Exciton analysis in 2D electronic spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 21, 2005, Pages 10542-10556

  Cho, Minhaeng ^a   Vaswani, Harsha M ^b,c   Brixner, Tobias ^b,c   Stenger, Jens ^b,c   Fleming, Graham R ^b,c  

^a Korea University   (South Korea)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ECHO SPECTRA; LIGHT HARVESTING COMPLEXES; PHASE APPROXIMATION; TIME EVOLUTION;

COMPLEXATION; COMPUTER SIMULATION; GROUND STATE; HAMILTONIANS; PHOTONS; PHOTOSYNTHESIS; QUANTUM THEORY; SPECTROSCOPY;

EXCITONS;

ALGORITHM; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTER PROGRAM; ELECTRON; ELECTRONICS; METHODOLOGY; PHOTON; PHYSICAL CHEMISTRY; PROBABILITY; SPECTROPHOTOMETRY; SPECTROSCOPY; STATISTICAL MODEL; THEORETICAL MODEL; TIME;

ALGORITHMS; CHEMISTRY, PHYSICAL; ELECTRONICS; ELECTRONS; MODELS, MOLECULAR; MODELS, STATISTICAL; MODELS, THEORETICAL; PHOTONS; PROBABILITY; SOFTWARE; SPECTROPHOTOMETRY; SPECTRUM ANALYSIS; TIME FACTORS;

EID: 20544467934     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp050788d     Document Type: Article

References (73)

1. van Amerongen, H.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. Photosynthetic Excitons; World Scientific: Singapore, 2000.
2. Fleming, G. R.; Scholes, G. D. Nature 2004, 431, 256.
3. Sumi, H. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 252.
4. Fleming, G. R.; Cho, M. H. Annu. Rev. Phys. Chem. 1996, 47, 109.
5. de Boeij, W. P.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 99.
6. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 691.
7. Jonas, D. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 425.
8. Hybl, J. D.; Albrecht, A. W.; Gallagher Faeder, S. M.; Jonas, D. M. Chem. Phys. Lett. 1998, 297, 307.
9. Lepetit, L.; Joffre, M. Opt. Lett. 1996, 21, 564.
10. Hybl, J. D.; Ferro, A. A.; Jonas, D. M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6606.
11. Fleming, G. R.; Yang, M.; Agarwal, R.; Prall, B. S.; Kaufman, L. J.; Neuwahl, F. V. R. Bull. Korean Chem. Soc. 2003, 24, 1081.
12. Cina, J. A.; Kilin, D. S.; Humble, T. S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 46.
13. Prall, B. S.; Parkinson, D. Y.; Yang, M.; Ishikawa, N.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2537.
14. Brixner, T.; Mancal, T.; Stiopkin, I.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4221.
15. Brixner, T.; Stiopkin, I. V.; Fleming, G. R. Opt. Lett. 2004, 29, 884.
16. Cowan, M. L.; Ogilvie, J. P.; Miller, R. J. D. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 184.
17. Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2983.
18. Van Dao, L.; Lincoln, C.; Lowe, M.; Hannaford, P. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8434.
19. Stiopkin, I.; Brixner, T.; Fleming, G. R.: Two-dimensional optical heterodyne spectroscopy of molecular complexes. In Ultrafast Phenomena XIV; Kobayashi, T., Okada, T., Kobayashi, T., Nelson, K. A., de Silvestri, S. Eds.; Springer Series in Chemical Physics; Springer: Berlin, 2005; Vol. 79, pp. 554-556.
20. Stiopkin, I. Resonant Heterodyne Two-Dimensional Optical Spectroscopy, Columbia University: New York, 2005.
21. Brixner, T.; Stenger, J.; Vaswani, H. M.; Cho, M.; Blankenship, R. E.; Fleming, G. R. Nature 2005, 434, 625.
22. Cho, M. Phys. Chem. Commun. 2002, 5, 40.
23. Cho, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4424.
24. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
25. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2036.
26. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8219.
27. Golonzka, O.; Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2154.
28. Ge, N. H.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 962.
29. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B.; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10415.
30. Chung, H. S.; Khalil, M.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15332.
31. McClain, B. L.; Finkelstein, I. J.; Fayer, M. D. Chem. Phys. Lett. 2004, 392, 324.
32. Demirdoven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981.
33. Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 362.
34. Krummel, A. T.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9165.
35. Wright, J. C. Int. Rev. Phys. Chem. 2002, 21, 185.
36. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Condens. Matter 2002, 14, R1035.
37. Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258.
38. Cho, M.; Yu, J.-Y.; Joo, T.; Nagasawa, Y.; Passino, S. A.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11944.
39. de Boeij, W. P.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. Chem. Phys. 1998, 233, 287.
40. Everitt, K. F.; Geva, E.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1326.
41. Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5903.
42. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J.-Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6089.
43. de Boeij, W. P.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11806.
44. Fayer, M. D. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 315.
45. Zhang, W. M.; Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7763.
46. Zhang, W. M.; Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 1998, 356, 405.
47. Fidder, H.; Knoester, J.; Wiersma, D. A. J. Chem. Phys. 1991, 95, 7880.
48. Ohta, K.; Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2001, 115, 7609.
49. Kobayashi, T. J-aggregates; World Scientific: Singapore, 1996.
50. Redfield, A. G. Adv. Magn. Reson. 1965, 1, 1.
51. Yang, M.; Fleming, G. R. Chem. Phys. 2002, 275, 353.
52. Soules, T. F.; Duke, C. D. Phys. Rev. B 1971, 3, 262.
53. Rachovsky, S.; Silbey, R. Mol. Phys. 1973, 25, 61.
54. Kenkre, V. M.; Knox, R. S. Phys. Rev. Lett. 1974, 33, 803.
55. Li, Y. F.; Zhou, W. L.; Blankenship, R. E.; Allen, J. P. J. Mol. Biol. 1997, 277, 456.
56. Olson, J. M. Bacteriochlorophyll a-proteins from green bacteria. In The Photosynthetic Bacteria; Clayton, R. K., Sistrom, W. R., Eds.; Plenum Press: New York, 1978; p 161.
57. Matthews, B. W.; Fenna, R. E. Acc. Chem. Res. 1980, 13, 309.
58. Matthews, B. W.; Fenna, R. E.; Bolognesi, M. C.; Schmid, M. F.; Olson, J. M. J. Mol. Biol. 1979, 131, 259.
59. Fenna, R. E.; Matthews, B. W. Nature 1975, 258, 573.
60. Tronrud, D. E.; Schmid, M. F.; Matthews, B. W. J. Mol. Biol. 1986, 188, 443.
61. Louwe, R. J. W.; Vrieze, T.; Hoff, A. J.; Aartsma, T. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 11280.
62. Vulto, S. I. E.; De Baat, M. A.; Neerken, S.; Nowak, F. R.; van Amerongen, H.; Amesz, J.; Aartsma, T. J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10630.
63. Renger, T.; May, V.; Kühn, O. Phys. Rep. 2001, 343, 137.
64. Vulto, S. I. E.; de Baat, M. A.; Louwe, R. J. W.; Permentier, H. P.; Neef, T.; Miller, M.; van Amerongen, H.; Aartsma, T. J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9577.
65. Vulto, S. I. E.; de Baat, M. A.; Neerken, S.; Nowak, F. R.; van Amerongen, H.; Amesz, J.; Aartsma, T. J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8153.
66. Yang, M.; Damjanovic, A.; Vaswani, H. M.; Fleming, G. R. Biophys. J. 2003, 85, 140.
67. Cho, M.; Fleming, G. R. J. Chem Phys. 1993, 98, 2848.
68. Vohringer, P.; Arnett, D. C.; Westervelt, R. A.; Feldstein, M. J.; Scherer, N. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4027.
69. Kühn, O.; Sundstrom, V. J. Chem. Phys. 1997, 107, 4154.
70. Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5378.
71. Jean, J. M.; Friesner, R. A.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1992, 96, 5827.
72. Pisliakov, A. V.; Gelin, M. F.; Domcke, W. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2657.
73. Hsu, C.-P.; Walla, P. J.; Head-Gordon, M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11016.