Effects of extending the computational model on DNA-protein T-shaped interactions: The case of adenine-histidine dimers

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 115, Issue 45, 2011, Pages 12646-12658

  Rutledge, Lesley R ^a   Navarro Whyte, Lex ^a   Peterson, Terri L ^a   Wetmore, Stacey D ^a  

^a UNIVERSITY OF LETHBRIDGE   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING STRENGTH; COMPUTATIONAL MODEL; DIMER STRUCTURE; MODEL EXTENSIONS; MP2/6-31G; NON-COVALENT INTERACTION; PROTONATED HISTIDINE; QUANTUM THEORY OF ATOMS IN MOLECULES;

AMINO ACIDS; COMPLEXATION; COMPUTATIONAL METHODS; POSITIVE IONS; PROTONATION; QUANTUM THEORY;

DIMERS;

ADENINE; DNA; HISTIDINE; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; DIMERIZATION; QUANTUM THEORY;

ADENINE; DIMERIZATION; DNA; HISTIDINE; PROTEINS; QUANTUM THEORY;

EID: 80855150858     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp203248j     Document Type: Article

References (63)

1. Davey, C. A.; Sargent, D. F.; Luger, K.; Maeder, A. W.; Richmond, T. J. J. Mol. Biol. 2002, 319, 1097-1113
2. Chaurasiya, K. R.; Paramanathan, T.; McCauley, M. J.; Williams, M. C. Phys. Life Rev. 2010, 7, 299-341
3. Kelman, Z.; O'Donnell, M. Annu. Rev. Biochem. 1995, 64, 171-200
4. Luscombe, N. M.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2860-2874
5. Lejeune, D.; Delsaux, N.; Charloteaux, B.; Thomas, A.; Brasseur, R. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 61, 258-271
6. Baker, C. M.; Grant, G. H. Biopolymers 2007, 85, 456-470
7. Sathyapriya, R.; Vijayabaskar, M. S.; Vishveshwara, S. PLoS Comput. Biol. 2008, 4, 1-15
8. Cauët, E.; Rooman, M.; Wintjens, R.; Liévin, J.; Biot, C. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 472-483
9. Rutledge, L. R.; Campbell-Verduyn, L. S.; Hunter, K. C.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19652-19663
10. Rutledge, L. R.; Campbell-Verduyn, L. S.; Wetmore, S. D. Chem. Phys. Lett. 2007, 444, 167-175
11. Cysewski, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2636-2645
12. Rutledge, L. R.; Durst, H. F.; Wetmore, S. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2801-2812
13. Rutledge, L. R.; Wetmore, S. D. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1768-1780
14. Churchill, C. D. M.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16046-16058
15. Rutledge, L. R.; Durst, H. F.; Wetmore, S. D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1400-1410
16. Riley, K. E.; Pitoňák, M.; Černý, J. i.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 66-80
17. Copeland, K. L.; Anderson, J. A.; Farley, A. R.; Cox, J. R.; Tschumper, G. S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 14291-14295
18. Mao, L.; Wang, Y.; Liu, Y.; Hu, X. J. Mol. Biol. 2004, 336, 787-807
19. Hunter, C. A.; Sanders, J. K. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5525-5534
20. Gung, B. W.; Patel, M.; Xue, X. W. J. Org. Chem. 2005, 70, 10532-10537
21. Ringer, A. L.; Sinnokrot, M. O.; Lively, R. P.; Sherrill, C. D. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 3821-3828
22. Cockroft, S. L.; Perkins, J.; Zonta, C.; Adams, H.; Spey, S. E.; Low, C. M. R.; Vinter, J. G.; Lawson, K. R.; Urch, C. J.; Hunter, C. A. Org. Biomol. Chem. 2007, 5, 1062-1080
23. Wheeler, S. E.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10854-10855
24. Ringer, A. L.; Sherrill, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4574-4575
25. Wheeler, S. E.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 3126-3127
26. Wintjens, R.; Lievin, J.; Rooman, M.; Buisine, E. J. Mol. Biol. 2000, 302, 395-410
27. Churchill, C. D. M.; Navarro-Whyte, L.; Rutledge, L. R.; Wetmore, S. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 10657-10670
28. Churchill, C. D. M.; Rutledge, L. R.; Wetmore, S. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 14515-14526
29. Singh, N. J.; Min, S. K.; Kim, D. Y.; Kim, K. S. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 515-529
30. Geng, Y.; Takatani, T.; Hohenstein, E. G.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 3576-3582
31. Biot, C.; Buisine, E.; Rooman, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13988-13994
32. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry, 3 rd ed.; John Wiley and Sons, Inc.: New York, 2004.
33. Hobza, P.; Šponer, J.; Polasek, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 792-798
34. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276
35. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision D.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
37. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules: A Quantum Theory; International Series of Monographs on Chemistry; Clarendon Press: New York, 1990; Vol. 22.
38. Popelier, P. L. A. Atoms in Molecules: An Introduction; Prentice Hall: London, 2000.
39. Matta, C. F.; Boyd, R. J., Eds. The Quantum Theory of Atoms in Molecules: From Solid State to DNA and Drug Design; Wiley-VCH: Weinheim, 2007.
40. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T., Jr.; J. A. M.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
41. Keith, T. A. AIMAll, Version 11.02.27; TK Gristmill Software: Kansas, USA, 2011; aim.tkgristmill.com.
42. Biegler-Konig, F. W.; Schonbohm, J. AIM2000, Version 2.0; Büro für Innovative Software: Bielefeld, Germany, 2002.
43. Koch, U.; Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 9747-9754
44. Hobza, P.; Sponer, J.; Cubero, E.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6286-6292
45. Parthasarathi, R.; Amutha, R.; Subramanian, V.; Nair, B. U.; Ramasami, T. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 3817-3828
46. Grabowski, S. J.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 4331-4341
47. Matta, C. F.; Castillo, N.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 563-578
48. Parthasarathi, R.; Subramanian, V.; Sathyamurthy, N. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 3349-3351
49. Robertazzi, A.; Platts, J. A. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 3992-4000
50. Ziolkowski, M.; Grabowski, S. J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 6514-6521
51. Parthasarathi, R.; Raman, S. S.; Subramanian, V.; Ramasami, T. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7141-7148
52. Vener, M. V.; Egorova, A. N.; Fomin, D. P.; Tsirelson, V. G. Chem. Phys. Lett. 2007, 440, 279-285
53. Escudero, D.; Frontera, A.; Quinonero, D.; Deya, P. M. Chem. Phys. Lett. 2008, 456, 257-261
54. Ebrahimi, A.; Khorassani, S. M. H.; Delarami, H. Chem. Phys. 2009, 365, 18-23
55. LaPointe, S. M.; Farrag, S.; Bohorquez, H. J.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10957-10964
56. Parthasarathi, R.; Subramanian, V. Struct. Chem. 2005, 16, 243-255
57. Zhikol, O. A.; Shishkin, O. V.; Lyssenko, K. A.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2005, 122
58. Quinonero, D.; Frontera, A.; Garau, C.; Ballester, P.; Costa, A.; Deya, P. M. ChemPhysChem 2006, 7, 2487-2491
59. Quinonero, D.; Frontera, A.; Escudero, D.; Ballester, P.; Costa, A.; Deya, P. M. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 385-393
60. Ebrahimi, A.; Habibi, M.; Neyband, R. S.; Gholipour, A. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 11424-11431
61. Estevez, L.; Otero, N.; Mosquera, R. A. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11051-11058
62. Rutledge, L. R.; Churchill, C. D. M.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3355-3367
63. Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 5291-5303