Calculations of spectroscopic properties of the LH2 bacteriochlorophyll-protein antenna complex from rhodopseudomonas acidophila

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 101, Issue 23, 1997, Pages 4667-4680

  Alden, R G ^a,c   Johnson, E ^a   Nagarajan, V ^a   Parson, W W ^a   Law, C J ^b   Cogdell, R G ^b  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^b UNIVERSITY OF GLASGOW   (United Kingdom)

^c NC Applications Division   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 5244255059     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp970005r     Document Type: Article

References (82)

1. van Grondelle, R.; Dekker, J. P.; Gilbro, T.; Sundström, V. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1187, 1-65.
2. Freer, A.; Prince, S.; Sauer, K.; Papiz, M.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; McDermott, G.; Cogdell, R. J. Structure 1996, 4, 449-461.
3. Papiz, M. Z.; Prince, S. M.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; McDermott, G.; Freer, A. A.; Isaacs, N. W.; Cogdell, R. J. Trends Plant Sci. 1996, 1, 198-206.
4. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornthwarte-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517-521.
5. Koepke, J.; Hu, X.; Muenke, C.; Schulten, K.; Michel, H. Structure (London) 1996, 4, 581-597.
6. Wu, H.-M.; Reddy, N. R. S.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1997, 101, 651-656.
7. Sauer, K.; Cogdell, R. J.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Isaacs, N. W.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1996, 64, 564-576.
8. Breton, J.; Verméglio, A.; Garrigos, M.; Paillotin, G. In Photosynthesis III. Structure and Molecular Organization of the Photosynthetic Apparatus; Akoyunoglu, G., Ed.; Balaban International Science Services: Philadelphia, PA, 1981; pp 445-459.
9. Angerhofer, A.; Bornhauser, F.; Gall, A.; Cogdell, R. J. Chem. Phys. 1995, 194, 259-274.
10. Shreve, A. P.; Trautmann, J. K.; Frank, H. A.; Owens, T. G.; Albrecht, A. C. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1058, 280-287.
11. Hess, S.; Visscher, K. J.; Pulleritis, T.; Sundström, V.; Fowler, G. J. S.; Hunter, C. N. Biochemistry 1995, 35, 8300-8305.
12. Jimenez, R.; Dikshit, S. N.; Bradforth, S. E.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 63-73.
13. Warshel, A. Comput. Chem. 1977, 1, 195-202.
14. Warshel, A.; Lappicirella, V. A. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 4664-4673.
15. Warshel, A.; Parson, W. W. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 6143-6152.
16. Parson, W. W.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 6152-6163.
17. Parson, W. W.; Breton, J.; Nabedryk, E. Biochemistry 1992, 31, 7503-7510.
18. Parson, W. W.; Creighton, S.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4277-4284.
19. Gouterman, M. J. Mol. Spectrosc. 1961, 6, 138-163.
20. Petke, J. D.; Maggoira, G. M.; Shipman, L. L.; Christofferson, R. E. Photochem. Photobiol. 1980, 32, 399-414.
21. Jentzen, W.; Simpson, M. C.; Hobbs, J. D.; Song, X.; Ema, T.; Nelson, N. Y.; Medforth, C. J.; Smith, K. M.; Veyrat, M.; Mezzanti, M.; Ramasseul, R.; Marchon, J. L.; Takenuchi, T.; Goddard, W. A., III; Shelnutt, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11085-11097.
22. Barkigia, K. M.; Chantranupong, L.; Smith, K. M.; Fajer, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7566-67.
23. Scherz, A.; Parson, W. W. Biochim. Biophys. Acta 1984, 766, 653-665.
24. Roothaan, C. C. J. J. Chem. Phys. 1951, 19, 1445-1458.
25. Warshel, A.; Russell, S. T.; Churg, A. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 4785-4789.
26. Murrell, J. N.; Tanaka, J. J. Mol. Phys. 1964, 7, 363-380.
27. Azumi, T.; Armstrong, A. T.; McGlynn, S. P. J. Chem. Phys. 1964, 41, 3839.
28. Warshel, A.; Creighton, S.; Parson, W. W. J. Phys. Chem. 1988, 92, 2696-2701.
29. Plato, M.; Mobius, K.; Michel-Beyerle, M. E.; Bixon, M.; Jortner, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7279-7285.
30. Scherer, P. O. J.; Fischer, S. F. Chem. Phys. Lett. 1987, 103, 32-36.
31. Warshel, A.; Parson, W. W. Annu. Rev. Phys. Chem. 1991, 42, 279-309.
32. Moser, C. C.; Keske, J. M.; Warncke, K.; Farid, R. S.; Dutton, P. L. Nature 1992, 355, 796-802.
33. Tinoco, I. Adv. Chem. Phys. 1962, 4, 113-159.
34. Hayes, J. M.; Gillie, J. K.; Tang, D.; Small, G. J. Biochim. Biophys. Acta 1988, 932, 287-305.
35. Reddy, N. R. S.; Picorel, R.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6458-6464.
36. Reddy, N. R. S.; Cogdell, R. J.; Zhao, L.; Small, G. J. Photochem. Photobiol. 1993, 57, 35-39.
37. Manneback, C. Physica 1951, 17, 1001-1010.
38. Cogdell, R. J.; Durant, I.; Valentine, J.; Lindsay, J. G.; Schmidt, K. Biochim. Biophys. Acta 1983, 722, 427-455.
39. Clayton, R. K. Photochem. Photobiol. 1966, 5, 669-677.
40. Cogdell, R. J.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1985, 42, 669-689.
41. Angerhofer, A.; Cogdell, R. J.; Hipkins, M. F. Biochim. Biophys. Acta 1986, 848, 333-341.
42. Sturgis, J. N.; Hunter, C. N.; Niederman, R. A. Photochem. Photobiol. 1988, 48, 243-247.
43. Pullerits, T.; Chachisvilis, M.; Sundström, V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10787-10792.
44. Novoderezhkin, V. I.; Razjivin, A. P. FEBS Lett. 1993, 330, 5-7.
45. Novoderezhkin, V. I.; Razjivin, A. P. Biophys. J. 1995, 68, 1089-1100.
46. Bradforth, S. E.; Jimenez, R.; Van Mourik, F.; Van Grondelle, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16179-16191.
47. Neinhaus, G. U.; Mourant, J. R.; Chu, K.; Frauenfelder, H. Biochemistry 1994, 33, 13413-13430.
48. Wu, H.-M.; Savikhin, S.; Reddy, N. R. S.; Jankowiak, R.; Cogdell, R.; Struve, W. S.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12022-12033.
49. Van Amerongen, H.; Van Haeringen, B.; Van Gurp, M.; Van Grondelle, R. Biophys. J. 1991, 59, 992-1001.
50. Kramer, H. J. M.; Van Grondelle, R.; Hunter, C. N.; Westerhuis, W. H. J.; Amesz, J. Biochim. Biophys. Acta 1984, 765, 156-165.
51. Nagarajan, V.; Alden, R. G.; Williams, J. C.; Parson., W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13774-13779.
52. Renge, I.; Mauring, K.; Avarmaa, R. J. Lumin. 1987, 37, 207-214.
53. Lathrop, E. J. P.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3050-3055.
54. Woodbury, N. W. T.; Parson, W. W. Biochim. Biophys. Acta 1984, 767, 345-361.
55. Simpson, W. T.; Peterson, D. L. J. Chem. Phys. 1957, 26, 588-593.
56. Förster, T. In Modern Quantum Chemistry; Sinanoglu, O., Ed.; Academic Press: New York, 1966; Part III, pp 93-137.
57. Connolly, J. S.; Samuel, E. B.; Janzen, A. E. Photochem. Photobiol. 1982, 36, 565-574.
58. Fidder, H.; Knoester, J.; Wiersma, D. A. J. Chem. Phys. 1991, 95, 7880-7088.
59. Gudowska-Nowak, E.; Newton, M. D.; Fajer, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5795-5801.
60. Thompson, M. A.; Zerner, M. C.; Fajer, J. J. Phys. Chem. 1991. 95, 5693-5700.
61. Sturgis, J. N.; Hagemann, G.; Tadros, M. H.; Robert, B. Biochemistry 1995, 34, 517-523.
62. Sturgis, J. N.; Robert, B. Photosynth. Res. 1996, 50, 5-10.
63. Hess, S.; Åkesson, E.; Cogdell, R. J.; Pullerits, T.; Sundström, V. Biophys. J. 1995, 69, 2211-2225.
64. Hess, S.; Chachisvilis, M.; Timpmann, K.; Jones, M. R.; Fowler, G. J. S.; Hunter, C. N.; Sundström, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 12333-12337.
65. Monshouwer, R.; Van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1275, 70-75.
66. Savikhin, S.; Struve, W. S. Chem. Phys. 1996, 210, 91-100.
67. Kennis, J. T. M.; Streltsov, A. M.; Aartsma, T. J.; Nozawa, T.; Amesz, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2438-2442.
68. Xiao, W.; Lin, S.; Taguchi, A. K. W.; Woodbury, N. W. Biochemistry 1994, 33, 8313-8322.
69. Novoderezhkin, V. I.; Razjivin, A. P. FEBS Lett. 1995, 368, 370-372.
70. Visser, H. M.; Somsen, O. J. G.; Van Mourik, F.; Lin, S.; Van Stokkum, H. M.; Van Grondelle, R. Biophys. J. 1995, 69, 1083-1099.
71. Leegwater, J. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14403-14409.
72. Kumble, R.; Palese, S.; Visschers, R. W.; Dutton, P. L.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 396-404.
73. Feick, R.; Van Grondelle, R.; Rijgersberg, C. P.; Drews, G. Biochim. Biophys. Acta 1980, 593, 241-253.
74. Sebban, P.; Robert, B.; Jolchine, G. Photochem. Photobiol. 1985, 42, 573-578.
75. Gottfried, D. S.; Stocker, J. W.; Boxer, S. G. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1059, 63-75.
76. Mulliken, R. S.; Rieke, C. A.; Orloff, D.; Orloff, H. J. Chem. Phys. 1949, 17, 1248-1267.
77. Král, M. Collect. Czech. Chem. Commun. 1970, 35, 1939-1948.
78. Harada, N.; Nakanishi, K. Circular Dichroic Spectroscopy: Exciton Coupling in Organic Stereochemistry; University Science Books: Mill Valley, CA, 1983; pp 406-423.
79. Miller, J.; Gerhauser, J. M.; Matsen, F. A. Quantum Chemistry Integrals and Tables; University of Texas Press: Austin, TX, 1959.
80. Shipman, L. L. Photochem. Photobiol. 1977, 26, 287-292.
81. Böttcher, C. J. F. Theory of Electric Polarization, 2nd ed.; Elsevier: Amsterdam, 1973; pp 74-81, 166-168.
82. Becker, M.; Nagarajan, V.; Parson, W. W. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6840-6848.