Tet-mediated formation of 5-hydroxymethylcytosine in RNA

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 33, 2014, Pages 11582-11585

  Fu, Lijuan ^a   Guerrero, Candace R ^a   Zhong, Na ^b   Amato, Nicholas J ^a   Liu, Yunhua ^a   Liu, Shuo ^a   Cai, Qian ^a   Ji, Debin ^a   Jin, Seung Gi ^a   Niedernhofer, Laura J ^d   Pfeifer, Gerd P ^c   Xu, Guo Liang ^b   Wang, Yinsheng ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b INSTITUTE OF GEOLOGY AND GEOPHYSICS   (China)

^c CITY OF HOPE NATIONAL MEDICAL CENTER   (United States)

^d Beckman Research Institute City of Hope Medical Center ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENZYMES;

5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE; CATALYTIC DOMAINS; EPIGENETIC REGULATION; HUMAN CELLS; IN-VITRO; MAMMALIAN CELLS;

RNA;

5 HYDROXYMETHYLCYTOSINE; ENZYME; SINGLE STRANDED RNA; TEN ELEVEN TRANSLOCATION 3 PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG; 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE; CYTOSINE; DIOXYGENASE; DNA BINDING PROTEIN; ONCOPROTEIN; RNA; TET1 PROTEIN, HUMAN; TET2 PROTEIN, HUMAN; TET3 PROTEIN, HUMAN;

ARTICLE; CONTROLLED STUDY; ENZYME ACTIVE SITE; HEK293 CELL LINE; HUMAN; HUMAN CELL; IN VITRO STUDY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MAMMAL CELL; OXIDATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; ANALOGS AND DERIVATIVES; ANIMAL; BIOSYNTHESIS; CHEMISTRY; DEFICIENCY; EMBRYONIC STEM CELL; METABOLISM; MOUSE;

ANIMALS; CYTOSINE; DIOXYGENASES; DNA-BINDING PROTEINS; EMBRYONIC STEM CELLS; HEK293 CELLS; HUMANS; MICE; PROTO-ONCOGENE PROTEINS; RNA;

EID: 84906342396     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja505305z     Document Type: Article

References (37)

1. Cantara, W. A.; Crain, P. F.; Rozenski, J.; McCloskey, J. A.; Harris, K. A.; Zhang, X.; Vendeix, F. A.; Fabris, D.; Agris, P. F. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D195
2. Jia, G.; Fu, Y.; Zhao, X.; Dai, Q.; Zheng, G.; Yang, Y.; Yi, C.; Lindahl, T.; Pan, T.; Yang, Y. G.; He, C. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 885
3. Zheng, G.; Dahl, J. A.; Niu, Y.; Fedorcsak, P.; Huang, C. M.; Li, C. J.; Vagbo, C. B.; Shi, Y.; Wang, W. L.; Song, S. H.; Lu, Z.; Bosmans, R. P.; Dai, Q.; Hao, Y. J.; Yang, X.; Zhao, W. M.; Tong, W. M.; Wang, X. J.; Bogdan, F.; Furu, K.; Fu, Y.; Jia, G.; Zhao, X.; Liu, J.; Krokan, H. E.; Klungland, A.; Yang, Y. G.; He, C. Mol. Cell 2013, 49, 18
4. Jia, G.; Fu, Y.; He, C. Trends Genet. 2013, 29, 108
5. Schwartz, S.; Agarwala, S. D.; Mumbach, M. R.; Jovanovic, M.; Mertins, P.; Shishkin, A.; Tabach, Y.; Mikkelsen, T. S.; Satija, R.; Ruvkun, G.; Carr, S. A.; Lander, E. S.; Fink, G. R.; Regev, A. Cell 2013, 155, 1409
6. Motorin, Y.; Lyko, F.; Helm, M. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 1415
7. Squires, J. E.; Patel, H. R.; Nousch, M.; Sibbritt, T.; Humphreys, D. T.; Parker, B. J.; Suter, C. M.; Preiss, T. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 5023
8. Amort, T.; Souliere, M. F.; Wille, A.; Jia, X. Y.; Fiegl, H.; Worle, H.; Micura, R.; Lusser, A. RNA Biol. 2013, 10, 1003
9. Hussain, S.; Sajini, A. A.; Blanco, S.; Dietmann, S.; Lombard, P.; Sugimoto, Y.; Paramor, M.; Gleeson, J. G.; Odom, D. T.; Ule, J.; Frye, M. Cell Rep. 2013, 4, 255
10. Pfaffeneder, T.; Hackner, B.; Truss, M.; Munzel, M.; Muller, M.; Deiml, C. A.; Hagemeier, C.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2011, 50, 7008
11. Tahiliani, M.; Koh, K. P.; Shen, Y.; Pastor, W. A.; Bandukwala, H.; Brudno, Y.; Agarwal, S.; Iyer, L. M.; Liu, D. R.; Aravind, L.; Rao, A. Science 2009, 324, 930
12. Ito, S.; D'Alessio, A. C.; Taranova, O. V.; Hong, K.; Sowers, L. C.; Zhang, Y. Nature 2010, 466, 1129
13. He, Y. F.; Li, B. Z.; Li, Z.; Liu, P.; Wang, Y.; Tang, Q.; Ding, J.; Jia, Y.; Chen, Z.; Li, L.; Sun, Y.; Li, X.; Dai, Q.; Song, C. X.; Zhang, K.; He, C.; Xu, G. L. Science 2011, 333, 1303
14. Ito, S.; Shen, L.; Dai, Q.; Wu, S. C.; Collins, L. B.; Swenberg, J. A.; He, C.; Zhang, Y. Science 2011, 333, 1300
15. Kriaucionis, S.; Heintz, N. Science 2009, 324, 929
16. Warren, R. A. Annu. Rev. Microbiol. 1980, 34, 137
17. Liutkeviciute, Z.; Lukinavicius, G.; Masevicius, V.; Daujotyte, D.; Klimasauskas, S. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 400
18. Yildirim, O.; Li, R.; Hung, J. H.; Chen, P. B.; Dong, X.; Ee, L. S.; Weng, Z.; Rando, O. J.; Fazzio, T. G. Cell 2011, 147, 1498
19. Frauer, C.; Hoffmann, T.; Bultmann, S.; Casa, V.; Cardoso, M. C.; Antes, I.; Leonhardt, H. PLoS One 2011, 6, e21306
20. Spruijt, C. G.; Gnerlich, F.; Smits, A. H.; Pfaffeneder, T.; Jansen, P. W.; Bauer, C.; Munzel, M.; Wagner, M.; Muller, M.; Khan, F.; Eberl, H. C.; Mensinga, A.; Brinkman, A. B.; Lephikov, K.; Muller, U.; Walter, J.; Boelens, R.; van Ingen, H.; Leonhardt, H.; Carell, T.; Vermeulen, M. Cell 2013, 152, 1146
21. Maiti, A.; Drohat, A. C. J. Biol. Chem. 2011, 286, 35334
22. Ko, M.; Huang, Y.; Jankowska, A. M.; Pape, U. J.; Tahiliani, M.; Bandukwala, H. S.; An, J.; Lamperti, E. D.; Koh, K. P.; Ganetzky, R.; Liu, X. S.; Aravind, L.; Agarwal, S.; Maciejewski, J. P.; Rao, A. Nature 2010, 468, 839
23. Jin, S. G.; Jiang, Y.; Qiu, R.; Rauch, T. A.; Wang, Y.; Schackert, G.; Krex, D.; Lu, Q.; Pfeifer, G. P. Cancer Res. 2011, 71, 7360
24. Chen, M. L.; Shen, F.; Huang, W.; Qi, J. H.; Wang, Y.; Feng, Y. Q.; Liu, S. M.; Yuan, B. F. Clin. Chem. 2013, 59, 824
25. Dunwell, T. L.; McGuffin, L. J.; Dunwell, J. M.; Pfeifer, G. P. Cell Cycle 2013, 12, 3357
26. Aas, P. A.; Otterlei, M.; Falnes, P. O.; Vagbo, C. B.; Skorpen, F.; Akbari, M.; Sundheim, O.; Bjoras, M.; Slupphaug, G.; Seeberg, E.; Krokan, H. E. Nature 2003, 421, 859
27. Falnes, P. O.; Bjoras, M.; Aas, P. A.; Sundheim, O.; Seeberg, E. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 3456
28. Lee, D. H.; Jin, S. G.; Cai, S.; Chen, Y.; Pfeifer, G. P.; O'Connor, T. R. J. Biol. Chem. 2005, 280, 39448
29. Westbye, M. P.; Feyzi, E.; Aas, P. A.; Vagbo, C. B.; Talstad, V. A.; Kavli, B.; Hagen, L.; Sundheim, O.; Akbari, M.; Liabakk, N. B.; Slupphaug, G.; Otterlei, M.; Krokan, H. E. J. Biol. Chem. 2008, 283, 25046
30. Jia, G.; Yang, C. G.; Yang, S.; Jian, X.; Yi, C.; Zhou, Z.; He, C. FEBS Lett. 2008, 582, 3313
31. Yi, C.; Yang, C. G.; He, C. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 519
32. Hu, L.; Li, Z.; Cheng, J.; Rao, Q.; Gong, W.; Liu, M.; Shi, Y. G.; Zhu, J.; Wang, P.; Xu, Y. Cell 2014, 155, 1545
33. Hashimoto, H.; Pais, J. E.; Zhang, X.; Saleh, L.; Fu, Z. Q.; Dai, N.; Correa, I. R., Jr.; Zheng, Y.; Cheng, X. Nature 2013, 506, 391
34. Kizaki, S.; Sugiyama, H. Org. Biomol. Chem. 2014, 12, 104
35. Liu, S.; Wang, J.; Su, Y.; Guerrero, C.; Zeng, Y.; Mitra, D.; Brooks, P. J.; Fisher, D. E.; Song, H.; Wang, Y. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 6421
36. Arioka, Y.; Watanabe, A.; Saito, K.; Yamada, Y. PLoS One 2012, 7, e45031
37. Racz, I.; Kiraly, I.; Lasztily, D. Planta 1978, 142, 263