Helices and sheets in vacuo

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 9, Issue 14, 2007, Pages 1659-1671

  Jarrold, Martin F ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE;

CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REVIEW; TEMPERATURE; THERMODYNAMICS; VACUUM;

HYDROGEN BONDING; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; TEMPERATURE; THERMODYNAMICS; VACUUM;

EID: 34047144959     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b612615d     Document Type: Review

References (120)

1. K. A. Dill Biochemistry 1990 29 7133 7155
2. S. K. Chowdhury V. Katta B. T. Chait J. Am. Chem. Soc. 1990 112 9012 9013
3. R. R. Hudgins J. Woenckhaus M. F. Jarrold Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997 165/166 497 507
4. A. A. Rostom C. V. Robinson J. Am. Chem. Soc. 1999 121 4718 4719
5. J. L. Fye J. Woenckhaus M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1998 120 1327 1328
6. Y. Mao M. A. Ratner M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2000 122 2950 2951
7. E. Wallin G. von Hiejne Protein Sci. 1998 7 1029 1038
8. A special issue of Physical Chemistry Chemical Physics is dedicated to Bioactive Molecules in the Gas Phase, Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, issue 10
9. E. G. Robertson J. P. Simons Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 1 18
10. T. S. Zwier J. Phys. Chem. 2001 105 8827 8839
11. T. V. Nguyen D. W. Pratt J. Chem. Phys. 2006 124 054317
12. S. L. Koeniger S. I. Merenbloom D. E. Clemmer J. Phys. Chem. B 2006 110 7017 7021
13. A. E. Counterman D. E. Clemmer J. Phys. Chem. B 2004 108 4885 4898
14. C. A. S. Barnes D. E. Clemmer J. Phys. Chem. A 2003 107 10566 10579
15. A. T. Iavarone J. Meinen S. Schulze. J. H. Parks Int. J. Mass Spectrom. 2006 253 172 180
16. A. T. Iavarone J. H. Parks J. Am. Chem. Soc. 2005 127 8606 8607
17. J. Gidden E. S. Baker A. Ferzoco M. T. Bowers Int. J. Mass Spectrom. 2005 240 183 193
18. P. E. Barran N. C. Polfer D. J. Campopiano D. J. Clarke P. R. R. Langridge-Smith R. J. Langley J. R. W. Govan A. Maxwell J. R. Dorin R. P. Millar M. T. Bowers Int. J. Mass Spectrom. 2005 240 273 284
19. M. F. Bush R. J. Saykally E. R. Williams Int. J. Mass Spectrom. 2006 253 256 262
20. A. S. Lemoff C. C. Wu M. F. Bush E. R. Williams J. Phys. Chem. A 2006 110 3662 3669
21. S. J. Ye R. M. Moision P. B. Armentrout Int. J. Mass Spectrom. 2006 253 288 304
22. M. T. Rodgers P. B. Armentrout Acc. Chem. Res. 2004 37 989 998
23. K. Breuker F. W. McLafferty Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 4911 4914
24. H. A. Sawyer J. T. Marini E. G. Stone B. T. Ruotolo K. J. Gillig D. H. Russell J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 893 905
25. B. T. Ruotolo K. Giles I. Campuzano A. M. Sandercock R. H. Bateman C. V. Robinson Science 2005 310 1658 1661
26. D. E. Clemmer M. F. Jarrold J. Mass Spectrom. 1997 32 577 592
27. T. Wyttenbach M. T. Bowers Top. Curr. Chem. 2003 225 207 232
28. B. S. Kinnear M. R. Hartings M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2001 123 5660 5667
29. M. Kohtani J. E. Schneider T. C. Jones M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2004 126 16981 16987
30. E. A. Mason and E. W. McDaniel, Transport Properties of Ions in Gases, Wiley, New York, 1988
31. MACSIMUS is available from: http://www.icpf.cas.cz/jiri/macsimus/default. htm
32. MOBCAL is available from: http://nano.chem.indiana.edu
33. A. A. Shvartsburg M. F. Jarrold Chem. Phys. Lett. 1996 261 86 91
34. M. F. Mesleh J. M. Hunter A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Phys. Chem. 1996 100 16082 16086
35. R. R. Hudgins M. A. Ratner M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1998 120 12974 12975
36. R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1999 121 3494 3501
37. A. Chakrabartty R. L. Baldwin Adv. Protein Chem. 1995 46 141 176
38. K. T. O'Neil W. F. DeGrado Science 1990 250 646 651
39. P. C. Lyu M. I. Liff L. A. Marky N. R. Kallenbach Science 1990 250 669 673
40. D. E. Blagdon M. Goodman Biopolymers 1975 14 241 245
41. K. R. Shoemaker P. S. Kim E. J. York J. M. Stewart R. L. Baldwin Nature 1987 326 563 567
42. J. S. Richardson D. C. Richardson Science 1988 240 1648 1652
43. L. G. Presta G. D. Rose Science 1988 240 1632 1641
44. B. Forood E. J. Feliciano K. P. Nambiar Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993 90 838 842
45. M. Damsbo B. S. Kinnear M. R. Hartings P. T. Ruhoff M. F. Jarrold M. A. Ratner Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004 101 7215 7222
46. S. Marqusee R. L. Baldwin Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987 84 8898 8902
47. S. Marqusee V. H. Robbins R. L. Baldwin Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989 86 5286 5290
48. M. Kohtani T. C. Jones J. E. Schneider M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7420 7421
49. Y. Okamoto U. H. E. Hansmann J. Phys. Chem. 1995 99 11276 11287
50. N. A. Alves U. H. E. Hansmann Phys. Rev. Lett. 2000 84 1836 1839
51. Y. Peng U. H. E. Hansmann N. A. Alves J. Chem. Phys. 2003 118 2374 2380
52. B. H. Zimm J. K. Bragg J. Chem. Phys. 1959 78 498 500
53. S. Lifson A. Roig J. Chem. Phys. 1960 34 1963 1974
54. C. A. Rohl A. Chakrabartty R. L. Baldwin Protein Sci. 1996 5 2623 2637
55. F. B. Sheinerman C. L. Brooks J. Am. Chem. Soc. 1995 117 10098 10103
56. C. A. Rohl A. J. Doig Protein Sci. 1996 5 1687 1696
57. V. Muñoz L. Serrano Nat. Struct. Biol. 1994 1 399 409
58. E. Lacroix A. R. Viguera L. Serrano J. Mol. Biol. 1998 284 173 191
59. G. Breaux M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2003 125 10740 10747
60. C. F. Rodriquez A. Cunje T. Shoeib I. K. Chu A. C. Hopkinson K. W. M. Siu J. Am. Chem. Soc. 2001 123 3006 3012
61. K. Zhang C. J. Cassady A. Chung-Phillips J. Am. Chem. Soc. 1994 116 11512 11521
62. B. Paizs I. P. Csonka G. Lendvay S. Suhai Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001 15 637 650
63. M. Kohtani G. A. Breaux M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1206 1213
64. R. R. Hudgins Y. Mao M. A. Ratner M. F. Jarrold Biophys. J. 1999 76 1591
65. R. S. Johnson S. A. Martin K. Biemann Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1988 86 137 154
66. O. Burlet R. S. Orkiszewski K. D. Ballard S. J. Gaskell Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992 6 658 662
67. A. R. Dongré J. L. Jones A. Somogyi V. H. Wysocki J. Am. Chem. Soc. 1996 118 8365 8374
68. V. H. Wysocki G. Tsaprailis L. L. Smith L. A. Breci J. Mass Spectrom. 2000 35 1399 1406
69. A. Q. Li C. Fenselau I. A. Kaltashov Proteins:, Struct. Funct. Genet. 1998 33 Supplement 2 22 27
70. B. T. Ruotolo C. C. Tate D. H. Russell J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004 15 870 878
71. I. Compagnon F. C. Hagermeister R. Antoine D. Rayane M. Broyer Ph. Dugourd R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2001 123 8440 8441
72. R. Antoine I. Compagnon D. Rayane M. Broyer Ph. Dugourd G. Breaux F. C. Hagemeister D. Pippen R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6737 6741
73. R. Antoine I. Compagnon D. Rayane M. Broyer Ph. Dugourd G. Breaux F. C. Hagemeister D. Pippen R. R. Hudgins M. F. Jarrold Eur. Phys. J. D 2002 20 583 587
74. I. Compagnon F. C. Hagemeister R. Antoine D. Rayane M. Broyer P. Dugourd R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2001 123 8440 8441
75. R. Antoine I. Compagnon D. Rayane M. Broyer P. Dugourd G. Breaux F. C. Hagemeister D. Pippen R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6737 6741
76. Ph. Dugourd R. Antoine G. A. Breaux M. Broyer M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2005 127 4675 4679
77. R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Phys. Chem. B 2000 104 2154 2158
78. M. Go N. Go H. A. Scheraga J. Chem. Phys. 1970 52 2060 2079
79. T. P. Creamer G. D. Rose Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992 89 5937 5941
80. L. Piela G. Nemethy H. A. Sheraga Biopolymers 1987 26 1273 1286
81. B. S. Kinnear D. T. Kaleta M. Kohtani R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2000 122 9243 9256
82. B. S. Kinnear M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2001 123 7907 7908
83. D. T. Kaleta M. F. Jarrold J. Phys. Chem. B 2001 105 4436 4440
84. B. S. Kinnear M. R. Hartings M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2002 124 4422 4431
85. B. Ma C.-J. Tsai R. Nussinov Biophys. J. 2000 79 2739 2753
86. M. R. Hartings B. S. Kinnear M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2003 125 3941 3947
87. B. W. Low R. B. Baybutt J. Am. Chem. Soc. 1952 74 5806 5807
88. M. N. Fodje S. Al-Karadaghi Protein Eng. 2002 15 353 358
89. T. M. Weaver Protein Sci. 2000 9 201 206
90. K. Lee D. R. Benson K. Kuczera Biochemistry 2000 39 13737 13747
91. H. Kovacs A. E. Mark J. Johansson W. F. van Gunsteren J. Mol. Biol. 1995 247 808 822
92. W. A. Shirley C. L. Brooks III Proteins: Struct. Funct. Genet. 1997 28 59 71
93. N. Gibbs R. B. Sessions P. B. Williams C. E. Dempsey Biophys. J. 1997 72 2490 2495
94. J.-P. Duneau S. Crouzy Y. Chapron M. Genest Theor. Chem. Acc. 1999 101 87 91
95. M. Feig A. D. MacKerell C. L. Brooks J. Phys. Chem. B 2003 107 2831 2836
96. P. C. Lyu P. J. Gans N. R. Kallenbach J. Mol. Biol. 1992 223 343 350
97. J. M. Scholtz H. Qian V. H. Robbins R. L. Baldwin Biochemistry 1993 32 9668 9676
98. B. M. P. Huyghues-Despointes R. L. Baldwin Biochemistry 1997 36 1965 1970
99. Z. Shi C. A. Olson A. J. Bell N. R. Kallenbach Biopolymers 2001 60 366 380
100. J. R. Litowski R. S. Hodges J. Biol. Chem. 2002 277 37272 37279
101. S. Williams T. P. Causgrove R. Gilmanshin K. S. Fang R. H. Callender W. H. Woodruff R. B. Dyer Biochemistry 1996 35 691 697
102. I. K. Lednev A. S. Karnoup M. C. Sparrow S. A. Asher J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8074 8086
103. D. T. Clarke A. J. Doig B. J. Stapley G. R. Jones Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999 96 7232 7237
104. P. A. Thompson V. Muñoz G. S. Jas E. R. Henry W. A. Eaton J. Hofrichter J. Phys. Chem. B 2000 104 378 389
105. M. R. Hartings, M. A. Ratner and M. F. Jarrold
106. M. Kohtani T. C. Jones R. Sudha M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2006 128 7193 7197
107. J. Woenckhaus Y. Mao M. F. Jarrold J. Phys. Chem. B 1997 101 847 851
108. J. Woenckhaus R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1997 119 9586 9587
109. J. L. Fye J. Woenckhaus M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1998 120 1327 1328
110. Y. Mao M. A. Ratner M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2000 122 2950 2951
111. Y. Mao M. A. Ratner M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2001 123 6503 6507
112. M. Kohtani M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2002 124 11148 11158
113. M. Kohtani G. A. Breaux M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1206 1213
114. M. Kohtani M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8454 8458
115. D. T. Kaleta M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2002 124 1154 1155
116. D. T. Kaleta M. F. Jarrold J. Phys. Chem. A 2002 106 9655 9664
117. D. T. Kaleta M. F. Jarrold J. Phys. Chem. B 2003 107 14529 14536
118. D. T. Kaleta M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2003 125 7186 7187
119. L. W. Zilch, M. Kohtani, R. Krishnan, D. T. Kaleta and M. F. Jarrold
120. C. Zhang J. L. Cornette C. Delisi Protein Sci. 1997 6 1057 1064