Dependence of tryptophan emission wavelength on conformation in cyclic hexapeptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 13, 2006, Pages 7009-7016

  Pan, Chia Pin ^a   Callis, Patrik R ^b   Barkley, Mary D ^a  

^a CASE WESTERN RESERVE UNIVERSITY   (United States)

^b MONTANA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOPHORES; COMPUTER SIMULATION; FLUORESCENCE; MOLECULAR DYNAMICS; POLYPEPTIDES; QUANTUM THEORY;

DECAY-ASSOCIATED SPECTRA; HEXAPEPTIDES; TRYPTOPHAN ROTAMERS;

AMINO ACIDS;

EID: 33646369664     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp056164p     Document Type: Article

References (33)

1. Eftink, M. R. Intrinsic fluorescence of proteins. In Protein Fluorescence; Lakowicz, J. R., Ed.; Topics in Fluorescence Spectroscopy 6; Kluwer Academic/Plenum: New York, 2000; pp 1-15.
2. Hudson, B. S.; Huston, J. M.; Soto-Campos, G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2227-2234.
3. Ladokhin, A. S. J. Fluoresc. 1999, 9, 1-9.
4. Lakowicz, J. R. Photochem. Photobiol. 2000, 72, 421-437.
5. Donzel, B.; Gaudchon, P.; Wahl, P. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 801-808.
6. Ross, J. B. A.; Rousslang, K. W.; Brand, L. Biochemistry 1981, 20, 4361-4369.
7. Ross, J. B. A.; Wyssbrod, H. R.; Porter, R. A.; Schwanz, G. P.; Michaels, C. A.; Laws, W. R. Biochemistry 1992, 31, 1585-1594.
8. Adams, P. D.; Chen, Y.; Ma, K.; Zagorski, M. G.; Sönnichsen, F. D.; McLaughlin, M. L.; Barkley, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9278-9286.
9. Sillen, A.; Diaz, J. F.; Engelborghs, Y. Protein Sci. 2000, 9, 158-169.
10. Hellings, M.; De Maeyer, M.; Verheyden, S.; Hao, Q.; Van Damme, E. J. M.; Peumans, W. J.; Engelborghs, Y. Biophys. J. 2003, 85, 1894-1902.
11. Dahms, T. E. S.; Willis, K. J.; Szabo, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2321-2326.
12. Clayton, A. H.; Sawyer, W. H. Biophys. J. 1999, 76, 3235-3242.
13. Pan, C.-P.; Barkley, M. D. Biophys. J. 2004, 86, 3828-3835.
14. Callis, P. R.; Burgess, B. K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9429-9432.
15. Vivian, J. T.; Callis, P. R. Biophys. J. 2001, 80, 2093-2109.
16. Callis, P. R. Methods Enzymol. 1997, 278, 113-151.
17. Pierce, D. W.; Boxer, S. G. Biophys. J. 1995, 68, 1583-1591.
18. Zawadzki, K. M.; Pan, C.-P.; Barkley, M. D.; Johnson, D.; Taylor, S. S. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 57, 552.
19. Beechem, J. M. Chem. Phys. Lipids 1989, 50, 237.
20. Ridley, J.; Zerner, M. Theor. Chim. Acta 1973, 32, 111-134.
21. Theiste, D.; Callis, P. R.; Woody, R. W. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 3260-3267.
22. Sreerama, N.; Woody, R. W.; Callis, P. R. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10397-10407.
23. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Fields, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. S.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102.
24. Ryckaert, J. P.; Cicotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23.
25. Takigawa, T.; Ashida, T.; Sasada, Y.; Kakudo, M. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1966, 39, 2369-2378.
26. Callis, P. R.; Vivian, J. T.; Slater, L. S. Chem. Phys. Lett. 1995, 244, 53.
27. Toptygin, D.; Savtchenko, R. S.; Meadow, N. D.; Brand, L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 2043-2055.
28. Shen, X.; Knutson, J. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6260-6265.
29. Compagnon, I.; Hagemeister, F. C.; Antoine, R.; Rayne, D.; Broyer, M.; Dugourd, P.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8440-8441.
30. Huang, Z.; Lin, Z. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2656-2659.
31. Dian, B. C.; Longarte, A.; Mercier, S.; Evans, D. A.; Wales, D. J.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10688-10702.
32. Dian, B. C.; Longarte, A.; Winter, P. R.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 133-147.
33. Bombasaro, J. A.; Rodríguez, A. M.; Enriz, R. D. THEOCHEM 2005, 724, 173-184.