Exciton delocalization and transport in photosystem I of cyanobacteria synechococcus elongates: Simulation study of coherent two-dimensional optical signals

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 17, 2009, Pages 6097-6108

  Abramavicius, Darius ^a   Mukamel, Shaul ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BEAM PLASMA INTERACTIONS; CHIRALITY; DICHROISM; ENANTIOMERS; EXCITONS; STEREOCHEMISTRY; TWO DIMENSIONAL;

ACTIVE SPACES; CIRCULAR DICHROISM SPECTRA; COOPERATIVE DYNAMICS; CYANOBACTERIA SYNECHOCOCCUS; DELOCALIZATION; ELECTRONIC EXCITATION; EXCITON STATE; OPTICAL SIGNALS; PARTICIPATION RATIOS; PHOTON-ECHO SIGNAL; PHOTOSYSTEM I; REACTION CENTER; SIMULATION STUDIES; SPECTRAL DISTRIBUTION; STRONG CORRELATION;

ANTENNAS;

EID: 66349109658     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp811339p     Document Type: Article

References (64)

1. Gobets, B.; van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Ada 2001, 1507, 80.
2. Turconi, S.; Kruip, J.; Schweitzer, G.; Rogner, M.; Holzwarth, A. R. Photosynth. Res. 1996, 49, 263.
3. Jordan, P.; Fromme, P.; Witt, H. T.; Klukas, O.; Saenger, W.; Kraus, N. Nature (London) 2001, 411, 909.
4. Canfield, P.; Dahlbom, M. G.; Hush, N. S.; Reimers, J. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 024301.
5. Fromme, P.; Mathis, P. Photosynth. Res. 2004, 80, 109.
6. Sener, M. K.; Lu, D.; Ritz, T.; Park, S.; Fromme, P.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2002, 706, 7948.
7. Zazubovich, V.; Matsuzaki, S.; Johnson, T. W.; Hayes, J. M; Chitnis, P. R.; Small, G. J. Chem. Phys. 2002, 275, 47.
8. Riley, K. J.; Reinot, T.; Jankowiak, R.; Fromme, P.; Zazubovich, V. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 286.
9. Vaitekonis, S.; Trinkunas, G.; Valkunas, L. Photosynth. Res. 2005, 86, 185.
10. Croce, R.; Chojnicka, A.; Morosinotto, T.; Ihalainen, J. A.; van Mourik, F.; Dekker, J. P.; Bassi, R.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2007, 93, 2418.
11. Fleming, G. R.; van Grondelle, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 738.
12. van Amerogen, H.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. Photosynthetic Excitons; World Scientific: Singapore, 2000.
13. Palsson, L.-O.; Flemming, C.; Gobets, B.; van Grondelle, R.; Dekker, J. P.; Schlodder, E. Biophys. J. 1998, 74, 2611.
14. Gibasiewicz, K.; Ramesh, V. M.; Lin, S.; Woodbury, N. W.; Webber, A. N. J. Phys. Chem. B 2002, 706, 6322.
15. Miiller, M. G.; Niklas, J.; Lubitz, W.; Holzwarth, A. R. Biophys. J. 2003, 85, 3899.
16. Mi, D.; Chen, M.; Lin, S.; Lince, M.; Larkum, A. W. D.; Blankenship, R. E. J. Phys. Chem. B 2003, 707, 1452.
17. Savikhin, A.; Xu, W.; Chitnis, P. R.; Struve, W. S. Biophys. J. 2000, 79, 1573.
18. Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2003, 779, 5614.
19. Yang, M.; Damjanovic, A.; Vaswani, H. M.; Fleming, G. R. Biophys. J. 2003, 85, 140.
20. Holzwarth, A. R.; Miiller, M. G.; Niklas, J.; Lubitz, W. Biophys. J. 2006, 90, 552.
21. Gobets, B.; van Stokkum, I. H. M.; Rogner, M.; Kruip, J.; Schlodder, E.; Karapetyan, N. V.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2001, 87, 407.
22. Gobets, B.; van Stokkum, I. H. M.; van Mourik, F.; Dekker, J. P.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2003, 85, 3883.
23. Melkozemov, A. N.; Lin, S.; Blankenship, R. E. J. Phys. Chem. B 2000, 704, 1651.
24. Byrdin, M.; Jordan, P.; &auss, N.; Fromme, P.; Stehlik, D.; Schlodder, E. Biophys. J. 2002, 83, 433.
25. Vaswani, H. M.; Stenger, J.; Fromme, P.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2006, 770, 26303.
26. Renger, T.; May, V.; Kiihn, O. Phys. Rep. 2001, 343, 137.
27. Louwe, R. J. W.; Vrieze, J.; Hoff, A. J.; Aartsma, T. J. J. Phys. Chem. B 1997, 707 (51), 11280.
28. Dashdorj, N.; Xu, W.; Martinsson, P.; Chitnis, P. R.; Savikhin, S. Biophys. J. 2004, 86, 3121.
29. Gobets, B.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2003, 85, 3872.
30. Damjanovic, A.; Vaswani, H. M.; Fromme, P.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2002, 706, 10251.
31. Briiggemann, B.; Sznee, K.; Novoderezhkin, V.; van Grondelle, R.; May, V. J. Phys. Chem. B 2004, 708, 13536.
32. Cho, M. Chem. Rev. 2008, 708, 1331.
33. Abramavicius, D.; Palmieri, B.; Voronine, D. V.; Sanda, F.; Mukamel, S. Chem. Rev. 2008, in press.
34. Chernyak, V.; Zhang, W. M.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 709, 9587.
35. Zhang, W. M.; Chemyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1999, 770, 5011.
36. Emst, R. R.; Bodenhausen, G.; Wokaun, A. Principles of Nuclear Magnetic Resonance in One and Two Dimensions; Clarendon Press: Oxford, 1998.
37. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 57, 691.
38. Jonas, D. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 425.
39. Rubstov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 700, 5601.
40. Zanni, M. T.; Ge, N. H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11265.
41. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273.
42. Piryatinski, A.; Chemyak, V.; Mukamel, S. Chem. Phys. 2001, 266, 285.
43. Brixner, T.; Mancal, T.; Stiopkin, I. V.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2004, 727, 4221.
44. Brixner, T.; Stenger, J.; Vaswani, H. M.; Cho, M.; Blankenship, R. E.; Fleming, G. R. Nature (London) 2005, 434, 625.
45. Engel, G. S.; Calhoun, T. R.; Read, E. L.; Ahn, T. K.; Mancal, T.; Cheng, Y. C.; Blankenship, R. E.; Fleming, G. R. Nature (London) 2007, 446, 782.
46. Demirdoven, N.; Khalil, M.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 237401.
47. Abramavicius, D.; Voronine, D. V.; Mukamel, S. Biophys. J. 2008, 94, 3613.
48. Voronine, D. V.; Abramavicius, D.; Mukamel, S. Biophys. J. 2008, 95, 4896.
49. Abramavicius, D.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. B: At., Mol. Opt. Phys. 2006, 36, 5051.
50. Davydov, A. A Theory of Molecular Excitions; McGraw-Hill: New York, 1962.
51. Abramavicius, D.; Palmieri, B.; Mukamel, S. Chem. Phys. 2009, 357, 79.
52. Sener, M. K.; Jolley, C.; Ben-Shem, A.; Fromme, P.; Nelson, N.; Croce, R.; Schulten, K. Biophys. J. 2005, 89, 1630.
53. Yin, S.; Dahlbom, M. G.; Canfield, P. J.; Hush, N. S.; Kobayashi, R.; Reimers, J. R. J. Phys. Chem. B 2007, 777, 9923.
54. Schlodder, E.; Shubin, V. V.; El-Mohsnawy, E.; Roegner, M.; Karapetyan, N. V. Biochim. Biophys. Ada 2007, 7767, 732.
55. Ben-Shem, A.; Frolow, F.; Nelson, N. Nature (London) 2003, 426, 630.
56. Amunts, A.; Drory, O.; Nelson, N. Nature (London) 2007, 447, 58.
57. Jensen, P. E.; Bassi, R.; Boekema, E. J.; Dekker, J. P.; Jansson, S.; Leister, D.; Robinsosn, C.; Scheller, H. V. Biochim. Biophys. Ada 2007, 7767, 335.
58. Amunts, A.; Nelson, N. Plant Physiol. Biochem. 2008, 46, 228.
59. Engelmann, E.; Zucchelli, G.; Casazza, A. P.; Brogioli, D.; Gaiiaschi, F. M.; Jennings, R. C. Biochemistry 2006, 45, 6947.
60. Gardian, Z.; Bumba, L.; Schrofel, A.; Herbstova, M.; Neberasova, J.; Vacha, F. Biochim. Biophys. Ada 2007, 7767, 725.
61. Werst, M.; Jia, Y.; Mets, L.; Fleming, G. R. Biophys. J. 1992, 67, 868.
62. Holzwarth, A. R.; Schatz, G.; Brock, H.; Bittersmann, E. Biophys. J. 1993, 64, 1813.
63. Karapetyan, N. V.; Holzwarth, A. R.; Rogner, M. FEBS Lett. 1999, 460, 395.
64. Andreeva, A.; Abarova, S.; Stoitchkova, K.; Picorel, L.; Velitch-kova, M. Photochem. Photobiol. 2007, 83, 1301.