Modulation of an IDP binding mechanism and rates by helix propensity and non-native interactions: Association of HIF1α with CBP

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 256-267

  De Sancho, David ^a   Best, Robert B ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLIC AMP RESPONSIVE ELEMENT BINDING PROTEIN BINDING PROTEIN; HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR 1ALPHA;

ARTICLE; CALIBRATION; CHEMISTRY; KINETICS; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STABILITY; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; TEMPERATURE;

CALIBRATION; CREB-BINDING PROTEIN; HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1, ALPHA SUBUNIT; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; TEMPERATURE;

EID: 82655179907     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05252g     Document Type: Article

References (71)

1. P. E. Wright H. J. Dyson J. Mol. Biol. 1999 293 321 331
2. A. K. Dunker C. Oldfield J. Meng P. Romero J. Yang J. Chen V. Vacic Z. Obradovic V. Uversky BMC Genomics 2008 9 S1
3. B. Mèszaros P. Tompa I. Simon Z. Dosztanyi J. Mol. Biol. 2007 372 549 561
4. A. Mohan C. J. Oldfield P. Radivojac V. Vacic M. S. Cortese A. K. Dunker V. N. Uversky J. Mol. Biol. 2006 362 1043 1059
5. T. Mittag J. D. Forman-Kay Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 3 14
6. D. Eliezer Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 23 30
7. M. R. Jensen P. R. Markwick S. Meier C. Griesinger M. Zweckstetter S. Grzesiek P. Bernad M. Blackledge Structure (London) 2009 17 1169 1185
8. S. Muller-Spath A. Soranno V. Hirschfeld H. Hofmann S. Ruegger L. Reymond D. Nettels B. Schuler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 14609 14614
9. A. H. Mao S. L. Crick A. Vitalis C. L. Chicoine R. V. Pappu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 8183 8188
10. M. Sickmeier J. A. Hamilton T. LeGall V. Vacic M. S. Cortese A. Tantos B. Szabo P. Tompa J. Chen V. N. Uversky Z. Obradovic A. K. Dunker Nucleic Acids Res. 2006 35 D786 D793
11. S. Mujtaba Y. He L. Zeng S. Yan O. Plotnikova L. Sachchidanand R. Sanchez N. J. Zeleznik-Le Z. Ronai M.-M. Zhou Mol. Cell 2004 13 251 263
12. K. Sugase H. J. Dyson P. E. Wright Nature 2007 447 1021 1025
13. K. Sugase J. C. Lansing H. J. Dyson P. E. Wright J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13406 13407
14. S. J. Demarest M. Martinez-Yamout J. Chung H. Chen W. Xu H. J. Dyson R. M. Evans P. E. Wright Nature 2001 415 549 553
15. E. R. Lacy I. Filippov W. S. Lewis S. Otieno L. Xiao S. Weiss L. Hengst R. W. Kriwacki Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 358 364
16. R. Narayanan O. K. Ganesh A. S. Edison S. J. Hagen J. Am. Chem. Soc. 2008 130 11477 11485
17. A. J. Baldwin L. E. Kay Nat. Chem. Biol. 2009 5 808 814
18. P. E. Wright H. J. Dyson Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 31 38
19. L. M. Espinoza-Fonseca Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009 382 479 482
20. P. Csermely R. Palotai R. Nussinov Trends Biochem. Sci. 2010 35 539 546
21. H.-F. Chen R. Luo J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2930 2937
22. J. Chen J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2088 2089
23. D. Ganguly J. Chen J. Am. Chem. Soc. 2009 131 5214 5223
24. H.-F. Chen PLoS One 2009 4 e6516
25. J. Higo Y. Nishimura H. Nakamura J. Am. Chem. Soc. 2011 133 10448 10458
26. A. N. Naganathan M. Orozco J. Am. Chem. Soc 2011 133 12154 12161
27. Q. Lu H. P. Lu J. Wang Phys. Rev. Lett. 2007 98 128105
28. A. G. Turjanski J. S. Gutkind R. B. Best G. Hummer PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000060
29. Y. Huang Z. Liu J. Mol. Biol. 2009 393 1143 1159
30. Y. Huang Z. Liu Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 3251 3259
31. Y. Huang Z. Liu PLoS One 2010 5 e15375
32. D. Ganguly J. Chen Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011 79 1251 1266
33. J. Wang Y. Wang X. Chu S. J. Hagen W. Han E. Wang PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1001118
34. J. N. Onuchic N. D. Socci Z. Luthey-Schulten P. G. Wolynes Folding Des. 1996 1 441 450
35. J. Bryngelson J. Onuchic N. Socci P. Wolynes Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995 21 167 195
36. Y. Levy P. G. Wolynes J. N. Onuchic Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 511 516
37. S. A. Dames M. Martinez-Yamout R. N. De Guzman H. J. Dyson P. E. Wright Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5271 5276
38. A. L. Kung S. Wang J. M. Klco W. G. Kaelin D. M. Livingston Nat. Med. (N. Y.) 2000 6 1335 1340
39. G. L. Semenza Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 11570 11572
40. G. L. Semenza Nat. Rev. Cancer 2003 3 721 732
41. B. Xue R. L. Dunbrack R. W. Williams A. K. Dunker V. N. Uversky Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2010 1804 996 1010
42. V. Munoz L. Serrano Nat. Struct. Mol. Biol. 1994 1 399 409
43. B. A. Shoemaker J. J. Portman P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8868 8873
44. J. Karanicolas C. L. Brooks Protein Sci. 2002 11 2351 2361
45. R. B. Best J. Mittal J. Phys. Chem. B 2010 114 14916 14923
46. Y. C. Kim G. Hummer J. Mol. Biol. 2008 375 1416 1433
47. M. F. Rey-Stolle M. Enciso A. Rey J. Comput. Chem. 2009 30 1212 1219
48. S. Miyazawa R. L. Jernigan J. Mol. Biol. 1996 256 623 644
49. V. N. Uversky J. R. Gillespie A. L. Fink Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000 41 415 427
50. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theor. Comput. 2008 4 435 447
51. J. L. F. Abascal C. Vega J. Chem. Phys. 2005 123 234505
52. B. Yang Y. Zhu Y. Wang G. Chen J. Comput. Chem. 2011 32 416 428
53. T. E. Creighton, Proteins: structures and molecular properties, W.H. Freeman, 1993
54. S. Kumar J. M. Rosenberg D. Bouzida R. H. Swendsen P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 1011 1021
55. S. Lifson A. Roig J. Chem. Phys. 1961 34 1963 1974
56. G. Hummer J. Chem. Phys. 2004 120 516 523
57. R. B. Best G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6732 6737
58. P. Tompa M. Fuxreiter Trends Biochem. Sci. 2008 33 2 8
59. D. De Sancho R. B. Best J. Am. Chem. Soc. 2011 133 6809 6816
60. W. Kabsch C. Sander Biopolymers 1983 22 2577 2637
61. M. Enciso A. Rey J. Chem. Phys. 2010 132 235102
62. W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 5897 5899
63. J. Sabelko J. Ervin M. Gruebele Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 6031 6036
64. M. M. Garcia-Mira M. Sadqi N. Fischer J. M. Sanchez-Ruiz V. Muñoz Science 2002 298 2191 2195
65. A. N. Naganathan U. Doshi A. Fung M. Sadqi V. Muñoz Biochemistry 2006 45 8466 8475
66. C. D. Snow H. Nguyen V. S. Pande M. Gruebele Nature 2002 420 102 106
67. R. W. Pastor M. Karplus J. Chem. Phys. 1989 91 211 218
68. H. S. Chung J. M. Louis W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 11837 11844
69. R. B. Best G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 1088 1093
70. S. S. Plotkin Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 45 337 345
71. C. Clementi S. S. Plotkin Protein Sci. 2004 13 1750 1766