Measurement of solvation responses at multiple sites in a globular protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 28, 2007, Pages 8269-8276

  Abbyad, Paul ^a   Shi, Xinghua ^a   Childs, William ^a   McAnaney, Tim B ^a   Cohen, Bruce E ^b   Boxer, Steven G ^a  

^a STANFORD UNIVERSITY   (United States)

^b LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COULOMB INTERACTIONS; MEASUREMENT THEORY; SOLVATION;

ELECTROSTATIC PERTURBATIONS; SYNTHETIC FLUORESCENT AMINO ACID ALADAN;

PROTEINS;

EID: 34547551083     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0709104     Document Type: Article

References (59)

1. Perutz, M. F. Science 1978, 201, 1187.
2. Nakamura, H. Q. Rev. Biophys. 1996, 29, 1.
3. Parson, W. W.; Chu, Z. T.; Warshel, A. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1017, 251.
4. Steffen, M. A.; Lao, K. Q.; Boxer, S. G. Science 1994, 264, 810.
5. Okamura, M. Y.; Feher, G. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 861.
6. Hilvert, D. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 751.
7. Simonson, T.; Archontis, G.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 8349.
8. Aqvist, J.; Luzhkov, V. Nature 2000, 404, 881.
9. Suydam, I. T.; Snow, C. D.; Pande, V. S.; Boxer, S. G. Science 2006, 313, 200.
10. Horng, M. L.; Gardecki, J. A.; Papazyan, A.; Maroncelli, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17311.
11. Cohen, B. E.; McAnaney, T. B.; Park, E. S.; Jan, Y. N.; Boxer, S. G.; Jan, L. Y. Science 2002, 296, 1700.
12. Pierce, D. W.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. 1992, 96, 5560.
13. Sahu, K.; Mondai, S. K.; Ghosh, S.; Roy, D.; Bhattacharyya, K. J. Chem. Phys. 2006, 124, 124909.
14. Lampa-Pastirk, S.; Warren, B. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16288.
15. Golosov, A. A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1482.
16. Ware, W. R.; Chow, P.; Lee, S. K. Chem. Phys. Lett. 1968, 2, 356.
17. Changenet-Barret, P.; Choma, C. T.; Gooding, E. F.; Degrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9322.
18. Jordanides, X. J.; Lang, M. J.; Song, X. Y.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7995.
19. Pal, S. K.; Peon, J.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15297.
20. Zimmermann, J.; Oakman, E. L.; Thorpe, I. F.; Shi, X.; Abbyad, P.; Brooks, C. L., III; Boxer, S. G.; Romesberg, F. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 13722.
21. Petushkov, V. N.; Van Stokkum, I. H. M.; Gobets, B.; Van Mourik, F.; Lee, J.; Van Grondelle, R.; Visser, A. J. W. G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10934.
22. Riter, R. R.; Edington, M. D.; Beck, W. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14198.
23. Homoelle, B. J.; Edington, M. D.; Diffey, W. M.; Beck, W. F. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3044.
24. Guha, S.; Sahu, K.; Roy, D.; Mondal, S. K.; Roy, S.; Bhattacharyya, K. Biochemistry 2005, 44, 8940.
25. Pal, S. K.; Peon, J.; Zewail, A. H. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1763.
26. Peon, J.; Pal, S. K.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10964.
27. Qiu, W.; Zhang, L.; Okobiah, O.; Yang, Y.; Wang, L.; Zhong, D.; Zewail, A. H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 10540.
28. Toptygin, D.; Gronenbom, A. M.; Brand, L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 26292.
29. Samanta, A.; Fessenden, R. W. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 8972.
30. Weber, G.; Farris, F. J. Biochemistry 1979, 18, 3075.
31. Lobo, B. C.; Abelt, C. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10938.
32. Viard, M.; Gallay, J.; Vincent, M.; Meyer, O.; Robert, B.; Paternostre, M. Biophys. J. 1997, 73, 2221.
33. Vincent, M.; De Foresta, B.; Gallay, J. Biophys. J. 2005, 88, 4337.
34. Parusel, A. B. J.; Nowak, W.; Grimme, S.; Kohler, G. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7149.
35. Hiratsuka, T. Biochemistry 1998, 37, 7167.
36. Krasnowska, E. K.; Gratton, E.; Parasassi, T. Biophys. J. 1998, 74, 1984.
37. Rottenberg, H. Biochemistry 1992, 31, 9473.
38. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657.
39. Minor, D. L.; Kim, P. S. Nature 1994, 371, 264.
40. Gardecki, J. A.; Maroncelli, M. Appl. Spectrosc. 1998, 52, 1179.
41. Stanley, R. J.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. 1995, 99, 859.
42. Chattoraj, M.; King, B. A.; Bublitz, G. U.; Boxer, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8362.
43. McAnaney, T. B.; Zeng, W.; Doe, C. F. E.; Bhanji, N.; Wakelin, S.; Pearson, D. S.; Abbyad, P.; Shi, X.; Boxer, S. G.; Bagshaw, C. R. Biochemistry 2005, 44, 5510.
44. Steinbach, P. J.; Ionescu, R.; Matthews, C. R. Biophys. J. 2002, 82, 2244.
45. Steinbach, P. J. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1476.
46. Sun, S. Y.; Heitz, M. P.; Perez, S. A.; Colon, L. A.; Bruckenstein, S.; Bright, F. V. Appl. Spectrosc. 1997, 51, 1316.
47. Balter, A.; Nowak, W.; Pawelkiewicz, W.; Kowalczyk, A. Chem. Phys. Lett. 1988, 143, 565.
48. Macgregor, R. B.; Weber, G. Nature 1986, 319, 70.
49. Chakrabarti, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996, 226, 495.
50. Hammarstrom, P.; Owenius, R.; Martensson, L. G.; Carlsson, U.; Lindgren, M. Biophys. J. 2001, 80, 2867.
51. Tcherkasskaya, O.; Knutson, J. R.; Bowley, S. A.; Frank, M. K.; Gronenborn, A. M. Biochemistry 2000, 39, 11216.
52. Kamal, J. K. A.; Xia, T. B.; Pal, S. K.; Zhao, L.; Zewail, A. H. Chem. Phys. Lett. 2004, 387, 209.
53. Pal, S. K.; Peon, J.; Bagchi, B.; Zewail, A. H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12376.
54. Jimenez, R.; Fleming, G. R.; Kumar, P. V.; Maroncelli, M. Nature 1994, 369, 471.
55. Kay, L. E.; Torchia, D. A.; Bax, A. Biochemistry 1989, 28, 8972.
56. Idiyatullin, D.; Nesmelova, I.; Daragan, V. A.; Mayo, K. H. Protein Sci. 2003, 12, 914.
57. Lu, W. Y.; Kim, J.; Qiu, W. H.; Zhong, D. P. Chem. Phys. Lett. 2004, 388, 120.
58. Durek, T. T.; Becker, C. F. W. Biomol. Eng. 2005, 22, 153.
59. Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2337.