Infrared spectroscopy of N-methylacetamide revisited by ab initio molecular dynamics simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 1, Issue 5, 2005, Pages 772-789

  Gaigeot, M P ^a   Vuilleumier, R ^b   Sprik, M ^c   Borgis, D ^a  

^a UNIVERSITÉ D EVRY VAL D ESSONNE   (France)

^b UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE   (France)

^c UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33744467088     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct050029z     Document Type: Article

References (82)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Prot. Chem. 1986, 38, 181.
2. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
3. Biological Applications of Raman Spectroscopy; Spiro, T., Ed.; Wiley-Interscience: New York, 1987; Vol. I.
4. Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Mantsch, H., Chapman, D., Eds.; Wiley-Liss: New York, 1996.
5. Kato, K.; Matsui, T.; Tanaka, S. Appl. Spectrosc. 1987, 41, 861.
6. Pancoska, P.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. Appl. Spectrosc. 1999, 53, 655.
7. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
8. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12886.
9. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
10. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
11. Moran, A. M.; Dreyer, J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1347.
12. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10344.
13. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
14. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3572.
15. Silvestrelli, P. L.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 277, 478.
16. Bernasconi, M.; Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1998, 81, 1235.
17. Putrino, A.; Sebastiani, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7102.
18. Polavarapu, P. L.; Deng, Z.; Ewig, C. S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9919.
19. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9742.
20. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1991, 236, 97.
21. Cuevas, G.; Renugopalakrishnan, V.; Madrid, G.; Hagler, A. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1490.
22. Gregurik, S. K.; Chaban, G. M.; Gerber, R. B. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8696.
23. Gao, J.; Freindorf, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3182.
24. Garcia-Martinez, A.; Teso-Vilar, E.; Garcia-Fraile, A.; Martinez-Ruiz, P. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4942.
25. Nandini, G.; Sathyanarayana, D. N. J. Mol. Struct. (THEO-CHEM) 2002, 579, 1.
26. Han, W. G.; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3942.
27. Ataka, S.; Takeuchi, H.; Tasumi, M. J. Mol. Struct. 1984, 113, 147.
28. Fillaux, F.; De Loze, C. J. Chim. Phys. 1976, 73, 1004.
29. Grenie, Y.; Avignon, M.; Garrigou-Lagrange, C. J. Mol. Struct. 1975, 24, 293.
30. Chen, X. G.; Schweitzer-Stenner, R.; Krimm, S.; Mirkin, N. G.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11141.
31. Song, S. S.; Asher, S. A.; Krimm, S.; Bandekar, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 8547.
32. Song, S. S.; Asher, S. A.; Krimm, S.; Shaw, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1155.
33. Herrebout, W. A.; Clou, K.; Desseyn, H. O. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4865.
34. Chen, X. G.; Schweitzer-Stenner, R.; Asher, S. A.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3074.
35. Besley, N. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10794.
36. MacKerrel, A. D.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946.
37. Iuchi, S.; Morita, A.; Kato, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3466.
38. Mantz, Y. A.; Gerard, H.; Iftimie, R.; Martyna, G. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4080.
39. Becke, A. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
40. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
41. Trouillier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
42. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425.
43. Vuilleumier, R.; Sprik, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3454.
44. Hutter, J. et al. CPMD, version 3.7.1. IBM Research Division, IBM Corp and Max Planck Institute Stuttgart.
45. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; Harper-Collins Publishers: New York, 1976.
46. King-Smith, R. D.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 1651.
47. Vanderbilt, D.; King-Smith, R. D. Phys. Rev. B 1993, 48, 4442.
48. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847.
49. Cioslowski, J. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8333.
50. Gonze, X. Phys. Rev. B 1997, 55, 10337.
51. Wilson, E. B.; Decius, J. C.; Cross, P. C. Molecular Vibrations; McGraw-Hill: New York, 1955.
52. De Proft, F.; Martin, J. M. L.; Geerlings, P. Chem. Phys. Lett. 1996, 250, 393.
53. Pasquarello, A.; Car, R. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 1766.
54. Pasquarello, A.; Resta, R. Phys. Rev. B 2003, 68, 174302.
55. Putrino, A.; Sebastiani, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7102.
56. Resta, R. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 1800.
57. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 3308.
58. Blondel, A.; Karplus, M. J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1132.
59. Kitano, M.; Fukuyama, T.; Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1973, 46, 384.
60. Du, Q.; Wei, D. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13463.
61. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7458.
62. Tuckerman, M.; Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 150.
63. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3572.
64. Izvekov, I.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10372.
65. Grossman, J. C.; Schwegler, E.; Draeger, E. W.; Gygi, F.; Galli, G. J. Chem. Phys. 2004, 120, 300.
66. Van de Vondele, J.; Mohamed, F.; Krack, M.; Hutter, J.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014515.
67. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. J. Raman Spec. 1998, 29, 537.
68. Rodrigo, M. M.; Tarazona, M. P.; Saiz, E. J. Phys. Chem. 1986, 90, 2236.
69. Pralat, K.; Jadzyn, J.; Balanicka, S. J. Phys. Chem. 1983, 87, 1385.
70. Wang, Y.; Purrello, R.; Jordan, T.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6359.
71. Mayne, L. C.; Hudson, B. J. Phys. Chem. 1991, 95, 2962.
72. Miyazawa, T.; Shimanouchi, T.; Mizushima, S. I. J. Chem. Phys. 1956, 24, 408.
73. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1996, 377, 219.
74. Mikhonin, A. V.; Ahmed, Z.; Ianoul, A.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19020.
75. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3391.
76. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K.; Mroz, P. A.; Kozlowski, P. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4294.
77. Ramirez, R.; Lopez-Ciudad, T.; Kumar, P.; Marx, D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 3973.
78. Person, W. B.; Newton, J. H. J. Chem. Phys. 1974, 61, 1040.
79. Person, W. B. In Vibrational Intensities In Infrared and Raman Spectroscopy; Person, W. B., Zerbi, G., Eds.; Elsevier: 1982.
80. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6142.
81. Kuo, I.-F. W.; Mundy, C.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Van de Vondele, J.; Sprik, M.; Hutter, J.; Chen, B.; Klein, M. L.; Mohamed, F.; Krack, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12990.
82. Schmitz, M.; Tavan, P. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12233.