DFT-MD and vibrational anharmonicities of a phosphorylated amino acid. Success and failure

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 14, 2010, Pages 3501-3510

  Cimas, Alvaro ^a,c   Gaigeot, Marie Pierre ^a,b  

^a UNIVERSITÉ D EVRY VAL D ESSONNE   (France)

^b INSTITUT UNIVERSITAIRE DE FRANCE   (France)

^c UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; PHOSPHORYLATION;

AMINO ACIDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PHOSPHORYLATION;

EID: 77950281424     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b924025j     Document Type: Article

References (47)

1. L. N. Johnson R. J. Lewis Chem. Rev. 2001 101 2209 2242
2. L. M. Espinoza-Fonseca D. Kast D. D. Thomas J. Am. Chem. Soc. 2008 130 12208 12209
3. D. J. Mandell I. Chorny E. S. Groban S. E. Wong E. Levine C. S. Rapp M. P. Jacobson J. Am. Chem. Soc. 2007 129 820 827
4. S. Krimm J. Bandekar Adv. Protein Chem. 1986 38 181
5. Biological Applications of Raman Spectroscopy, ed., T. Spiro, Wiley-Interscience, New-York, vol. I, 1987
6. Infrared Spectroscopy of Biomolecules, ed., H. Mantsch, and, D. Chapman, Wiley-Liss, New-York, 1996
7. J. P. Schermann, Spectroscopy and Modeling of Biomolecular Building Blocks, Elsevier Science, 2007
8. J. Lemaire P. Boissel M. Heninger G. Mauclaire G. Bellec H. Metsdagh A. Simon S. L. Caer J. M. Ortega F. Glotin P. Maître Phys. Rev. Lett. 2002 89 273002
9. P. Maître S. L. Caer A. Simon W. D. Jones J. Lemaire H. Metsdagh M. Heninger G. Mauclaire P. Moissel R. Prazeres F. Glotin J. M. Ortega Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. A 2003 507 541 546
10. J. Oomens A. J. A. V. Roij G. Meijer G. V. Helden Astrophys. J. 2000 542 404 410
11. J. Oomens B. G. Sartakov G. Meijer G. V. Helden Int. J. Mass Spectrom. 2006 254 1 19
12. O. P. Balaj C. Kapota J. Lemaire G. Ohanessian Int. J. Mass Spectrom. 2008 269 196 209
13. G. Gregoire M. P. Gaigeot D. C. Marinica J. Lemaire J. P. Schermann C. Desfranois Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 3082 3097
14. B. Lucas G. Gregoire J. Lemaire P. Maître F. Glotin J. P. Schermann C. Desfraois Int. J. Mass Spectrom. 2005 243 105 113
15. D. C. Marinica G. Gregoire C. Desfranois J. P. Schermann D. Borgis M. P. Gaigeot J. Phys. Chem. A 2006 110 8802 8810
16. J. Oomens N. C. Polfer D. T. Moore L. v. d. Meer A. G. Marshall J. R. Eyler G. v. Helden Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 1345 1348
17. N. C. Polfer J. Oomens R. C. Dunbar ChemPhysChem 2008 9 579 589
18. N. C. Polfer J. Oomens S. Suhai B. Paizs J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5887 5897
19. N. C. Polfer B. Paizs L. C. Snoek I. Compagnon S. Suhai G. v. Helden J. Oomens J. Am. Chem. Soc. 2005 127 8571
20. J. S. Prell M. Demireva J. Oomens E. R. Williams J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1232
21. T. D. Vaden, Boer J. P. Simons L. C. Snoek Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 1443 1447
22. T. D. Vaden T. S. J. d. Boer J. P. Simons L. C. Snoek S. Suhai B. Paizs J. Phys. Chem. A 2008 112 4608 4616
23. T. D. Vaden S. A. N. Gowers T. S. J. A. d. Boer J. D. Steill J. Oomens L. C. Snoek J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14640 14650
24. R. H. Wu T. B. McMahon J. Am. Chem. Soc. 2007 129 11312 11313
25. C. F. Correia O. P. Balaj D. Scuderi P. Maître G. Ohanessian J. Am. Chem. Soc. 2008 130 3359 3370
26. G. M. Chaban R. B. Gerber J. Chem. Phys. 2001 115 1340 1348
27. V. Barone R. G. Viglione J. Chem. Phys. 2005 123 234304
28. R. Marchal D. Begue C. Pouchan J. C. Guillemin A. Benidar Chem. Phys. Lett. 2009 480 31
29. M. P. Gaigeot J. Phys. Chem. A 2008 112 13507
30. M. P. Gaigeot M. Sprik J. Phys. Chem. B 2003 107 10344
31. M. P. Gaigeot R. Vuilleumier M. Sprik D. Borgis J. Chem. Theory Comput. 2005 1 772
32. A. Cimas T. D. Vaden T. S. J. A. de Boer L. C. Snoek M. P. Gaigeot J. Chem. Theory Comput. 2009 5 1068 1078
33. A. Cimas P. Maitre G. Ohanessian M. P. Gaigeot J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2388 2400
34. M. P. Gaigeot M. Martinez R. Vuilleumier Mol. Phys. 2007 105 2857
35. M. Martinez M. P. Gaigeot D. Borgis R. Vuilleumier J. Chem. Phys. 2006 125 144106
36. R. Car M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 1985 55 2471
37. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. J. Montgomery, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN03, Gaussian, Pittsburgh, 2003
38. T. D. Vaden J. M. Lisy P. D. Carnegie E. D. Pillai M. A. Duncan Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 3078
39. G. E. Douberly A. M. Ricks B. W. Ticknor W. C. Mckee P. V. R. Schleyer M. A. Duncan J. Phys. Chem. A 2008 112 1897
40. O. P. Balaj C. Kapota J. Lemaire G. Ohanessian Int. J. Mass Spectrom. 2008 269 196
41. K. K. Irikura R. D. Johnson R. N. Kacker J. Phys. Chem. A 2005 109 8430 8437
42. B. Brauer G. M. Chaban R. B. Gerber Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2543 2556
43. B. Brauer F. Dubnikova Y. Zeiri R. Kosloff R. B. Gerber Spectrochim. Acta, Part A 2008 71 1438 1445
44. G. M. Chaban R. B. Gerber Theor. Chem. Acc. 2008 120 273 279
45. L. Pele R. B. Gerber J. Chem. Phys. 2008 128 165105
46. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787
47. D. Scuderi C. F. Correia O. P. Balaj G. Ohanessian J. Lemaire P. Maitre ChemPhysChem 2009 10 1630