Modeling the infrared and circular dichroism spectroscopy of a bridged cyclic diamide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 18, 2011, Pages 5526-5535

  Gaigeot, Marie Pierre ^a,b   Besley, Nicholas A ^c   Hirst, Jonathan D ^c  

^a UNIVERSITÉ D EVRY VAL D ESSONNE   (France)

^b INSTITUT UNIVERSITAIRE DE FRANCE   (France)

^c UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DICHROISM; GASES; MOLECULAR DYNAMICS; VIBRATION ANALYSIS;

AMIDE I; AMIDE I MODE; AQUEOUS PHASE; CD SPECTRA; DIAMIDES; GASPHASE; HIGHLY SENSITIVE; IR SPECTRUM; MODE COUPLING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PEPTIDE GROUPS; RED SHIFT; TIME CORRELATION FUNCTIONS;

CIRCULAR DICHROISM SPECTROSCOPY;

EID: 79958199938     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp111140f     Document Type: Article

References (94)

1. Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14190.
2. Ganim, Z.; Chung, H. S.; Smith, A. W.; Deflores, L. P.; Jones, K. C.; Tokmakoff, A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 432.
3. Zhuang, W; Hayashi, T; Mukamel, S Angew. Chem, Int. Ed. 2009, 48, 3750.
4. Kaya, K.; Nagakura, S. Theor. Chim. Acta 1967, 7, 124.
5. Nielsen, E. B.; Schellman, J. A. J. Phys. Chem. 1967, 71, 2297.
6. Basch, H.; Robin, M. B.; Kuebler, N. A. J. Chem. Phys. 1968, 49, 5007.
7. Gingell, J. M.; Mason, N. J.; Zhao, H.; Walker, I. C.; Siggel, M. R. F. Chem. Phys. 1997, 220, 191.
8. Sobolewski, A. Photochem. Photobiol. 1995, 89, 89.
9. Serrano-Andrés, L.; Fülscher, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12190.
10. Hirst, J. D.; Hirst, D. M.; Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13487.
11. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 10791.
12. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8559.
13. Doltsinis, N. L.; Sprik, M. Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 563.
14. Besley, N. A.; Oakley, M. T.; Cowan, A. J.; Hirst, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13502.
15. Besley, N. A.; Doltsinis, N. L. J. Chem. Theory Comput. 2006, 6, 1598.
16. Watson, T. M.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7858.
17. Torii, H; Tatsumi, T.; Tasumi, M. Raman Spectrosc. 1998, 29, 537.
18. Kubelka, J.; Keiderling, T. A J.Phys. Chem. A 2005, 109, 9474.
19. Hayashi, T; Zhuang, W; Mukamel, S J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
20. Kwac, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2247.
21. Besley, N. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10794.
22. Gaigeot, M. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3336.
23. Cimas, A.; Gaigeot, M. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3501.
24. Gaigeot, M. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 10198.
25. Gaigeot, M. P. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10059.
26. Cimas, A.; Vaden, T. D.; de Boer, T. S. J. A.; Snoek, L. C.; Gaigeot, M. P. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1068.
27. Gaigeot, M. P. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 13507.
28. Gaigeot, M. P.; Martinez, M.; Vuilleumier, R. Mol. Phys. 2007, 105, 2857.
29. Gregoire, G.; Gaigeot, M. P.; Marinica, D. C.; Lemaire, J.; Schermann, J. P.; Desfrancois, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082.
30. Gaigeot, M. P.; Vuilleumier, R.; Sprik, M.; Borgis, D. J. Chem. Theory Comput. 2005, 5, 772.
31. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
32. Serrano-Andrés, L.; Fülscher, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10912.
33. Watson, T. M.; Hirst, J. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2580.
34. Kubelka, J.; Kim, J.; Bour, P.; Kiederling, T. A. Vib. Spectrosc. 2006, 42, 63.
35. Besley, N. A.; Metcalf, K. A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 035101.
36. Besley, N. A. Phil. Trans. R. Soc. 2007, 365, 2799.
37. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6821.
38. Moran, A.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 101, 506.
39. Woutersen, S.; Hamm, P. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 985.
40. Jansen, T. L.; Dijkstra, A. G.; Watson, T. M.; Hirst, J. D.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044312.
41. Choi, J.-H.; Lee, H.; Lee, K. K.; Hahn, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045102.
42. Zhu, Y.; Tang, M.; Shi, X.; Zhao, Y. Int. J. Quantum Chem. 2006, 107, 745.
43. Masman, M. F.; Lovas, S.; Murphy, R. F.; Enriz, R. D.; Rodríguez, A. M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10682.
44. Wierzejewska, M.; Olbert-Majkut, A. Chem. Phys. Lett. 2009, 476, 287.
45. Kwac, K.; Lee, K.-K.; Han, J. B.; Oh, K.-I.; Cho, M. J. Chem. Phys. 200s, 128, 105106.
46. Seabra, G. D.; Walker, R. C.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. A 2007, 111 , 5655.
47. MacKerrel, A.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400.
48. Besley, N. A.; Brienne, M.-J.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 12371.
49. Dreyer, J.; Moran, A. M.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5967.
50. Miles, A. J.; Wallace, B. A. Chem. Soc. Rev. 2006, 35, 39.
51. Oakley, M. T.; Hirst, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12414.
52. Bulheller, B. M.; Miles, A. J.; Wallace, B. A.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1866.
53. Hirst, J. D.; Persson, B. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7519.
54. Serrano-Andrés, L.; Fülscher, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9323.
55. Applequist, A. J. Chem. Phys. 1979, 71, 4324.
56. Carlson, K. L.; Lowe, S. L.; Hoffmann, M. R.; Thomasson, K. A. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5463.
57. Carlson, K. L.; Lowe, S. L.; Hoffmann, M. R.; Thomasson, K. A. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1925.
58. Bour, P. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5099.
59. Li, Z.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11579.
60. Gaigeot, M. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 10198.
61. Handgraaf, J.-W.; Meijer, E. J.; Gaigeot, M. P. J. Chem. Phys. 2004, 121 , 10111.
62. Gaigeot, M. P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10344.
63. Marinica, C.; Gregoire, G.; Desfranois, C.; Schermann, J. P.; Borgis, D.; Gaigeot, M. P. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8802.
64. CPMD, copyright International Business Machines Corporation (1990-2008) and Max Planck Institute fuer Festkoerperforschung Stuttgart (1995-2001).
65. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
66. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
67. Trouillier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
68. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425.
69. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2810.
70. VandeVondele, J.; Mohamed, F.; Krack, M.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 14515.
71. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; Harper-Collins Publishers: New York, 1976.
72. Cimas, A.; Maitre, P.; Ohanessian, G.; Gaigeot, M. P. J. Chem. Theor. Comput. 2009, 5, 2388.
73. Iftimie, R.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 2005, 122, 14508.
74. Ahlborn, H.; Space, B.; Moore, P. B. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8083.
75. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847.
76. Berghold, G.; Mundy, C. J.; Romero, A. H.; Hutter, J.; Parrinello, M. Phys. Rev. B 2000, 61 , 10040.
77. Head-Gordon, M.; Rico, R.J.; Oumi, M.; Lee, T.J. Chem. Phys. Lett. 1994, 219, 21.
78. Head-Gordon, M.; Maurice, D.; Rico, R. J. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 114.
79. Shao, Y.; Molnar, L. F.; Jung, Y.; Kussmann, J.; Ochsenfeld, C.; Brown, S. T.; Gilbert, A. T. B.; Slipchenko, L. V.; Levchenko, S. V.; O'Neill, D. P.; DiStasio, R. A., Jr.; Lochan, R. C.; Wang, T.; Beran, G. J. O.; Besley, N. A.; Herbert, J. M.; Lin, C. Y.; Voorhis, T. V.; Chien, S.-H.; Sodt, A.; Steele, R. P.; Rassolov, V. A.; Maslen, P. E.; Korambath, P. P.; Adamson, R. D.; Austin, B.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Dachsel, H.; Doerksen, R. J.; Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Dutoi, A. D.; Furlani, T. R.; Gwaltney, S. R.; Heyden, A.; Hirata, S.; Hsu, C.-P.; Kedziora, G.; Khalliulin, R. Z.; Klunzinger, P.; Lee, A. M.; Lee, M. S.; Liang, W.; Lotan, I.; Nair, N.; Peters, B.; Proynov, E. I.; Pieniazek, P. A.; Rhee, Y. M.; Ritchie, J.; Rosta, E.; Sherrill, C. D.; Simmonett, A. C.; Subotnik, J. E.; Woodcock, H. L., III; Zhang, W.; Bell, A. T.; Chakraborty, A. K.; Chipman, D. M.; Keil, F. J.; Warshel, A.; Hehre, W.J.; Schaefer,H. F., III; Kong, J.; Krylov, A. I.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172.
80. Neese, F. ORCA, an ab initio density functional and semiempirical program package; University of Bonn, Germany, 2007.
81. Cho, M.; Blank, D. A.; Sung, J.; Park, K.; Hahn, S.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2082.
82. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
83. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2001 , 123, 12886.
84. Zheng, J. R.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4328.
85. Bagchi, S.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Smith, A. B.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111 , 3010.
86. Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Shim, S.-H.; Zanni, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6698.
87. Mukamel, S. Principles of non linear optical spectroscopy; Oxford University Press: Oxford, U. K., 1995.
88. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J. H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451.
89. Gorbunov, R. D.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224904.
90. Biancardi, A.; Cappelli, C.; Mennucci, B.; Cammi, R. J. Phys. Chem. B 2010, 111, 3010.
91. Martinez, M.; Gaigeot, M. P.; Borgis, D.; Vuilleumier, R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144106.
92. Choi, J. H.; Cho, M. Chem. Phys. 2009, 361, 144106.
93. Robinson, D.; Besley, N. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 9667.
94. Pulm, F.; Schramm, J.; Lagier, H.; Hormes, J. Enantiomer 1998, 3, 315.