Site selective and single complex laser-based spectroscopies: A window on excited state electronic structure, excitation energy transfer, and electron-phonon coupling of selected photosynthetic complexes

Chemical Reviews

Volumn 111, Issue 8, 2011, Pages 4546-4598

  Jankowiak, Ryszard ^a   Reppert, Mike ^a   Zazubovich, Valter ^b   Pieper, Jörg ^c,d   Reinot, Tonu ^a  

^a KANSAS STATE UNIVERSITY   (United States)

^b Gina Cody School of Engineering and Computer Science   (Canada)

^c TECHNISCHE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

^d UNIVERSITY OF TARTU   (Estonia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BARRIER DISTRIBUTIONS; DEPHASING; DIFFUSE REFLECTION; ELECTRON PHONON COUPLINGS; ELECTRON TRANSFER RATES; ELECTRONIC TRANSITION; ENERGY LANDSCAPE; FRANCK-CONDON FACTORS; HOLE STRUCTURES; INHOMOGENEOUS BROADENING; LUMINESCENCE QUANTUM YIELDS; OPAQUE MATERIALS; PHASE SPACES; PROTEIN MOTION; RADIATIVE LIFETIME; SITE SELECTIVE; SPECTRAL DIFFUSION; SPECTRAL-HOLE BURNING; ZERO POINT;

COMPLEXATION; ELECTRONIC STATES; ELECTRONIC STRUCTURE; ENERGY TRANSFER; EXCITATION ENERGY; LASER EXCITATION; PHASE SPACE METHODS; PHONONS; QUANTUM YIELD;

EXCITED STATES;

BACTERIUM; CHEMISTRY; ELECTRON TRANSPORT; ENERGY TRANSFER; METABOLISM; PHOTOSYSTEM I; PHOTOSYSTEM II; PROTEIN QUATERNARY STRUCTURE; QUANTUM THEORY; REVIEW; SPECTROFLUOROMETRY;

BACTERIA; ELECTRON TRANSPORT; ENERGY TRANSFER; PHOTOSYSTEM I PROTEIN COMPLEX; PHOTOSYSTEM II PROTEIN COMPLEX; PROTEIN STRUCTURE, QUATERNARY; QUANTUM THEORY; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE;

EID: 80051713328     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr100234j     Document Type: Review

References (403)

1. Witt, H. T.; Müller, A.; Rumberg, B. Nature 1963, 197, 987
2. Barber, J. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 71
3. Ferreira, K. N.; Iverson, T. M.; Maghlaoui, K.; Barber, J.; Iwata, S. Science 2004, 303, 1831
4. Loll, B.; Kern, J.; Saenger, W.; Zouni, A.; Biesiadka, J. Nature 2005, 438, 1040
5. Zouni, A.; Witt, H. T.; Kern, J.; Fromme, P.; Krauß, N.; Saenger, W.; Orth, P. Nature 2001, 409, 739
6. Jordan, P.; Fromme, P.; Witt, H. T.; Klukas, O.; Saenger, W.; Krauss, N. Nature 2001, 411, 909
7. Guskov, A.; Kern, J.; Gabdulkhakov, A.; Broser, M.; Zouni, A.; Saenger, W. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 334
8. Deisenhofer, J.; Epp, O.; Sinning, I.; Michel, H. J. Mol. Biol. 1995, 246, 429
9. Neupane, B.; Dang, N. C.; Acharya, K.; Reppert, M.; Zazubovich, V.; Picorel, R.; Seibert, M.; Jankowiak, R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4214
10. Dang, N. C.; Zazubovich, V.; Reppert, M.; Neupane, B.; Picorel, R.; Seibert, M.; Jankowiak, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9921
11. Renger, T.; Schlodder, E. ChemPhysChem 2010, 11, 1141
12. Hughes, J. L.; Picorel, R.; Seibert, M.; Krausz, E. Biochemistry 2006, 45, 12345
13. Tumino, G.; Casazza, A. P.; Engelmann, E.; Garlaschi, F. M.; Zucchelli, G.; Jennings, R. C. Biochemistry 2008, 47, 10449
14. Årsköld, S., P. A.; Prince, B. J.; Krausz, E.; Smith, P. J.; Pace, R. J.; Picorel, R.; Seibert, M. J. Lumin. 2004, 108, 97
15. de Weerd, F. L.; van Stokkum, I. H. M.; van Amerongen, H.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2002, 82, 1586
16. Miloslavina, Y.; Szczepaniak, M.; Müller, M. G.; Sander, J.; Nowaczyk, M.; Rögner, M.; Holzwarth, A. R. Biochemistry 2006, 45, 2436
17. Hughes, J. L.; Prince, B. J.; Krausz, E.; Smith, P. J.; Pace, R. J.; Riesen, H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10428
18. Vasil'ev, S.; Orth, P.; Zouni, A.; Owens, T. G.; Bruce, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 8602
19. Pawlowicz, N. P.; Groot, M. L.; van Stokkum, I. H. M.; Breton, J.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2007, 93, 2732
20. Fromme, P. Photosynthetic Protein Complexes: A Structural Approach; Wiley-VCH Verlag: Weinheim, Germany, 2008; p 1.
21. Deisenhofer, J.; Michel, H. New Compr. Biochem. 1992, 23, 103
22. Hu, X.; Ritz, T.; Damjanović, A.; Autenrieth, F.; Schulten, K. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 1
23. Hu, X.; Schulten, K. Phys. Today 1997, 50, 28
24. Ermler, U.; Fritzsch, G.; Buchanan, S. K.; Michel, H. Structure 1994, 2, 925
25. Kálmán, L.; Williams, J. C.; Allen, J. P. Photosynth. Res. 2008, 98, 643
26. Berlin, Y.; Burin, A.; Friedrich, J.; Köhler, J. Phys. Life Rev. 2006, 3, 262
27. Read, E. L.; Lee, H.; Fleming, G. R. Photosynth. Res. 2009, 101, 233
28. Brixner, T.; Stenger, J.; Vaswani, H. M.; Cho, M.; Blankenship, R. E.; Fleming, G. R. Nature 2005, 434, 625
29. Berera, R.; van Grondelle, R.; Kennis, J. T. M. Photosynth. Res. 2009, 101, 105
30. Edington, M. D.; Riter, R. E.; Beck, W. F. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4473
31. Salverda, J. M.; Vengris, M.; Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Czarnoleski, A. R.; Novoderezhkin, V.; van Amerongen, H.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2003, 84, 450
32. De Vries, H.; Wiersma, D. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 1851
33. Rebane, K. K. Impurity Spectra of Solids; Plenum: New York, 1970; p 1.
34. Jankowiak, R.; Hayes, J. M.; Small, G. J. Chem. Rev 1993, 93, 1471
35. Jankowiak, R.; Small, G. J. Photosynth. React. Cent. 1993, 2, 133
36. Völker, S. In Relaxation Processes in Molecular Excited States; Fünfschilling, J., Ed.; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, 1989; p 113.
37. Moerner, W. E. Topics in Current Physics. Persistent Spectral Hole Burning: Science and Applications; Springer-Verlag: New York, 1987; p 1.
38. Reinot, T.; Zazubovich, V.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5083
39. Reppert, M.; Naibo, V.; Jankowiak, R. Chem. Phys. 2010, 367, 27
40. Reppert, M.; Naibo, V.; Jankowiak, R. J. Chem. Phys. 2009, 131, 234104
41. Sigl, A.; Orrit, M.; Reinot, T.; Jankowiak, R.; Friedrich, J. J. Chem. Phys. 2007, 127, 084510
42. Vo-Dinh, T.; Velthorst, N. H.; Moore, D. S.; Schräder, B. Pure Appl. Chem. 1997, 69, 1435
43. Köhler, B. E. In Chemical and Biochemical Applications of Lasers; Moore, C. B., Ed.; Academic Press: New York, 1979; p 31.
44. van Amerongen, H.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. Photosynthetic Excitons; World Scientific: Singapore, 2000; p 168.
45. Fidy, J.; Laberge, M.; Kaposi, A. D.; Vanderkooi, J. M. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1386, 331
46. Jankowiak, R. In Shpol'skii Spectroscopy and Related Site Selective Methods; Gooijer, C.; Ariese, F.; Hofstraat, J. W., Eds.; John Wiley & Sons: New York, 2000; p 235.
47. Hughes, J. L.; Krausz, E. In Applications of Physical Methods to Inorganic and Bioinorganic Chemistry; Scott, R. A.; Lukehart, C. M., Eds.; John Wiley and Sons: New York, 2007; p 42.
48. Purchase, R.; Völker, S. Photosynth. Res. 2009, 101, 245
49. Kharlamov, B. M.; Personov, R. I.; Bykovskaya, L. A. Opt. Commun. 1974, 12, 191
50. Gorokhovskii, A. A.; Kaarli, R. K.; Rebane, L. A. JETP Lett. 1974, 20, 216
51. Bogner, U.; Schwarz, R. Phys. Rev. B 1981, 24, 2846
52. Jaaniso, R. Proc. Acad. Sci. Estonian SSR Phys. Math. 1985, 34, 277
53. Yaaniso, R. V.; Avarmaa, R. A. J. Appl. Spectrosc. 1986, 44, 365
54. Fünfschilling, J.; Glatz, D.; Zschokke-Gränacher, I. J. Lumin. 1986, 36, 85
55. Rätsep, M.; Freiberg, A. Chem. Phys. Lett. 2003, 377, 371
56. Timpmann, K.; Rätsep, M.; Hunter, C. N.; Freiberg, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10581
57. Freiberg, A.; Rätsep, M.; Timpmann, K.; Trinkunas, G. Chem. Phys. 2009, 357, 102
58. Rätsep, M.; Linnanto, J.; Freiberg, A. J. Chem. Phys. 2009, 130, 194501
59. Rätsep, M.; Pajusalu, M.; Freiberg, A. Chem. Phys. Lett. 2009, 479, 140
60. Rätsep, M.; Pieper, J.; Irrgang, K. D.; Freiberg, A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 110
61. Rätsep, M.; Freiberg, A. J. Lumin. 2007, 127, 251
62. Berlin, Y.; Burin, A.; Friedrich, J.; Köhler, J. Phys. Life Rev. 2007, 4, 64
63. Ponkratov, V. V.; Friedrich, J.; Vanderkooi, J. M.; Burin, A. L.; Berlin, Y. A. J. Low Temp. Phys. 2004, 137, 289
64. Rigler, R.; Orrit, M.; Basché, Th. Single Molecule Spectroscopy (Nobel Conference Lectures-Springer Series in Chemical Physics); Springer: Berlin, 2001; p 67.
65. Barkai, E.; Jung, Y.; Silbey, R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2004, 55, 457
66. Riley, K. J.; Reinot, T.; Jankowiak, R.; Fromme, P.; Zazubovich, V. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 286
67. Richter, M. F.; Baier, J.; Southall, J.; Cogdell, R. J.; Oellerich, S.; Köhler, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 20280
68. Oellerich, S.; Ketelaars, M.; Segura, J.; Margis, G.; de Ruijter, W.; Köhler, J.; Schmidt, J.; Aartsma, T. J. Single Mol. 2002, 3, 319
69. Hofmann, C.; Ketelaars, M.; Matsushita, M.; Michel, H.; Aartsma, T. J.; Köhler, J. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 013004
70. Grozdanov, D.; Herascu, N.; Reinot, T.; Jankowiak, R.; Zazubovich, V. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3426
71. Bopp, M. A.; Jia, Y.; Li, L.; Cogdell, R. J.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 10630
72. Goldsmith, R. H.; Moerner, W. E. Nat. Chem. 2010, 2, 179
73. Brecht, M.; Radics, V.; Nieder, J. B; Studier, H.; Bittl, R. Biochemistry 2008, 47, 5536
74. Brecht, M.; Studier, H.; Elli, A. F.; Jelezko, F.; Bittl, R. Biochemistry 2007, 46, 799
75. Elli, A. F.; Jelezko, F.; Tietz, C.; Studier, H.; Brecht, M.; Bittl, R.; Wrachtrup, J. Biochemisty 2006, 45, 1454
76. Brecht, M.; Radics, V.; Nieder, J. B.; Bittl, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 11857
77. Novoderezhkin, V. I.; Rutkauskas, D.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2006, 90, 2890
78. Rutkauskas, D.; Novoderezhkin, V.; Cogdell, R. J.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2005, 88, 422
79. Saga, Y.; Tamiaki, H. Cell Biochem. Biophys. 2004, 40, 149
80. Janusonis, J.; Valkunas, L.; Rutkauskas, D.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2008, 94, 1348
81. Krüger, T. P. J.; Novoderezhkin, V. I.; Ilioaia, C.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2010, 98, 3093
82. Tronrud, D. E.; Wen, J.; Gay, L.; Blankenship, R. E. Photosynth. Res. 2009, 100, 79
83. Wen, J.; Zhang, H.; Gross, M.; Blankenship, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 6134
84. Jaschke, P. R.; Beatty, J. T. Biochemistry 2007, 46, 12491
85. Reppert, M.; Zazubovich, V.; Dang, N. C.; Seibert, M.; Jankowiak, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9934
86. Reppert, M.; Acharya, K.; Neupane, B.; Jankowiak, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 11884
87. Deisenhofer, J.; Epp, O.; Miki, K.; Huber, R.; Michel, H. J. Mol. Biol. 1984, 180, 385
88. Amunts, A.; Drory, O.; Nelson, N. Nature 2007, 447, 58
89. Nield, J.; Barber, J. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1757, 353
90. Liu, Z.; Yan, H.; Wang, K.; Kuang, T.; Zhang, J.; Gui, L.; An, X.; Chang, W. Nature 2004, 428, 287
91. Breton, J.; Vermeglio, V. The Photosynthetic Bacterial Reaction Center II; NATO ASI Sciences, Series A, Life Sciences; Plenum: New York, 1992; p 1.
92. Kalitius, E.; Babendure, J. L.; Kalitene, Z.; Lin, S.; Taguchi, A. K.W.; Woodbury, N. W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12029
93. Haffa, A. L. M.; Lin, S.; Williams, J. C.; Bowen, B. P.; Taguchi, A. K. W.; Allen, J. P.; Woodbury, N. W. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4
94. Reddy, N. R. S.; Kolaczkowski, S. V.; Small, G. J. Science 1993, 260, 68
95. Johnson, E. T.; Nagarajan, V.; Zazubovich, V.; Riley, K.; Small, G. J.; Parson, W. W. Biochemistry 2003, 42, 13673
96. Roszak, A. W.; Howard, T. D.; Southall, J.; Gardiner, A. T.; Law, C. J.; Isaacs, N. W.; Cogdell, R. J. Science 2003, 302, 1969
97. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthorntwaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517
98. Schulten, K. In Simplicity and Complexity in Proteins and Nucleic Acids, Frauenfelder, H.; Deisenhofer, J.; Wolynes, P. G., Eds.; Dahlem University Press: Berlin, 1995; p 227.
99. Hu, X.; Ritz, T.; Damjanovic, A.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3854
100. Pullerits, T.; Chachisvilis, M.; Sundström, V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10787
101. Dahlbom, M.; Pullerits, T.; Mukamel, S.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5515
102. Trinkunas, G.; Freiberg, A. J. Lumin. 2006, 119-120, 105
103. Wendling, M.; van Mourik, F.; van Stokkum, I. H. M.; Salverda, J. M.; Michel, H.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2003, 84, 440
104. Pullerits, T.; Hess, S.; Herek, J. L.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10560
105. Shreve, A. P.; Trautman, J. K.; Frank, H. A.; Owens, T. G.; Albrecht, A. C. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1058, 280
106. Davydov, A. S. Theory of Molecular Excitons; Plenum: New York, 1971; p 1.
107. Frenkel, J. Phys. Z. Sowjetunion 1936, 9, 158
108. Renger, G. In Bioenergetics; Gräbner, P.; Malazzio, G., Eds.; Birkhäuser Verlag: Basel, 1997; p 311.
109. Förster, T. Ann. Phys. (Leipzig) 1984, 2, 55
110. Struve, W. S. In Anoxygenic Photosynthetic Bacteria; Blankenship, R. E.; Madigan, M. T.; Bauer, C. E., Eds.; Kluver Academic Publishers: Dordrecht, Netherlands, 1995; p 297.
111. Adolphs, J.; Muh, F.; Madjet, M. E.A. Photosynth. Res. 2008, 95, 197
112. Raszewski, G.; Renger, T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4431
113. van Grondelle, R.; Novoderezhkin, V. I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 793
114. Dexter, D. J. Chem. Phys. 1953, 21, 836
115. Blankenship, R. E. Molecular Mechanisms of Photosynthesis; Blackwell Science Ltd.: London, 2008; p 42.
116. Ishizaki, A.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2009, 130, 234110
117. May, V.; Kühn, O. Charge and Energy Transfer Dynamics in Molecular Systems; Wiley-VCH: New York, 2000; p 227.
118. Cheng, Y.-C; Fleming, G. R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2009, 60, 241
119. Berg, M.; Walsh, C. A.; Narasimhan, R.; Littau, K. A.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. B 1983, 88, 1564
120. Lyle, P. A.; Kolaczkowski, S. V.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6924
121. Hayes, J. M.; Gillie, J. K.; Tang, D.; Small, G. J. J. Biochim. Biophysics. Acta 1988, 932, 287
122. Kolaczkowski, S. V.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 13418
123. Personov, R. I. In Spectroscopy and Excitation Dynamics of Condensed Molecular Systems; Agranovich, V. M.; Hochstrasser, R. M., Eds.; Elsevier Science Ltd: Amsterdam, 1983; p 1.
124. Osadko, I. S. In Adv. Polym. Sci.; Dusek, K., Ed.; Springer-Verlag: Berlin, 1994; p 123.
125. Hofstrat, J. W.; Gooijer, C.; Velthorst, N. H. In Molecular Luminescence Spectroscopy: Methods and Applications; Schulman, S. G., Ed.; John Wiley & Sons: New York, 1988; p 383.
126. Selzer, P. M. In Topics in Applied Physics; Yen, W. M.; Selzer, P. M., Eds.; Springer Verlag: New York, 1986; p 113.
127. Weber, M. J. In Topics in Applied Physics; Yen, W. M.; Selzer, P. M., Eds.; Springer Verlag: New York, 1986; p 189.
128. Fidy, J.; Vanderkooi, J. M. In Light in Biology and Medicine; Douglas, R. H.; Moan, J.; Rontó, Gy., Eds.; Plenum Press: New York, 1991; p 367.
129. Weber, J. M. J. Lumin. 1987, 36, 179
130. Jankowiak, R.; Small, G. J. Anal. Chem. 1989, 61, 1023A
131. Price, B. P.; Wright, J. C. Anal. Chem. 1990, 62, 1989
132. Jankowiak, R.; Small, G. J. Chem. Res. Toxicol. 1991, 4, 256
133. Riesen, H. Comments Inorg. Chem. 1993, 14, 323
134. Denisov, Yu. V.; Kizel, V. A. Opt. Spectrosc. 1967, 23, 251
135. Szabo, A. Phys. Rev. Lett. 1970, 25, 924
136. Personov, R. I.; Al'Shitz, E. I.; Bykovskaya, L. A. Opt. Commun. 1972, 6, 169
137. Small, G. J.; Hayes, J. M.; Silbey, R. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7499
138. Acharya, K.; Neupane, B.; Reppert, M.; Feng, X.; Jankowiak, R. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 2310
139. Boxer, S. G.; Lockhart, D. J.; Kirmaier, C.; Holten, D. In Proceedings of the 22nd Jerusalem Symposium on Quantum Chemistry and Biochemistry; Jortner, J.; Pullman, B., Eds.; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, Netherlands, 1990; p 39.
140. Hammes, S.; Mazzola, L.; Boxer, S. G.; Gaul, D. F.; Schenck, C. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 5682
141. Reddy, N. R. S.; Wu, H.-M.; Jankowiak, R.; Picorel, R.; Cogdell, R. J.; Small, G. J. Photosynth. Res. 1996, 48, 277
142. Rätsep, M.; Small, G. J. In Shpol'skii Spectroscopy and Other Site-Selection Methods; Gooijer, C.; Ariese, F.; Hofstraat, J. W., Eds.; Wiley-Interscience: New York, 2000; p 381.
143. Ketelaars, M.; Hofmann, C.; Köhler, J.; Howard, T. D.; Cogdell, R. J.; Schmidt, J.; Aartsma, T. J. Biophys. J. 2002, 83, 1701
144. Hofmann, C.; Michel, H.; van Heel, M.; Köhler, J. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 195501
145. Hofmann, C.; Aartsma, T. J; Michel, H.; Köhler, J. New J. Phys. 2004, 6, 8
146. Hofmann, C.; Aartsma, T. J; Michel, H.; Köhler, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 15534
147. Baier, J.; Richter, M. F.; Cogdell, R. J.; Oellerich, S.; Köhler, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1135
148. Baier, J.; Richter, M. F.; Cogdell, R. J.; Oellerich, S.; Köhler, J. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 018108
149. Janusonis, J.; Valkunas, L.; Rutkauskas, D.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2008, 94, 1348
150. Rutkauskas, D.; Novoderezkhin, V.; Cogdell, R. J.; van Grondelle, R. Biochemistry 2004, 43, 4431
151. Jelezko, F.; Tietz, C.; Gerken, U.; Wrachtrup, J.; Bittl, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 8093
152. Gerken, U.; Jelezko, F.; Götze, B.; Branschädel, M.; Tietz, C.; Ghosh, R.; Wrachtrup, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 338
153. Tietz, C; Jelezko, F.; Gerken, U.; Schuler, S.; Schubert, A.; Rogl, H.; Wrachtrup, J. Biophys. J. 2001, 81, 556
154. de Boeij, W.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 99
155. Hesselink, W. H.; Wiersma, D. A. In Modern Problems in Condensed Matter; Agranovich, V. M.; Maradudin, A. A., Eds; Elsevier Science Ltd: Amsterdam, 1983; p 249.
156. Walsh, C. A.; Berg, M.; Narasimhan, L. R.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 1987, 20, 120
157. Narasimhan, L. R.; Littau, K. A.; Pack, D. W.; Bai, Y. S.; Elschner, A.; Fayer, M. D. Chem. Rev. 1990, 90, 439
158. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995; p 261.
159. Stoneham, A. M. Rev. Mod. Phys. 1969, 41, 82
160. Friedrich, J.; Haarer, D. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1984, 23, 113
161. Jankowiak, R.; Small, G. J. Science 1987, 237, 618
162. Kane, A. O. Phys. Rev. 1960, 119, 40
163. Dzyub, I. P.; Lubchenko, A. F. Fiz. Tverd. Tela 1961, 3, 3602
164. Silsbee, R. H. Phys. Rev. 1962, 128, 1726
165. Hayes, J. M.; Lyle, P. A.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7337
166. Flecher, G.; Friedrich, J. Chem. Phys. Lett. 1977, 50, 32
167. Kikas, J. Chem. Phys. Lett. 1978, 57, 511
168. Koedijk, J. M. A.; Wannemacher, R.; Silbey, R. J.; Völker, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19945
169. Jankowiak, R.; Small, G. J. In Disorder Effects on Relaxation Processes; Blumen, A.; Richard, R., Eds.; Springer-Verlag: Berlin, 1994; p 425.
170. Littau, K. A.; Fayer, M. D. Chem. Phys. Lett. 1991, 176, 551
171. Leeson, D. T.; Wiersma, D. A.; Fritsch, K.; Friedrich, J. Phys. Chem. 1997, 101, 6331
172. Jankowiak, R.; Small, G. J. Phys. Rev. 1993, B97, 14805
173. Meijers, H. C.; Wiersma, D. A. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 381
174. Sapozhnikov, M. N. Phys. Status Solidi B 1976, 75, 11
175. Skinner, J. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 1988, 39, 463
176. Di Bartolo, B. D. Optical Interactions in Solids; John Wiley and Sons: New York, 1968; p 222.
177. Keil, T. Phys. Rev. 1965, 140, A601
178. Pieper, J.; Irrgang, K.-D.; Renger, G.; Lechner, R. E. J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 10556
179. Orecchini, A.; Paciaroni, A.; Bizzarri, A. R.; Cannistraro, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12150
180. Paciaroni, A.; Orecchini, A.; Cinelli, S.; Onori, G.; Lechner, R. E.; Pieper, J. Chem. Phys. 2003, 292, 397
181. Kurkal, V.; Smith, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2356
182. Völker, S.; Macfarlane, R. M. J. Chem. Phys. 1980, 73, 4476
183. Shu, L.; Small, G. J. Chem. Phys. 1990, 141, 447
184. Shu, L.; Small, G. J. J. Opt. Soc. Am. B 1992, 9, 724
185. Jankowiak, R.; Tang, D.; Small, G. J.; Seibert, M. J. Phys. Chem. 1989, 93, 1649
186. Reppert, M.; Naibo, V.; Jankowiak, R. J. Chem. Phys. 2010, 132, 1
187. Reinot, T.; Small, G. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9105
188. Oikawa, H.; Fujiyoshi, S.; Dewa, T.; Nango, M.; Matsushita, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4590
189. Baier, J.; Richter, M. F.; Cogdell, R. J.; Oellerich, S.; Köhler, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1135
190. Baier, J.; Richter, M. F.; Cogdell, R. J.; Oellerich, S.; Köhler, J. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 018108
191. Hughes, J. L.; Prince, B. J.; Peterson Årsköld, S.; Krausz, E.; Smith, P. J.; Pace, R. J.; Picorel, R.; Seibert, M. J. Lumin. 2004, 108, 131
192. Jankowiak, R.; Richert, R.; Bässler, H. J. Phys. Chem. 1985, 89, 4569
193. Kenney, M. J.; Jankowiak, R.; Small, G. J. Chem. Phys. 1990, 146, 47
194. Reinot, T.; Small, G. J. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10207
195. Köhler, W.; Breinl, W.; Friedrich, J. J. Phys. Chem. 1985, 89, 2473
196. Elschner, A.; Bässler, H. Chem. Phys. 1988, 123, 305
197. Dang, N. C.; Reinot, T.; Reppert, M.; Jankowiak, R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1582
198. Zazubovich, V.; Jankowiak, R.; Small, G. J. J. Lumin. 2002, 98, 123
199. Jang, S.; Newton, M. D.; Silbey, R. J. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 218301
200. Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1854
201. Mukai, K.; Abe, S.; Sumi, H. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6096
202. Baier, J.; Gabrielsen, M.; Oellerich, S.; Michel, H.; van Heel, M.; Cogdell, R. J.; Köhler, J. Biophys. J. 2009, 97, 2604
203. Reinot, T.; Dang, N. C.; Small, G. J. J. Chem. Phys. 2003, 119, 10404
204. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598
205. Fenimore, P. W.; Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Young, R. D. Physica A 2005, 351, 1
206. Reddy, N. R. S.; Picorel, R.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6458
207. Zazubovich, V.; Jankowiak, R. J. Lumin. 2007, 127, 245
208. Avarmaa, R. A.; Rebane, K. K. Spectrochim. Acta A 1985, 41, 1365
209. Gillie, J. K.; Small, G. J.; Golbeck, J. H. J. Phys. Chem. 1989, 93, 1620
210. Kühn, O.; Renger, T.; May, V.; Voigt, J.; Pullerits, T.; Sundström, V. Trends Photochem. Photobiol. 1997, 4, 213
211. Chang, H.-C.; Small, G. J.; Jankowiak, R. Chem. Phys. 1995, 194, 323
212. den Hartog, F. T. H.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R.; Völker, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 11007
213. Pieper, J.; Rätsep, M.; Jankowiak, R.; Irrgang, K.-D.; Voigt, J.; Renger, G.; Small, G. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2412
214. Pieper, J.; Irrgang, K.-D.; Rätsep, M.; Voigt, J.; Renger, G.; Small, G. J. Photochem. Photobiol. 2000, 71, 574
215. Hayes, J. M.; Matsuzaki, S.; Rätsep, M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5625
216. Zazubovich, V.; Tibe, I.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12410
217. Peterman, E. J. G.; Pullerits, T.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4448
218. Wendling, M.; Pullerits, T.; Przyjalogowski, M. A.; Vulto, S. I.; Aartsma, T. J.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5825
219. Pieper, J.; Schödel, R.; Irrgang, K.-D.; Voigt, J.; Renger, G. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 7115
220. Creemers, T. M. H.; De Caro, C. A.; Visschers, R. W.; van Grondelle, R.; Völker, S. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 9770
221. Ihalainen, J. A.; Rätsep, M.; Jensen, P. E.; Scheller, H. V.; Croce, R.; Bassi, R.; Korppi-Tommola, J. E. I.; Freiberg, A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9086
222. Pieper, J.; Rätsep, M.; Irrgang, K.-D.; Freiberg, A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10870
223. Brecht, M.; Studier, H.; Radics, V.; Nieder, J. B.; Bittl, R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17487
224. Mc Colgin, W. C.; Marchetti, A. P; Eberly, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 5622
225. Pieper, J. Energy Level Structure and Electron-Phonon-Coupling of the Light-Harvesting Complex II of Green Plants. Ph.D. Thesis, Humboldt Universität zu Berlin, 2000.
226. Lee, I.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Chem. Phys. 1989, 91, 3463
227. Pieper, J.; Voigt, J.; Renger, G.; Small, G. J. Chem. Phys. Lett. 1999, 310, 296
228. Reddy, N. R. S.; van Amerongen, H.; Kwa, S. L. S.; van Grondelle, R.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4729
229. Jankowiak, R.; Cooper, R. S.; Zamzow, D.; Small, G. J.; Doskocil, G.; Jeffrey, A. M. Chem. Res. Toxicol. 1988, 1, 60
230. Zamzow, D.; Jankowiak, R.; Cooper, R. S.; Small, G. J. Chem. Res. Toxicol. 1989, 2, 29
231. Hofstraat, J. W.; Engelsma, M.; Gooijer, C.; Velthorst, N. H. Spectrochim. Acta 1989, 45A, 491
232. Wolf, J.; Myers, A. B. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 1996, 291, 135
233. Jankowiak, R.; Rogan, E.; Cavalieri, E. L. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10266
234. van Oijen, A. M.; Ketelaars, M.; Köhler, J.; Aartsma, T. J.; Schmidt, J. Biophys. J. 2000, 78, 1570
235. Cho, M. Chem. Rev. 2008, 108, 1331
236. Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 4247
237. Jonas, D. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 425
238. Wagner, W.; Li, C.; Semmlow, J.; Warren, W. S. Optics Express 2005, 13, 3697
239. Yang, L.; Abramavicius, D.; Mukamel, S. New J. Phys. 2010, 12, 065046
240. Ginsberg, N. S.; Cheng, Y.-C.; Fleming, G. R. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 1352
241. Abramavicius, D.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6097
242. Abramavicius, D.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2010, 113, 184501
243. Myers, J. A.; Lewis, K. L. M.; Fuller, F. D.; Tekavec, P. F.; Yocum, C. F.; Ogilvie, J. P. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 2774
244. Chen, Y.-C.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 4254
245. Engel, G. S.; Calhoun, T. R.; Read, E. L.; Ahn, T.-K.; T. Mančal, T.; Cheng, Y.-.C; Blankenship, R. E.; Fleming, G. R. Nature Lett. 2007, 446, 782
246. Lee, H.; Cheng, Y.-C.; Fleming, G. R. Science 2007, 316, 1462
247. Scholes, G. D. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 2
248. Collini, E.; Wong, C. Y.; Wilk, K. E.; Curmi, P. M. G.; Brumer, P.; Scholes, G. D. Nature 2010, 463, 644
249. Palewska, K.; Meister, E. C.; Wild, U. P. J. Lumin. 1991, 50, 47
250. Christensson, N.; Milota, F.; Nemeth, A.; Sperling, J.; Kauffmann, H. F.; Pullerits, T.; Hauer, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16409
251. Nemeth, A.; Milota, F.; Mančal, T.; Lukeš, V.; Kauffmann, H. F. Chem. Phys. Lett. 2008, 459, 94
252. Jansson, S. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1184, 1
253. Paulsen, H. Photochem. Photobiol. 1995, 62, 367
254. Green, B. R.; Durnford, D. G. Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 1996, 47, 685
255. Ruban, A. V.; Young, A. J.; Horton, P. Biochemistry 1996, 35, 674
256. van Amerongen, H.; Croce, R. In Primary Processes of Photosynthesis: Basic Principles and Apparatus; Renger, G., Ed.; RSC Publication: Cambridge, UK, 2008; p 329.
257. Bassi, R.; Giuffra, R. E.; Croce, R.; Dainese, P.; Bergantino, E. In Light as an Energy Source and Information Carrier in Plant Physiology; Jennings, R. C., Ed.; Plenum Press: New York, 1996; p 41.
258. Horton, P.; Ruban, A. V.; Walters, R. G. Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 1996, 47, 655
259. Kühlbrandt, W.; Wang, D. N.; Fujiyoshi, Y. Nature 1994, 367, 614
260. Renger, T.; May, V. Phys. Rev. Lett. 2000, 84, 5228
261. Remelli, R.; Varotto, C.; Sandona, D.; Croce, R.; Bassi, R. J. Biol. Chem. 1999, 274, 33510
262. Rogl, H.; Kühlbrandt, W. Biochemistry 1999, 38, 16214
263. Rogl, H.; Schödel, R.; Lokstein, H.; Kühlbrandt, W.; Schubert, A. Biochemistry 2002, 41, 2281
264. Standfuss, J.; Lamborghini, M.; Kühlbrandt, W.; van Scheltinga, A. C. T. EMBO J. 2005, 24, 919
265. Standfuss, J.; Kühlbrandt, W. J. Biol. Chem. 2004, 279, 36884
266. Irrgang, K.-D.; Slowik, D.; Miao, J.; Scharf, K.; Weiß, M.; Kussin, S. In Photosynthesis: Fundamental Aspects to Global Perspectives; van der Est, A.; Bruce, D., Eds.; Alliance Communications Group: Burbank, CA, 2005; p 689.
267. Giuffra, E.; Zucchelli, G.; Sandona, D.; Croce, R.; Cugini, D.; Garlaschi, F. M.; Bassi, R.; Jennings, R. C. Biochemistry 1997, 36, 12984
268. Sandona, D.; Croce, R.; Pagano, A.; Crimi, M.; Bassi, R. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1365, 207
269. Pesaresi, P.; Sandona, D.; Giuffra, E.; Bassi, R. FEBS Lett. 1997, 402, 151
270. Gibasiewicz, K.; Rutkowski, M.; van Grondelle, R. Photosynthetica 2009, 47, 232
271. Pieper, J.; Irrgang, K.-D.; Rätsep, M.; Jankowiak, R.; Voigt, J.; Schrötter, T.; Small, G. J.; Renger, G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2412
272. Vasil'ev, S.; Irrgang, K.-D.; Schrötter, T.; Bergmann, A.; Eichler, H.-J.; Renger, G. Biochemistry 1997, 36, 7503
273. Herascu, N.; Najafi, M.; Amunts, A.; Pieper, J.; Irrgang, K.-D.; Picorel, R.; Seibert, M.; Zazubovich, V. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 2737
274. Pieper, J.; Irrgang, K.-D. J. Phys. Chem. B 2011, submitted.
275. Linnanto, J.; Martiskainen, J.; Lehtovuori, V.; Ihalainen, J.; Kananavicius, R.; Barbato, R.; Korppi-Tommola, J. Photosynth. Res. 2006, 87, 267
276. Novoderezhkin, V. I.; Palacios, M. A.; van Amerongen, H.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10493
277. Madjet, M. E.; Abdurahman, A.; Renger, T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17268
278. Ishizaki, A.; Calhoun, T. R.; Schlau-Cohen, G. S.; Fleming, G. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 7319
279. Calhoun, T. R.; Ginsberg, N. S.; Schlau-Cohen, G. S.; Cheng, Y.-C.; Ballottari, M.; Bassi, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16291
280. Schlau-Cohen, G. S.; Calhoun, T. R.; Ginsberg, N. S.; Read, E. L.; Ballottari, M.; Bassi, R.; van Grodelle, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 15352
281. Schlau-Cohen, G. S.; Calhoun, T. R.; Ginsberg, N. S.; Ballottari, M.; Bassi, R.; Fleming, G. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 13276
282. Müh, F.; Madjet, M. E.; Renger, T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13517
283. Du, M.; Xie, X.; Mets, L.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4736
284. Bittner, T.; Irrgang, K.-D.; Renger, G.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11821
285. Connelly, J. P.; Müller, M. G.; Hucke, M.; Gatzen, G.; Mullineaux, C. W.; Ruban, A. V.; Horton, P.; Holzwarth, A. R. J. Phys. Chem. 1997, 101, 1902
286. Kleima, F. J.; Gradinaru, C.; Calkoen, F.; van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. Biochemistry 1997, 36, 15262
287. Gradinaru, C. C.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3938
288. Palacios, M. A.; Standfuss, J.; Vengris, M.; van Oort, B. F.; van Stokkum, I. H. M.; Kühlbrandt, W.; van Amerongen, H.; van Grondelle, R. Photosynth. Res. 2006, 88, 269
289. Bittner, T.; Wiederrecht, G. P.; Irrgang, K.-D.; Renger, G.; Wasielewski, M. R. Chem. Phys. 1995, 194, 311
290. Groot, M.; Frese, R. N.; De Weerd, F. L.; Bromek, K.; Pettersson, A.; Peterman, E. J. G.; Van Stokkum, I. H. M.; Van Grondelle, R.; Dekker, J. P. Biophys. J. 1999, 77, 3328
291. Di Donato, M.; van Grondelle, R.; van Stokkum, I. H.; Groot, M. L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7345
292. Riley, K. J.; Zazubovich, V.; Jankowiak, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22436
293. Vasil'ev, S.; Bruce, D. Biophys. J. 2006, 90, 3062
294. Saito, K.; Kikuchi, T.; Nakayama, M.; Mukai, K.; Sumi, H. J. Photochem. Photobiol., A: Chem. 2006, 178, 271
295. Groot, M.; Peterman, E. J. G.; van Stokkum, I. H. M.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R. Biophys. J. 1995, 68, 281
296. de Paula, J. C.; Liefshitz, A.; Hinsley, S.; Lin, W.; Chopra, V.; Long, K.; Williams, S. A.; Betts, S.; Yocum, C. F. Biochemistry 1994, 33, 1455
297. de Weerd, F. L.; Palacios, M. A.; Andrizhiyevskaya, E. G.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R. Biochemistry 2002, 41, 15224
298. Huyer, J.; Eckert, H. J.; Irrgang, K.-D.; Miao, J.; Eichler, H. J.; Renger, G. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3326
299. van Dorssen, R. J.; Breton, J.; Plijter, J. J.; Satoh, K.; van Gorkom, H. J.; Amesz, J. Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1987, 893, 267
300. Andrizhiyevskaya, E. G.; Chojnicka, A.; Bautista, J. A.; Diner, B. A.; van Grondelle, R.; Dekker, J. P. Photosynth. Res. 2005, 84, 173
301. Chang, H.-C.; Jankowiak, R.; Yocum, C. F.; Picorel, R.; Alfonso, M.; Seibert, M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7717
302. Pólivka, T.; Kroh, P.; Psencik, J.; Engst, D.; Komenda, J.; Hála, J. J. Lumin. 1997, 72-74, 600
303. den Hartog, F. T. H.; van Papendrecht, C.; Störkel, U.; Völker, S. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 1375
304. Alfonso, M.; Montoya, G.; Cases, R.; Rodriguez, R.; Picorel, R. Biochemistry 1994, 33, 10494
305. Shen, G.; Vermaas, W. F. J. Biochemisty 1994, 33, 7379
306. Krausz, E.; Hughes, J. L.; Smith, P.; Pace, R.; Peterson Ǻrsköld, S. Photochem. Photobiol. Sci. 2005, 4, 744
307. Krausz, E.; Hughes, J. L.; Smith, P. J.; Pace, R. J.; Ǻrsköld, S. P. Photosynth. Res. 2005, 84, 193
308. Hughes, J. L.; Krausz, E.; Smith, P. J.; Pace, R. J.; Riesen, H. Photosynth. Res. 2005, 84, 93
309. Jankowiak, R.; Rätsep, M.; Hayes, J.; Zazubovich, V.; Picorel, R.; Seibert, M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2068
310. Sauer, K.; Cogdell, R. J.; Prince, S. M.; Freer, A.; Isaacs, N. W.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1996, 64, 564
311. Alden, R. G.; Johnson, E.; Nagarajan, V.; Parson, W. W.; Law, C. J.; Cogdell., R. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4667
312. Wu, H.-M.; Rätsep, M.; Lee, I.-J.; Cogdell, R. J.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7654
313. Wu, H.-M.; Reddy, N., R. S.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 651
314. Freiberg, A.; Rätsep, M.; Timpmann, K.; Trinkunas, G. J. Lumin. 2003, 102, 363
315. Freiberg, A.; Rätsep, M.; Timpmann, K.; Trinkunas, G. J. Lumin. 2003, 108, 107
316. Reddy, N. R.; S.; Small, G., J.; Seibert, M.; Picorel, R. Chem. Phys. Lett. 1991, 181, 391
317. Wu, H.-M.; Savikhin, S.; Reddy, N. R. S.; Jankowiak., R.; Cogdell, R. J.; Struve, W. S.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12022
318. Matsuzaki, S.; Zazubovich, V.; Fraser, N. J.; Cogdell, R. J.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7049
319. Zazubovich, V.; Jankowiak, R.; Small, G, J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6802
320. Rätsep, M.; Wu, H.-M.; Hayes, J. M.; Small, G. J. Spectrochem. Acta. A 1998, 54, 1279
321. Ketelaars, M.; van Oijen, A. M.; Matsushita, M.; Köhler, J.; Schmidt, J.; Aartsma, T. J. Biophys. J. 2001, 80, 1591
322. Matsushita, M.; Ketelaars, M.; van Oijen, A. M.; Köhler, J.; Aartsma, T. J.; Schmidt, J. Biophys. J. 2001, 80, 1604
323. Hofmann, C.; Aartsma, T. J.; Köhler, J. Chem. Phys. Lett. 2004, 395, 373
324. Neu, P.; Silbey, R. J.; Heuer, A.; Zilker, S. J.; Haarer, D. J. Lumin. 1998, 76-77, 619
325. Nanba, O.; Satoh, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 109
326. Seibert, M.; Picorel, R.; Rubin, A. B.; Connolly, J. S. Plant Physiol. 1988, 87, 303
327. McTavish, H.; Picorel, R.; Seibert, M. Plant Physiol. 1989, 89, 452
328. Durrant, J.; R.; Klug, D. R.; Kwa, S. L. S.; van Grondelle, R.; Perter, G.; Dekker, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 4798
329. Jankowiak, R.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 8803
330. Jankowiak, R.; Rätsep, M.; Picorel, R.; Seibert, M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 9759
331. Peterman, E. J. G.; van Amerongen, H.; van Grondelle, R.; Dekker, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 6128
332. den Hartog, F. T. H.; Vacha, F.; Lock, A. J.; Barber, J.; Dekker, J. P.; Völker, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9174
333. Kwa, S. L. S.; Eijckelhoff, C.; van Grondelle, R.; Dekker, J. P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7702
334. Wasielewski, M. R.; Johnson, D. G.; Seibert, M.; Govindjee Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 524
335. Wasielewski, M. R.; Johnson, D. G.; Govindjee; Preston, C.; Seibert, M. Photosynth. Res. 1989, 22, 89
336. Schelvis, J. P. M.; van Noort, P. I.; Aartsma, T. J.; van Gorkom, H. J. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1184, 242
337. Greenfield, S. R.; Seibert, M.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8364
338. Greenfield, S. R.; Seibert, M.; Govindjee; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 2251
339. Tang, D.; Jankowiak, R.; Seibert, M.; Small, J. G. Photosynth. Res. 1991, 29, 19
340. Prokhorenko, V. I.; Holzwarth, A. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11563
341. Dekker, J. P.; van Grondelle, R. Photosynth. Res. 2000, 63, 195
342. Riley, K. J.; Jankowiak, R.; Rätsep, M.; Small, G. J.; Zazubovich, V. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10346
343. Novoderezhkin, V. I.; Dekker, J. P; van Grondelle, R. Biophys. J. 2007, 93, 1293
344. Romero, E.; van Stokkum, I. H. M.; Novoderezhkin, V. I.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R. Biochemistry 2010, 49, 4300
345. Chang, H.-C.; Jankowiak, R.; Reddy, N. R. S.; Yocum, C. F.; Picorel, R.; Seibert, M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7725
346. Peterson Årsköld, S.; Masters, V. M.; Prince, B. J.; Smith, P. J.; Pace, R., J.; Krausz, E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 123, 13063
347. Smith, P. J.; Peterson, S.; Masters, V. M.; Wydrzynski, T.; Styring, S.; Krausz, E.; Pace, R. Biochemistry 2002, 41, 1981
348. Johnson, S. G.; Tang, D.; Jankowiak, R.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5849
349. Small, G. J. Chem. Phys. 1995, 197, 239
350. Sener, M. K.; Jolley, C.; Ben-Shem, A.; Fromme, P.; Nelson, N.; Croce, R.; Schulten, C. Biophys. J. 2005, 89, 1630
351. Rätsep, M.; Johnson, T. W.; Chitnis, P. R.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 836
352. Zazubovich, V.; Matsuzaki, S.; Johnson, T. W.; Hayes, J. M.; Chitnis, P. R.; Small, G. J. Chem. Phys. 2002, 275, 47
353. Hsin, T.-M.; Zazubovich, V.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10515
354. Bibby, T. S.; Nield, J.; Barber, J. Nature 2001, 412, 743
355. Nield, J.; Morris, E., P.; Bibby, T. S.; Barber, J. Biochemistry 2003, 42, 3180
356. Boekema, E. J.; Hifney, A.; Yakushevska, A. E.; Piotrowski, M.; Keegstra, W.; Berry, S.; Michel, K.-P.; Pistorius, E. K.; Kruip, J. Nature 2001, 412, 745
357. Melkozernov, A. N.; Bibby, T. S.; Lin, S.; Barber, J.; Blankenship, R. E. Biochemistry 2003, 42, 3893
358. Andrizhiyevskaya, E. G.; Schwabe, T. M. E.; Germano, M.; D'Haene, S.; Kruip, J.; van Grondelle, R.; Dekker, J. P. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1556, 265
359. Melkozernov, A. N.; Barber, J.; Blankenship, R. E. Biochemistry 2006, 45, 331
360. Croce, R.; Zazubovich, V. Unpublished.
361. Gibasiewicz, K.; Szrajner, A.; Ihalainen, J. A.; Germano, M.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 21180
362. Croce, R.; Chojnicka, A.; Morosinotto, T.; Ihalainen, J. A.; van Mourik, F.; Dekker, J. P.; Bassi, R.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2007, 93, 2418
363. Romero, E.; Mozzo, M.; van Stokkum, I. H. M.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R.; Croce, R. Biophys. J. 2008, 96, L35
364. Hughes, J. L.; Prince, B. J.; Peterson Årsköld, S.; Smith, P. J.; Pace, R. J.; Riesen, H.; Krausz, E. Aust. J. Chem. 2004, 57, 1179
365. Hughes, J. L.; Krausz, E. J. Lumin. 2007, 127, 239
366. Hughes, J. L.; Smith, P.; Pace, R.; Krausz, E. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1757, 841
367. Krausz, E.; Cox, N.; Årsköld, S. Photosynth. Res. 2008, 98, 207
368. Cox, N.; Hughes, J.; Rutherford, A. W.; Krausz, E. Phys. Procedia 2010, 3, 1601
369. Raszewski, G.; Saenger, W.; Renger, T. Biophys. J. 2005, 88, 986
370. Cox, N.; Hughes, J. L.; Steffen, R.; Smith, P. J.; Rutherford, W.; Pace, R. J.; Krausz, E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12364
371. Prince, B. J.; Krausz, E.; Peterson Årsköld, S.; Smith, P. J.; Pace, R. J. J. Lumin. 2004, 108, 101
372. Hughes, J. L.; Krausz, E.; Smith, P. J.; Pace, R. J. In PS2004: 13th International Congress of Photosynthesis; van der Est, A.; Bruce, D., Eds.; Montreal, Canada, 2004; p S6A.
373. Fenna, R. E.; Matthews, B. W. Nature 1975, 258, 573
374. Tsukatani, Y.; Wen, J.; Blankenship, R. E; Bryant, D. A. Photosynth. Res. 2010, 104, 201
375. Busch, M. S.; Müh, F.; Madjet, M. E-A.; Renger, T. J. Phys. Chem.Lett. 2011, 2, 93
376. Garrity, G. M.; Holt, J. G. In Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed.; Boone, D. R.; Castenholz, R. W., Eds, Springer: New York, 2001; p 427.
377. Olson, J. M. Photosynth. Res. 2004, 80, 181
378. Blankenship, R. E. Molecular Mechanism of Photosynthesis, Blackwell Science Ltd.: London, 2002; p 1.
379. Matthews, B. W.; Fenna, R. E. Acc. Chem. Res. 1980, 13, 309
380. Matthews, B. W.; Fenna, R. E.; Bolognesi, M. C.; Schmid, M. F.; Olson, J. M. J. Mol. Biol. 1979, 131, 259
381. Li, Y.; Zhou, W.; Blankenship, R. E.; Allen, J. P. J. Mol. Biol. 1997, 271, 456
382. Tronrud, D. E.; Schmid, M. F.; Matthews, B. W. J. Mol. Biol. 1986, 188, 443
383. Camara-Artigas, A.; Blankenship, R. E.; Allen, J. P. Photosynth. Res. 2003, 75, 49
384. Ben-Shem, A.; Frolow, F.; Nelson, N. FEBS Lett. 2004, 564, 274
385. Louwe, R. J. W.; Vrieze, J.; Hoff, A. J.; Aartsma, T. J. J Phys. Chem. B 1997, 101, 11280
386. Vulto, S. I. E.; De Baat, M. A.; Louwe, R. J. W.; Permentier, H. P.; Neef, T.; Miller, M.; Van Amerongen, H.; Aartsma, T. J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9577
387. Olson, J. M. In Methods in Enzymology; San Pietro, A, Ed.; Academic Press: New York, 1971; Vol. 23, part A, pp 636.
388. Olson, J. M.; Ke, B.; Thompson, K. H. Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1976, 430, 524
389. Blankenship, R. E.; Cheng, P.; Causgrove, T. P.; Brune, D. C.; Wang, S. H. H.; Choh, J. U.; Wang, J. Photochem. Photobiol. 1993, 57, 103
390. Matsuzaki, S.; Zazubovich, V.; Rätsep, M.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9564
391. Adolphs, J.; Renger, T. Biophys. J. 2006, 91, 2778
392. Cho, M.; Vaswani, H. M.; Brixner, T.; Stenger, J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 2005, 109, 10542
393. Whaley, K. B.; Sarovar, M.; Ishizaki, A. arXiv:1012.4059v1.
394. van Mourik, F.; Verwijst, R. R.; Mulder, J. M.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10307
395. Reddy, N. R. S.; Jankowiak, R.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16168
396. Louwe, R. J. W.; Aartsma, T. J.; Gast, P.; Hulsebosch, R. J.; Nan, H. M.; Vrieze, J.; Hoff, A. J. Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1998, 1365, 373
397. Iseri, E. I.; Gulen, D. Eur. Biophys. J. Biophys. Lett. 1999, 28, 243
398. Wendling, M.; Przyjalgowski, M. A.; Gulen, D.; Vulto, S. I. E.; Aartsma, T. J.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. Photosynth. Res. 2002, 71, 99
399. Shibata, Y.; Saga, Y.; Tamiaki, H.; Itoh, S. Biochemistry 2007, 46, 7062
400. Abramavicius, D.; Voronine, D. V.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 8525
401. Milder, M. T. W.; van Grondelle, R.; Herek, J. L. Photosynth. Res. 2010, 104, 257
402. Sarovar, M.; Ishizaki, A.; Fleming, G. R.; Whaley, K. B. Nat. Phys. 2010, 6, 462
403. Riesen, H; Yildirim, B. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 2380