A sequential molecular mechanics/quantum mechanics study of the electronic spectra of amides

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 41, 2004, Pages 13502-13511

  Besley, Nicholas A ^a   Oakley, Mark T ^a   Cowan, Alexander J ^a   Hirst, Jonathan D ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRONIC STRUCTURE; GROUND STATE; MOLECULAR DYNAMICS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; QUANTUM THEORY; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

ELECTRONIC SPECTRA; EXCITATION ENERGIES; MOLECULAR MECHANICS; TIME-DEPENDENT DENSITY FUNCTIONAL THEORY (TDDDFT);

ORGANIC COMPOUNDS;

ACETAMIDE; AMIDE; FORMAMIDE; N METHYLACETAMIDE; N METHYLFORMAMIDE; WATER;

AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRON; ENERGY; GAS; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM CHEMISTRY; QUANTUM MECHANICS; TEMPERATURE DEPENDENCE; TIME;

AMIDES; COMPUTER SIMULATION; MODELS, CHEMICAL; QUANTUM THEORY; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 6044246183     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja047603l     Document Type: Article

References (74)

1. Hunt, P.; Sprik, M.; Vuilleumier, R. Chem. Phys. Lett. 2003, 376, 68-74.
2. Suppan, P.; Ghoneim, N. Solvatochromism; The Royal Society of Chemistry: Cambridge, U.K., 1997.
3. McCreery, J. H.; Christoffersen, R. E.; Hall, G. G. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 7198-7202.
4. Marchese, F. T.; Mehrotra, P. K.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. 1984, 88, 5692-5702.
5. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 1489-1496.
6. Sneddon, S. F.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 1989, 209, 817-820.
7. Sim, F.; St-Amant, A.; Papai, I.; Salahub, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4391-4400.
8. Contador, J. C.; Sanchez, M. L.; Aguilar, M. A.; Olivares del Valle, F. J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 5539-5546.
9. Adalsteinsson, H.; Maulitz, A. H.; Bruice, T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7689-7693.
10. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309-314.
11. Kubelka, J.; Keiderling,T. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922-10928.
12. Herrebout, W. A.; Clou, K.; Desseyn, H. O. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4865-4881.
13. Watson, T. M.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7858-7867.
14. Chen, E. F.; Wittung-Stafshede, P.; Kliger, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3811-3817.
15. Zhang, C.-F.; Lewis, J. W.; Cerpa, R.; Kuntz, I. D.; Kliger, D. S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 5499-5505.
16. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9636-9644.
17. Hunt, H. D.; Simpson, W. T. J. Am. Chem. Soc. 1953, 75, 4540-4543.
18. Peterson, D. L.; Simpson, W. T. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 2375-2382.
19. Kaya, K.; Nagakura, S. Theor. Chim. Acta 1967, 117, 117-123.
20. Basch, H.; Robin, M. B.; Kuebler, N. A. J. Chem. Phys. 1967, 47, 1201-1210.
21. Basch, H.; Robin, M. B.; Kuebler, N. A. J. Chem. Phys. 1968, 49, 5007-5018.
22. Staley, R. H.; Harding, L. B.; Goddard, W. A., III; Beauchamp, J. L. Chem. Phys. Lett. 1975, 36, 589-593.
23. Gingell, J. M.; Mason, N. J.; Zhao, H.; Walker, I. C.; Siggel, M. R. F. Chem. Phys. 1997, 220, 191-205.
24. Serrano-Andres, L.; Fülscher, M. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12190-12199.
25. Nielsen, E. B.; Schellman, J. A. J. Phys. Chem. 1967, 71, 2297-2304.
26. Doltsinis, N. L.; Sprik, M. Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 563-569.
27. Hirst, J. D.; Hirst, D. M.; Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13487-13491.
28. Harding, L. B.; Goddard, W. A., III. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 6300-6305.
29. Stenkamp, L. Z.; Davidson, E. R. Theor. Chim. Acta 1977, 44, 405-419.
30. Nitzsche, L. E.; Davidson, E. R. J. Chem. Phys. 1978, 68, 3103-3109.
31. Oliveros, E.; Riviere, M.; Teichteil, C.; Malrieu, P. Chem. Phys. Lett. 1978, 57, 220-223.
32. Hirst, J. D.: Hirst, D. M.; Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 4821-4827.
33. Szalay, P. G.; Fogarasi, G. Chem. Phys. Lett. 1997, 270, 406-412.
34. Serrano-Andrés, L.; Fülscher, M. P. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10912-10920.
35. Pajcini, V.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10942-10954.
36. Bayliss, N. S.; McRae, E. G. J. Phys. Chem. 1954, 58, 1002-1006.
37. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 10791-10797.
38. Taylor, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 5248-5249.
39. Del Bene, J. E. J. Chem. Phys. 1975, 62, 1961-1970.
40. Sobolewski, A. L. Photochem. Photobiol 1995, 89, 89-97.
41. Kauss, M.; Webb, S. P. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5771-5775.
42. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8559-8566.
43. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Mol. Struct., Theochem 2000, 506, 161-167.
44. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
45. Bernasconi, L.; Sprik, M.; Hutter, J. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12417-12431.
46. Gao, J. L.; Xia, X. F. Science 1992, 258, 631-635.
47. Röhrig, U. F.; Frank, I.; Hutter, J.; Laio, A.; VandeVondele, J.; Rothlisberger, U. ChemPhysChem 2003, 4, 1177-1182.
48. Sulpizi, M.; Carloni, P.; Hutter, J.; Rothlisberger, U. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 4798-4805.
49. Coutinho, K.; Canuto, S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9132-9139.
50. Coutinho, K.; Canuto, S.; Zerner, M. C. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9874-9880.
51. Rocha, R. R.; Martins, V. M.; Coutinho, K.; Canuto, S. Theor. Chim. Acc. 2002, 108, 31-37.
52. Rocha, W. R.; De Almeida, K. J.; Coutinho, K.; Canuto, S. Chem. Phys. Lett. 2001, 345, 171-178.
53. Besley, N. A. Chem. Phys. Lett. 2004, 390, 124-129.
54. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
55. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evenseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
56. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
57. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627.
58. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023.
59. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-6806.
60. Kong, J.; White, C. A.; Krylov, A. I.; Sherrill, C. D.; Adamson, R. D.; Furlani, T. R.; Lee, M. S.; Lee, A. M.; Gwaltney, S. R.; Adams, T. R.; Daschel, H.; Zhang, W.; Oschenfeld, C.; Gilbert, A. T. B.; Kedziora, G.; Maurice, D. R.; Nair, N.: Shao, Y.; Besley, N. A.; Maslen, P. E.; Dombroski, J. P.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Voorhis, T. V.; Oumi, M.; Hirata, S.; Hsu, C. P.; Ishikawa, N.; Florian, J.; Warshel, A.; Johnson, G. B.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1532-1548.
61. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833-1840.
62. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257-2261.
63. Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233-239.
64. Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Celani, P.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckart, F.; Hampel, C.; Hetzer, G.; Knowles, P. J.; Korona, T.; Lindh, R.; Lloyd, A. W.; McNicholas, S. J.; Manby, F. R.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; Palmieri, P.; Pitzer, R.; Rauhut, G.; Schütz, M.; Schumann, U.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.; Thorsteinsson, T.; Werner, H.-J. MOLPRO, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, version 2002.1; University of Birmingham: Birmingham, U.K., 2002.
65. Tozer, D. J.; Amos, R. D.; Handy, N. C.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L. Mol. Phys. 1999, 97, 859-868.
66. Tozer, D. J.; Handy, N. C. J. Chem. Phys. 1998, 109, 10180-10189.
67. Tozer, D. J.; Handy, N. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 117-121.
68. Li, Y.; Garrell, R. L.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5895-5896.
69. Blair, J. T.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 6948-6956.
70. Coutinho, K.; Saavedra, N.; Canuto, S. J. Mol. Struct., Theochem 1999, 466, 69-75.
71. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161-2200.
72. Li, J.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Int. J. Quantum Chem. 2000, 77, 264-280.
73. Bonaccorsi, R.; Cimiraglia, R.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1983, 4, 567-577.
74. Serrano-Andres, L.; Fulscher, M. P.; Karlstrom, G. Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 167-181.