Cooperativity in amide hydrogen bonding chains. Relation between energy, position, and H-bond chain length in peptide and protein folding models

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 107, Issue 48, 2003, Pages 10389-10395

  Kobko, Nadya ^a   Dannenberg, J J ^a  

^a CITY UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE HYDROGEN BONDING; FORMAMIDE; PEPTIDE;

COMPUTER SIMULATION; DIMERS; ELECTROSTATICS; ENTHALPY; HYDROGEN BONDS; MONOMERS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

PROTEINS;

EID: 0347578256     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0365209     Document Type: Article

References (45)

1. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133.
2. Dobson, C. M.; Sali, A.; Karplus, M. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 868.
3. Arteca, G. A.; Reimann, C. T.; Tapia, O. Mass Spectrom. Rev. 2002, 20, 402.
4. Skolnick, J.; Kolinski, A. Comput. Sci. Eng. 2001, 3, 40.
5. Shea, J.-E.; Brooks, C. L., III. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 499.
6. Mirny, L.; Shaknovich, E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 361.
7. Chasse, G. A.; Rodriguez, A. M.; Mak, M. L.; Deretey, E.; Perczel, A.; Sosa, C. P.; Enriz, R. D.; Csizmadia, I. G. Theochem 2001, 537, 319.
8. Kaya, H.; Chan, H. S. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 4823.
9. Schuster, P.; Wolschann, P. Monatsh. Chem. 1999, 130, 947.
10. Acc. Chem. Res. 1998, 31, entire issue.
11. King, B. F.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1995, 103, 333.
12. Vendruscolo, M.; Domany, E. J. Chem. Phys. 1998, 109, 11101.
13. van der Vaart, A.; Bursulaya, B. D.; Brooks, C. L. I. I. I.; Merz, K. M. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9554.
14. Kobko, N.; Paraskevas, L.; del Rio, E.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4348.
15. Kennedy, R. J.; Tsang, K.-Y.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 934.
16. Zhao, Y.-L.; Wu, Y.-D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1570.
17. Wu, Y.-D.; Zhao, Y.-L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5313.
18. Jaravine, V. A.; Alexandrescu, A. T.; Grzesiek, S. Protein Sci. 2001, 10, 943.
19. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8714.
20. Masunov, A.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 806.
21. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9638.
22. Turi, L.; Dannenberg, J. J. Chem. Mater. 1994, 6, 1313.
23. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 5819.
24. Van Duijnen, P. T.; Thole, B. T. Biopolymers 1982, 21, 1748.
25. Sheridan, R. P.; Lee, R. H.; Peters, N.; Allen, L. C. Biopolymers 1979, 18, 2451.
26. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7273.
27. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7104.
28. Guo, H.; Gresh, N.; Roques, B. P.; Salahub, D. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9746.
29. Ludwig, R. J. Mol. Liq. 2000, 84, 65.
30. Cabaleiro-Lago, E. M.; Otero, J. R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 1621.
31. Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3950.
32. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
33. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, W. M.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.11, Revision 1.10; Gaussian, Inc.: Pittsburg, PA, 1998-2001.
35. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11024.
36. Dykstra, C. E. Chem. Rev. 1993, 93, 2339.
37. Bertolasi, V.; Gilli, P.; Ferretti, V.; Gilli, G. Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1998, B54, 50.
38. Gilli, G.; Bertolasi, V.; Ferretti, V. Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1993, B49, 564.
39. Bertolasi, V.; Gilli, P.; Ferretti, V.; Gilli, G. Chem.-Eur. J. 1996, 2, 925.
40. Dannenberg, J. J.; Haskamp, L.; Masunov, A. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7083.
41. Kobko, K.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6688.
42. Applequist, J.; Mahr, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 5419.
43. Wiezorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8124.
44. Baker, E. N.; Hubbard, R. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1987, 44, 97.
45. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Biological Structures; Springer-Verlag: Berlin, 1991.