Ab Initio Molecular Dynamics Computation of the Infrared Spectrum of Aqueous Uracil

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 38, 2003, Pages 10344-10358

  Gaigeot, Marie Pierre ^a,c   Sprik, Michiel ^b  

^a CNRS   (France)

^b UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^c UNIVERSITÉ D EVRY VAL D ESSONNE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; INFRARED RADIATION; MOLECULAR DYNAMICS; POLARIZATION; SOLUTIONS; SPECTRUM ANALYSIS;

MOLECULAR LIQUIDS;

QUANTUM THEORY;

EID: 0141994509     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp034788u     Document Type: Article

References (96)

1. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
2. Marx, D.; Hutter, J. Ab initio molecular dynamics: theory and implementation. In Modern methods and algorithms of quantum chemistry; Grotendorst, J., Ed.; NIC Series, Vol. 1; John von Meumann Institute for Computing: Julich, Germany, 2000; pp 301-449.
3. Frenkel, D.; Smit, B. Understanding molecular simulation, 2nd ed.; Academic Press: San Diego, CA, 2002.
4. Sprik, M.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1142.
5. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3572.
6. Tuckerman, M.; Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 150.
7. Marx, D.; Tuckerman, M.; Hutter, J.; Parrinello, M. Nature 1999, 397, 601.
8. Tuckerman, M. E.; Marx, D.; Parrinello, M. Nature 2002, 417, 925.
9. Trout, B. L.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7340.
10. Geissler, P., Dellago, C.; Chandler, D.; Hutter, J.; Parrinello, M. Science 2001, 291, 2121.
11. Schwegler, E.; Galli, G.; Gygi, F.; Hood, R. Q. Phys. Rev. Lett. 2002, 87, 265501.
12. Laasonen, K. E.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 98.
13. Sillanpaa, A. J.; Simon, C.; Klein, M. L.; Laasonen, K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11315.
14. Meijer, E. J.; Sprik, M. J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 6345.
15. Doclo, K.; Roethlisberger, U. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6464.
16. Ensing, B.; Meijer, E. J.; Blochl, P. E.; Baerends, E. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 3300.
17. Van Erp, T. S.; Meijer, E. J. Chem. Phys. Lett. 2001, 333, 290.
18. Kirchner, B.; Hutter, J. Chem. Phys. Lett. 2002, 364, 497.
19. Ramaniah, L. M.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1998, 109, 6839.
20. Ramaniah, L. M.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1587.
21. Vuilleumier, R.; Sprik, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3454.
22. Lyubartsev, A. P.; Laasonen, K.; Laaksonen, A. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3120.
23. Marx, D.; Sprik, M.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 273, 360
24. Bako, I.; Hutter, J.; Palinkas, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 9838.
25. Pasquarello, A.; Petri, I.; Salmon, P. S.; Parisel, O.; Car, R.; Toth, E.; Powell, D. H.; Fischer, H. E.; Helm, L.; Merbach, A. E. Science 2001, 291, 856.
26. Ensing, B.; Buda, F.; Bloechl, P. E.; Baerends, E. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 3619.
27. Bruge, F.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10833.
28. Sillanpaa, A. J.; Paivarinta, J. T.; Hotokka, M. J.; Rosenholm, J. B.; Laasonen, K. E. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10111.
29. Tobias, D. J.; Jungwirth, P.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 7036.
30. Meijer, E. J.; Sprik, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2893.
31. Alber, F.; Folkers, G.; Carloni, P. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6121.
32. Kuo, I. F.; Tobias, D. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5827.
33. Hutter, J.; Carloni, P.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8710.
34. Molteni, C.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2168.
35. Carloni, P.; Sprik, M.; Andreoni, W. J Phys. Chem. B 2000, 104, 823.
36. Aktah, D.; Frank, I. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3402.
37. Gervasio, F. L.; Carloni, P.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 108012.
38. Carloni, P.; Rothlisberger U.; Parrinello, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 455.
39. Reimers, J.; Watts, R. O. Chem. Phys. 1984, 91, 201.
40. Toukan, K.; Rahman, A. Phys. Rev. B 1984, 31, 2643.
41. Madden, P. A.; Impey, R. W. Chem. Phys. Lett. 1986, 123, 502.
42. Guillot, B. J. Chem. Phys. 1991, 95, 1543.
43. Corongiu, G.; Clementi, E. J. Chem. Phys. 1993, 98, 4984.
44. Marti, J., J.; Padro, J. A.; Guardia, E. J. Chem. Phys. 1996, 105, 639.
45. Vuilleumier, R.; Borgis, D. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4251.
46. Chelli, R.; Cardini, G.; Procacci, P.; Righini, S.; Califano, S.; Albrecht, A.; J. Chem. Phys. 2000, 113, 6851.
47. Stern, H. A.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 7622.
48. Iuchi, S.; Morita, A.; Kato, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3466.
49. Silvestrelli, P. L.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 277, 478.
50. Bernasconi, M.; Silvestrelli, P. L.; Parinello, M. Phys. Rev. Lett. 1998, 81, 1235.
51. Putrino, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 176401.
52. Putrino, A.; Sebastiani, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7102.
53. King-Smith, R. D.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 1651.
54. Vanderbilt, D.; King-Smith, R. D. Phys. Rev. B 1993, 48, 4442.
55. Martin, R. Phys. Rev. B 1974, 9, 1998.
56. Resta, R. Rev. Mod. Phys. 1994, 66, 899
57. Resta, R. J. Phys.: Condens. Matter 2000, 12, R107.
58. Resta, R. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 1800.
59. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847.
60. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 3308.
61. Souza, I.; Martin, R. M.; Marzari, N.; Zhao, X.; Vanderbilt, D, Phys. Rev. B 2000, 62, 15505.
62. Taillandier, E.; Peticolas, W. L.; Adam, S.; Huynh-Dinh, T.; Igolen, J. Spectrochim. Acta A 1990, 46A, 107.
63. Taillandier, E.; Liquier, J.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. 1989, 214, 185.
64. Powell, J. W.; Peticolas, W. L.; Genzel, L. J. Mol. Struct. 1991, 247, 107.
65. Fritzche, H.; Pohle, W. J. Mol. Struct. 1990, 219, 341.
66. Fritzche, H. J. Mol. Struct. 1991, 242, 245.
67. Semenov, M.; Bolbukh, T.; Mallev, V. J. Mol. Struct. 1997, 408-409, 213.
68. Ghomi, M.; Aamouche, A.; Cadioli, B.; Berthier, G.; Grajcar, L.; Baron, M. H. J. Mol. Struct. 1997, 411, 323.
69. Aamouche, A.; Berthier, G.; Cadioli, B.; Gallinella, E.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 426, 307.
70. Aamouche, A.; Ghomi, M.; Coulombeau, C.; Jobic, H.; Grajcar, L.; Baron, M. H.; Baumruk, V.; Turpin, P. Y.; Henriet, C.; Berthier, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5224.
71. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B, submitted for publication.
72. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; Harper-Collins Publishers: New York, 1976.
73. Resta, R.; Sorella, S. Phys. Rev. Lett 1999, 52, 370.
74. Souza, I.; Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 2001, 65, 035109.
75. Boys, S. F. In Quantum Theory of Atoms, Molecules, and the Solid State; Löwdin, P. O., Ed.; Academic Press: New York, 1966; p 253.
76. Silvestrelli, P. L.; Marzari, N.; Vanderbilt, D.; Parrinello, M. Solid State Commun. 1998, 107, 7.
77. Silvestrelli, P. L. Phys. Rev. B 1999, 59, 9703.
78. Berghold, G.; Mundy, C. J.; Romero, A. H.; Hutter, J.; Parrinello, M.; Phys. Rev. B 2000, 61, 10040.
79. Trouillier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
80. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425.
81. Becke, A. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
82. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
83. Les, A.; Adamowicz, L.; Nowak, M. J.; Lapinski, L. Spectrochim. Acta 1992, 48A, 1385.
84. Hutter, J.; Alavi, A.; Deutsch, T.; Bernasconi, M.; Goedecker, S.; Marx, D.; Tuckerman, M.; Parinello, M. CPMD, version 3.4.1; IBM Research Division, MPI Festkoerperforschung: Stuttgart, Germany.
85. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.; Pittsburgh, PA, 1998.
86. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6010.
87. VanMourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. C. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1611.
88. Gaigeot, M. P.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5007.
89. Gaigeot, M. P.; Kadri, C.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. 2001, 565-566, 469.
90. Stewart, R. F.; Jensen, L. H. Acta Crystallogr. 1967, 23, 1102.
91. Ferenczy, G.; Harsany, L.; Rozsondai, B.; Hargittai, I. J. Mol. Struct. 1986, 140, 71.
92. Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; McNaughton, D.; Pierlot, A. P. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 2329.
93. Rusk, A. N.; Williams, D.; Querry, M. R. J. Opt. Soc. Am. 1971, 61, 895.
94. Afsar, M. N.; Hasted, J. B. J. Opt. Soc. Am. 1977, 67, 902.
95. Borysow, J.; Moraldi, M.; Frommhold, L. Mol Phys. 1985, 56, 913.
96. Ahlborn, H.; Space, B.; Moore, P. B. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8083.