Orbital analysis and excited-state calculations in an energy-based fragmentation method

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 8, 2013, Pages 3350-3363

  Tsuchiya, Takashi ^a   Shrestha, Kushal ^a   Jakubikova, Elena ^a  

^a NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84882382507     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400025a     Document Type: Article

References (100)

1. Hu, X.; Ritz, T.; Damjanovic, A.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3854
2. Blankenship, R. E. Molecular Mechanisms of Photosynthesis; Blackwell Science Ltd: Oxford, U.K., 2002.
3. Gust, D.; Moore, T. A. Science 1989, 244, 35
4. Imahori, H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6130
5. Nakamura, Y.; Aratani, N.; Osuka, A. Chem. Soc. Rev. 2007, 36, 831
6. Song, H.-e.; Taniguchi, M.; Diers, J. R.; Kirmaier, C.; Bocian, D. F.; Lindsey, J. S.; Holten, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16483
7. Kozaki, M.; Uetomo, A.; Suzuki, S.; Okada, K. Org. Lett. 2008, 10, 4477
8. Sprafke, J. K.; Kondratuk, D. V.; Wykes, M.; Thompson, A. L.; Hoffmann, M.; Drevinskas, R.; Chen, W. H.; Yong, C. K.; Karnbratt, J.; Bullock, J. E.; Malfois, M.; Wasielewski, M. R.; Albinsson, B.; Herz, L. M.; Zigmantas, D.; Beljonne, D.; Anderson, H. L. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 17262
9. del Rosario Benites, M.; Johnson, T. E.; Weghorn, S.; Yu, L.; Rao, P. D.; Diers, J. R.; Yang, S. I.; Kirmaier, C.; Bocian, D. F.; Holten, D.; Lindsey, J. S. J. Mater. Chem. 2002, 12, 65
10. Tsuda, A.; Osuka, A. Science 2001, 293, 79
11. Ambroise, A.; Kirmaier, C.; Wagner, R. W.; Loewe, R. S.; Bocian, D. F.; Holten, D.; Lindsey, J. S. J. Org. Chem. 2002, 67, 3811
12. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4007
13. Duchemin, I.; Deutsch, T.; Blase, X. Phys. Rev. Lett. 2012, 109, 167801.
14. Kobayashi, R.; Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 420, 106
15. Nakai, K.; Sahnoun, R.; Kato, T.; Kono, H.; Fujimura, Y. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13921
16. Wilson, G. J.; Arnold, D. P. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6104
17. Yamaguchi, Y.; Yokoyama, S.; Mashiko, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6541
18. Holten, D.; Bocian, D. F.; Lindsey, J. S. Acc. Chem. Res. 2001, 35, 57
19. Duan, X.; Huang, Y.; Lieber, C. M. Nano Lett. 2002, 2, 487
20. Winkelmann, C. B.; Ionica, I.; Chevalier, X.; Royal, G.; Bucher, C.; Bouchiat, V. Nano Lett. 2007, 7, 1454
21. S. Kwok, K. Mater. Today 2003, 6, 20
22. Li, C.; Ly, J.; Lei, B.; Fan, W.; Zhang, D.; Han, J.; Meyyappan, M.; Thompson, M.; Zhou, C. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9646
23. Marinado, T.; Nonomura, K.; Nissfolk, J.; Karlsson, M. K.; Hagberg, D. P.; Sun, L.; Mori, S.; Hagfeldt, A. Langmuir 2009, 26, 2592
24. Tour, J. M. Chem. Rev. 1996, 96, 537
25. Aratani, N.; Osuka, A.; Kim, Y. H.; Jeong, D. H.; Kim, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 1458
26. Saebo, S.; Pulay, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 1993, 44, 213
27. Wu, S. Y.; Jayanthi, C. S. Phys. Rep. 2002, 358, 1
28. Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Beachy, M. D.; Ringnalda, M. N.; Pollard, W. T.; Dunietz, B. D.; Cao, Y. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1913
29. Yang, W. J. Chem. Phys. 1991, 94, 1208
30. Kohn, W. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 3168
31. Scuseria, G. E.; Ayala, P. Y. J. Chem. Phys. 1999, 111, 8330
32. Li, S.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Comput. Chem. 2002, 23, 237
33. Haser, M.; Almlof, J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 489
34. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198
35. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357
36. Humbel, S.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1959
37. Gao, J.; Truhlar, D. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467
38. Wesolowski, T. A.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8050
39. Hofener, S.; Gomes, A. S.; Visscher, L. J. Chem. Phys. 2012, 136, 044104
40. Cortona, P. Phys. Rev. B 1991, 44, 8454
41. Wesolowski, T. A.; Weber, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 248, 71
42. Wesolowski, T. A.; Weber, J. Int. J. Quantum Chem. 1997, 61, 303
43. Khait, Y. G.; Hoffmann, M. R. J. Chem. Phys. 2010, 133, 044107
44. Casida, M. E.; Wesolowski, T. A. Int. J. Quantum Chem. 2004, 96, 577
45. Konig, C.; Neugebauer, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10475
46. Neugebauer, J. J. Chem. Phys. 2007, 126, 134116
47. Neugebauer, J.; Curutchet, C.; Muñoz-Losa, A.; Mennucci, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1843
48. Pavanello, M.; Van Voorhis, T.; Visscher, L.; Neugebauer, J. J. Chem. Phys. 2013, 138, 054101
49. Yang, W.; Lee, T.-S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674
50. Imamura, A.; Aoki, Y.; Maekawa, K. J. Chem. Phys. 1991, 95, 5419
51. Korchowiec, J.; Gu, F. L.; Imamura, A.; Kirtman, B.; Aoki, Y. Int. J. Quantum Chem. 2005, 102, 785
52. Fujimoto, K.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2008, 129, 054102
53. Mezey, P. G. J. Math. Chem. 1995, 18, 141
54. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11791
55. Gadre, S. R.; Ganesh, V. J. Theor. Comput. Chem. 2006, 5, 835
56. Fedorov, D. G.; Nagata, T.; Kitaura, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7562
57. Huang, L.; Bohorquez, H. J.; Matta, C. F.; Massa, L. Int. J. Quantum Chem. 2011, 111, 4150
58. Hua, S.; Hua, W.; Li, S. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8126
59. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102
60. Gordon, M. S.; Fedorov, D. G.; Pruitt, S. R.; Slipchenko, L. V. Chem. Rev. 2011, 112, 632
61. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
62. Chen, X.; Zhang, Y.; Zhang, J. Z. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184105
63. He, X.; Zhang, J. Z. J. Chem. Phys. 2005, 122, 31103
64. Inadomi, Y.; Nakano, T.; Kitaura, K.; Nagashima, U. Chem. Phys. Lett. 2002, 364, 139
65. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054108
66. Mochizuki, Y.; Koikegami, S.; Amari, S.; Segawa, K.; Kitaura, K.; Nakano, T. Chem. Phys. Lett. 2005, 406, 283
67. Mochizuki, Y.; Tanaka, K.; Yamashita, K.; Ishikawa, T.; Nakano, T.; Amari, S.; Segawa, K.; Murase, T.; Tokiwa, H.; Sakurai, M. Theor. Chem. Acc. 2006, 117, 541
68. Chiba, M.; Koido, T. J. Chem. Phys. 2010, 133, 044113
69. Chiba, M.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2007, 444, 346
70. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193
71. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904
72. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2010, 132, 094102
73. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
74. Hindin, E.; Forties, R. A.; Loewe, R. S.; Ambroise, A.; Kirmaier, C.; Bocian, D. F.; Lindsey, J. S.; Holten, D.; Knox, R. S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12821
75. McMahon, D. P.; Troisi, A. Chem. Phys. Lett. 2009, 480, 210
76. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833
77. Casida, M. E.; Jamorski, C.; Casida, K. C.; Salahub, D. R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4439
78. Scalmani, G.; Frisch, M. J.; Mennucci, B.; Tomasi, J.; Cammi, R.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2006, 124, 094107
79. Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7433
80. Stratmann, R. E.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 8218
81. Besley, N. A. Chem. Phys. Lett. 2004, 390, 124
82. DeBeer George, S.; Petrenko, T.; Neese, F. Inorg. Chim. Acta 2008, 361, 965
83. Robinson, D.; Besley, N. A.; Lunt, E. A.; O'Shea, P.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2535
84. Robinson, D.; Besley, N. A.; O'Shea, P.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14521
85. Robinson, D.; Besley, N. A.; O'Shea, P.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 4160
86. Stener, M.; Fronzoni, G.; de Simone, M. Chem. Phys. Lett. 2003, 373, 115
87. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09; Gaussian, Inc.: Willingford, CT, 2009.
88. Schlegel, H. B. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1514
89. Goldfarb, D. Math. Comp. 1970, 24, 23
90. Shanno, D. F. Math. Comp. 1970, 24, 647
91. Broyden, G. C. J. Inst. Math. Its Appl. 1976, 6, 76
92. Fletcher, N. C.; Robinson, T. C.; Behrendt, A.; Jeffery, J. C.; Reeves, Z. R.; Ward, M. D. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 1999, 2999
93. Hratchian, H. P.; Schlegel, H. B. In Theory and Applications of Computational Chemistry: The First Forty Years; Dykstra, C., Ed.; Elsevier B. V.: Amsterdam, the Netherlands, 2005; p 195.
94. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
95. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623
96. Roy, L. A.; Hay, P. J.; Martin, R. L. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1029
97. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257
98. Harihara, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213
99. Hess, B. A.; Schaad, L. J.; Carsky, P.; Zahradnik, R. Chem. Rev. 1986, 86, 709
100. Yanai, T.; Tew, D. P.; Handy, N. C. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51