Ab initio modeling of amide vibrational bands in solution

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 108, Issue 49, 2004, Pages 10794-10800

  Besley, Nicholas A ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETONITRILE; COMPUTER SIMULATION; ERROR ANALYSIS; HYDROGEN BONDS; INFRARED SPECTROSCOPY; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; PERMITTIVITY; POLYPEPTIDES; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SOLVENTS;

AMIDE VIBRATIONAL BANDS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SOLVATOCHROMIC SHIFTS;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 10844243891     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp046073c     Document Type: Article

References (35)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
2. Chen, X. G.; Schweitzer-Stenner, R.; Asher, S. A.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3074.
3. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 537.
4. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
5. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 1907.
6. Besley, N. A.; Brienne, M.-J.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 12371.
7. Zanni, M. T.; Asplund, M. C.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 4579.
8. Herrebout, W. A.; Clou, K.; Desseyn, H. O. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4865.
9. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
10. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048.
11. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7733.
12. Ham, S.; Kim, J.-H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3491.
13. Kwac, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2247.
14. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11253.
15. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132.
16. Watson, T. M.; Hirst, J. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 998.
17. Watson, T. M.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7858.
18. Adamson, R. D.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1998, 284, 6.
19. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 2788.
20. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
21. Tomasi, J.; Perisco, M. Chem. Rev. 1997, 94, 22027.
22. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7273.
23. Pancoska, P.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. Appl. Spectrosc. 1999, 53, 655.
24. Silvestrelli, P. L.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 277, 478.
25. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10344.
26. Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3480.
27. Kwac, K.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
28. Kong, J.; White, C. A.; Krylov, A. I.; Sherrill, C. D.; Adamson, R. D.; Furlani, T. R.; Lee, M. S.; Lee, A. M.; Gwaltney, S. R.; Adams, T. R.; Daschel, H.; Zhang, W.; Oschenfeld, C.; Gilbert, A. T. B.; Kedziora, G.; Maurice, D. R.; Nair, N.; Shao, Y.; Besley, N. A.; Maslen, P. E.; Dombroski, J. P.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Voorhis, T. V.; Oumi, M.; Hirata, S.; Hsu, C. P.; Ishikawa, N.; Florian, J.; Warshel, A.; Johnson, G. B.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1532.
29. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol Phys. 1970, 19, 533.
30. Wolfram, S. The Mathematica Book. 4th ed.; Wolfram Media/ Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1999.
31. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
32. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evenseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
33. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
34. Grabuleda, X.; Jaime, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 901.
35. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 1489.