Divide and conquer hartree-fock calculations on proteins

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 2, 2010, Pages 405-411

  He, Xiao ^a   Merz Jr , Kenneth M ^a  

^a University of Florida ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77950172747     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct9006635     Document Type: Article

References (56)

1. Szabo, A.; Ostlund, N. S. Modern quantum chemistry: introduction to Advanced electronic structure theory, 1st ed.; McGraw-Hill: New York, 1989.
2. Parr, R. G.; Yang, W. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 1995, 46, 701.
3. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 0618.
4. Bartlett, R. J.; Musial, M. Rev. Mod. Phys. 2007, 79, 291.
5. Čížek, J. J. Chem. Phys. 1966, 45, 4256.
6. Crawford, T. D.; Schaefer, H. F. Rev. Comput. Chem. 2000, 14, 33.
7. Kállay, M.; Gauss, J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 214105.
8. Kállay, M.; Surján, P. R. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2945.
9. Bomble, Y. J.; Stanton, J. F.; Kállay, M.; Gauss, J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 054101.
10. Strout, D. L.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1995, 102, 8448.
11. Schwegler, E.; Challacombe, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2726.
12. Goedecker, S. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, 1085.
13. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904.
14. Challacombe, M.; Schwegler, E. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5526.
15. Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Beachy, M. D.; Ringnalda, M. N.; Pollard, W. T.; Dunietz, B. D.; Cao, Y. X. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1913.
16. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1994, 230, 8.
17. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 253, 268.
18. Scuseria, G. E. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4782.
19. Korchowiec, J.; Lewandowski, J.; Makowski, M.; Gu, F. L.; Aoki, Y. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2515.
20. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112.
21. Daniels, A. D.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1321.
22. Yang, W. T. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438.
23. Yang, W. T.; Lee, T. S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674.
24. Kohn, W. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 3168.
25. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. Science 1996, 271, 51.
26. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11791.
27. Fusti-Molnar, L. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11080.
28. Fusti-Molnar, L.; Pulay, P. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7827.
29. Shao, Y.; Molnar, L. F.; Jung, Y.; Kussmann, J.; Ochsenfeld, C.; Brown, S. T.; Gilbert, A. T. B.; Slipchenko, L. V.; Levchenko, S. V.; O'Neill, D. P.; DiStasio, R. A.; Lochan, R. C.; Wang, T.; Beran, G. J. O.; Besley, N. A.; Herbert, J. M.; Lin, C. Y.; Van Voorhis, T.; Chien, S. H.; Sodt, A.; Steele, R. P.; Rassolov, V. A.; Maslen, P. E.; Korambath, P. P.; Adamson, R. D.; Austin, B.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Dachsel, H.; Doerksen, R. J.; Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Dutoi, A. D.; Furlani, T. R.; Gwaltney, S. R.; Heyden, A.; Hirata, S.; Hsu, C. P.; Kedziora, G.; Khalliulin, R. Z.; Klunzinger, P.; Lee, A. M.; Lee, M. S.; Liang, W.; Lotan, I.; Nair, N.; Peters, B.; Proynov, E. I.; Pieniazek, P. A.; Rhee, Y. M.; Ritchie, J.; Rosta, E.; Sherrill, C. D.; Simmonett, A. C.; Subotnik, J. E.; Woodcock, H. L.; Zhang, W.; Bell, A. T.; Chakraborty, A. K.; Chipman, D. M.; Keil, F. J.; Warshel, A.; Hehre, W. J.; Schaefer, H. F.; Kong, J.; Krylov, A. I.; Gill, P. M. W.; HeadGordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172.
30. Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643.
31. Gogonea, V.; Westerhoff, L. M.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5604.
32. Shaw, D. M.; St-Amant, A. J. Theor. Comput. Chem. 2004, 3, 419.
33. Kobayashi, M.; Nakai, H. Int. J. Quantum Chem. 2009, 109, 2227.
34. Akama, T.; Fujii, A.; Kobayashi, M.; Nakai, H. Mol. Phys. 2007, 105, 2799.
35. Akama, T.; Kobayashi, M.; Nakai, H. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2003.
36. Kobayashi, M.; Akama, T.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 204106.
37. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980.
38. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4301.
39. Exner, T. E.; Mezey, P. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 4061.
40. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Fukuzawa, K.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, 475.
41. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2006, 433, 182.
42. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
43. He, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 031103.
44. Fedorov, D. G.; Ishimura, K.; Ishida, T.; Kitaura, K.; Pulay, P.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1476.
45. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134103.
46. Kobayashi, M.; Imamura, Y.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2007, 127, 074103.
47. Kobayashi, M.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2008, 129, 044103.
48. Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 879.
49. Schwegler, E.; Challacombe, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 6223.
50. Burant, J. C.; Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 248, 43.
51. Shao, Y. H.; White, C. A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6572.
52. Ochsenfeld, C. Chem. Phys. Lett. 2000, 327, 216.
53. Ochsenfeld, C.; White, C. A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 1998, 109, 1663.
54. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044903.
55. Chen, X. H.; Zhang, Y. K.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184105.
56. He, X.; Ayers, K.; Brothers, E.; Merz, K. M. QUICK; University of Florida: Gainesville, FL, 2008.