Electrostatically embedded molecular tailoring approach and validation for peptides

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 3, 2013, Pages 1381-1393

  Isegawa, Miho ^a   Wang, Bo ^a   Truhlar, Donald G ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84874840529     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300845q     Document Type: Article

References (94)

1. Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438
2. Yang, W. Phys. Rev. A 1991, 44, 7823
3. Lee, C.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2408
4. Lu, J. P.; Yang, W. Phys. Rev. B 1994, 49, 11421
5. York, D.; Lu, J. P.; Yang, W. Phys. Rev. B 1994, 49, 8526
6. Zhao, Q.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1995, 102, 9598
7. Yang, W.; Lee, T.-S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674
8. White, C. A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6593
9. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, N. J. Science 1996, 271, 51
10. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1994, 230, 8
11. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165
12. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 484
13. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109
14. Elango, M.; Subramanian, V.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R.; Sathyamurthy, N. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 7699
15. Rahalkar, A. P.; Ganesh, V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 234101
16. Rahalkar, A. P.; Katouda, M.; Gadre, S. R.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2010, 31, 2405
17. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2010, 132, 094102
18. Mahadevi, A. S.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R.; Sastry, G. N. J. Chem. Phys. 2010, 133, 164308
19. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2011, 134, 084111
20. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701
21. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 614
22. Kitaura, K.; Sugiki, S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 163
23. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832
24. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2638
25. Fedorov, D. G.; Ishimura, K.; Ishida, T.; Kitaura, K.; Pulay, P.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1476
26. Sawada, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Int. J. Quantum Chem. 2009, 109, 2033
27. Murata, K.; Fedorov, D. G.; Nakanishi, I.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 809
28. Fedorov, D. G.; Jensen, J. H.; Deka, R. C.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 11808
29. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
30. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112
31. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293
32. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102
33. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
34. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2009, 131, 104103
35. Pruitt, S. R.; Addicoat, M. A.; Collins, M. A.; Gordon, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7752
36. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193
37. Hua, W. J.; Fang, T.; Li, W.; Yu, J. G.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10864
38. Hua, S. G.; Hua, W. J.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8126
39. Xie, W.; Song, L.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 234108
40. Wang, Y.; Sosa, C.; Cembran, A.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 6781
41. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. J. Int. Quantum Chem. 2005, 103, 808
42. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. J. Int. Quantum Chem. 2006, 106, 447
43. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 9541
44. Dahlke, E. E; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
45. Dahlke, E. E; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342
46. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33
47. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573
48. Hirata, S.; Valiev, M.; Dupuis, M.; Xantheas, S. S.; Sugiki, S.; Sekino, H. Mol. Phys. 2005, 103, 2255
49. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342
50. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33
51. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1336
52. Řezač, J.; Salahub, D. R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 8, 2669
53. Wen, S.; Nanda, K.; Huang, Y.; Beran, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7578
54. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 5, 1573
55. Harrison, M. J.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12285
56. Lin, H.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 185
57. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718
58. Gao, J.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4714
59. Zhang, Y.; Lee, T.-S.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1999, 110, 46
60. Zhang, Y. J. Chem. Phys. 2005, 122, 24114
61. DiLabio, G. A.; Hurley, M. M.; Christiansen, P. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9578
62. Koga, N.; Morokuma, K. Chem. Phys. Lett. 1990, 172, 243
63. Nasuluzov, V. A.; Ivanova, E. A.; Shor, A. M.; Vayssilov, G. N.; Birkenheuer, U.; Rösch, N. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2228
64. Wang, B.; Truhlar, D. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10556
65. Pacios, L. F.; Christiansen, P. A. J. Chem. Phys. 1985, 82, 2664
66. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833
67. Löwdin, P.-O. J. Chem. Phys. 1950, 18, 365
68. Foster, J. P.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7211
69. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269
70. Marenich, A. V.; Jerome, S. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 527
71. Lin, H.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3991
72. Besler, B. H.; Merz, K. M., Jr.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 1, 431
73. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833
74. Walker, R. C.; Crowley, M. F.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1019
75. Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 359
76. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179
77. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049
78. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269
79. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620
80. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999
81. Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048
82. St.-Amant, A.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1483
83. Beran, G. J. Chem. Phys. 2009, 130, 164115
84. Suarez, E.; Diaz, N.; Suarez, D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1667
85. Richard, R. M.; Herbert, J. M. J. Chem. Phys. 2012, 137, 064113
86. Assfeld, X.; Rivail, J.-L. Chem. Phys. Lett. 1996, 263, 100
87. Gao, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 657
88. Hua, S.; Xu, L.; Li, W.; Li, S. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 11462
89. Li, W. J. Chem. Phys. 2013, 138, 14106
90. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
91. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
92. Lee, A. M.; Bettens, R. P. A J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5111
93. Le, H.-A.; Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10527
94. Le, H.-A.; Tan, H.-J.; Ouyang, J. F.; Bettens, R. P. A J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 469