem. Commun. 2014 50 3516 3518
39. R. Quinn M. Basanta-Sanchez R. E. Rose D. Fabris J. Mass Spectrom. 2013 48 703 712
40. R. E. Rose R. Quinn J. L. Sayre D. Fabris RNA 2015 21 1361 1374
41. S. Douthwaite F. Kirpekar Methods Enzymol. 2007 425 1 20
42. K. W. Gaston P. A. Limbach RNA Biol. 2014 11 1568 1585
43. T. M. Lowe S. R. Eddy Nucleic Acids Res. 1997 25 955 964
44. P. Puri C. Wetzel P. Saffert K. W. Gaston S. P. Russell J. A. Cordero Varela P. van der Vlies G. Zhang P. A. Limbach Z. Ignatova B. Poolman Mol. Microbiol. 2014 93 944 956
45. S. Li P. Limbach Anal. Chem. 2012 84 8607 8613
46. S. Li P. Limbach Analyst 2013 138 1386 1394
47. S. P. Waghmare M. J. Dickman Anal. Chem. 2011 83 4894 4901
48. A. M. Popova J. R. Williamson J. Am. Chem. Soc. 2014 136 2058 2069
49. M. Taoka Y. Nobe M. Hori A. Takeuchi S. Masaki Y. Yamauchi H. Nakayama N. Takahashi T. Isobe Nucleic Acids Res. 2015 43 e115
50. C. Wetzel S. Li P. Limbach J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014 25 1114 1123
51. M. Taucher B. Ganisl K. Breuker Int. J. Mass Spectrom. 2011 304 91 97
52. T. Y. Huang J. Liu S. A. McLuckey J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 890 898
53. M. Taucher K. Breuker Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 11289 11292
54. R. Matthiesen F. Kirpekar Nucleic Acids Res. 2009 37 e48
55. A. C. McGinnis B. Chen M. G. Bartlett J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2012 883-884 76 94
56. K. J. Fountain M. Gilar J. C. Gebler Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003 17 646 653
57. C. Wetzel P. Limbach J. Proteomics 2011 75 3450 3464
58. R. Erb H. Oberacher Electrophoresis 2014 35 1226 1235
59. L. Gong J. S. O. McCullagh Rapid Commun. Mass Spectrom. 2014 28 339 350
60. B. Chen S. F. Mason M. G. Bartlett J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013 24 257 264
61. A. C. McGinnis E. C. Grubb M. G. Bartlett Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013 27 2655 2664
62. T. Huang A. Kharlamova J. Liu S. McLuckey J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 1832 1840
63. A. Nyakas S. Stucki S. Schürch J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011 22 875 886
64. A. Nyakas R. P. Eberle S. R. Stucki S. Schürch J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014 25 1155 1166
65. M. Kullolli E. Knouf M. Arampatzidou M. Tewari S. J. Pitteri J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014 25 80 87
66. N. A. Hari Y S. R. Stucki S. Schürch Chimia 2014 68 164 167
67. B. Addepalli P. A. Limbach J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011 22 1363 1372
68. C. Wetzel P. Limbach Analyst 2013 138 6063 6072
69. S. Y. Wong B. Javid B. Addepalli G. Piszczek M. B. Strader P. A. Limbach C. E. Barry 3rd Antimicrob. Agents Chemother. 2013 57 6311 6318
70. K. Takebayashi K. Hirose Y. Izumi T. Bamba E. Fukusaki J. Biosci. Bioeng. 2013 115 332 338
71. D. Fabris Biopolymers 2009 91 4 iii iv
72. B. C. Legiewicz M K. B. Turner D. Fabris T. E. Hamm D. Rekosh M. L. Hammarskjöld S. F. Le Grice Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5
73. R. L. Ross A. D. Sauter Jr. P. A. Limbach J. Mass Spectrom. 2015 50 1175 1179
74. R. N. Easter K. K. Kroning J. A. Caruso P. A. Limbach Analyst 2010 135 2560 2565
75. B. Catron J. A. Caruso P. A. Limbach J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012 23 1053 1061
76. C. C. Hsu P. C. Dorrestein Curr. Opin. Biotechnol. 2015 31 24 34
77. H. Nakayama N. Takahashi T. Isobe Mass Spectrom. Rev. 2011 30 1000 1012
78. A. Nyakas L. C. Blum S. R. Stucki J. L. Reymond S. Schürch J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013 24 249 256
79. P. J. Sample K. W. Gaston J. D. Alfonzo P. A. Limbach Nucleic Acids Res. 2015 43 e64 e64
80. H. Nakayama M. Akiyama M. Taoka Y. Yamauchi Y. Nobe H. Ishikawa N. Takahashi T. Isobe Nucleic Acids Res. 2009 37 e47
81. K. D. Meyer S. R. Jaffrey Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2014 15 313 326
82. S. A. McLuckey G. J. Van Berker G. L. Glish J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992 3 60 70