A peptide aldehyde microarray for high-throughput profiling of cellular events

Journal of the American Chemical Society

Volumn 133, Issue 6, 2011, Pages 1946-1954

  Wu, Hao ^a   Ge, Jingyan ^a   Yang, Peng Yu ^a   Wang, Jigang ^a   Uttamchandani, Mahesh ^a,b   Yao, Shao Q ^a  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

^b DSO NATIONAL LABORATORIES   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APOPTOTIC; BINDING PROFILES; BIOLOGICAL SAMPLES; CASPASES; CELLULAR BIOLOGY; CELLULAR EVENTS; CELLULAR LYSATES; CYSTEINE PROTEASE; ENZYMATIC ACTIVITIES; ENZYME INHIBITORS; HIGH-THROUGHPUT; LYSATES; MODEL PROTEINS; PARASITE INFECTION; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTEOMICS; PUTATIVE PROTEINS; RED BLOOD CELL; SMALL MOLECULES;

ALDEHYDES; AMINO ACIDS; BLOOD; CYTOLOGY; ENZYME ACTIVITY; MOLECULAR BIOLOGY; ORGANIC COMPOUNDS; PEPTIDES;

MICROARRAYS;

ALDEHYDE DERIVATIVE; AVIDIN; CASPASE 3; CASPASE 7; CRUZIPAIN; CYSTEINE PROTEINASE INHIBITOR; FLUORESCENT DYE; PEPTIDE ALDEHYDE; RHODESEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

APOPTOSIS; ARTICLE; CELL LYSATE; CONTROLLED STUDY; ENZYME ACTIVITY; ERYTHROCYTE; FEMALE; FUNCTIONAL ASSESSMENT; HELA CELL; HEMOLYSATE; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; HUMAN CELL; LIBRARY; MICROARRAY ANALYSIS; NONHUMAN; PARASITOSIS; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTEIN BINDING; PROTEIN PURIFICATION; PROTEIN SYNTHESIS; PROTEIN TARGETING; PROTEOMICS; SMALL MOLECULER MICROARRAY;

ALDEHYDES; CELL EXTRACTS; CYSTEINE PROTEASES; CYSTEINE PROTEINASE INHIBITORS; ERYTHROCYTES; HELA CELLS; HUMANS; PEPTIDES; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 79951523274     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja109597v     Document Type: Article

References (64)

1. MacBeath, G.; Saghatelian, A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 501-502
2. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207
3. Brown, P. P.; Botstein, D. Nat. Genet. 1999, 21, 33-37
4. Miura, S.; Miura, K.; Masuzaki, H.; Miyake, N.; Yoshiura, K.; Sosonkina, N.; Harada, N.; Shimokawa, O.; Nakayama, D.; Yoshimura, S.; Matsumoto, N.; Niikawa, N.; Ishimaru, T. J. Hum. Genet. 2006, 51, 412-417
5. Gstaiger, M.; Aebersold, R. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 617-627
6. Cravatt, B. F.; Simon, G. M.; Yates, J. R., III Nature 2007, 450, 991-1000
7. Cravatt, B. F.; Wright, A. T.; Kozarich, J. W. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 383-414
8. Uttamchandani, M.; Lu, C. H.; Yao, S. Q. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 1183-1192
9. Evans, M. J.; Cravatt, B. F. Chem. Rev. 2006, 106, 3279-3301
10. Sadaghiani, A. M.; Verhelst, S. H. L.; Bogyo, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2007, 11, 20-28
11. Uttamchandani, M.; Li, J.; Sun, H.; Yao, S. Q. ChemBioChem 2008, 9, 667-675
12. Uttamchandani, M.; Yao, S. Q. Curr. Pharm. Des. 2008, 14, 2428-2438
13. Duffner, J. L.; Clemons, P. A.; Koehler, A. N. Curr. Opin. Chem. Biol. 2007, 11, 74-82
14. Tomizaki, K. Y.; Usui, K.; Mihara, H. ChemBioChem 2005, 6, 783-799
15. Kodadek, T. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 295-300
16. Sun, H.; Tan, L. P.; Gao, L.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2009, 677-679
17. Shi, H.; Liu, K.; Xu, A.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2009, 5030-5032
18. Lu, C. H. S.; Sun, H.; Bakar, F. B. A.; Uttamchandani, M.; Zhou, W.; Liou, Y.-C.; Yao, S. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 7438-7441
19. Sun, H.; Lu, C. H. S.; Uttamchandani, M.; Xia, Y.; Liou, Y.-C.; Yao, S. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 1698-1702
20. Sun, H.; Lu, C. H. S.; Shi, H.; Gao, L.; Yao, S. Q. Nat. Protoc. 2008, 3, 1485-1493
21. Uttamchandani, M.; Lee, W. L.; Wang, J.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13110-13117
22. Salisbury, C. M.; Maly, D. J.; Ellman, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14868-14870
23. Kohn, M.; Gutierrez-Rodriguez, M.; Jonkheijm, P.; Wetzel, S.; Wacker, R.; Schroeder, H.; Prinz, H.; Niemeyer, C. M.; Breinbauer, R.; Szedlacsek, S. E.; Waldmann, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 7700-7703
24. Winssinger, N.; Damoiseaux, R.; Tully, D. C.; Geierstanger, B. H.; Burdick, K.; Harris, J. L. Chem. Biol. 2004, 11, 1351-1360
25. Reddy, M. M.; Kodadek, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 12672-12677
26. Roska, R. L. W.; Lama, T. G. S.; Henne, J. P.; Carlson, R. E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16660-16662
27. Usui, K.; Tomizaki, K.; Mihara, H. Mol. BioSyst. 2006, 2, 417-420
28. Lecaille, F.; Kaleta, J.; Brömme, D. Chem. Rev. 2002, 102, 4459-4488
29. Denault, J. B.; Salvesen, G. S. Chem. Rev. 2002, 102, 4489-4500
30. Renslo, A. R.; McKerrow, J. H. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 701-710
31. Rosenthal, P. J. Int. J. Parasitol. 2004, 34, 1489-1499
32. Meldal, M.; Svendsen, I.; Breddam, K.; Auzanneau, F.-I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 3314-3318
33. Thornberry, N. A.; Rano, T. A.; Peterson, E. P.; Rasper, D. M.; Timkey, T.; Garcia-Calvo, M.; Houtzager, V. M.; Nordstrom, P. A.; Roy, S.; Vaillancourt, J. P.; Chapman, K. T.; Nicholson, D. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 17907-17911
34. Rano, T. A.; Timkey, T.; Peterson, E. P.; Rotonda, J.; Nicholson, D. W.; Becker, J. W.; Chapman, K. T.; Thornberry, N. A. Chem. Biol. 1997, 4, 149-155
35. Backes, B. J.; Harris, J. L.; Leonetti, F.; Craik, C. S.; Ellman, J. A. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 187-193
36. Harris, J. L.; Backes, B. J.; Leonetti, F.; Mahrus, S.; Ellman, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 7754-7759
37. Choe, Y.; Leonetti, F.; Greenbaum, D. C.; Lecaille, F.; Bogyo, M.; Bromme, D.; Ellman, J. A.; Craik, C. S. J. Biol. Chem. 2006, 281, 12824-12832
38. Debela, M.; Magdolen, V.; Schechter, N.; Valachova, M.; Lottspeich, F.; Craik, C. S.; Choe, Y.; Bode, W.; Goettig, P. J. Biol. Chem. 2006, 281, 25678-25688
39. Ghosalia, D. N.; Diamond, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8721-8726
40. Ghosalia, D. N.; Salisbury, C. M.; Ellman, J. A.; Diamond, S. L. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 626-636
41. Gosalia, D. N.; Salisbury, C. M.; Maly, D. J.; Ellman, J. A.; Diamond, S. L. Proteomics 2005, 5, 1292-1298
42. Dooley, C. T.; Houghten, R. A. Methods Mol. Biol. 1998, 87, 13-24
43. Pinilla, C.; Appel, J. R.; Blanc, P.; Houghten, R. A. Biotechniques 1992, 13, 901-905
44. Wang, G.; Uttamchandani, M.; Chen, G. Y. J.; Yao, S. Q. Org. Lett. 2003, 5, 737-740
45. Ng, S. L.; Yang, P. -Y.; Chen, K. Y. -T.; Srinivasan, R.; Yao, S. Q. Org. Biomol. Chem. 2008, 6, 844-847
46. Rawlings, N. D.; Barrett, A. J.; Bateman, A. Nucleic Acids Res. 2010, 38, D227-D233
47. Uttamchandani, M.; Wang, J.; Li, J.; Hu, M.; Sun, H.; Chen, K. Y.-T.; Liu, K.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7848-7858
48. Snow, R. W.; Guerra, C. A.; Noor, A. M.; Hay, S. I. Nature 2005, 434, 214-217
49. Tafani, M.; Minchenko, D. A.; Serroni, A.; Farber, J. L. Cancer Res. 2001, 61, 2459-2466
50. Kar, S.; Kar, S. Nat. Rev. Drug Discov. 2010, 9, 511-512
51. Liu, K.; Shi, H.; Xiao, H.; Chong, A. G. L.; Bi, X.; Chang, Y. T.; Tan, K.; Yada, R. Y.; Yao, S. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 8293-8297
52. Wang, J.; Uttamchandani, M.; Li, J.; Hu, M.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2006, 3783-3785
53. Chan, E. W. S.; Chattopadhaya, S.; Panicker, R. C.; Huang, X.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14435-14446
54. Saghatelian, A.; Jessani, N.; Joseph, A.; Humphrey, M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10000-10005
55. Sieber, S. A.; Niessen, S.; Hoover, H. S.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 274-281
56. Blum, G.; Mullins, S. R.; Keren, K.; Fonovic, M.; Jedeszko, C.; Rice, M. J.; Sloane, B. F.; Bogyo, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 203-209
57. Blum, G.; von Degenfeld, G.; Merchant, M. J.; Blau, H. M.; Bogyo, M. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 668-677
58. Nakajima, H.; Amano, W.; Fujita, A.; Fukuhara, A.; Azuma, Y.-T.; Hata, F.; Inui, T.; Takeuchi, T. J. Biol. Chem. 2007, 282, 26562-26574
59. Ludueña, R. F.; Banerjee, A.; Khan, I. A. Curr. Opin. Cell Biol. 1992, 4, 53-57
60. Fort, J.; de la Ballina, L. R.; Burghardt, H. E.; Ferrer-Costa, C.; Turnay, J.; Ferrer-Orta, C.; Uson, I.; Zorzano, A.; Fernandez-Recio, J.; Orozco, M.; Lizarbe, M. A.; Fita, I.; Palacín, M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 31444-31452
61. Noguchi, M.; Takata, T.; Kimura, Y.; Manno, A.; Murakami, K.; Koike, M.; Ohizumi, H.; Hori, S.; Kakizuka, A. J. Biol. Chem. 2005, 280, 41332-41341
62. Harper, B. D.; Beckerle, M. C.; Pomies, P. Biochem. J. 2000, 350, 269-274
63. Corvi, M. M.; Soltys, C.-L. M.; Berthiaume, L. G. J. Biol. Chem. 2001, 276, 45704-45712
64. Weinrich, D.; Jonkheijm, P.; Niemeyer, C. M.; Waldmann, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 7744-7751