How and why to study autophagy in Drosophila: It's more than just a garbage chute

Methods

Volumn 75, Issue , 2015, Pages 151-161

  Nagy, Péter ^a   Varga, Ágnes ^a   Kovács, Attila L ^a   Takáts, Szabolcs ^a   Juhász, Gábor ^a  

^a EÖTVÖS LORÁND UNIVERSITY   (Hungary)

Author keywords

Atg8; Autophagosome; Autophagy; Drosophila; Flux; P62 Ref(2)P

Indexed keywords

ATG PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG; SIGNAL TRANSDUCING ADAPTOR PROTEIN;

ARTICLE; AUTOPHAGOSOME; AUTOPHAGY; CELL STRUCTURE; DROSOPHILA; FLUORESCENCE MICROSCOPY; GENE PRODUCT; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; SELECTIVE AUTOPHAGY; TRANSMISSION ELECTRON MICROSCOPY; WESTERN BLOTTING; ANIMAL; BIOASSAY; CYTOPLASM; DROSOPHILA MELANOGASTER; GENETICS; HUMAN; LYSOSOME; METABOLISM; PROCEDURES; PROTEIN DEGRADATION;

ADAPTOR PROTEINS, SIGNAL TRANSDUCING; ANIMALS; AUTOPHAGY; BIOLOGICAL ASSAY; CYTOPLASM; DROSOPHILA MELANOGASTER; HUMANS; LYSOSOMES; PROTEOLYSIS;

EID: 84924366318     PISSN: 10462023     EISSN: 10959130     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/j.ymeth.2014.11.016     Document Type: Article

References (86)

1. Mizushima N., Komatsu M. Cell 2011, 147:728-741.
2. Klionsky D.J., Cregg J.M., Dunn W.A., Emr S.D., Sakai Y., Sandoval I.V., Sibirny A., Subramani S., Thumm M., Veenhuis M., Ohsumi Y. Dev. Cell 2003, 5:539-545.
3. Tsukada M., Ohsumi Y. FEBS Lett. 1993, 333:169-174.
4. Yang Z., Klionsky D.J. Nat. Cell Biol. 2010, 12:814-822.
5. Mulakkal N.C., Nagy P., Takats S., Tusco R., Juhasz G., Nezis I.P. BioMed Res. Int. 2014, 2014:273473.
6. Scott R.C., Schuldiner O., Neufeld T.P. Dev. Cell 2004, 7:167-178.
7. Juhasz G., Neufeld T.P. Methods Mol. Biol. 2008, 445:125-133.
8. Mauvezin C., Ayala C., Braden C.R., Kim J., Neufeld T.P. Methods 2014, 68:134-139.
9. Klionsky D.J., Abdalla F.C., Abeliovich H., Abraham R.T., Acevedo-Arozena A., Adeli K., et al. Autophagy 2012, 8:445-544.
10. Rusten T.E., Lindmo K., Juhasz G., Sass M., Seglen P.O., Brech A., Stenmark H. Dev. Cell 2004, 7:179-192.
11. O'Farrell F., Wang S., Katheder N., Rusten T.E., Samakovlis C. PLoS Biol. 2013, 11:e1001612.
12. Cormier O., Mohseni N., Voytyuk I., Reed B.H. Autophagy 2012, 8:252-264.
13. Juhasz G., Erdi B., Sass M., Neufeld T.P. Genes Dev. 2007, 21:3061-3066.
14. Simonsen A., Cumming R.C., Brech A., Isakson P., Schubert D.R., Finley K.D. Autophagy 2008, 4:176-184.
15. Nezis I.P., Shravage B.V., Sagona A.P., Lamark T., Bjorkoy G., Johansen T., Rusten T.E., Brech A., Baehrecke E.H., Stenmark H. J. Cell Biol. 2010, 190:523-531.
16. Barth J.M., Szabad J., Hafen E., Kohler K. Cell Death Differ. 2011, 18:915-924.
17. Politi Y., Gal L., Kalifa Y., Ravid L., Elazar Z., Arama E. Dev. Cell 2014, 29:305-320.
18. DeVorkin L., Go N.E., Hou Y.C., Moradian A., Morin G.B., Gorski S.M. J. Cell Biol. 2014, 205:477-492.
19. Hou Y.C., Chittaranjan S., Barbosa S.G., McCall K., Gorski S.M. J. Cell Biol. 2008, 182:1127-1139.
20. Eskelinen E.L., Reggiori F., Baba M., Kovacs A.L., Seglen P.O. Autophagy 2011, 7:935-956.
21. Juhasz G., Hill J.H., Yan Y., Sass M., Baehrecke E.H., Backer J.M., Neufeld T.P. J. Cell Biol. 2008, 181:655-666.
22. Rusten T.E., Vaccari T., Lindmo K., Rodahl L.M., Nezis I.P., Sem-Jacobsen C., Wendler F., Vincent J.P., Brech A., Bilder D., Stenmark H. Curr. Biol. 2007, 17:1817-1825.
23. Scott R.C., Juhasz G., Neufeld T.P. Curr. Biol. 2007, 17:1-11.
24. Kovacs A.L., Palfia Z., Rez G., Vellai T., Kovacs J. Autophagy 2007, 3:655-662.
25. Novikoff A.B., Essner E. J. Cell Biol. 1962, 15:140-146.
26. Lorincz P., Lakatos Z., Maruzs T., Szatmari Z., Kis V., Sass M. BioMed Res. Int. 2014, 2014:851349.
27. Lucocq J.M., Hacker C. Autophagy 2013, 9:1443-1448.
28. Lippai M., Csikos G., Maroy P., Lukacsovich T., Juhasz G., Sass M. Autophagy 2008, 4:476-486.
29. Pulipparacharuvil S., Akbar M.A., Ray S., Sevrioukov E.A., Haberman A.S., Rohrer J., Kramer H. J. Cell Sci. 2005, 118:3663-3673.
30. Mizushima N., Yamamoto A., Matsui M., Yoshimori T., Ohsumi Y. Mol. Biol. Cell 2004, 15:1101-1111.
31. Kabeya Y., Mizushima N., Ueno T., Yamamoto A., Kirisako T., Noda T., Kominami E., Ohsumi Y., Yoshimori T. EMBO J. 2000, 19:5720-5728.
32. Suzuki K., Kubota Y., Sekito T., Ohsumi Y. Genes Cells 2007, 12:209-218.
33. Kishi-Itakura C., Koyama-Honda I., Itakura E., Mizushima N. J. Cell Sci. 2014, 127:4089-4102.
34. Velikkakath A.K., Nishimura T., Oita E., Ishihara N., Mizushima N. Mol. Biol. Cell 2012, 23:896-909.
35. Nagy P., Hegedus K., Pircs K., Varga A., Juhasz G. FEBS Lett. 2014, 588:408-413.
36. Lu Q., Yang P., Huang X., Hu W., Guo B., Wu F., Lin L., Kovacs A.L., Yu L., Zhang H. Dev. Cell 2011, 21:343-357.
37. Erdi B., Nagy P., Zvara A., Varga A., Pircs K., Menesi D., Puskas L.G., Juhasz G. Autophagy 2012, 8:1124-1135.
38. Chang Y.Y., Neufeld T.P. Mol. Biol. Cell 2009, 20:2004-2014.
39. Kimura S., Noda T., Yoshimori T. Autophagy 2007, 3:452-460.
40. Takats S., Nagy P., Varga A., Pircs K., Karpati M., Varga K., Kovacs A.L., Hegedus K., Juhasz G. J. Cell Biol. 2013, 201:531-539.
41. Pircs K., Nagy P., Varga A., Venkei Z., Erdi B., Hegedus K., Juhasz G. PLoS One 2012, 7:e44214.
42. Low P., Varga A., Pircs K., Nagy P., Szatmari Z., Sass M., Juhasz G. BMC Cell Biol. 2013, 14:29.
43. Nagy P., Karpati M., Varga A., Pircs K., Venkei Z., Takats S., Varga K., Erdi B., Hegedus K., Juhasz G. Autophagy 2014, 10:453-467.
44. Nagy P., Varga A., Pircs K., Hegedus K., Juhasz G. PLoS Genet. 2013, 9:e1003664.
45. Denton D., Shravage B., Simin R., Mills K., Berry D.L., Baehrecke E.H., Kumar S. Curr. Biol. 2009, 19:1741-1746.
46. Hindle S., Afsari F., Stark M., Middleton C.A., Evans G.J., Sweeney S.T., Elliott C.J. Hum. Mol. Genet. 2013, 22:2129-2140.
47. Ravikumar B., Moreau K., Jahreiss L., Puri C., Rubinsztein D.C. Nat. Cell Biol. 2010, 12:747-757.
48. Maskey D., Yousefi S., Schmid I., Zlobec I., Perren A., Friis R., Simon H.U. Nat. Commun. 2013, 4:2130.
49. Itakura E., Kishi-Itakura C., Mizushima N. Cell 2012, 151:1256-1269.
50. Itakura E., Mizushima N. Autophagy 2010, 6:764-776.
51. Proikas-Cezanne T., Ruckerbauer S., Stierhof Y.D., Berg C., Nordheim A. FEBS Lett. 2007, 581:3396-3404.
52. Hara T., Nakamura K., Matsui M., Yamamoto A., Nakahara Y., Suzuki-Migishima R., Yokoyama M., Mishima K., Saito I., Okano H., Mizushima N. Nature 2006, 441:885-889.
53. Komatsu M., Waguri S., Chiba T., Murata S., Iwata J., Tanida I., Ueno T., Koike M., Uchiyama Y., Kominami E., Tanaka K. Nature 2006, 441:880-884.
54. Pankiv S., Clausen T.H., Lamark T., Brech A., Bruun J.A., Outzen H., Overvatn A., Bjorkoy G., Johansen T. J. Biol. Chem. 2007, 282:24131-24145.
55. Randow F., Youle R.J. Cell Host Microbe 2014, 15:403-411.
56. Komatsu M., Waguri S., Koike M., Sou Y.S., Ueno T., Hara T., Mizushima N., Iwata J., Ezaki J., Murata S., Hamazaki J., Nishito Y., Iemura S., Natsume T., Yanagawa T., Uwayama J., Warabi E., Yoshida H., Ishii T., Kobayashi A., Yamamoto M., Yue Z., Uchiyama Y., Kominami E., Tanaka K. Cell 2007, 131:1149-1163.
57. Bartlett B.J., Isakson P., Lewerenz J., Sanchez H., Kotzebue R.W., Cumming R.C., Harris G.L., Nezis I.P., Schubert D.R., Simonsen A., Finley K.D. Autophagy 2011, 7:572-583.
58. Nezis I.P., Simonsen A., Sagona A.P., Finley K., Gaumer S., Contamine D., Rusten T.E., Stenmark H., Brech A. J. Cell Biol. 2008, 180:1065-1071.
59. Eisenberg T., Schroeder S., Andryushkova A., Pendl T., Kuttner V., Bhukel A., Marino G., Pietrocola F., Harger A., Zimmermann A., Moustafa T., Sprenger A., Jany E., Buttner S., Carmona-Gutierrez D., Ruckenstuhl C., Ring J., Reichelt W., Schimmel K., Leeb T., Moser C., Schatz S., Kamolz L.P., Magnes C., Sinner F., Sedej S., Frohlich K.U., Juhasz G., Pieber T.R., Dengjel J., Sigrist S.J., Kroemer G., Madeo F. Cell Metab. 2014, 19:431-444.
60. Sahani M.H., Itakura E., Mizushima N. Autophagy 2014, 10:431-441.
61. Suzuki K., Akioka M., Kondo-Kakuta C., Yamamoto H., Ohsumi Y. J. Cell Sci. 2013, 126:2534-2544.
62. Kalvari I., Tsompanis S., Mulakkal N.C., Osgood R., Johansen T., Nezis I.P., Promponas V.J. Autophagy 2014, 10:913-925.
63. Takats S., Pircs K., Nagy P., Varga A., Karpati M., Hegedus K., Kramer H., Kovacs A.L., Sass M., Juhasz G. Mol. Biol. Cell 2014, 25:1338-1354.
64. Chang T.K., Shravage B.V., Hayes S.D., Powers C.M., Simin R.T., Wade J. Nat. Cell Biol. 2013, 15:1067-1078.
65. Shelly S., Lukinova N., Bambina S., Berman A., Cherry S. Immunity 2009, 30:588-598.
66. Hegedus K., Takats S., Kovacs A.L., Juhasz G. Autophagy 2013, 9:1642-1646.
67. Rubinsztein D.C., Nixon R.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107:E181.
68. author reply E182.
69. Kadandale P., Stender J.D., Glass C.K., Kiger A.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107:10502-10507.
70. Chang Y.Y., Juhasz G., Goraksha-Hicks P., Arsham A.M., Mallin D.R., Muller L.K., Neufeld T.P. Biochem. Soc. Trans. 2009, 37:232-236.
71. Zirin J., Nieuwenhuis J., Perrimon N. PLoS Biol. 2013, 11:e1001708.
72. Juhasz G. Autophagy 2012, 8:1875-1876.
73. Li M., Khambu B., Zhang H., Kang J.H., Chen X., Chen D., Vollmer L., Liu P.Q., Vogt A., Yin X.M. J. Biol. Chem. 2013, 288:35769-35780.
74. Musiwaro P., Smith M., Manifava M., Walker S.A., Ktistakis N.T. Autophagy 2013, 9:1407-1417.
75. Rahman M., Haberman A., Tracy C., Ray S., Kramer H. Traffic 2012, 13:1680-1692.
76. Fouillet A., Levet C., Virgone A., Robin M., Dourlen P., Rieusset J., Belaidi E., Ovize M., Touret M., Nataf S., Mollereau B. Autophagy 2012, 8:915-926.
77. Zimmermann A.C., Zarei M., Eiselein S., Dengjel J. Autophagy 2010, 6:1009-1016.
78. Vincow E.S., Merrihew G., Thomas R.E., Shulman N.J., Beyer R.P., MacCoss M.J., Pallanck L.J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110:6400-6405.
79. Ravikumar B., Vacher C., Berger Z., Davies J.E., Luo S., Oroz L.G., Scaravilli F., Easton D.F., Duden R., O'Kane C.J., Rubinsztein D.C. Nat. Genet. 2004, 36:585-595.
80. Bjedov I., Toivonen J.M., Kerr F., Slack C., Jacobson J., Foley A., Partridge L. Cell Metab. 2010, 11:35-46.
81. Eisenberg T., Knauer H., Schauer A., Buttner S., Ruckenstuhl C., Carmona-Gutierrez D., Ring J., Schroeder S., Magnes C., Antonacci L., Fussi H., Deszcz L., Hartl R., Schraml E., Criollo A., Megalou E., Weiskopf D., Laun P., Heeren G., Breitenbach M., Grubeck-Loebenstein B., Herker E., Fahrenkrog B., Frohlich K.U., Sinner F., Tavernarakis N., Minois N., Kroemer G., Madeo F. Nat. Cell Biol. 2009, 11:1305-1314.
82. Gupta V.K., Scheunemann L., Eisenberg T., Mertel S., Bhukel A., Koemans T.S., Kramer J.M., Liu K.S., Schroeder S., Stunnenberg H.G., Sinner F., Magnes C., Pieber T.R., Dipt S., Fiala A., Schenck A., Schwaerzel M., Madeo F., Sigrist S.J. Nat. Neurosci. 2013, 16:1453-1460.
83. Arsham A.M., Neufeld T.P. PLoS One 2009, 4:e6068.
84. Kim M., Park H.L., Park H.W., Ro S.H., Nam S.G., Reed J.M., Guan J.L., Lee J.H. Autophagy 2013, 9:1201-1213.
85. Radoshevich L., Murrow L., Chen N., Fernandez E., Roy S., Fung C., Debnath J. Cell 2010, 142:590-600.
86. Nishida Y., Arakawa S., Fujitani K., Yamaguchi H., Mizuta T., Kanaseki T., Komatsu M., Otsu K., Tsujimoto Y., Shimizu S. Nature 2009, 461:654-658.