Hydration dynamics and coupled water-protein fluctuations probed by intrinsic tryptophan

Advances in Chemical Physics

Volumn 143, Issue , 2009, Pages 83-149

  Zhong, Dongping ^a  

^a OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 68049107111     PISSN: 00652385     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1002/9780470508602.ch3     Document Type: Article

References (228)

1. P. Ball, Chem. Rev. 108, 74 (2008).
2. M. Chaplin, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 7, 861 (2006).
3. K. Wuthrich, Angew. Chem. Int. Ed. 42, 3340 (2003).
4. C. Mattos, Trends Biochem. Sci. 27, 203 (2002).
5. J. L. Finney, Faraday Discuss. 103, 1 (1996).
6. R. G. Bryant, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 25, 29 (1996).
7. S. N. Timasheff, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 22, 67 (1993).
8. M. M. Teeter, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 20, 577 (1991).
9. S. K. Pal and A. H. Zewail, Chem. Rev. 104, 2099 (2004).
10. Y. Levy and J. N. Onuchic, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 35, 389 (2006).
11. J. C. Rasaiah, S. Garde, and G. Hummer, Annu. Rev. Phys. Chem. 59, 713 (2008).
12. B. Bagchi, Chem. Rev. 105, 3197 (2005).
13. R. Pethig, in Protein Solvent Interactions, R. B. Gregory, ed., Marcel Dekker, New York, 1995, p. 265.
14. L. D. Barron, L. Hecht, and G. Wilson, Biochemistry 36, 13143 (1997).
15. V. Makarov, B. M. Pettitt, and M. Feig, Acc. Chem. Res. 35, 376 (2002).
16. S. K. Pal, J. Peon, B. Bagchi, and A. H. Zewail, J. Phys. Chem. B 106, 12376 (2002).
17. K. Bhattacharyya, Chem. Commun., 2848 (2008).
18. E. H. Grant, R. J. Sheppard, and G. P. South, Dielectric Behaviour of Biological Molecules in Solution. Clarendon, Oxford, U.K., 1978.
19. E. H. Grant, Bioelectromagnetics 3, 17 (1982).
20. F. T. Burling, W. I. Weis, K. M. Flaherty, and A. T. Brunger, Science 271, 72 (1996).
21. M. Billeter, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 27, 635 (1995).
22. J. L. Finney, in Water, a Comprehensive Treatise, F. Franks, ed., Vol. 6, Plenum, New York, 1979, p. 47.
23. X. Cheng and B. P. Schoenborn, J. Mol. Biol. 220, 381 (1991).
24. G. Otting, E. Liepinsh, and K. Wuthrich, Science 254, 974 (1991).
25. G. Otting, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 31, 259 (1997).
26. V. P. Denisov, B. H. Jonsson, and B. Halle, Nat. Struct. Biol. 6, 253 (1999).
27. K. Wuthrich, M. Billeter, P. Guntert, P. Luginbuhl, R. Riek, and G. Wider, Faraday Discuss. 103, 245 (1996).
28. V. P. Denisov and B. Halle, Faraday Discuss. 103, 227 (1996).
29. P. Ahlstrom, O. Teleman, and B. Jonsson, J. Am. Chem. Soc. 110, 4198 (1988).
30. P. J. Steinbach and B. R. Brooks, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 90, 9135 (1993).
31. A. R. Bizzarri and S. Cannistraro, J. Phys. Chem. B 106, 6617 (2002).
32. V. A. Makarov, B. K. Andrews, P. E. Smith, and B. M. Pettitt, Biophys. J. 79, 2966 (2000).
33. W. Jarzeba, G. C. Walker, A. E. Johnson, M. A. Kahlow, and P. F. Barbara, J. Phys. Chem. 92, 7039 (1988).
34. R. Jimenez, G. R. Fleming, P. V. Kumar, and M. Maroncelli, Nature 369, 471 (1994).
35. M. L. Horng, J. A. Gardecki, A. Papazyan, and M. Maroncelli, J. Phys. Chem. 99, 17311 (1995).
36. M. F. Kropman and H. J. Bakker, Science 291, 2118 (2001).
37. J. S. Bashkin, G. McLendon, S. Mukamel, and J. Marohn, J. Phys. Chem. 94, 4757 (1990).
38. D. W. Pierce and S. G. Boxer, J. Phys. Chem. 96, 5560 (1992).
39. R. R. Riter, M. D. Edington, and W. F. Beck, J. Phys. Chem. 100, 14198 (1996).
40. X. J. Jordanides, M. J. Lang, X. Y. Song, and G. R. Fleming, J. Phys. Chem. B 103, 7995 (1999).
41. P. Changenet-Barret, C. T. Choma, E. F. Gooding, W. F. DeGrado, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 104, 9322 (2000).
42. D. Zhong, S. K. Pal, and A. H. Zewail, ChemPhysChem 2, 219 (2001).
43. B. E. Cohen, T. B. McAnaney, E. S. Park, Y. N. Jan, S. G. Boxer, and L. Y. Jan, Science 296, 1700 (2002).
44. J. Gilmore and R. H. McKenzie, J. Phys. Chem. A 112, 2162 (2008).
45. S. K. Pal, J. Peon, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 99, 1763 (2002).
46. J. Peon, S. K. Pal, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 99, 10964 (2002).
47. P. Abbyad,W. Childs, X. Shi, and S. G. Boxer, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 104, 20189 (2007).
48. P. Abbyad, X. Shi,W. Childs, T. B. McAnaney, B. E. Cohen, and S. G. Boxer, J. Phys. Chem. B 111, 8269 (2007).
49. W. Lu, J. Kim, W. Qiu, and D. Zhong, Chem. Phys. Lett. 388, 120 (2004).
50. L. Zhang, Y.-T. Kao, W. Qiu, L. Wang, and D. Zhong, J. Phys. Chem. B 110, 18097 (2006).
51. J. M. Beechem and L. Brand, Annu. Rev. Biochem. 54, 43 (1985).
52. M. R. Eftink, in Methods of Biochemical Analysis, C. H. Suelter, ed., Vol. 35,Wiley, New York, 1991, p. 127.
53. J. R. Lakowicz, Principles of Fluorescence Spectroscopy, Springer, New York, 1999.
54. J. R. Lakowicz, ed., Topics in Fluorescence Spectroscopy, Vol. 6: Protein Fluorescence, Kluwer Academic, New York, 2000.
55. P. R. Callis, in Methods in Enzymology, Vol. 278, Academic Press, New York, 1997, p. 113.
56. J. R. Lakowicz, Photochem. Photobiol. 72, 421 (2000).
57. A. G. Szabo and D. M. Rayner, J. Am. Chem. Soc. 102, 554 (1980).
58. A. J. Ruggiero, D. C. Todd, and G. R. Fleming, J. Am. Chem. Soc. 112, 1003 (1990).
59. J. W. Petrich, M. C. Chang, D. B. McDonald, and G. R. Fleming, J. Am. Chem. Soc. 105, 3824 (1983).
60. R. P. Rava and T. G. Spiro, J. Phys. Chem. 89, 1856 (1985).
61. D. Zhong, S. K. Pal, D. Zhang, S. I. Chan, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 99, 13 (2002).
62. X. H. Shen and J. R. Knutson, J. Phys. Chem. B 105, 6260 (2001).
63. A. L. Sobolewski and W. Domcke, Chem. Phys. Lett. 315, 293 (1999).
64. D. Zhong and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 98, 11867 (2001).
65. C. Saxena, A. Sancar, and D. Zhong, J. Phys. Chem. B 108, 18026 (2004).
66. D. Zhong, Curr. Opin. Chem. Biol. 11, 174 (2007).
67. Y.-T. Kao, C. Saxena, L. Wang, A. Sancar, and D. Zhong, Cell Biochem. Biophys. 48, 32 (2007).
68. Y.-T. Kao, C. Tan, S. H. Song, N. Ozturk, J. Li, L.Wang, A. Sancar, and D. Zhong, J. Am. Chem. Soc. 130, 7695 (2008).
69. J. Stevens and D. Zhong, J. Phys. Chem. B, in preparation.
70. W. Qiu, L. Zhang, Y.-T. Kao,W. Lu, T. Li, J. Kim, G. M. Sollenberger, L.Wang, and D. Zhong, J. Phys. Chem. B 109, 16901 (2005).
71. W. Qiu, L. Zhang, O. Okobiah, Y. Yang, L.Wang, D. Zhong, and A. H. Zewail, J. Phys. Chem. B 110, 10540 (2006).
72. W. Qiu, Y.-T. Kao, L. Zhang, Y. Yang, L.Wang,W. E. Stites, D. Zhong, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 103, 13979 (2006).
73. W. Qiu, L. Wang, W. Lu, A. Boechler, D. A. R. Sanders, and D. Zhong, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 104, 5366 (2007).
74. L. Zhang, L. Wang, Y.-T. Kao, W. Qiu, Y. Yang, O. Okobiah, and D. Zhong, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 104, 18461 (2007).
75. Y. Chen and M. D. Barkley, Biochemistry 37, 9976 (1998).
76. Y. Chen, B. Liu, H.-T. Yu, and M. D. Barkley, J. Am. Chem. Soc. 118, 9271 (1996).
77. P. R. Callis and T. Liu, J. Phys. Chem. B 108, 4248 (2004).
78. C. P. Pan, P. R. Callis, and M. D. Barkley, J. Phys. Chem. B 110, 7009 (2006).
79. W. Qiu, T. Li, L. Zhang, Y. Yang, Y.-T. Kao, L. Wang, and D. Zhong, Chem. Phys. 350, 154 (2008).
80. A. Jain, C. S. Purohit, S. Verma, and R. Sankararamakrishnan, J. Phys. Chem. B 111, 8680 (2007).
81. R. Bhattacharyya, D. Pal, and P. Chakrabarti, Protein Eng. Des. Sel. 17, 795 (2004).
82. T. R. Ioerger, C. Du, and D. S. Linthicum, Mol. Immunol. 36, 373 (1999).
83. D. S. Larsen, K. Ohta, Q.-H. Xu, M. Cyrier, and G. R. Fleming, J. Chem. Phys. 114, 8008 (2001).
84. K. Ohta, D. S. Larsen, M. Yang, and G. R. Fleming, J. Chem. Phys. 114, 8020 (2001).
85. J.-C. Mialocq and T. Gustavsson, in Fluorescence Spectroscopy: New Trends in Fluorescence Spectroscopy, B. Valeur and J.-C. Brochon, eds., Springer-Verlag, Berlin, Germany, 2001, p. 61.
86. J. Kim, W. Lu, W. Qiu, L. Wang, M. Caffrey, and D. Zhong, J. Phys. Chem. B 110, 21994 (2006).
87. W. Lu,W. Qiu, J. Kim, O. Okobiah, J. Hu, G.W. Gokel, and D. Zhong, Chem. Phys. Lett. 394, 415 (2004).
88. D. A. Dougherty, Science 271, 163 (1996).
89. E. A. Meyer, R. K. Castellano, and F. Diederich, Angew. Chem. Int. Ed. 42, 1210 (2003).
90. A. A. Hassanali, T. Li, D. Zhong, and S. J. Singer, J. Phys. Chem. B 110, 10497 (2006).
91. P.W. Fenimore, H. Frauenfelder, B. H. McMahon, and F. G. Parak, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 99, 16047 (2002).
92. Y.-T. Kao, C. Saxena, L. Wang, A. Sancar, and D. Zhong, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 102, 16128 (2005).
93. V. M. Rosenoer, M. A. Rothschild, and M. Oratz, eds., Albumin Structure, Function, and Uses Pergamon, Oxford, U.K., 1977.
94. C. Bertucci and E. Domenici, Curr. Med. Chem. 9, 1463 (2002).
95. D. C. Carter and J. X. Ho, Adv. Protein Chem. 45, 153 (1994).
96. M. Wardell, Z. M. Wang, J. X. Ho, J. Robert, F. Ruker, J. Ruble, and D. C. Carter, Biochem. Biophys. Res. Commun. 291, 813 (2002).
97. J. A. Luetscher, J. Am. Chem. Soc. 61, 2888 (1939).
98. J. F. Forster, in The Plasma Proteins, F. W. Putman, ed., Academic Press, New York, 1960.
99. J.Wilting, J. M. H. Kremer, A. P. Ijzerman, and S. G. Schulman, Biochim. Biophys. Acta 706, 96 (1982).
100. V. R. Zurawski and J. F. Foster, Biochemistry 13, 3465 (1974).
101. S. Curry, H. Mandelkow, P. Brick, and N. Franks, Nat. Struct. Biol. 5, 827 (1998).
102. P. A. Zunszain, J. Ghuman, T. Komatsu, E. Tsuchida, and S. Curry, BMC Struct. Biol. 3, 6 (2003).
103. E. S. Benson and B. E. Hallaway, J. Biol. Chem. 245, 4144 (1970).
104. J. K. A. Kamal, L. Zhao, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 101, 13411 (2004).
105. A. Sytnik and I. Litvinyuk, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 93, 12959 (1996).
106. K. Flora, J. D. Brennan, G. A. Baker, M. A. Doody, and F. V. Bright, Biophys. J. 75, 1084 (1998).
107. P. Marzola and E. Gratton, J. Phys. Chem. 95, 9488 (1991).
108. J. K. A. Kamal and D. V. Behere, J. Biol. Inorg. Chem. 7, 273 (2002).
109. M. K. Helms, C. E. Petersen, N. V. Bhagavan, and D. M. Jameson, FEBS Lett. 408, 67 (1997).
110. A. Siemiarczuk, C. E. Petersen, C. E. Ha, J. Yang, and N. V. Bhagavan, Cell Biochem. Biophys. 40, 115 (2004).
111. D. Zhong, A. Douhal, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 97, 14056 (2000).
112. N. E. Levinger, Science 298, 1722 (2002).
113. N. Nandi, K. Bhattacharyya, and B. Bagchi, Chem. Rev. 100, 2013 (2000).
114. K. Koga, G. T. Gao, H. Tanaka, and X. C. Zeng, Nature 412, 802 (2001).
115. J. Fitter, R. E. Lechner, and N. A. Dencher, J. Phys. Chem. B 103, 8036 (1999).
116. P. Jurkiewicz, J. Sykora, A. Olzynska, J. Humplickova, and M. Hof, J. Fluoresc. 15, 883 (2005).
117. S. Y. Bhide and M. L. Berkowitz, J. Chem. Phys. 123 (2005).
118. P. G. de Gennes, Rev. Mod. Phys. 64, 645 (1992).
119. Y. Kong and J. Ma, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 98, 14345 (2001).
120. R. Pomes and B. Roux, Biophys. J. 82, 2304 (2002).
121. J. K. Lanyi, J. Phys. Chem. B 104, 11441 (2000).
122. F. Garczarek and K. Gerwert, Nature 439, 109 (2006).
123. E. B. Brauns, M. L. Madaras, R. S. Coleman, C. J. Murphy, and M. A. Berg, J. Am. Chem. Soc. 121, 11644 (1999).
124. E. B. Brauns, M. L. Madaras, R. S. Coleman, C. J. Murphy, and M. A. Berg, Phys. Rev. Lett. 88, 158101 (2002).
125. S. K. Pal, L. Zhao, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 100, 8113 (2003).
126. S. K. Pal, L. Zhao, T. Xia, and A. H. Zewail, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 100, 13746 (2003).
127. M. R. Harpham, B. M. Ladanyi, N. E. Levinger, and K. W. Herwig, J. Chem. Phys. 121, 7855 (2004).
128. D. M. Willard, R. E. Riter, and N. E. Levinger, J. Am. Chem. Soc. 120, 4151 (1998).
129. R. E. Riter, D. M. Willard, and N. E. Levinger, J. Phys. Chem. B 102, 2705 (1998).
130. D. Pant, R. E. Riter, and N. E. Levinger, J. Chem. Phys. 109, 9995 (1998).
131. K. Bhattacharyya and B. Bagchi, J. Phys. Chem. A 104, 10603 (2000).
132. K. Bhattacharyya, Acc. Chem. Res. 36, 95 (2003).
133. I. R. Piletic, H. S. Tan, and M. D. Fayer, J. Phys. Chem. B 109, 21273 (2005).
134. H. S. Tan, I. R. Piletic, R. E. Riter, N. E. Levinger, and M. D. Fayer, Phys. Rev. Lett. 94, 057405 (2005).
135. H. S. Tan, I. R. Piletic, and M. D. Fayer, J. Chem. Phys. 122, 174501 (2005).
136. D. Pant and N. E. Levinger, Chem. Phys. Lett. 292, 200 (1998).
137. D. Pant and N. E. Levinger, J. Phys. Chem. B 103, 7846 (1999).
138. Y. Maniwa, H. Kataura, M. Abe, S. Suzuki, Y. Achiba, H. Kira, and K. Matsuda, J. Phys. Soc. Jpn. 71, 2863 (2002).
139. J. Cheng, S. Pautot, D. A.Weitz, and X. S. Xie, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 100, 9826 (2003).
140. D. S. Venables, K. Huang, and C. A. Schmuttenmaer, J. Phys. Chem. B 105, 9132 (2001).
141. H. Shirota and K. Horie, J. Phys. Chem. B 103, 1437 (1999).
142. A. I. Kolesnikov, J. M. Zanotti, C. K. Loong, P. Thiyagarajan, A. P. Moravsky, R. O. Loutfy, and C. J. Burnham, Phys. Rev. Lett. 93, 035503 (2004).
143. E. M. Landau and J. P. Rosenbusch, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 93, 14532 (1996).
144. M. Caffrey, Curr. Opin. Struct. Biol. 10, 486 (2000).
145. H. Luecke, B. Schobert, J. K. Lanyi, E. N. Spudich, and J. L. Spudich, Science 293, 1499 (2001).
146. P. Raman, V. Cherezov, and M. Caffrey, Cell. Mol. Life Sci. 63, 36 (2006).
147. J. Clogston, G. Craciun, D. J. Hart, and M. Caffrey, J. Control. Release 102, 441 (2005).
148. J. Faeder and B. M. Ladanyi, J. Phys. Chem. B 104, 1033 (2000).
149. J. Faeder and B. M. Ladanyi, J. Phys. Chem. B 105, 11148 (2001).
150. E. G. Finer, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 69, 1590 (1973).
151. J. T. Vivian and P. R. Callis, Biophys. J. 80, 2093 (2001).
152. K. Hristova and S. H. White, Biophys. J. 74, 2419 (1998).
153. M. C. Wiener and S. H. White, Biophys. J. 61, 434 (1992).
154. B. de Foresta, J. Gallay, J. Sopkova, P. Champeil, and M. Vincent, Biophys. J. 77, 3071 (1999).
155. M. A. Wilson and A. Pohorille, J. Am. Chem. Soc. 116, 1490 (1994).
156. H. Raghuraman and A. Chattopadhyay, Biophys. J. 87, 2419 (2004).
157. H. Raghuraman and A. Chattopadhyay, Langmuir 19, 10332 (2003).
158. A. Chattopadhyay and R. Rukmini, FEBS Lett. 335, 341 (1993).
159. A. S. Ladokhin, S. Jayasinghe, and S. H. White, Anal. Biochem. 285, 235 (2000).
160. C. D. Tran and G. S. Beddard, Eur. J. Biophys. 13, 59 (1985).
161. E. John and F. Jahnig, Biophys. J. 54, 817 (1988).
162. D. Roccatano, G. Colombo,M. Fioroni, and A. E. Mark, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 99, 12179 (2002).
163. J. H. Lin and A. Baumgaertner, Biophys. J. 78, 1714 (2000).
164. M. Bachar and O. M. Becker, J. Chem. Phys. 111, 8672 (1999).
165. Y. K. Cheng and P. J. Rossky, Nature 392, 696 (1998).
166. Y. K. Cheng, W. S. Sheu, and P. J. Rossky, Biophys. J. 76, 1734 (1999).
167. S. Ohki, E.Marcus, D. K. Sukumaran, and K. Arnold, Biochim. Biophys. Acta 1194, 223 (1994).
168. S. Frey and L. K. Tamm, Biophys. J. 60, 922 (1991).
169. C. E. Dempsey, Biochim. Biophys. Acta 1031, 143 (1990).
170. J. M. Lehn, Angew. Chem. Int. Ed. 27, 89 (1988).
171. D. J. Cram, Angew. Chem. Int. Ed. 27, 1009 (1988).
172. C. J. Pedersen, Angew. Chem. Int. Ed. 27, 1021 (1988).
173. G. W. Gokel, Crown Ethers and Cryptands, Royal Society of Chemistry, Cambridge, U.K., 1991.
174. J. A. Semlyen, ed., Large Ring Molecules, Wiley, Chichester, U.K., 1996.
175. G. W. Gokel, W. M. Leevy, and M. E. Weber, Chem. Rev. 104, 2723 (2004).
176. R. M. Izatt, K. Pawlak, J. S. Bradshaw, and R. L. Bruening, Chem. Rev. 91, 1721 (1991).
177. S. L. De Wall, E. S. Meadows, L. J. Barbour, and G.W. Gokel, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 97, 6271 (2000).
178. J. X. Hu, L. J. Barbour, and G. W. Gokel, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 99, 5121 (2002).
179. G. W. Gokel, L. J. Barbour, R. Ferdani, and J. X. Hu, Acc. Chem. Res. 35, 878 (2002).
180. J. X. Hu, L. J. Barbour, and G. W. Gokel, J. Am. Chem. Soc. 124, 10940 (2002).
181. S. L. De Wall, E. S. Meadows, L. J. Barbour, and G. W. Gokel, J.Am. Chem. Soc. 121, 5613 (1999).
182. E. S. Meadows, S. L. De Wall, L. J. Barbour, and G. W. Gokel, J. Am. Chem. Soc. 123, 3092 (2001).
183. W. Jarzeba, G. C. Walker, A. E. Johnson, and P. F. Barbara, Chem. Phys. 152, 57 (1991).
184. T. Takamuku, M. Tabata, A. Yamaguchi, J. Nishimoto, M. Kumamoto, H. Wakita, and T. Yamaguchi, J. Phys. Chem. B 102, 8880 (1998).
185. J. C. Ma, and D. A. Dougherty, Chem. Rev. 97, 1303 (1997).
186. J. S. Baskin, M. Chachisvilis, M. Gupta, and A. H. Zewail, J. Phys. Chem. A 102, 4158 (1998).
187. W. Lu and D. Zhong, J. Phys. Chem. B, in preparation.
188. L. Nilsson and B. Halle, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 102, 13867 (2005).
189. D. M. Truckses, J. R. Somoza, K. E. Prehoda, S. C. Miller, and J. L. Markley, Protein Sci. 5, 1907 (1996).
190. S. Hirano, H. Kamikubo, Y. Yamazaki, and M. Kataoka, Proteins 58, 271 (2005).
191. R. F. Steiner, in Topics in Fluorescence Spectroscopy, J. R. Lakowicz, ed., Plenum, New York, 1991, p. 1.
192. S. K. Katti, D. M. Lemaster, and H. Eklund, J. Mol. Biol. 212, 167 (1990).
193. A. Weichsel, J. R. Gasdaska, G. Powis, and W. R. Montfort, Structure 4, 735 (1996).
194. J. F. Andersen, D. A. R. Sanders, J. R. Gasdaska, A. Weichsel, G. Powis, and W. R. Montfort, Biochemistry 36, 13979 (1997).
195. S. E. V. Phillips and B. P. Schoenborn, Nature 292, 81 (1981).
196. T. Takano, J. Mol. Biol. 110, 537 (1977).
197. I. Sirangelo, S. Tavassi, P. L. Martelli, R. Casadio, and G. Irace, Eur. J. Biochem. 267, 3937 (2000).
198. F. M. Hughson, P. E. Wright, and R. L. Baldwin, Science 249, 1544 (1990).
199. T. Li, A. A. P. Hassanali, Y.-T. Kao, D. Zhong, and S. J. Singer, J. Am. Chem. Soc. 129, 3376 (2007).
200. D. Eliezer, J. Yao, H. J. Dyson, and P. E. Wright, Nat. Struct. Biol. 5, 148 (1998).
201. D. Eliezer, J. Chung, H. J. Dyson, and P. E. Wright, Biochemistry 39, 2894 (2000).
202. T. Li, A. A. Hassanali, and S. J. Singer, J. Phys. Chem. B, 112, 16121 (2008).
203. A. A. Golosov and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 111, 1482 (2007).
204. T. Darden, D. York, and L. Pedersen, J. Chem. Phys. 98, 10089 (1993).
205. U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, and L. G. Pedersen, J. Chem. Phys. 103, 8577 (1995).
206. B. Hess, H. Bekker, H. J. C. Berendsen, and J. Fraaije, J. Comput. Chem. 18, 1463 (1997).
207. S. Nose, Mol. Phys. 52, 255 (1984).
208. S. Nose, J. Chem. Phys. 81, 511 (1984).
209. W. G. Hoover, Phys. Rev. A 31, 1695 (1985).
210. R. M. Levy, R. P. Sheridan, J. W. Keepers, G. S. Dubey, S. Swaminathan, and M. Karplus, Biophys. J. 48, 509 (1985).
211. E. R. Henry,W. A. Eaton, and R. M. Hochstrasser, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 83, 8982 (1986).
212. R. Elber and M. Karplus, Science 235, 318 (1987).
213. C. L. Brooks, J. Mol. Biol. 227, 375 (1992).
214. S. Furoiscorbin, J. C. Smith, and G. R. Kneller, Proteins 16, 141 (1993).
215. J. B. Clarage, T. Romo, B. K. Andrews, B. M. Pettitt, and G. N. Phillips, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 92, 3288 (1995).
216. J. D. Hirst and C. L. Brooks, Biochemistry 34, 7614 (1995).
217. T. Simonson and C. L. Brooks, J. Am. Chem. Soc. 118, 8452 (1996).
218. C. Rovira and M. Parrinello, Int. J. Quantum Chem. 80, 1172 (2000).
219. A. L. Tournier and J. C. Smith, Phys. Rev. Lett. 91, 208106 (2003).
220. M. Aschi, C. Zazza, R. Spezia, C. Bossa, A. Di Nola, M. Paci, and A. Amadei, J. Comput. Chem. 25, 974 (2004).
221. C. Bossa, M. Anselmi, D. Roccatano, A. Amadei, B. Vallone, M. Brunori, and A. Di Nola, Biophys. J. 86, 3855 (2004).
222. W. Gu and B. P. Schoenborn, Proteins 22, 20 (1995).
223. H. Frauenfelder, F. Parak, and R. D. Young, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 451 (1988).
224. H. Frauenfelder, S. G. Sligar, and P. G. Wolynes, Science 254, 1598 (1991).
225. J. S. Bader and B. J. Berne, J. Chem. Phys. 104, 1293 (1996).
226. P. V. Kumar and M. Maroncelli, J. Chem. Phys. 103, 3038 (1995).
227. P. W. Fenimore, H. Frauenfelder, B. H. McMahon, and R. D. Young, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 101, 14408 (2004).
228. H. Frauenfelder, P. W. Fenimore, G. Chen, and B. H. McMahon, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 103, 15469 (2006).