First-principles calculation of electronic spectra of light-harvesting complex II

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 22, 2011, Pages 10475-10490

  König, Carolin ^a   Neugebauer, Johannes ^a  

^a LEIDEN UNIVERSITY   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHLOROPHYLL;

ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTRON; GENETICS; LIGHT HARVESTING SYSTEM; METABOLISM; MUTAGENESIS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; QUANTUM THEORY;

CHLOROPHYLL; ELECTRONS; LIGHT-HARVESTING PROTEIN COMPLEXES; MUTAGENESIS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; QUANTUM THEORY;

EID: 79959732211     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp02808h     Document Type: Article

References (76)

1. R. van Grondelle J. P. Dekker T. Gillbro V. Sundstrom Biochim. Biophys. Acta 1994 1187 1
2. W. Kühlbrandt D. N. Wang Y. Fujiyoshi Nature 1994 367 614
3. Z. Liu H. Yan K. Wang T. Kuang J. Zhang L. Gui X. An W. Chang Nature 2004 428 287
4. J. Standfuss A. C. Terwisscha van Scheltinga M. Lamborghini W. Kühlbrand EMBO J. 2005 24 919
5. T. Morosinotto J. Breton R. Bassi R. Croce J. Biol. Chem. 2003 278 49223
6. M. Mozzo F. Passarini R. Bassi H. van Amerongen R. Croce Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 2008 1777 1263
7. E. Gudowska-Nowak M. D. Newton J. Fajer J. Phys. Chem. 1990 94 5795
8. A. Damjanović H. M. Vaswani P. Fromme G. R. Fleming J. Phys. Chem. B 2002 106 10251
9. J. Adolphs F. Müh M. E. Madjet T. Renger Photosynth. Res. 2008 95 197
10. J. Adolphs F. Müh M. E. Madjet M. Schmidt am Busch T. Renger J. Am. Chem. Soc. 2010 132 3331
11. R. Remelli C. Varotto D. Sandonà R. Croce R. Bassi J. Biol. Chem. 1999 274 33510
12. H. Rogl R. Schödel H. Lokstein W. Kühlbrand A. Schubert Biochemistry 2002 41 2281
13. F. Müh M. E. Madjet T. Renger J. Phys. Chem. B 2010 114 13517
14. A. Warshel W. W. Parson J. Am. Chem. Soc. 1987 109 6143
15. W. W. Parson A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 1987 109 6152
16. M. P. Krebs R. Mollaaghababa H. G. Khorana Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 1987
17. M. Gouterman G. H. Wagnière L. C. Snyder J. Mol. Spectrosc. 1963 11 108
18. Chlorophylls, ed., H. Scheer, CRC Press, Boca Raton, Florida, USA, 1991
19. J. Linnato J. Korppi-Tommola Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 663
20. J. Linnato J. Martiskainen V. Lehtovuori J. Ihalainen R. Kananavicius R. Barbato J. Korppi-Tommola Photosynth. Res. 2006 87 267
21. J. Åqvist H. Luecke F. A. Quiocho A. Warshel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991 88 2026
22. A. Warshel P. K. Sharma M. Kato W. W. Parson Biochim. Biophys. Acta 2006 1764 1647
23. F. Müh M. E. Madjet J. Adolphs A. Abdurahman B. Rabenstein H. Ishikita E.-W. Knapp T. Renger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16862
24. M. H. M. Olsson G. Hong A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5025
25. R. G. Alden W. W. Parson Z. T. Chu A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 1995 117 12284
26. V. Luzhkov A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 1991 113 4491
27. A. Warshel Z. T. Chu J. Phys. Chem. B 2001 105 9857
28. R. D. Harcourt G. D. Scholes K. P. Ghiggino J. Chem. Phys. 1994 101 10521
29. R. D. Harcourt K. P. Ghiggino G. D. Scholes S. Speiser J. Chem. Phys. 1996 105 1897
30. G. D. Scholes R. D. Harcourt J. Chem. Phys. 1996 104 5054
31. M. E. Madjet A. Abdurahman T. Renger J. Phys. Chem. B 2006 110 17268
32. B. P. Krueger G. D. Scholes G. R. Fleming J. Phys. Chem. B 1998 102 5378
33. J. Neugebauer J. Phys. Chem. B 2008 112 2207
34. G. Scholes I. R. Gould R. J. Cogdell G. R. Fleming J. Phys. Chem. B 1999 103 2543
35. T. Renger and A. R. Holtzwarth, Theory of excitation energy transfer and optical spectra of photosynthetic systems, in Biophysical Techniques in Photosynthesis II, ed., T. J. Aartsma, and, J. Matysik, Springer, 2008, ch. 21, pp. 421-443
36. J. Neugebauer ChemPhysChem 2009 10 3148
37. T. Renger Photosynth. Res. 2009 102 471
38. J. S. Frähmcke P. J. Walla Chem. Phys. Lett. 2006 430 397
39. R. van Grondelle V. I. Novoderezhkin Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 793
40. J. Neugebauer J. Chem. Phys. 2007 126 134116
41. T. A. Wesolowski A. Warshel J. Phys. Chem. 1993 97 8050
42. M. E. Casida T. A. Wesołowski Int. J. Quantum Chem. 2004 96 577
43. J. Neugebauer C. R. Jacob T. A. Wesolowski E. J. Baerends J. Phys. Chem. A 2005 109 7805
44. G. Te Velde F. M. Bickelhaupt E. J. Baerends C. Fonseca Guerra S. J. A. van Gisbergen J. G. Snijders T. Ziegler J. Comput. Chem. 2001 22 931
45. A. D. Becke Phys. Rev. A 1988 38 3098
46. L. P. Perdew Phys. Rev. B: Condens. Matter 1986 33 8822
47. P. R. T. Schipper O. V. Gritsenko S. J. A. van Gisbergen E. J. Baerends J. Chem. Phys. 2000 122 1344
48. O. V. Gritsenko P. R. T. Schipper E. J. Baerends Chem. Phys. Lett. 1999 302 199
49. O. V. Gritsenko P. R. T. Schipper E. J. Baerends Int. J. Quantum Chem. 2000 76 407
50. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
51. R. Bauernschmitt R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1996 256 454
52. R. Ahlrichs M. Bär M. Häser H. Horn C. Kölmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165
53. S. Grimme J. Chem. Phys. 2006 124 034108
54. F. Neese, ORCA, an ab initio, density functional and SCF-MO package, Universität Bonn, http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca, 2009
55. C. Hättig F. Weigend J. Chem. Phys. 2000 113 5154
56. M. Head-Gordon R. J. Rico M. Oumi T. J. Lee Chem. Phys. Lett. 1994 219 21
57. T. A. Wesolowski J. Chem. Phys. 1997 106 8516
58. J. P. Perdew, in Electronic Structure of Solids, ed., P. Ziesche, and, H. Eschrig, Akademie Verlag, Berlin, 1991, p. 11
59. C. R. Jacob J. Neugebauer L. Visscher J. Comput. Chem. 2008 29 1011
60. T. A. Wesolowski J. Weber Chem. Phys. Lett. 1996 248 71
61. D. Sundholm Chem. Phys. Lett. 2000 317 545
62. J. Linnato J. Korppi-Tommola J. Phys. Chem. A 2004 108 5872
63. A. Dreuw P. H. P. Harbach J. M. Mewes M. Wormit Theor. Chem. Acc. 2010 125 419
64. P. M. Dolan D. Miller R. J. Cogdell R. R. Birge H. A. Frank J. Phys. Chem. B 2001 105 12134
65. J. Neugebauer M. J. Louwerse E. J. Baerends T. A. Wesolowski J. Chem. Phys. 2005 122 094115
66. S. Grimme F. Neese J. Chem. Phys. 2007 127 154116
67. A. Laio J. VandeVondele U. Rothlisberger J. Chem. Phys. 2002 116 6941
68. C. R. Jacob T. A. Wesolowski L. Visscher J. Chem. Phys. 2005 123 174104
69. C. R. Jacob S. M. Beyhan L. Visscher J. Chem. Phys. 2007 126 234116
70. S. Fux K. Kiewisch C. R. Jacob J. Neugebauer M. Reiher Chem. Phys. Lett. 2008 461 353
71. J. Neugebauer C. Curutchet A. Muños-Losa B. Mennucci J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1843
72. V. Novoderezhkin M. A. Palacios H. van Amerongen R. van Grondelle J. Phys. Chem. B 2005 109 10493
73. T. R. Calhoun N. S. Ginsberg G. S. Schlau-Cohen Y.-C. Cheng M. Ballottari R. Bassi G. R. Fleming J. Phys. Chem. B 2009 113 16291
74. K. Sauer J. R. L. Smith A. J. Schultz J. Am. Chem. Soc. 1966 88 2681
75. G. R. Seely R. G. Jensen Spectrochim. Acta 1965 21 1835
76. R. S. Knox Photochem. Photobiol. 2003 77 492