Molecular dynamics and room temperature vibrational properties of deprotonated phosphorylated serine

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 9, 2009, Pages 2388-2400

  Cimas, A ^a   Maitre, P ^b   Ohanessian, G ^c   Gaigeot, M P ^a  

^a UNIVERSITÉ D EVRY VAL D ESSONNE   (France)

^b UNIVERSITÉ PARIS SUD   (France)

^c LABORATOIRE HÉTÉROÉLÉMENTS ET COORDINATION   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 73349112593     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct900179d     Document Type: Article

References (59)

1. Cohen, P. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 596-601.
2. Sefton, B.M.; Hunter, T. In Protein phosphorylation; Academic Press: 1998.
3. Johnson, L.N.; Lewis, R.J. Chem. Rev. 2001, 101, 2209-2242.
4. Espinoza-Fonseca, L.M.; Kast, D.T.D. D.J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12208-12209.
5. Mandell, D.J.; Chorny, I.; Groban, E.S.; Wong, S.E.; Levine, E.; Rapp, C.S.; Jacobson, M.P.J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 820-827.
6. Nakamoto, K. Infrared and Raman Spectra of Inorganic and Coordination Compounds. Parts A and B; New York, 1997.
7. Lemaire, J.; Boissel, P.; Heninger, M.; Mauclaire, G.; Bellec, G.; Metsdagh, H.; Simon, A.; Caer, S.L.; Ortega, J.M.; Glotin, F.; Maître, P. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 273002.
8. Maître, P.; Caer, S.L.; Simon, A.; Jones, W.D.; Lemaire, J.; Metsdagh, H.; Heninger, M.; Mauclaire, G.; Moissel, P.; Prazeres, R.; Glotin, F.; Ortega, J.M. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. A 2003, 507, 541-546.
9. Oomens, J.; Roij, A.J.A. V.; Meijer, G.; Helden, G.V. Astrophys. J. 2000, 542, 404-410.
10. Oomens, J.; Sartakov, B.G.; Meijer, G.; Helden, G.V. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 254, 1-19.
11. Balaj, O.P.; Kapota, C.; Lemaire, J.; Ohanessian, G. Int. J. Mass Spectrom. 2008, 269, 196-209.
12. Gregoire, G.; Gaigeot, M.P.; Marinica, D.C.; Lemaire, J.; Schermann, J.P.; Desfrançois, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3082-3097.
13. Lucas, B.; Gregoire, G.; Lemaire, J.; Maître, P.; Glotin, F.; Schermann, J.P.; Desfraçois, C. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 243, 105-113.
14. Marinica, D.C.; Gregoire, G.; Desfrançois, C.; Schermann, J.P.; Borgis, D.; Gaigeot, M.P.J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8802-8810.
15. Oomens, J.; Polfer, N.C.; Moore, D.T.; Meer, L. v. d.; Marshall, A.G.; Eyler, J.R.; Helden, G. v. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1345-1348.
16. Polfer, N.C.; Oomens, J.; Dunbar, R.C. ChemPhysChem 2008, 9, 579-589.
17. Polfer, N.C.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B.J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5887-5897.
18. Polfer, N.C.; Paizs, B.; Snoek, L.C.; Compagnon, I.; Suhai, S.; Helden, G. v.; Oomens, J.J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8571.
19. Prell, J.S.; Demireva, M.; Oomens, J.; Williams, E.R.J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1232.
20. Vaden, T.D.; Boer, T.S.J. A. d.; Simons, J.P.; Snoek, L.C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 1443-1447.
21. Vaden, T.D.; Boer, T.S.J. d.; Simons, J.P.; Snoek, L.C.; Suhai, S.; Paizs, B.J. Phys. Chem. A 2008, 112, 4608-4616.
22. Vaden, T.D.; Gowers, S.A.N.; Boer, T.S.J. A. d.; Steill, J.D.; Oomens, J.; Snoek, L.C.J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14640-14650.
23. Wu, R.H.; McMahon, T.B.J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11312-11313.
24. Correia, C.F.; Balaj, O.P.; Scuderi, D.; Maître, P.; Ohanessian, G.J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3359-3370.
25. Correia, C.F.; Clavaguera, C.; Erlekam, U.; Scuderi, D.; Ohanessian, G. ChemPhysChem 2008, 9, 2564.
26. Scuderi, D.; Correia, C.F.; Balaj, O.P.; Ohanessian, G.; Lemaire, J.; Maître, P. ChemPhysChem 2009, 10, 1630-41.
27. CPMD, copyright International Business Machines Corporation (1990-2008) and Max Planck Institute fuer Festkoerperforschung Stuttgart (1995-2001).
28. Gaigeot, M.P.J. Phys. Chem. A 2008, 112, 13507.
29. McQuarrie, D.A., Statistical Mechanics; Harper-Collins Publishers: New York, 1976.
30. Cimas, A.; Vaden, T.D.; Boer, T.S.J. A. d.; Snoek, L.C.; Gaigeot, M.P.J. Chem. Theor. Comput. 2009, 5, 1068-1078.
31. Gaigeot, M.P.; Sprik, M.J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10344.
32. Gaigeot, M.P.; Vuilleumier, R.; Sprik, M.; Borgis, D.J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 772.
33. Todorova, T.; Seitsonen, A.P.; Hutter, J.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C.J.J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3685.
34. Guidon, M.; Schiffmann, F.; Hutter, J.; Vandevondele, J.J. Chem. Phys. 2008, 128, 214104.
35. Zhao, Y.; Schultz, N.E.; Truhlar, D.G.J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 364-382.
36. Zhao, Y.; Truhlar, D.G.J. Chem. Phys. 2006, 125, 194101.
37. Jimenez-Hoyos, C.A.; Janesko, B.G.; Scuseria, G.E. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 6621-6629.
38. Zhao, Y.; Truhlar, D.G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241.
39. Lin, I.C.; Seitsonen, A.P.; Coutinho-Neto, M.D.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1127-1131.
40. von Lilienfeld, O.A.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.; Sebastiani, D. Phys. Rev.B2005, 71, 19.
41. Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R.; Zakrzewski, V.G.; Montgomery, J.A., Jr.; Stratmann, R.E.; Burant, J.C.; Dapprich, S.; Millam, J.M.; Daniels, A.D.; Kudin, K.N.; Strain, M.C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G.A.; Ayala, P.Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D.K.; Rabuck, A.D.; Raghavachari, K.; Foresman, J.B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J.V.; Stefanov, B.B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R.L.; Fox, D.J.; Keith, T.; Al-Laham, M.A.; Peng, C.Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P.M.W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M.W.; Andres, J.L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E.S.; Pople, J.A. Gaussian03; Gaussian: Pittsburgh, 2003.
42. Becke, A. Phys. Rev.A1988, 38, 3098.
43. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R.G. Phys. Rev.B1988, 37, 785.
44. Trouillier, N.; Martins, J.L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
45. Kleinman, L.; Bylander, D.M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425.
46. Martyna, G.J.; Tuckerman, M.E.J. Chem. Phys. 1999, 110, 2810.
47. Borysow, J.; Moraldi, M.; Frommhold, L. Mol. Phys. 1985, 56, 913.
48. Ramirez, R.; Lopez-Ciudad, T.; Kumar, P.; Marx, D.J. Chem. Phys. 2004, 121, 3973.
49. Tangney, P.J. Chem. Phys. 2006, 124, 044111.
50. Tangney, P.; Scandolo, S.J. Chem. Phys. 2002, 116, 14.
51. Gaigeot, M.P.; Martinez, M.; Vuilleumier, R. Mol. Phys. 2007, 105, 2857.
52. Martinez, M.; Gaigeot, M.P.; Borgis, D.; Vuilleumier, R.J. Chem. Phys. 2006, 125, 144106.
53. Oomens, J.; Steill, J.D.J. Phys. Chem. A 2008, 112, 3281-3283.
54. Irikura, K.K.; Johnson, R.D.; Kacker, R.N.J. Phys. Chem. A 2005, 109 (37), 8430.
55. Brauer, B.; Chaban, G.M.; Gerber, R.B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2543.
56. Brauer, B.; Dubnikova, F.; Zeiri, Y.; Kosloff, R.; Gerber, R.B. Spectrochim. Acta, Part A 2008, 71, 1438.
57. Pele, L.; Gerber, R.B.J. Chem. Phys. 2008, 128, 165105.
58. Chaban, G.M.; Gerber, R.B. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 273.
59. Carbonniere, Ph.; Dargelos, A.; Ciofini, I.; Adamo, C.; Pouchan, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 437584.