Protein "fingerprinting" in complex mixtures with peptoid microarrays

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 102, Issue 36, 2005, Pages 12672-12677

  Ready, M Muralidhar ^a   Kodadek, Thomas ^a  

^a UNIVERSITY OF TEXAS SOUTHWESTERN MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

Profiling; Proteomics; Small molecule microarrays

Indexed keywords

ANTIBODY; FLUORESCEIN; GLUTATHIONE TRANSFERASE; GLYCINE; MALTOSE BINDING PROTEIN; PEPTOID; PROTEIN; UBIQUITIN;

ARTICLE; CHEMICAL LABELING; DIAGNOSTIC VALUE; FLUORESCENCE; HYBRIDIZATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN FINGERPRINTING; PROTEIN MICROARRAY; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY;

ANTIBODIES; MOLECULAR STRUCTURE; N-SUBSTITUTED GLYCINES; PEPTIDE LIBRARY; PEPTIDE MAPPING; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 24644492250     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0501208102     Document Type: Article

References (38)

1. Uttamchandani, M., Walsh, D. P., Yao, S. Q. & Chang, Y.-T. (2005) Curr. Opin. Chem. Biol. 9, 4-13.
2. MacBeath, G., Koehler, A. N. & Schreiber, S. L. (1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 7967-7968.
3. Lam, K. S. & Renil, M. (2002) Curr. Opin. Chem. Biol. 6, 353-358.
4. Blackwell, H. E., Perez, L., Stavenger, R. A., Tallarico, J. A., Eatough, E. C., Foley, M. A. & Schreiber, S. L. (2001) Chem. Biol. 8, 1167-1182.
5. demons, P. A., Koehler, A. N., Wagner, B. K., Sprinings, T. G., Spring, D. R., King, R. W., Schreiber, S. L. & Foley, M. A. (2001) Chem. Biol. 8, 1183-1195.
6. Fodor, S. P., Read, J. L., Pirrung, M. C., Stryer, L., Lu, A. T. & Solas, D. (1991) Science 251, 767-773.
7. Frank, R. (2002) J. Immunol. Methods 267, 13-26.
8. Li, S., Bowerman, D. J., Marthandan, N., Garner, H. R. & Kodadek, T. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 4088-4089.
9. Shaginian, A., Patel, M., Li, M.-H., Flickinger, S. T., Kim, C., Cerrina, F. & Belshaw, P. J. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 16704-16705.
10. Li, S., Marthandan, N., Bowerman, D., Garner, H. R. & Kodadek, T. (2005) Chem. Commun., 581-583.
11. Kuruvilla, F. G., Shamji, A. F., Sternson, S. M., Hergenrother, P. J. & Schreiber, S. L. (2002) Nature 416, 653-657.
12. Winssinger, N., Ficarro, S., Schultz, P. G. & Harris, J. L. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 11139-11144.
13. Koehler, A. N., Shamji, A. F. & Schreiber, S. L. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 8420-8421.
14. Takahashi, M., Nokihara, K. & Mihara, H. (2003) Chem. Biol: 10, 53-60.
15. Usui, K., Ojima, T., Takahashi, M., Nokihara, K. & Mihara, H. (2004) Biopolymers (Pept. Sci.) 76, 129-139.
16. Baldini, L., Wilson, A. J. & Hamilton, A. D. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 5656-5657.
17. Harris, J. L., Alper, P. B., Li, J., Rechsteiner, M. & Backes, B. J. (2001) Chem. Biol. 8, 1131-1141.
18. Mason, D. E., Ek, J., Peters, E. C. & Harris, J. L. (2004) Biochemistry 43, 6535-6544.
19. Martin, K., Steinberg, T. H., Cooley, L. A., Gee, K. R., Beechem, J. M. & Patton, W. F. (2004) Proteomics 3, 1244-1255.
20. Falsey, J. R., Renil, M., Park, S.-H., Li, S. & Lam, K. S. (2001) Bioconj. Chem. 12, 346-353.
21. Lesaicherre, M.-L., Mahesh, U., Chen, G. Y. J. & Yao, S. Q. (2002) Bioorg. Med. Chem. Lett. 12, 2085-2088.
22. Jellis, C. L., Cradick, T. J., Rennert, P., Saunas, P., Boyd, J., Amirault, T. & Gray, G. S. (1993) Gene 137, 63-68.
23. Beattie, J., Shand, J. H. & Flint, D. J. (1996) Eur. J. Biochem. 239, 479-486.
24. Reineke, U., Ivascu, C., Schlief, M., Landgraf, C., Gericke, S., Zahn, G., Herzel, H., Volkmer-Engert, R. & Schneider-Mergener, J. (2002) J. Immun. Methods 267, 37-51.
25. Simon, R. J., Kania, R. S., Zuckermann, R. N., Huebner, V. D., Jewell, D. A., Banville, S., Ng, S., Wang, L., Rosenberg, S., Marlowe, C. K., et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 9367-9371.
26. Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C. & Zuckermann, R. N. (1996) Methods Enzymol. 267, 437-447.
27. Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bacchawat-Sikder, K., Olivos, H. J. & Kodadek, T. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 13995-14004.
28. Heine, N., Ast, T., Schneider-Mergener, J., Reineke, U., Germeroth, L. & Wenschuh, H., (2003) Tetrahedron 59, 9919-9930.
29. Reddy, M. M., Bachhawatt-Sikder, K. & Kodadek, T. (2004) Chem. Biol. 11, 1127-1137.
30. Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H. & Moos, W. H. (1992) J. Am. Chem. Soc. 114, 10646-10647.
31. Olivos, H. J., Alluri, P. G., Reddy, M. M., Saloney, D. & Kodadek, T. (2002) Org. Lett. 4, 4057-4059.
32. Axel, R. (1996) Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 61, 135-145.
33. Rakow, N. A. & Suslick, K. S. (2000) Nature 406, 710-713.
34. Goodey, A., Lavigne, J. J., Savoy, S. M., Rodriguez, M. D., Curey, T., Tsao, A., Simmons, G., Wright, J., Yoo, S.-J., Sohn, Y., et al. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 2559-2570.
35. Wulfkuhle, J. D., Liotta, L. A. & Petricoin, E. F. (2003) Nat. Rev. Cancer 3, 267-276.
36. Pweletz, C. P., Gillespie, J. W., Ornstein, D. K., Simone, N. L., Brown, M. R., Cole, K. A., Wang, Q.-H., Huang, J., Hu, N., Yip, T.-T., et al. (2000) Drug. Dev. Res. 49, 34-42.
37. Petricoin, E. F., Wulfkuhle, J., Espina, V. & Liotta, L. A. (2004) J. Proteome Res. 3, 209-217.
38. Barglow, K. T. & Gravait, B. F. (2004) Chem. Biol. 11, 1523-1531.