Amidoligases with ATP-grasp, glutamine synthetase-like and acetyltransferase-like domains: Synthesis of novel metabolites and peptide modifications of proteins

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1636-1660

  Iyer, Lakshminarayan M ^a   Abhiman, Saraswathi ^a   Maxwell Burroughs, A ^b   Aravind, L ^a  

^a NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH   (United States)

^b RIKEN YOKOHAMA INSTITUTE   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACYLTRANSFERASE; ADENOSINE TRIPHOSPHATE; AMIDE SYNTHASE; ANTIINFECTIVE AGENT; NERVE PROTEIN; PEPTIDE; PEPTIDE HYDROLASE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; GENETICS; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; MULTIGENE FAMILY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; SEQUENCE ALIGNMENT; SYSTEMS BIOLOGY;

ACETYLTRANSFERASES; ADENOSINE TRIPHOSPHATE; AMIDE SYNTHASES; AMINO ACID SEQUENCE; ANTI-BACTERIAL AGENTS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MULTIGENE FAMILY; NERVE TISSUE PROTEINS; PEPTIDE HYDROLASES; PEPTIDES; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SEQUENCE ALIGNMENT; SYSTEMS BIOLOGY;

BACTERIA (MICROORGANISMS); EUKARYOTA;

EID: 72949106699     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b917682a     Document Type: Article

References (111)

1. A. Ciechanover A. Orian A. L. Schwartz BioEssays 2000 22 442 451
2. O. Kerscher R. Felberbaum M. Hochstrasser Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2006 22 159 180
3. A. Mogk R. Schmidt B. Bukau Trends Cell Biol. 2007 17 165 172
4. C. Janke K. Rogowski D. Wloga C. Regnard A. V. Kajava J. M. Strub N. Temurak J. van Dijk D. Boucher A. van Dorsselaer S. Suryavanshi J. Gaertig B. Edde Science (New York, N. Y.) 2005 308 1758 1762
5. J. van Dijk K. Rogowski J. Miro B. Lacroix B. Edde C. Janke Mol. Cell 2007 26 437 448
6. K. C. Keiler Annu. Rev. Microbiol. 2008 62 133 151
7. W. K. Kang T. Icho S. Isono M. Kitakawa K. Isono MGG, Mol. Gen. Genet. 1989 217 281 288
8. L. M. Iyer A. M. Burroughs L. Aravind GenomeBiology 2006 7 R60
9. K. E. Burns S. Baumgart P. C. Dorrestein H. Zhai F. W. McLafferty T. P. Begley J. Am. Chem. Soc. 2005 127 11602 11603
10. A. M. Burroughs L. M. Iyer L. Aravind Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 75 895 910
11. A. Sauerwald W. Zhu T. A. Major H. Roy S. Palioura D. Jahn W. B. Whitman J. R. Yates, 3rd M. Ibba D. Soll Science (New York, N. Y.) 2005 307 1969 1972
12. L. M. Iyer A. M. Burroughs L. Aravind Biol. Direct 2008 3 45
13. M. J. Pearce J. Mintseris J. Ferreyra S. P. Gygi K. H. Darwin Science (New York, N. Y.) 2008 322 1104 1107
14. L. M. Iyer D. D. Leipe E. V. Koonin L. Aravind J. Struct. Biol. 2004 146 11 31
15. R. T. Sauer D. N. Bolon B. M. Burton R. E. Burton J. M. Flynn R. A. Grant G. L. Hersch S. A. Joshi J. A. Kenniston I. Levchenko S. B. Neher E. S. Oakes S. M. Siddiqui D. A. Wah T. A. Baker Cell 2004 119 9 18
16. J.-M. Peters, J. R. Harris and D. Finley, Ubiquitin and the Biology of the Cell, Plenum Press, New York, 1998
17. K. Cadwell L. Coscoy Science (New York, N. Y.) 2005 309 127 130
18. X. Dong M. Kato-Murayama T. Muramatsu H. Mori M. Shirouzu Y. Bessho S. Yokoyama Protein Sci. 2007 16 528 534
19. K. Suto Y. Shimizu K. Watanabe T. Ueda S. Fukai O. Nureki K. Tomita EMBO J. 2006 25 5942 5950
20. B. T. Dye B. A. Schulman Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007 36 131 150
21. F. Striebel F. Imkamp M. Sutter M. Steiner A. Mamedov E. Weber-Ban Nat. Struct. Mol. Biol. 2009
22. K. Furukawa N. Mizushima T. Noda Y. Ohsumi J. Biol. Chem. 2000 275 7462 7465
23. C. Lehmann T. P. Begley S. E. Ealick Biochemistry 2006 45 11 19
24. J. Xi Y. Ge C. Kinsland F. W. McLafferty T. P. Begley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 8513 8518
25. M. W. Lake M. M. Wuebbens K. V. Rajagopalan H. Schindelin Nature 2001 414 325 329
26. M. J. Rudolph M. M. Wuebbens K. V. Rajagopalan H. Schindelin Nat. Struct. Biol. 2001 8 42 46
27. A. M. Godert M. Jin F. W. McLafferty T. P. Begley J. Bacteriol. 2007 189 2941 2944
28. S. F. Brady C. J. Chao J. Clardy Appl. Environ. Microbiol. 2004 70 6865 6870
29. E. V. Koonin L. Aravind Curr. Biol. 1998 8 R266 269
30. J. J. Abbott J. Pei J. L. Ford Y. Qi V. N. Grishin L. A. Pitcher M. A. Phillips N. V. Grishin J. Biol. Chem. 2001 276 42099 42107
31. H. Oshikane K. Sheppard S. Fukai Y. Nakamura R. Ishitani T. Numata R. L. Sherrer L. Feng E. Schmitt M. Panvert S. Blanquet Y. Mechulam D. Soll O. Nureki Science (New York, N. Y.) 2006 312 1950 1954
32. S. Kurihara S. Oda Y. Tsuboi H. G. Kim M. Oshida H. Kumagai H. Suzuki J. Biol. Chem. 2008 283 19981 19990
33. H. Li H. Xu D. E. Graham R. H. White Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9785 9790
34. B. Nocek E. Evdokimova M. Proudfoot M. Kudritska L. L. Grochowski R. H. White A. Savchenko A. F. Yakunin A. Edwards A. Joachimiak J. Mol. Biol. 2007 372 456 469
35. R. C. Fahey Annu. Rev. Microbiol. 2001 55 333 356
36. E. Aboulmagd F. B. Oppermann-Sanio A. Steinbuchel Arch. Microbiol. 2000 174 297 306
37. K. Tabata H. Ikeda S. Hashimoto J. Bacteriol. 2005 187 5195 5202
38. N. M. Llewellyn Y. Li J. B. Spencer Chem. Biol. 2007 14 379 386
39. T. Tanabe T. Funahashi H. Nakao S. Miyoshi S. Shinoda S. Yamamoto J. Bacteriol. 2003 185 6938 6949
40. S. Liu J. S. Chang J. T. Herberg M. M. Horng P. K. Tomich A. H. Lin K. R. Marotti Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15178 15183
41. N. Ziemert K. Ishida A. Liaimer C. Hertweck E. Dittmann Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 7756 7759
42. B. Philmus G. Christiansen W. Y. Yoshida T. K. Hemscheidt ChemBioChem 2008 9 3066 3073
43. T. E. Benson D. B. Prince V. T. Mutchler K. A. Curry A. M. Ho R. W. Sarver J. C. Hagadorn G. H. Choi R. L. Garlick Structure 2002 10 1107 1115
44. S. Balaji L. Aravind Nucleic Acids Res. 2007 35 5658 5671
45. M. Y. Galperin E. V. Koonin Protein Sci. 1997 6 2639 2643
46. N. V. Grishin J. Mol. Biol. 1999 291 239 247
47. Y. I. Wolf I. B. Rogozin A. S. Kondrashov E. V. Koonin Genome Res. 2001 11 356 372
48. M. Huynen B. Snel W. Lathe, 3rd P. Bork Genome Res. 2000 10 1204 1210
49. R. Overbeek M. Fonstein M. D'Souza G. D. Pusch N. Maltsev Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 2896 2901
50. V. Anantharaman L. Aravind GenomeBiology 2003 4 R11
51. B. E. Janowiak O. W. Griffith J. Biol. Chem. 2005 280 11829 11839
52. D. D. Leipe E. V. Koonin L. Aravind J. Mol. Biol. 2003 333 781 815
53. G. Füser A. Steinbuchel Macromol. Biosci. 2007 7 278 296
54. J. B. Thoden H. M. Holden G. Wesenberg F. M. Raushel I. Rayment Biochemistry 1997 36 6305 6316
55. L. Holm C. Sander Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997 28 72 82
56. I. A. Lessard C. T. Walsh Chem. Biol. 1999 6 177 187
57. D. S. Kwon C. H. Lin S. Chen J. K. Coward C. T. Walsh J. M. Bollinger, Jr J. Biol. Chem. 1997 272 2429 2436
58. A. W. Curnow K. Hong R. Yuan S. Kim O. Martins W. Winkler T. M. Henkin D. Soll Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 11819 11826
59. R. E. Valas P. E. Bourne J. Mol. Evol. 2008 66 494 504
60. A. B. Hervas I. Canosa E. Santero J. Bacteriol. 2008 190 416 420
61. S. E. Chuang V. Burland G. Plunkett, 3rd D. L. Daniels F. R. Blattner Gene 1993 134 1 6
62. G. Steinborn M. R. Hajirezaei J. Hofemeister Arch. Microbiol. 2005 183 71 79
63. C. van Ooij P. Eichenberger R. Losick J. Bacteriol. 2004 186 4441 4448
64. T. Candela A. Fouet Mol. Microbiol. 2006 60 1091 1098
65. M. Rawat Y. Av-Gay FEMS Microbiol. Rev. 2007 31 278 292
66. I. Le Masson D. Y. Yu K. Jensen A. Chevalier R. Courbeyrette Y. Boulard M. M. Smith C. Mann Mol. Cell. Biol. 2003 23 6086 6102
67. S. Kurihara S. Oda K. Kato H. G. Kim T. Koyanagi H. Kumagai H. Suzuki J. Biol. Chem. 2004 280 4602 4608
68. H. U. Rexer T. Schaberle W. Wohlleben A. Engels Arch. Microbiol. 2006 186 447 458
69. B. N. Lee T. H. Adams EMBO J. 1996 15 299 309
70. M. H. Saier, Jr Microbiology 2000 146 Pt 8 1775 1795
71. B. L. Carlson E. R. Ballister E. Skordalakes D. S. King M. A. Breidenbach S. A. Gilmore J. M. Berger C. R. Bertozzi J. Biol. Chem. 2008 283 20117 20125
72. K. S. Makarova L. Aravind Y. I. Wolf R. L. Tatusov K. W. Minton E. V. Koonin M. J. Daly Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2001 65 44 79
73. C. Muller S. Nolden P. Gebhardt E. Heinzelmann C. Lange O. Puk K. Welzel W. Wohlleben D. Schwartz Antimicrob. Agents Chemother. 2007 51 1028 1037
74. B. A. Manjasetty J. Powlowski A. Vrielink Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 6992 6997
75. O. T. Magnusson H. Toyama M. Saeki A. Rojas J. C. Reed R. C. Liddington J. P. Klinman R. Schwarzenbacher Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 7913 7918
76. R. D. Woodyer Z. Shao P. M. Thomas N. L. Kelleher J. A. Blodgett W. W. Metcalf W. A. van der Donk H. Zhao Chem. Biol. 2006 13 1171 1182
77. F. Kudo T. Eguchi Methods Enzymol. 2009 459 493 519
78. U. F. Wehmeier W. Piepersberg Methods Enzymol. 2009 459 459 491
79. P. D. Fortin C. T. Walsh N. A. Magarvey Nature 2007 448 824 827
80. S. Dumitriu, Polysaccharides: Structural Diversity and Functional Versatility, Marcel Dekker, New York, 1998
81. R. Aono Biochem. J. 1990 270 363 367
82. R. Aono M. Ito T. Machida J. Bacteriol. 1999 181 6600 6606
83. B. Liu Y. A. Knirel L. Feng A. V. Perepelov S. N. Senchenkova Q. Wang P. R. Reeves L. Wang FEMS Microbiol. Rev. 2008 32 627 653
84. S. D. Bentley D. M. Aanensen A. Mavroidi D. Saunders E. Rabbinowitsch M. Collins K. Donohoe D. Harris L. Murphy M. A. Quail G. Samuel I. C. Skovsted M. S. Kaltoft B. Barrell P. R. Reeves J. Parkhill B. G. Spratt PLoS Genet. 2006 2 e31
85. N. A. Kocharova S. N. Senchenkova A. N. Kondakova A. I. Gremyakov G. V. Zatonsky A. S. Shashkov Y. A. Knirel N. K. Kochetkov Biochemistry (Moscow) 2004 69 103 107
86. A. N. Kondakova F. V. Toukach S. N. Senchenkova N. P. Arbatsky A. S. Shashkov Y. A. Knirel B. Bartodziejska K. Zych A. Rozalski Z. Sidorczyk Biochemistry (Moscow) 2003 68 446 457
87. G. L. Challis ChemBioChem 2005 6 601 611
88. S. Schmelz N. Kadi S. A. McMahon L. Song D. Oves-Costales M. Oke H. Liu K. A. Johnson L. G. Carter C. H. Botting M. F. White G. L. Challis J. H. Naismith Nat. Chem. Biol. 2009 5 174 182
89. S. Chen A. F. Yakunin M. Proudfoot R. Kim S. H. Kim Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 433 443
90. J. A. Doudna T. R. Cech Nature 2002 418 222 228
91. K. A. Denessiouk J. V. Lehtonen T. Korpela M. S. Johnson Protein Sci. 1998 7 1136 1146
92. F. Dyda D. C. Klein A. B. Hickman Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000 29 81 103
93. T. A. Keating C. G. Marshall C. T. Walsh A. E. Keating Nat. Struct. Biol. 2002 9 522 526
94. L. M. Iyer V. Anantharaman M. Y. Wolf L. Aravind Int. J. Parasitol. 2008 38 1 31
95. L. Aravind L. M. Iyer E. V. Koonin Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 409 419
96. E. V. Koonin Y. I. Wolf L. Aravind Genome Res. 2001 11 240 252
97. S. A. Samel M. A. Marahiel L. O. Essen Mol. BioSyst. 2008 4 387 393
98. L. Holm C. Sander Nucleic Acids Res. 1998 26 316 319
99. A. S. Konagurthu J. C. Whisstock P. J. Stuckey A. M. Lesk Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 64 559 574
100. N. Guex M. C. Peitsch Electrophoresis 1997 18 2714 2723
101. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
102. S. R. Eddy Bioinformatics 1998 14 755 763
103. R. C. Edgar Nucleic Acids Res. 2004 32 1792 1797
104. T. Lassmann O. Frings E. L. Sonnhammer Nucleic Acids Res. 2009 37 858 865
105. J. A. Cuff M. E. Clamp A. S. Siddiqui M. Finlay G. J. Barton Bioinformatics 1998 14 892 893
106. J. Soding A. Biegert A. N. Lupas Nucleic Acids Res. 2005 33 W244 248
107. K. Tamura J. Dudley M. Nei S. Kumar Mol. Biol. Evol. 2007 24 1596 1599
108. J. Felsenstein Cladistics 1989 5 164 166
109. M. Hasegawa H. Kishino N. Saitou J. Mol. Evol. 1991 32 443 445
110. V. Anantharaman, S. Balaji and L. Aravind, unpublished results
111. B. Gessler A. Bonebrake K. L. Sheahan M. E. Walker K. J. Satchell Mol. Microbiol. 2009 73 858 868