Activation state-selective kinase inhibitor assay based on ion mobility-mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 15, 2013, Pages 6995-7002

  Rabuck, Jessica N ^a   Hyung, Suk Joon ^a   Ko, Kristin S ^a   Fox, Christel C ^a   Soellner, Matthew B ^a   Ruotolo, Brandon T ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION STATE; COMPLEX FORMATIONS; HIGH-THROUGHPUT; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; KINASE INHIBITORS; LOCAL PROTEIN STRUCTURES; PROTEIN MODIFICATIONS; TERTIARY STRUCTURES;

BINDING ENERGY; ION MOBILITY SPECTROMETERS; PROTEINS;

ENZYME INHIBITION;

ABELSON KINASE; PROTEIN KINASE INHIBITOR;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG ANTAGONISM; DRUG DEVELOPMENT; ENZYME ACTIVATION; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; PROTEIN UNFOLDING;

DRUG DISCOVERY; ENZYME ACTIVATION; MASS SPECTROMETRY; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN KINASE INHIBITORS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEIN UNFOLDING; PROTO-ONCOGENE PROTEINS C-ABL;

EID: 84881357859     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4012655     Document Type: Article

References (56)

1. Krause, D. S.; Van Etten, R. A. N. Engl. J. Med. 2005, 353, 172-187
2. Deininger, M. W. N.; Goldman, J. M.; Melo, J. V. Blood 2000, 96, 3343-3356
3. Liu, Y.; Gray, N. S. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 358-364
4. Thaimattam, R.; Banerjee, R.; Miglani, R.; Iqbal, J. Curr. Pharm. Design 2007, 13, 2751-2765
5. Bixby, D.; Talpaz, M. ASH Educ. Program Book 2009, 2009, 461-476
6. Giles, K.; Williams, J. P.; Campuzano, I. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 1559-1566
7. Zhong, Y.; Hyung, S.-J.; Ruotolo, B. T. Analyst 2011, 136, 3534-3541
8. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592
9. McLean, J. A.; Ruotolo, B. T.; Gillig, K. J.; Russell, D. H. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 240, 301-315
10. Vonhelden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 1483-1485
11. Ruotolo, B. T.; Giles, K.; Campuzano, I.; Sandercock, A. M.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Science 2005, 310, 1658-1661
12. Zhong, Y.; Hyung, S.-J.; Ruotolo, B. T. Expert Rev. Proteomics 2012, 9, 47-58
13. Heck, A. J. R. Nat. Methods 2008, 5, 927-933
14. Benesch, J. L. P.; Ruotolo, B. T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 641-649
15. Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 402-408
16. Jarrold, M. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1659-1671
17. Faull, P. A.; Korkeila, K. E.; Kalapothakis, J. M.; Gray, A.; McCullough, B. J.; Barran, P. E. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 283, 140-148
18. Wyttenbach, T.; Grabenauer, M.; Thalassinos, K.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 437-447
19. Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10017-10021
20. Tao, L.; Dahl, D. B.; Perez, L. M.; Russell, D. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1593-1602
21. Segev, E.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T.; Gerber, R. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 3077-3082
22. Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. E. Protein Sci. 2006, 15, 420-428
23. Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 790-793
24. Wittmer, D.; Luckenbill, B. K.; Hill, H. H.; Chen, Y. H. Anal. Chem. 1994, 66, 2348-2355
25. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240-2248
26. Hyung, S.-J.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Chem. Biol. 2009, 16, 382-390
27. Hopper, J. T. S.; Oldham, N. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1851-1858
28. Seeliger, M. A.; Nagar, B.; Frank, F.; Cao, X.; Henderson, M. N.; Kuriyan, J. Structure 2007, 15, 299-311
29. Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L. P.; Sandercock, A. M.; Hyung, S.-J.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2008, 3, 1139-1152
30. Benesch, J. L. P.; Ruotolo, B. T.; Simmons, D. A.; Robinson, C. V. Chem. Rev. 2007, 107, 3544-3567
31. Hernandez, H.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2007, 2, 715-26
32. Pearson, K. Philos. Mag., Ser. 5 1900, 50, 157-175
33. Xue, R. Y.; Dong, L.; Zhang, S.; Deng, C. H.; Liu, T. T.; Wang, J. Y.; Shen, X. Z. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 1181-1186
34. Park, J. W.; Song, J. Y.; Lee, S. G.; Jun, J. S.; Park, J. U.; Chung, M. J.; Ju, J. S.; Nizamutdinov, D.; Chang, M. W.; Youn, H. S.; Kang, H. L.; Baik, S. C.; Lee, W. K.; Cho, M. J.; Rhee, K. H. Helicobacter 2006, 11, 533-543
35. Roth, O.; Spreux-Varoquaux, O.; Bouchet, S.; Rousselot, P.; Castaigne, S.; Rigaudeau, S.; Raggueneau, V.; Therond, P.; Devillier, P.; Molimard, M.; Maneglier, B. Clin. Chim. Acta 2010, 411, 140-146
36. Davis, M. I.; Hunt, J. P.; Herrgard, S.; Ciceri, P.; Wodicka, L. M.; Pallares, G.; Hocker, M.; Treiber, D. K.; Zarrinkar, P. P. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 1046-U124
37. Karaman, M. W.; Herrgard, S.; Treiber, D. K.; Gallant, P.; Atteridge, C. E.; Campbell, B. T.; Chan, K. W; Ciceri, P.; Davis, M. I.; Edeen, P. T.; Faraoni, R.; Floyd, M.; Hunt, J. P.; Lockhart, D. J.; Milanov, Z. V.; Morrison, M. J.; Pallares, G.; Patel, H. K.; Pritchard, S.; Wodicka, L. M.; Zarrinkar, P. P. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 127-132
38. Fabian, M. A.; Biggs, W. H.; Treiber, D. K.; Atteridge, C. E.; Azimioara, M. D.; Benedetti, M. G.; Carter, T. A.; Ciceri, P.; Edeen, P. T.; Floyd, M.; Ford, J. M.; Galvin, M.; Gerlach, J. L.; Grotzfeld, R. M.; Herrgard, S.; Insko, D. E.; Insko, M. A.; Lai, A. G; Lelias, J.-M.; Mehta, S. A.; Milanov, Z. V.; Velasco, A. M.; Wodicka, L. M.; Patel, H. K.; Zarrinkar, P. P.; Lockhart, D. J. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 329-336
39. Wodicka, L. M.; Ciceri, P.; Davis, M. I.; Hunt, J. P; Floyd, M.; Salerno, S.; Hua, X. H.; Ford, J. M.; Armstrong, R. C.; Zarrinkar, P. P.; Treiber, D. K. Chem. Biol. 2010, 17, 1241-1249
40. Simard, J. R.; Kluter, S.; Grutter, C.; Getlik, M.; Rabiller, M.; Rode, H. B.; Rauh, D. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 394-396
41. Ruotolo, B. T.; Hyung, S.-J.; Robinson, P. M.; Giles, K.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 8001-8004
42. Benesch, J. L. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 341-348
43. Badman, E. R.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2001, 73, 6000-6007
44. Vajpai, N.; Strauss, A.; Fendrich, G.; Cowan-Jacob, S. W.; Manley, P. W.; Grzesiek, S.; Jahnke, W. J. Biol. Chem. 2008, 283, 18292-18302
45. Han, L.; Hyung, S.-J.; Mayers, J. J. S.; Ruotolo, B. T. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 11358-11367
46. Han, L. J.; Hyung, S.-J.; Ruotolo, B. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 5692-5695
47. Muratore, K. E.; Seeliger, M. A.; Wang, Z. H.; Fomina, D.; Neiswinger, J.; Havranek, J. J.; Baker, D.; Kuriyan, J.; Cole, P. A. Biochemistry 2009, 48, 3378-3386
48. Hennequin, L. F.; Allen, J.; Breed, J.; Curwen, J.; Fennell, M.; Green, T. P.; Brempt, C.; Morgentin, R.; Norman, R. A.; Olivier, A.; Otterbein, L.; Ple, P. A; Warin, N.; Costello, G. J. Med. Chem. 2006, 49, 6465-6488
49. Namboodiri, H. V.; Bukhtiyarova, M.; Ramcharan, J.; Karpusas, M.; Lee, Y.; Springman, E. B. Biochemistry 2010, 49, 3611-3618
50. Adrian, F. J.; Ding, Q.; Sim, T. B.; Velentza, A.; Sloan, C.; Liu, Y.; Zhang, G. B.; Hur, W.; Ding, S.; Manley, P.; Mestan, J.; Fabbro, D.; Gray, N. S. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 95-102
51. Annis, D. A.; Nazef, N.; Chuang, C.-C.; Scott, M. P.; Nash, H. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15495-15503
52. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082-16086
53. Benesch, J. L. P.; Ruotolo, B. T.; Sobott, F.; Wildgoose, J.; Gilbert, A.; Bateman, R.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2009, 81, 1270-1274
54. Erba, E. B.; Ruotolo, B. T.; Barsky, D.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2010, 82, 9702-9710
55. Lomeli, S. H.; Peng, I. X.; Yin, S.; Loo, R. R. O.; Loo, J. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 127-131
56. Hogan, C. J.; Loo, R. R. O.; Loo, J. A.; de la Mora, J. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 13476-13483