Ion mobility coupled to native mass spectrometry as a relevant tool to investigate extremely small ligand-induced conformational changes

Analyst

Volumn 140, Issue 21, 2015, Pages 7234-7245

  Stojko, Johann ^a,b   Fieulaine, Sonia ^c   Petiot Bécard, Stéphanie ^a,b   Van Dorsselaer, Alain ^a,b   Meinnel, Thierry ^c   Giglione, Carmela ^c   Cianférani, Sarah ^a,b  

^a UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

^b CNRS   (France)

^c INSTITUTE FOR INTEGRATIVE BIOLOGY OF THE CELL I2BC   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDASE; ANTIINFECTIVE AGENT; BUFFER; ION; LIGAND; PEPTIDE DEFORMYLASE; PROTEIN; PROTEIN BINDING;

ARABIDOPSIS; BINDING COMPETITION; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; KINETICS; MASS SPECTROMETRY; PROCEDURES; PROTEIN CONFORMATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

AMIDOHYDROLASES; ANTI-BACTERIAL AGENTS; ARABIDOPSIS; BINDING, COMPETITIVE; BUFFERS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; IONS; KINETICS; LIGANDS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS;

EID: 84944128647     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5an01311a     Document Type: Article

References (65)

1. R. A. Carr M. Congreve C. W. Murray D. C. Rees Drug Discovery Today 2005 10 987 992
2. L. Oster S. Tapani Y. Xue H. Kack Drug Discovery Today 2015 20 1104 1111
3. M. Carini L. Regazzoni G. Aldini Curr. Pharm. Biotechnol. 2011 12 1548 1557
4. A. Beck S. Sanglier-Cianferani A. Van Dorsselaer Anal. Chem. 2012 84 4637 4646
5. A. Beck E. Wagner-Rousset D. Ayoub A. Van Dorsselaer S. Sanglier-Cianferani Anal. Chem. 2013 85 715 736
6. S. Shao T. Guo R. Aebersold Biochim. Biophys. Acta 2015 1854 519 527
7. A. P. Drabovich E. Martinez-Morillo E. P. Diamandis Biochim. Biophys. Acta 2015 1854 677 686
8. D. Lebert G. Picard C. Beau-Larvor L. Troncy C. Lacheny B. Maynadier W. Low N. Mouz V. Brun C. Klinguer-Hamour M. Jaquinod A. Beck Bioanalysis 2015 1 15 10.4155/bio.15.56
9. V. Katta B. T. Chait J. Am. Chem. Soc. 1991 113 8534 8535
10. B. Ganem Y. T. Li J. D. Henion J. Am. Chem. Soc. 1991 113 6294 6296
11. K. Benkestock C. K. Van Pelt T. Akerud A. Sterling P. O. Edlund J. Roeraade J. Biomol. Screening 2003 8 247 256
12. H. J. Maple O. Scheibner M. Baumert M. Allen R. J. Taylor R. A. Garlish M. Bromirski R. J. Burnley Rapid Commun. Mass Spectrom. 2014 28 1561 1568
13. E. N. Kitova A. El-Hawiet P. D. Schnier J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012 23 431 441
14. J. M. Daniel G. McCombie S. Wendt R. Zenobi J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003 14 442 448
15. V. Vivat Hannah C. Atmanene D. Zeyer A. Van Dorsselaer S. Sanglier-Cianferani Future Med. Chem. 2010 2 35 50
16. K. J. Pacholarz R. A. Garlish R. J. Taylor P. E. Barran Chem. Soc. Rev. 2012 41 4335 4355
17. C. Schmidt C. V. Robinson FEBS J. 2014 281 1950 1964
18. C. Stehlin-Gaon D. Willmann D. Zeyer S. Sanglier A. Van Dorsselaer J. P. Renaud D. Moras R. Schule Nat. Struct. Biol. 2003 10 820 825
19. C. Bovet A. Wortmann S. Eiler F. Granger M. Ruff B. Gerrits D. Moras R. Zenobi Protein Sci. 2007 16 938 946
20. F. Bitsch R. Aichholz J. Kallen S. Geisse B. Fournier J. M. Schlaeppi Anal. Biochem. 2003 323 139 149
21. B. J. Laventie C. Potrich C. Atmanene M. Saleh O. Joubert G. Viero C. Bachmeyer V. Antonini I. Mancini S. Cianferani-Sanglier D. Keller D. A. Colin T. Bourcier G. Anderluh A. van Dorsselaer M. Dalla Serra G. Prevost Biochem. J. 2013 450 559 571
22. S. E. Kolstoe P. P. Mangione V. Bellotti G. W. Taylor G. A. Tennent S. Deroo A. J. Morrison A. J. Cobb A. Coyne M. G. McCammon T. D. Warner J. Mitchell R. Gill M. D. Smith S. V. Ley C. V. Robinson S. P. Wood M. B. Pepys Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 20483 20488
23. N. S. Hatzakis Biophys. Chem. 2014 186 46 54
24. K. Giles J. P. Williams I. Campuzano Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011 25 1559 1566
25. Y. Zhong S. J. Hyung B. T. Ruotolo Analyst 2011 136 3534 3541
26. J. L. Benesch B. T. Ruotolo Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 641 649
27. S. J. Hyung B. T. Ruotolo Proteomics 2012 12 1547 1564
28. Y. Zhong S. J. Hyung B. T. Ruotolo Expert Rev. Proteomics 2012 9 47 58
29. M. F. Jarrold Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 1659 1671
30. C. Atmanene D. Chaix Y. Bessin N. Declerck A. Van Dorsselaer S. Sanglier-Cianferani Anal. Chem. 2010 82 3597 3605
31. C. Atmanene S. Petiot-Becard D. Zeyer A. Van Dorsselaer V. Vivat Hannah S. Sanglier-Cianferani Anal. Chem. 2012 84 4703 4710
32. S. Niu J. N. Rabuck B. T. Ruotolo Curr. Opin. Chem. Biol. 2013 17 809 817
33. M. P. Nyon T. Prentice J. Day J. Kirkpatrick G. N. Sivalingam G. Levy I. Haq J. A. Irving D. A. Lomas J. Christodoulou B. Gooptu K. Thalassinos Protein Sci. 2015 24 1301 1312
34. C. Giglione M. Pierre T. Meinnel Mol. Microbiol. 2000 36 1197 1205
35. C. T. Supuran F. Carta A. Scozzafava Expert Opin. Ther. Pat. 2013 23 777 788
36. Z. Q. Xu M. T. Flavin J. Flavin Expert Opin. Invest. Drugs 2014 23 163 182
37. C. Giglione A. Boularot T. Meinnel Cell. Mol. Life Sci. 2004 61 1455 1474
38. C. Giglione S. Fieulaine T. Meinnel Trends Biochem. Sci. 2009 34 417 426
39. S. Ragusa S. Blanquet T. Meinnel J. Mol. Biol. 1998 280 515 523
40. C. Giglione A. Serero M. Pierre B. Boisson T. Meinnel EMBO J. 2000 19 5916 5929
41. A. Serero C. Giglione T. Meinnel J. Mol. Biol. 2001 314 695 708
42. S. Fieulaine A. Boularot I. Artaud M. Desmadril F. Dardel T. Meinnel C. Giglione PLoS Biol. 2011 9 e1001066
43. A. Boularot C. Giglione S. Petit Y. Duroc R. Alves de Sousa V. Larue T. Cresteil F. Dardel I. Artaud T. Meinnel J. Med. Chem. 2007 50 10 20
44. D. E. Koshland Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1958 44 98 104
45. H. Rogniaux A. Van Dorsselaer P. Barth J. F. Biellmann J. Barbanton M. van Zandt B. Chevrier E. Howard A. Mitschler N. Potier L. Urzhumtseva D. Moras A. Podjarny J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999 10 635 647
46. O. El-Kabbani H. Rogniaux P. Barth R. P. Chung E. V. Fletcher A. Van Dorsselaer A. Podjarny Proteins 2000 41 407 414
47. J. M. Clements R. P. Beckett A. Brown G. Catlin M. Lobell S. Palan W. Thomas M. Whittaker S. Wood S. Salama P. J. Baker H. F. Rodgers V. Barynin D. W. Rice M. G. Hunter Antimicrob. Agents Chemother. 2001 45 563 570
48. J. P. Guilloteau M. Mathieu C. Giglione V. Blanc A. Dupuy M. Chevrier P. Gil A. Famechon T. Meinnel V. Mikol J. Mol. Biol. 2002 320 951 962
49. D. E. Clemmer M. F. Jarrold J. Mass Spectrom. 1997 32 577 592
50. C. A. Scarff V. J. Patel K. Thalassinos J. H. Scrivens J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 625 631
51. G. Vonhelden M. T. Hsu N. Gotts M. T. Bowers J. Phys. Chem. 1993 97 8182 8192
52. T. Wyttenbach M. Witt M. T. Bowers J. Am. Chem. Soc. 2000 122 3458 3464
53. A. A. Shvartsburg R. R. Hudgins P. Dugourd M. F. Jarrold Chem. Soc. Rev. 2001 30 26 35
54. A. A. Shvartsburg R. R. Hudgins P. Dugourd M. F. Jarrold J. Phys. Chem. A 1997 101 1684 1688
55. C. Uetrecht I. M. Barbu G. K. Shoemaker E. van Duijn A. J. Heck Nat. Chem. 2011 3 126 132
56. C. Uetrecht R. J. Rose E. van Duijn K. Lorenzen A. J. Heck Chem. Soc. Rev. 2010 39 1633 1655
57. J. T. Hopper N. J. Oldham J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 1851 1858
58. S. J. Hyung C. V. Robinson B. T. Ruotolo Chem. Biol. 2009 16 382 390
59. J. N. Rabuck S. J. Hyung K. S. Ko C. C. Fox M. B. Soellner B. T. Ruotolo Anal. Chem. 2013 85 6995 7002
60. F. Debaene E. Wagner-Rousset O. Colas D. Ayoub N. Corvaia A. Van Dorsselaer A. Beck S. Cianferani Anal. Chem. 2013 85 9785 9792
61. B. T. Ruotolo J. L. Benesch A. M. Sandercock S. J. Hyung C. V. Robinson Nat. Protoc. 2008 3 1139 1152
62. M. F. Bush Z. Hall K. Giles J. Hoyes C. V. Robinson B. T. Ruotolo Anal. Chem. 2010 82 9557 9565
63. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
64. A. A. Shvartsburg M. F. Jarrold Chem. Phys. Lett. 1996 261 86 91
65. M. F. Mesleh J. M. Hunter A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Phys. Chem. 1996 100 16082 16086