Genome-enabled plant metabolomics

Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences

Volumn 966, Issue , 2014, Pages 7-20

  Tohge, Takayuki ^a   de Souza, Leonardo Perez ^a   Fernie, Alisdair R ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE OF MOLECULAR PLANT PHYSIOLOGY   (Germany)

Author keywords

Genomics; Metabolomics; Plant metabolism; Secondary metabolite

Indexed keywords

GENETIC ENGINEERING; METABOLITES; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULES;

GENOME SEQUENCES; GENOMICS; METABOLOMICS; NEXT-GENERATION SEQUENCING; PLANT METABOLISM; PLANT METABOLOMICS; PROTEOMICS METHODS; SECONDARY METABOLITES;

GENES;

ALKALOID; GLUCOSINOLATE; POLYPHENOL DERIVATIVE; TERPENOID;

ARTICLE; BIOSYNTHESIS; GENE SEQUENCE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS FRAGMENTOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLITE; METABOLOMICS; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PLANT GENE; PLANT GENOME; PLANT METABOLISM; PLANT METABOLOMIC; PRIORITY JOURNAL; SPECIES DIVERSITY; GENETICS; GENOMICS; METABOLISM; PLANT; PROCEDURES;

GENOME, PLANT; GENOMICS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; METABOLOMICS; PLANTS;

EID: 84904608320     PISSN: 15700232     EISSN: 1873376X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/j.jchromb.2014.04.003     Document Type: Article

References (156)

1. Bolger M., Weisshaar B., Scholz U., Stein N., Usadel B., Mayer K. Curr. Opin. Biotechnol. 2014, 26:31.
2. L.o.s.g. Wikipedia, . http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequenced_genomes.
3. Tautz D., Ellegren H., Weigel D. Mol. Ecol. 2010, 19:1.
4. Schneeberger K., Weigel D. Trends Plant Sci. 2011, 16:282.
5. Wang Z., Gerstein M., Snyder M. Nat. Rev. Genet. 2009, 10:57.
6. Gonzalez-Ballester D., Casero D., Cokus S., Pellegrini M., Merchant S.S., Grossman A.R. Plant Cell 2010, 22:2058.
7. Koenig D., Jimenez-Gomez J.M., Kimura S., Fulop D., Chitwood D.H., Headland L.R., Kumar R., Covington M.F., Devisetty U.K., Tat A.V., Tohge T., Bolger A., Schneeberger K., Ossowski S., Lanz C., Xiong G., Taylor-Teeples M., Brady S.M., Pauly M., Weigel D., Usadel B., Fernie A.R., Peng J., Sinha N.R., Maloof J.N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110:E2655.
8. Lopez-Casado G., Covey P.A., Bedinger P.A., Mueller L.A., Thannhauser T.W., Zhang S., Fei Z., Giovannoni J.J., Rose J.K.C. Proteomics 2012, 12:761.
9. Evans V.C., Barker G., Heesom K.J., Fan J., Bessant C., Matthews D.A. Nat. Methods 2012, 9:1207.
10. Robertson G., Hirst M., Bainbridge M., Bilenky M., Zhao Y., Zeng T., Euskirchen G., Bernier B., Varhol R., Delaney A., Thiessen N., Griffith O.L., He A., Marra M., Snyder M., Jones S. Nat. Methods 2007, 4:651.
11. Kaul S., Koo H.L., Jenkins J., Rizzo M., Rooney T., Tallon L.J., Feldblyum T., Nierman W., Benito M.I., Lin X.Y., Town C.D., Venter J.C., Fraser C.M., Tabata S., Nakamura Y., Kaneko T., Sato S., Asamizu E., Kato T., Kotani H., Sasamoto S., Ecker J.R., Theologis A., Federspiel N.A., Palm C.J., Osborne B.I., Shinn P., Conway A.B., Vysotskaia V.S., Dewar K., Conn L., Lenz C.A., Kim C.J., Hansen N.F., Liu S.X., Buehler E., Altafi H., Sakano H., Dunn P., Lam B., Pham P.K., Chao Q., Nguyen M., Yu G.X., Chen H.M., Southwick A., Lee J.M., Miranda M., Toriumi M.J., Davis R.W., Wambutt R., Murphy G., Dusterhoft A., Stiekema W., Pohl T., Entian K.D., Terryn N., Volckaert G., Salanoubat M., Choisne N., Rieger M., Ansorge W., Unseld M., Fartmann B., Valle G., Artiguenave F., Weissenbach J., Quetier F., Wilson R.K., de la Bastide M., Sekhon M., Huang E., Spiegel L., Gnoj L., Pepin K., Murray J., Johnson D., Habermann K., Dedhia N., Parnell L., Preston R., Hillier L., Chen E., Marra M., Martienssen R., McCombie W.R., Mayer K., White O., Bevan M., Lemcke K., Creasy T.H., Bielke C., Haas B., Haase D., Maiti R., Rudd S., Peterson J., Schoof H., Frishman D., Morgenstern B., et al. Nature 2000, 408:796.
12. Goff S.A., Ricke D., Lan T.H., Presting G., Wang R.L., Dunn M., Glazebrook J., Sessions A., Oeller P., Varma H., Hadley D., Hutchinson D., Martin C., Katagiri F., Lange B.M., Moughamer T., Xia Y., Budworth P., Zhong J.P., Miguel T., Paszkowski U., Zhang S.P., Colbert M., Sun W.L., Chen L.L., Cooper B., Park S., Wood T.C., Mao L., Quail P., Wing R., Dean R., Yu Y.S., Zharkikh A., Shen R., Sahasrabudhe S., Thomas A., Cannings R., Gutin A., Pruss D., Reid J., Tavtigian S., Mitchell J., Eldredge G., Scholl T., Miller R.M., Bhatnagar S., Adey N., Rubano T., Tusneem N., Robinson R., Feldhaus J., Macalma T., Oliphant A., Briggs S. Science 2002, 296:92.
13. Yu J., Hu S.N., Wang J., Wong G.K.S., Li S.G., Liu B., Deng Y.J., Dai L., Zhou Y., Zhang X.Q., Cao M.L., Liu J., Sun J.D., Tang J.B., Chen Y.J., Huang X.B., Lin W., Ye C., Tong W., Cong L.J., Geng J.N., Han Y.J., Li L., Li W., Hu G.Q., Huang X.G., Li W.J., Li J., Liu Z.W., Li L., Liu J.P., Qi Q.H., Liu J.S., Li L., Li T., Wang X.G., Lu H., Wu T.T., Zhu M., Ni P.X., Han H., Dong W., Ren X.Y., Feng X.L., Cui P., Li X.R., Wang H., Xu X., Zhai W.X., Xu Z., Zhang J.S., He S.J., Zhang J.G., Xu J.C., Zhang K.L., Zheng X.W., Dong J.H., Zeng W.Y., Tao L., Ye J., Tan J., Ren X.D., Chen X.W., He J., Liu D.F., Tian W., Tian C.G., Xia H.G., Bao Q.Y., Li G., Gao H., Cao T., Wang J., Zhao W.M., Li P., Chen W., Wang X.D., Zhang Y., Hu J.F., Wang J., Liu S., Yang J., Zhang G.Y., Xiong Y.Q., Li Z.J., Mao L., Zhou C.S., Zhu Z., Chen R.S., Hao B.L., Zheng W.M., Chen S.Y., Guo W., Li G.J., Liu S.Q., Tao M., Wang J., Zhu L.H., Yuan L.P., Yang H.M. Science 2002, 296:79.
14. Yonekura-Sakakibara K., Saito K. Nat. Prod. Rep. 2009, 26:1466.
15. Dixon R.A., Sumner L.W. Plant Physiol. 2003, 131:878.
16. Fernie A.R., Trethewey R.N., Krotzky A.J., Willmitzer L. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5:763.
17. Vaidyanathan S., Goodacre R. Abstracts of Papers of the ACS 2003, 225:U199.
18. Croteau R., Kutchan T., Lewis N. Biochemistry and Molecular Biology of Plants 2000, 1250. American Society of Plant Physiologists, Rockville, MD. B. Buchanan, W. Gruissem, R. Jones (Eds.).
19. PlantCyc, . http://www.plantcyc.org/.
20. Govaerts R. Taxon 2001, 50:1085.
21. Chapple C.C.S., Shirley B.W., Zook M., Hammerschmidt R., Somerville S.C. Arabidopsis 1994, 989. Cold Spring Harbor Monograph Series.
22. KNApSaCK, . http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/top.html.
23. Giavalisco P., Kohl K., Hummel J., Seiwert B., Willmitzer L. Anal. Chem. 2009, 81:6546.
24. Feldberg L., Venger I., Malitsky S., Rogachev I., Aharoni A. Anal. Chem. 2009, 81:9257.
25. Nobeli I., Ponstingl H., Krissinel E.B., Thornton J.M. J. Mol. Biol. 2003, 334:697.
26. van der Werf M.J., Overkamp K.M., Muilwijk B., Coulier L., Hankemeier T. Anal. Biochem. 2007, 370:17.
27. Fernie A.R., Stitt M. Plant Physiol. 2012, 158:1139.
28. Obata T., Fernie A.R. Cell. Mol. Life Sci. 2012, 69:3225.
29. Lisec J., Schauer N., Kopka J., Willmitzer L., Fernie A.R. Nat. Protoc. 2006, 1:387.
30. Halket J.M., Waterman D., Przyborowska A.M., Patel R.K.P., Fraser P.D., Bramley P.M. J. Exp. Bot. 2005, 56:219.
31. Tohge T., Fernie A.R. Phytochemistry 2009, 70:450.
32. Schauer N., Steinhauser D., Strelkov S., Schomburg D., Allison G., Moritz T., Lundgren K., Roessner-Tunali U., Forbes M.G., Willmitzer L., Fernie A.R., Kopka J. FEBS Lett. 2005, 579:1332.
33. Tohge T., Mettler T., Arrivault S., Carroll A.J., Stitt M., Fernie A.R. Front. Plant Sci. 2011, 2:61.
34. Araújo W.L., Ishizaki K., Nunes-Nesi A., Larson T.R., Tohge T., Krahnert I., Witt S., Obata T., Schauer N., Graham I.A., Leaver C.J., Fernie A.R. Plant Cell 2010, 22:1549.
35. Kopka J. J. Biotechnol. 2006, 124:312.
36. Kopka J., Schauer N., Krueger S., Birkemeyer C., Usadel B., Bergmuller E., Dormann P., Weckwerth W., Gibon Y., Stitt M., Willmitzer L., Fernie A.R., Steinhauser D. Bioinformatics 2005, 21:1635.
37. Barnes B., Wilson M., Carr P., Vitha M., Broeckling C., Heuberger A., Prenni J., Janis G., Corcoran H., Snow N., Chopra S., Dhandapani R., Tawfall A., Sumner L., Boswell P. Anal Chem. 2013, [Epub ahead of print].
38. Jenkins H., Hardy N., Beckmann M., Draper J., Smith A.R., Taylor J., Fiehn O., Goodacre R., Bino R.J., Hall R., Kopka J., Lane G.A., Lange B.M., Liu J.R., Mendes P., Nikolau B.J., Oliver S.G., Paton N.W., Rhee S., Roessner-Tunali U., Saito K., Smedsgaard J., Sumner L.W., Wang T., Walsh S., Wurtele E.S., Kell D.B. Nat. Biotechnol. 2004, 22:1601.
39. Sumner L.W., Amberg A., Barrett D., Beale M.H., Beger R., Daykin C.A., Fan T.W.M., Fiehn O., Goodacre R., Griffin J.L., Hankemeier T., Hardy N., Harnly J., Higashi R., Kopka J., Lane A.N., Lindon J.C., Marriott P., Nicholls A.W., Reily M.D., Thaden J.J., Viant M.R. Metabolomics 2007, 3:211.
40. Fernie A.R., Aharoni A., Willmitzer L., Stitt M., Tohge T., Kopka J., Carroll A.J., Saito K., Fraser P.D., DeLuca V. Plant Cell 2011, 23:2477.
41. Lei Z., Huhman D.V., Sumner L.W. J. Biol. Chem. 2011, 286:25435.
42. Burgos A., Szymanski J., Seiwert B., Degenkolbe T., Hannah M.A., Giavalisco P., Willmitzer L. Plant J. 2011, 66:656.
43. Li M., Baughman E., Roth M., Han X., Welti R., Wang X. Plant J 2013, 10.1111/tpj.12365.
44. Arrivault S., Guenther M., Ivakov A., Feil R., Vosloh D., van Dongen J.T., Sulpice R., Stitt M. Plant J. 2009, 59:824.
45. Cruz J.A., Emery C., Wuest M., Kramer D.M., Lange B.M. Plant J. 2008, 55:1047.
46. Kojima M., Kamada-Nobusada T., Komatsu H., Takei K., Kuroha T., Mizutani M., Ashikari M., Ueguchi-Tanaka M., Matsuoka M., Suzuki K., Sakakibara H. Plant Cell Physiol. 2009, 50:1201.
47. Moco S., Bino R.J., Vorst O., Verhoeven H.A., de Groot J., van Beek T.A., Vervoort J., de Vos C.H.R. Plant Physiol. 2006, 141:1205.
48. Dunn W.B. Phys. Biol. 2008, 5:1-24.
49. Allwood J.W., Goodacre R. Phytochem. Anal. 2010, 21:33.
50. Petersen M. Phytochemistry 2007, 68:2847.
51. Hanhineva K., Rogachev I., Kokko H., Mintz-Oron S., Venger I., Karenlampi S., Aharoni A. Phytochemistry 2008, 69:2463.
52. Tohge T., Nishiyama Y., Hirai M.Y., Yano M., Nakajima J., Awazuhara M., Inoue E., Takahashi H., Goodenowe D.B., Kitayama M., Noji M., Yamazaki M., Saito K. Plant J. 2005, 42:218.
53. Tohge T., Yonekura-Sakakibara K., Niida R., Watanabe-Takahashi A., Saito K. Pure Appl. Chem. 2007, 79:811.
54. Routaboul J.M., Kerhoas L., Debeaujon I., Pourcel L., Caboche M., Einhorn J., Lepiniec L. Planta 2006, 224:96.
55. Schilmiller A.L., Charbonneau A.L., Last R.L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109:16377.
56. Keurentjes J.J.B., Fu J.Y., de Vos C.H.R., Lommen A., Hall R.D., Bino R.J., van der Plas L.H.W., Jansen R.C., Vreugdenhil D., Koornneef M. Nat. Genet. 2006, 38:842.
57. Horai H., Arita M., Kanaya S., Nihei Y., Ikeda T., Suwa K., Ojima Y., Tanaka K., Tanaka S., Aoshima K., Oda Y., Kakazu Y., Kusano M., Tohge T., Matsuda F., Sawada Y., Hirai M.Y., Nakanishi H., Ikeda K., Akimoto N., Maoka T., Takahashi H., Ara T., Sakurai N., Suzuki H., Shibata D., Neumann S., Iida T., Tanaka K., Funatsu K., Matsuura F., Soga T., Taguchi R., Saito K., Nishioka T. J. Mass Spectrom. 2010, 45:703.
58. Skogerson K., Wohlgemuth G., Barupal D.K., Fiehn O. BMC Bioinf. 2011, 12:321.
59. Kind T., Liu K.-H., Lee D.Y., DeFelice B., Meissen J.K., Fiehn O. Nat. Methods 2013, 10:755.
60. Lommen A., Weseman J.M., Smith G.O., Noteborn H. Biodegradation 1998, 9:513.
61. Dixon R.A., Gang D.R., Charlton A.J., Fiehn O., Kuiper H.A., Reynolds T.L., Tjeerdema R.S., Jeffery E.H., German J.B., Ridley W.P., Seiber J.N. J. Agric. Food Chem. 2006, 54:8984.
62. Bolle C., Huep G., Kleinboelting N., Haberer G., Mayer K., Leister D., Weisshaar B. Plant J. 2013, 75:157.
63. Alonso J.M. Science 2003, 301:1849.
64. Albinsky D., Kusano M., Higuchi M., Hayashi N., Kobayashi M., Fukushima A., Mori M., Ichikawa T., Matsui K., Kuroda H., Horii Y., Tsumoto Y., Sakakibara H., Hirochika H., Matsui M., Saito K. Mol. Plant 2010, 3:125.
65. Nakamura H., Hakata M., Amano K., Miyao A., Toki N., Kajikawa M., Pang J., Higashi N., Ando S., Toki S., Fujita M., Enju A., Seki M., Nakazawa M., Ichikawa T., Shinozaki K., Matsui M., Nagamura Y., Hirochika H., Ichikawa H. Plant Mol. Biol. 2007, 65:357.
66. Kondou Y., Higuchi M., Takahashi S., Sakurai T., Ichikawa T., Kuroda H., Yoshizumi T., Tsumoto Y., Horii Y., Kawashima M., Hasegawa Y., Kuriyama T., Matsui K., Kusano M., Albinsky D., Takahashi H., Nakamura Y., Suzuki M., Sakakibara H., Kojima M., Akiyama K., Kurotani A., Seki M., Fujita M., Enju A., Yokotani N., Saitou T., Ashidate K., Fujimoto N., Ishikawa Y., Mori Y., Nanba R., Takata K., Uno K., Sugano S., Natsuki J., Dubouzet J.G., Maeda S., Ohtake M., Mori M., Oda K., Takatsuji H., Hirochika H., Matsui M. Plant J. 2009, 57:883.
67. Higuchi M., Kondou Y., Mori M., Ichikawa T., Matsui M. Transgenic Plants: Methods and Protocols 2012, 75. Humana Press, Totowa, NJ. second ed.
68. Nakamura H., Muramatsu M., Hakata M., Ueno O., Nagamura Y., Hirochika H., Takano M., Ichikawa H. Plant Cell Physiol. 2009, 50:1933.
69. Asano T., Hakata M., Nakamura H., Aoki N., Komatsu S., Ichikawa H., Hirochika H., Ohsugi R. Plant Mol. Biol. 2011, 75:179.
70. Tohge T., Fernie A.R. Nat. Protoc. 2010, 5:1210.
71. Morreel K., Dima O., Kim H., Lu F., Niculaes C., Vanholme R., Dauwe R., Goeminne G., Inze D., Messens E., Ralph J., Boerjan W. Plant Physiol. 2010, 153:1464.
72. Saito K., Yonekura-Sakakibara K., Nakabayashi R., Higashi Y., Yamazaki M., Tohge T., Fernie A. Plant Physiol. Biochem. 2013, [Epub ahead of print].
73. Vanholme R., Cesarino I., Rataj K., Xiao Y., Sundin L., Goeminne G., Kim H., Cross J., Morreel K., Araujo P., Welsh L., Haustraete J., McClellan C., Vanholme B., Ralph J., Simpson G.G., Halpin C., Boerjan W. Science 2013, 341:1103.
74. Tohge T., Watanabe M., Hoefgen R., Fernie A.R. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2013, 48:123.
75. Saito K., Hirai M.Y., Yonekura-Sakakibara K. Trends Plant Sci. 2008, 13:36.
76. Mutwil M., Klie S., Tohge T., Giorgi F.M., Wilkins O., Campbell M.M., Fernie A.R., Usadel B., Nikoloski Z., Persson S. Plant Cell 2011, 23:895.
77. Persson S., Wei H.R., Milne J., Page G.P., Somerville C.R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102:8633.
78. Alejandro S., Lee Y., Tohge T., Sudre D., Osorio S., Park J., Bovet L., Lee Y., Geldner N., Fernie A., Martinoia E. Curr. Biol. 2012, 10:1207.
79. Araújo W.L., Tohge T., Ishizaki K., Leaver C.J., Fernie A.R. Trends Plant Sci. 2011, 16:489.
80. Tohge T., Ramos M.S., Nunes-Nesi A., Mutwil M., Giavalisco P., Steinhauser D., Schellenberg M., Willmitzer L., Persson S., Martinoia E., Fernie A.R. Plant Physiol. 2011, 157:1469.
81. Shinbo Y., Nakamura Y., Altaf-Ul-Amin M., Asahi H., Kurokawa K., Arita M., Saito K., Ohta D., Shibata D., Kanaya S. Biotechnol. Agr. Forest 2006, 57:166.
82. PLAZA, . http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/.
83. Proost S., Van Bel M., Sterck L., Billiau K., Van Parys T., Van de Peer Y., Vandepoele K. Plant Cell 2009, 21:3718.
84. Van Bel M., Proost S., Wischnitzki E., Movahedi S., Scheerlinck C., Van de Peer Y., Vandepoele K. Plant Physiol. 2012, 158:590.
85. Vandepoele K., Van Bel M., Richard G., Van Landeghem S., Verhelst B., Moreau H., Van de Peer Y., Grimsley N., Piganeau G. Environ. Microbiol. 2013, 15:2147.
86. Connolly J.D., Hill R.A., Connolly J.D., Hill R.P. Dictionary of Terpenoids, vols. 1, 2 and 3; Mono- and Sesquiterpenoids, vol. 1; Di- and Higher Terpenoids, Vol. 2; Indexes, vol. 3. Xlix + 653p. (vol. 1); Vii+806p. (vol. 2); Ix+629p. (vol. 3) 1991, Chapman and Hall, London, England, New York, NY, USA, p. XLIX+653P (vol. 1).
87. Gershenzon J., Dudareva N. Nat. Chem. Biol. 2007, 3:408.
88. Tholl D., Lee S. The Arabidopsis Book 2011, vol. 9:e0143. American Society of Plant Biologists, Rockville.
89. Klee H.J., Giovannoni J.J. Annu. Rev. Genet. 2011, 45:41.
90. Tieman D., Bliss P., McIntyre L.M., Blandon-Ubeda A., Bies D., Odabasi A.Z., Rodriguez G.R., van der Knaap E., Taylor M.G., Goulet C., Mageroy M.H., Snyder D.J., Colquhoun T., Moskowitz H., Clark D.G., Sims C., Bartoshuk L., Klee H.J. Curr. Biol. 2012, 22:1035.
91. Tohge T., Alseekh S., Fernie A. J. Exp. Bot. 2014, (Epub ahead of print).
92. Seki H., Ohyama K., Sawai S., Mizutani M., Ohnishi T., Sudo H., Akashi T., Aoki T., Saito K., Muranaka T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105:14204.
93. Seki H., Sawai S., Ohyama K., Mizutani M., Ohnishi T., Sudo H., Fukushima E.O., Akashi T., Aoki T., Saito K., Muranaka T. Plant Cell 2011, 23:4112.
94. Wang G., Tang W., Bidigare R.R. Nat. Prod.: Drug Discov. Ther. Med. 2005, 197.
95. Naoumkina M.A., Modolo L.V., Huhman D.V., Urbanczyk-Wochniak E., Tang Y., Sumner L.W., Dixon R.A. Plant Cell 2010, 22:850.
96. Pollier J., Morreel K., Geelen D., Goossens A. J. Nat. Prod. 2011, 74:1462.
97. Mintz-Oron S., Mandel T., Rogachev I., Feldberg L., Lotan O., Yativ M., Wang Z., Jetter R., Venger I., Adato A., Aharoni A. Plant Physiol. 2008, 147:823.
98. Iijima Y., Nakamura Y., Ogata Y., Tanaka K., Sakurai N., Suda K., Suzuki T., Suzuki H., Okazaki K., Kitayama M., Kanaya S., Aoki K., Shibata D. Plant J. 2008, 54:949.
99. Itkin M., Rogachev I., Alkan N., Rosenberg T., Malitsky S., Masini L., Meir S., Iijima Y., Aoki K., de Vos R., Prusky D., Burdman S., Beekwilder J., Aharoni A. Plant Cell 2011, 23:4507.
100. Rohrmann J., Tohge T., Alba R., Osorio S., Caldana C., McQuinn R., Arvidsson S., van der Merwe M.J., Riaño-Pachón D.M., Mueller-Roeber B., Fei Z., Nesi A., Giovannoni J., Fernie A. Plant J. 2011, 68:999.
101. Ronen G., Cohen M., Zamir D., Hirschberg J. Plant J. 1999, 17:341.
102. Buttery R.G., Seifert R.M., Guadagni D.G., Ling L.C. J. Agric. Food Chem. 1971, 19:524.
103. Buttery R.G., Teranishi R., Ling L.C. J. Agric. Food Chem. 1987, 35:540.
104. Buttery R.G., Takeoka G., Teranishi R., Ling L.C. J. Agric. Food Chem. 1990, 38:2050.
105. Petro-Turza M. Food Rev. Int. 1987, 2:309.
106. Dudareva N., Pichersky E., Gershenzon J. Plant Physiol. 2004, 135:1893.
107. Pichersky E., Gang D.R. Trends Plant Sci. 2000, 5:439.
108. Schwab W., Davidovich-Rikanati R., Lewinsohn E. Plant J. 2008, 54:712.
109. Fang N.B., Yu S.G., Badger T.M. FASEB J. 2003, 17:A768.
110. Heuberger A.L., Lewis M.R., Chen M.-H., Brick M.A., Leach J.E., Ryan E.P. PLoS ONE 2010, 5:e12915.
111. Lohr M., Schwender J., Polle J.E.W. Plant Sci. 2012, 185:9.
112. Atta-Ur-Rahman M.I.C. Alkaloids 1998, 61.
113. Eich E. Solanaceae and Convolvulaceae: Secondary Metabolites: Biosynthesis, Chemotaxonomy, Biological and Economic Significance 2008, Springer, Berlin.
114. Itkin M., Heinig U., Tzfadia O., Bhide A.J., Shinde B., Cardenas P.D., Bocobza S.E., Unger T., Malitsky S., Finkers R., Tikunov Y., Bovy A., Chikate Y., Singh P., Rogachev I., Beekwilder J., Giri A.P., Aharoni A. Science 2013, 341:175.
115. Ziegler J., Facchini P.J. Ann. Rev. Plant Biol. 2008, 735.
116. Inui T., Tamura K.-I., Fujii N., Morishige T., Sato F. Plant Cell Physiol. 2007, 48:252.
117. Farrow S.C., Facchini P.J. J. Biol. Chem. 2013, 288:28997.
118. Li C., Leopold A., Sander G., Shanks J., Zhao L., Gibson S. BMC Plant Biol. 2013, 8:155.
119. Dewey R.E., Xie J. Phytochemistry 2013, 94:10.
120. Saito K., Sudo H., Yamazaki M., Koseki-Nakamura M., Kitajima M., Takayama H., Aimi N. Plant Cell Rep. 2001, 20:267.
121. Rischer H., Oresic M., Seppanen-Laakso T., Katajamaa M., Lammertyn F., Ardiles-Diaz W., Van Montagu M.C.E., Inze D., Oksman-Caldentey K.M., Goossens A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103:5614.
122. Murata J., Roepke J., Gordon H., De Luca V. Plant Cell 2008, 20:524.
123. Gongora-Castillo E., Childs K.L., Fedewa G., Hamilton J.P., Liscombe D.K., Magallanes-Lundback M., Mandadi K.K., Nims E., Runguphan W., Vaillancourt B., Varbanova-Herde M., DellaPenna D., McKnight T.D., O'Connor S., Buell C.R. PLoS ONE 2012, 7:e52506.
124. Yamazaki M., Mochida K., Asano T., Nakabayashi R., Chiba M., Udomson N., Yamazaki Y., Goodenowe D.B., Sankawa U., Yoshida T., Toyoda A., Totoki Y., Sakaki Y., Gongora-Castillo E., Buell C.R., Sakurai T., Saito K. Plant Cell Physiol. 2013, 54:686.
125. Antonio C., Mustafa N.R., Osorio S., Tohge T., Giavalisco P., Willmitzer L., Rischer H., Oksman-Caldentey K.-M., Verpoorte R., Fernie A.R. Molecular Plant 2013, 6:581.
126. Goossens A., Hakkinen S.T., Laakso I., Seppanen-Laakso T., Biondi S., De Sutter V., Lammertyn F., Nuutila A.M., Soderlund H., Zabeau M., Inze D., Oksman-Caldentey K.M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100:8595.
127. Bravo L. Nutr. Rev. 1998, 56:317.
128. Tohge T., Watanabe M., Hoefgen R., Fernie A.R. Front. Plant Sci. 2013, 4:62.
129. Nakabayashi R., Kusano M., Kobayashi M., Tohge T., Yonekura-Sakakibara K., Kogure N., Yamazaki M., Kitajima M., Saito K., Takayama H. Phytochemistry 2009, 70:1017.
130. Moco S., Capanoglu E., Tikunov Y., Bino R.J., Boyacioglu D., Hall R.D., Vervoort J., De Vos R.C.H. J. Exp. Bot. 2007, 58:4131.
131. Dal Cin V., Kevany B., Fei Z., Klee H.J. Theor. Appl. Genet. 2009, 119:1183.
132. Matsuda F., Okazaki Y., Oikawa A., Kusano M., Nakabayashi R., Kikuchi J., Yonemaru J.-I., Ebana K., Yano M., Saito K. Plant J. 2012, 70:624.
133. Broeckling C.D., Huhman D.V., Farag M.A., Smith J.T., May G.D., Mendes P., Dixon R.A., Sumner L.W. J. Exp. Bot. 2005, 56:323.
134. Farag M.A., Huhman D.V., Lei Z., Sumner L.W. Phytochemistry 2007, 68:342.
135. Zhang J., Subramanian S., Stacey G., Yu O. Plant J. 2009, 57:171.
136. Suzuki H., Sasaki R., Ogata Y., Nakamura Y., Sakurai N., Kitajima M., Takayama H., Kanaya S., Aoki K., Shibata D., Saito K. Phytochemistry 2008, 69:99.
137. Weng J.-K., Akiyama T., Bonawitz N.D., Li X., Ralph J., Chapple C. Plant Cell 2010, 22:1033.
138. Palmieri F., Pierri C.L., De Grassi A., Nunes-Nesi A., Fernie A.R. Plant J. 2011, 66:161.
139. Kliebenstein D.J., Lambrix V.M., Reichelt M., Gershenzon J., Mitchell-Olds T. Plant Cell 2001, 13:681.
140. Reichelt M., Brown P.D., Schneider B., Oldham N.J., Stauber E., Tokuhisa J., Kliebenstein D.J., Mitchell-Olds T., Gershenzon J. Phytochemistry 2002, 59:663.
141. Hirai M.Y., Sugiyama K., Sawada Y., Tohge T., Obayashi T., Suzuki A., Araki R., Sakurai N., Suzuki H., Aoki K., Goda H., Nishizawa O.I., Shibata D., Saito K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104:6478.
142. Fahey J.W., Zhang Y.S., Talalay P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94:10367.
143. Kushad M.M., Brown A.F., Kurilich A.C., Juvik J.A., Klein B.P., Wallig M.A., Jeffery E.H. J. Agric. Food Chem. 1999, 47:1541.
144. Mithen R., Faulkner K., Magrath R., Rose P., Williamson G., Marquez J. Theor. Appl. Genet. 2003, 106:727.
145. Grubb C.D., Abel S. Trends Plant Sci. 2006, 11:89.
146. Halkier B.A., Gershenzon J. Annu. Rev. Plant Biol. 2006, 57:303.
147. Martin C., Butelli E., Petroni K., Tonelli C. Plant Cell 2011, 23:1685.
148. Martin C. Curr. Opin. Biotechnol. 2013, 24:344.
149. Witt S., Galicia L., Lisec J., Cairns J., Tiessen A., Luis Araus J., Palacios-Rojas N., Fernie A.R. Mol. Plant 2012, 5:401.
150. Nakabayashi R., Yonekura-Sakakibara K., Urano K., Suzuki M., Yamada Y., Nishizawa T., Matsuda F., Kojima M., Sakakibara H., Shinozaki K., Michael A., Tohge T., Yamazaki M., Saito K. Plant J. 2013, (Epub ahead of print).
151. Fiehn O., Kopka J., Dormann P., Altmann T., Trethewey R.N., Willmitzer L. Nat. Biotechnol. 2000, 18:1157.
152. Hirai M.Y., Yano M., Goodenowe D.B., Kanaya S., Kimura T., Awazuhara M., Arita M., Fujiwara T., Saito K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101:10205.
153. Kushwaha A.K., Sangwan N.S., Trivedi P.K., Negi A.S., Misra L., Sangwan R.S. PLoS ONE 2013, 8:e74777.
154. Hur M., Campbell A.A., Almeida-de-Macedo M., Li L., Ransom N., Jose A., Crispin M., Nikolauh B.J., Wurtele E.S. Nat. Prod. Rep. 2013, 30:565.
155. Meyer E.H., Tomaz T., Carroll A.J., Estavillo G., Delannoy E., Tanz S.K., Small I.D., Pogson B.J., Millar A.H. Plant Physiol. 2009, 151:603.
156. Schauer N., Fernie A.R. Trends Plant Sci. 2006, 11:508.