Preferred configurations of peptide-peptide interactions

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 117, Issue 2, 2013, Pages 489-496

  Adhikari, Upendra ^a   Scheiner, Steve ^a  

^a UTAH STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBONDING ORBITAL; ELECTROSTATIC REPULSION; H-BONDED; H-BONDING; HIGH-LEVEL AB INITIO CALCULATIONS; LARGE PARTS; N-METHYLACETAMIDE; NH GROUPS; OUT-OF-PLANE MOTION; PEPTIDE UNITS; STABLE CONFIGURATION;

AMIDES; CHARGE TRANSFER;

HYDROGEN BONDS;

ACETAMIDE DERIVATIVE; N METHYLACETAMIDE; N-METHYLACETAMIDE; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS;

ACETAMIDES; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES;

EID: 84872569714     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp310942u     Document Type: Article

References (70)

1. Allen, F. H.; Baalham, C. A.; Lommerse, J. P. M.; Raithby, P. R. Acta Crystallogr. 1998, B54, 320-329
2. Santos-Contreras, R. J.; Martinez-Martinez, F. J.; Garcia-Baez, E. V.; Padilla-Martinez, I. I.; Peraza, A. L.; Hopfli, H. Acta Crystallogr. 2007, C63, o239-o242
3. Paulini, R.; Müller, K.; Diederich, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1788-1805
4. DeRider, M. L.; Wilkens, S. J.; Waddell, M. J.; Bretscher, L. E.; Weinhold, F.; Raines, R. T.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2497-2505
5. Fischer, F. R.; Wood, P. A.; Allen, F. H.; Diederich, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 17290-17294
6. Choudhary, A.; Gandla, D.; Krow, G. R.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7244-7246
7. Kotch, F. W.; Guzei, I. A.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2952-2953
8. Hodges, J. A.; Raines, R. T. Org. Lett. 2006, 8, 4695-4697
9. Hinderaker, M. P.; Raines, R. T. Protein Sci. 2003, 12, 1188-1194
10. Bartlett, G. J.; Choudhary, A.; Raines, R. T.; Woolfson, D. N. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 615-620
11. Jakobsche, C. E.; Choudhary, A.; Miller, S. J.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6651-6653
12. Fäh, C.; Hardegger, L. A.; Ebert, M.-O.; Schweizer, W. B.; Diederich, F. Chem. Commun. 2010, 46, 67-69
13. James, W. H.; Buchanan, E. G.; Muller, C. W.; Dean, J. C.; Kosenkov, D.; Slipchenko, L. V.; Guo, L.; Reidenbach, A. G.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 13783-13798
14. James, W. H.; Buchanan, E. G.; Guo, L.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11960-11970
15. James, W. H.; Muller, C. W.; Buchanan, E. G.; Nix, M. G. D.; Guo, L.; Roskop, L.; Gordon, M. S.; Slipchenko, L. V.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14243-14245
16. Buchanan, E. G.; James, W. H.; Choi, S. H.; Guo, L.; Gellman, S. H.; Müller, C. W.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2012, 137, 094301
17. Pal, T. K.; Sankararamakrishnan, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1038-1049
18. Scheiner, S.; Kern, C. W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 7042-7050
19. Zhao, Y.-L.; Wu, Y.-D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1570-1571
20. Viswanathan, R.; Asensio, A.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9205-9212
21. Scheiner, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16132-16141
22. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1033-1048
23. Scheiner, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18670-18679
24. Scheiner, S. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11312-11317
25. Dixon, D. A.; Dobbs, K. D.; Valentini, J. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 13435-13439
26. Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Palmo, K.; Krimm, S. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1933-1943
27. Frey, J. A.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 12512-12518
28. Esrafili, M. D.; Behzadi, H.; Hadipour, N. L. Theor. Chem. Acc. 2008, 121, 135-146
29. Sun, C.-L.; Jiang, X.-N.; Wang, C.-S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2567-2575
30. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309-314
31. Watson, T. M.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4858-7867
32. Langley, C. H.; Allinger, N. L. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5208-5216
33. Mirzaei, M.; Hadipour, N. L. Struct. Chem. 2008, 19, 225-232
34. Mathieu, S.; Trinquier, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8183-8190
35. Colominas, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Phys. Chem. A 1999, 102, 6200-6208
36. Qian, W.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Chem. Phys. Lett. 1999, 315, 125-129
37. Vargas, R.; Garza, J.; Friesner, R. A.; Stern, H.; Hay, B. P.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4963-4968
38. Albrecht, M.; Rice, C. A.; Suhm, M. A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 7530-7542
39. Deshmukh, M. M.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7927-7932
40. Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6915-6922
41. Vargas, R.; Garza, J.; Dixon, D. A.; Hay, B. P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4750-4755
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; et al. Gaussian 09, revision B.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
43. Hyla-Kryspin, I.; Haufe, G.; Grimme, S. Chem. Phys. 2008, 346, 224-236
44. Pedzisa, L.; Hay, B. P. J. Org. Chem. 2009, 74, 2554-2560
45. Singh, P. C. Chem. Phys. Lett. 2011, 515, 206-209
46. Li, H.; Lu, Y.; Liu, Y.; Zhu, X.; Liu, H.; Zhu, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 9948-9955
47. Riley, K. E.; Murray, J. S.; Fanfrlík, J.; Rezác, J.; Solá, R. J.; Concha, M. C.; Ramos, F. M.; Politzer, P. J. Mol. Model. 2011, 17, 3309-3318
48. Hauchecorne, D.; Nagels, N.; Veken, B. J. v. d.; Herrebout, W. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 681-690
49. Lu, Y.; Liu, Y.; Li, H.; Zhu, X.; Liu, H.; Zhu, W. J. Phys. Chem. A 2012, 116, 2591-2597
50. Scheiner, S. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11202-11209
51. Zhao, Q.; Feng, D.; Sun, Y.; Hao, J.; Cai, Z. Int. J. Quantum Chem. 2011, 111, 3881-3887
52. Munusamy, E.; Sedlak, R.; Hobza, P. ChemPhysChem 2011, 12, 3253-3261
53. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566
54. Reed, A. E.; Weinhold, F.; Curtiss, L. A.; Pochatko, D. J. J. Chem. Phys. 1986, 84, 5687-5705
55. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899-926
56. Moszynski, R.; Wormer, P. E. S.; Jeziorski, B.; van der Avoird, A. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8058-8074
57. Werner, H.-J.; Knowles, P. J.; Manby, F. R.; Schütz, M.; Celani, P.;; Knizia, G.; Korona, T.; Lindh, R.; Mitrushenkov, A.; Rauhut, G.; et al. MOLPRO, Version 2006; 2010.
58. Gu, Y.; Kar, T.; Scheiner, S. J. Mol. Struct. 2000, 552, 17-31
59. Kryachko, E.; Scheiner, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 2527-2535
60. Brenner, V.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Mons, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7347-7354
61. Scheiner, S. Int. J. Quantum Chem. 2010, 110, 2775-2783
62. Scheiner, S. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10421-10427
63. Scheiner, S.; Kar, T. J. Mol. Struct. 2007, 844-845, 166-172
64. Tan, H.; Qu, W.; Chen, G.; Liu, R. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6303-6308
65. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10389-10395
66. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8124-8129
67. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M.; Rojo, A.; Galvan, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1432-1437
68. Scheiner, S. J. Mol. Struct. 2010, 976, 49-55
69. Kar, T.; Scheiner, S. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 843-851
70. Kar, T.; Scheiner, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9161-9168