Density functional theory vibrational frequencies of amides and amide dimers

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 106, Issue 34, 2002, Pages 7858-7867

  Watson, Tim M ^a   Hirst, Jonathan D ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

VIBRATIONAL FREQUENCIES;

CONFORMATIONS; HYDROGEN BONDS; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR STRUCTURE; POLARIZATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

DIMERS;

EID: 0037194966     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp025551l     Document Type: Article

References (72)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
2. Wi, S.; Pancoska, P.; Keiderling, T.A. Biospectroscopy 1998, 4, 93.
3. Simonetti, M.; Di Bello, C. Biopolymers 2001, 62, 95.
4. Huang, C.Y.; Getahun, Z.; Wang, T.; DeGrado, W.F.; Gal, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12111.
5. Werner, J.H.; Dyer, R.B.; Fesinmeyer, R.M.; Andersen, N.H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 487.
6. Williams, S.; Causgrove, T.P.; Gilmanshin, R.; Fang, K.S.; Callender, R.H.; Woodruff, W.H.; Dyer, R.B. Biochemistry 1996, 35, 691.
7. Colley, C.S.; Griffiths-Jones, S.R.; George, M.W.; Searle, M.S. Chem. Commun. 2000, 593.
8. Herberhold, H.; Winter, R. Biochemistry 2002, 41, 2396.
9. Colley, C.S.; Clark, I.P.; Griffiths-Jones, S.R.; George, M.W.; Searle, M.S. Chem. Commun. 2000, 1493.
10. Kubelka, J.; Keiderling, T.A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048.
11. Polavarapu, P.L.; Deng, Z.Y.; Ewig, C.S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9919.
12. King, S.T. J. Phys. Chem. 1971, 75, 405.
13. Wong, M.W.; Wiberg, K.B. J. Phys. Chem. 1992, 96, 668.
14. Knudsen, R.; Sala, O.; Hase, Y. J. Mol. Struct. 1994, 321, 187.
15. Stalhandske, C.M.V.; Mink, J.; Sandstrom, M.; Papai, I.; Johansson, P. Vib. Spectrosc. 1997, 14, 207.
16. Kang, Y.K. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2001, 546, 183.
17. Besley, N.A.; Brienne, M.-J.; Hirst, J.D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 12371.
18. Hirst, J.D.; Persson, B.J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7519.
19. Herrebout, W.A.; Clou, K.; Desseyn, H.O. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4865.
20. Lundell, J.; Krajewska, M.; Rasanen, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6643.
21. Moller, C.; Plesset, M.S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
22. Hehre, W.J.; Radom, L.; Schleyer, P.R.; Pople, J.A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; John Wiley & Sons: New York, 1986.
23. Kydd, R.A.; Dunham, A.R.C. J. Mol. Struct. 1980, 69, 79.
24. Kutzelnigg, W.; Mecke, R. Spectrochim. Acta 1962, 18, 549.
25. Samdal, S. J. Mol. Struct. 1998, 440, 165.
26. Ataka, S.; Takeuchi, H.; Tasumi, M. J. Mol. Struct. 1984, 113, 147.
27. Woon, D.E.; Dunning, T.H. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1358.
28. Kendall, R.A.; Dunning, T.H.; Harrison, R.J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
29. Dunning, T.H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
30. Cheam, T.C.; Krimm, S. Spectrochim. Acta, Part A 1984, 40, 481.
31. Colominas, C.; Luque, F.J.; Orozco, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6200.
32. Vargas, R.; Garza, J.; Friesner, R.A.; Stem, H.; Hay, B.P.; Dixon, D.A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4963.
33. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309.
34. Kubelka, J.; Keiderling, T.A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
35. Vargas, R.; Garza, J.; Hay, B.P.; Dixon, D.A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3213.
36. Kobko, N.; Paraskevas, L.; del Rio, E.; Dannenberg, J.J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4348.
37. Nandini, G.; Sathyanarayana, D.N. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2002, 579, 1.
38. Kearley, G.J.; Johnson, M.R.; Plazanet, M.; Suard, E. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2614.
39. Mirkin, N.G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3391.
40. Aleman, C. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 1441.
41. Csaszar, A.G.; Perczel, A. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1999, 71, 243.
42. Maple, J.R.; Hwang, M.J.; Jalkanen, K.J.; Stockfisch, T.P.; Hagler, A.T. J. Comput. Chem. 1998, 19, 430.
43. Kaminski, G.A.; Friesner, R.A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W.L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
44. Pople, J.A.; Schlegel, H.B.; Krishnan, R.; Defrees, D.J.; Binkley, J.S.; Frisch, M.J.; Whiteside, R.A.; Hout, R.F.; Hehre, W.J. Int. J. Quantum Chem., Quantum Chem. Symp. 1981, 269.
45. Scott, A.P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502.
46. Besley, N.A.; Colley, C.S.; Yang, J.; George, M.W.; Gill, P.M.W. Manuscript in preparation.
47. Adamson, R.D.; Gill, P.M.W.; Pople, J.A. Chem. Phys. Lett. 1998, 284, 6.
48. Becke, A.D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
49. Lee, C.T.; Yang, W.T.; Parr, R.G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
50. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
51. Curtiss, L.A.; Raghavachari, K.; Tracks, G.W.; Pople, J.A. J. Chem. Phys. 1991, 94, 7221.
52. Becke, A.D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
53. Spartan '02, Wave function Inc., Irvine, CA, 2001.
54. Kong, J.; White, C.A.; Krylov, A.I.; Sherrill, D.; Adamson, R.D.; Furlani, T.R.; Lee, M.S.; Lee, A.M.; Gwaltney, S.R.; Adams, T.R.; Ochsenfeld, C.; Gilbert, A.T.B.; Kedziora, G.S.; Rassolov, V.A.; Maurice, D.R.; Nair, N.; Shao, Y.H.; Bestey, N.A.; Maslen, P.E.; Dombroski, J.P.; Daschel, H.; Zhang, W.M.; Korambath, P.P.; Baker, J.; Byrd, E.F.C.; Van Voorhis, T.; Oumi, M.; Hirata, S.; Hsu, C.P.; Ishikawa, N.; Florian, J.; Warshel, A.; Johnson, B.G.; Gill, P.M.W.; Head-Gordon, M.; Pople, J.A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1532.
55. Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry; John Wiley & Sons: New York, 1999.
56. Hamm, P.; Lim, M.H.; Hochstrasser, R.M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
57. Paizs, B.; Suhai, S. J. Comput. Chem. 1998, 19, 575.
58. Rablen, P.R.; Lockman, J.W.; Jorgensen, W.L. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 3782.
59. Boys, S.F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1990, 19, 553.
60. Gill, P.M.W.; Johnson, B.G.; Pople, J.A. Chem. Phys. Lett. 1993, 209, 506.
61. Murray, C.W.; Handy, N.C.; Laming, G. J. Mol. Phys. 1993, 78, 997.
62. Lebedev, V.I. Zh. Vychisl. Mat. Mat. Fiz. 1975, 15, 48.
63. Jalkanen, K.J.; Suhai, S. Chem. Phys. 1996, 208, 81.
64. Elstner, M.; Jalkanen, K.J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2000, 256, 15.
65. Del Bene, J.E.; Jordan, M.J.T. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2001, 573, 11.
66. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; K.,G.; Mroz, P.A.; Kozlowski, P.M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4294.
67. Bohm, H.J.; Brode, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7129.
68. Grenie, Y.; Avignon, M.; Garrigou-Lagrange, C. J. Mol. Struct. 1975, 24, 293.
69. Elstner, M.; Jalkanen, K.J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2001, 263, 203.
70. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243.
71. Han, W.G.; Jalkanen, K.J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
72. Knapp-Mohammady, M.; Jalkanen, K.J.; Nardi, F.; Wade, R.C.; Suhai, S. Chem. Phys. 1999, 240, 63.