Target identification strategies in chemical genetics

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 7, Issue 7, 2004, Pages 677-688

  Tochtrop, Gregory P ^a   King, Randall W ^a  

^a HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

Chemical genetics; Natural products; Target identification

Indexed keywords

2 [1 (4 CHLOROBENZYL) 5 METHOXY 2 METHYL 3 INDOLYL]PROPIONIC ACID; 3 [1 (4 HYDROXY 3 IODOBENZYL) 5 ISOPROPYL 3 (4 TRIAZENOPHENYLSULFONYL) 2 INDOLYL] 2,2 DIMETHYLPROPIONIC ACID; ACETYLCHOLINE; AMIDE; AMINOPURVALANOL; BENGAMIDE; BREFELDIN A; COLCHICINE; CYCLOPAMINE; CYCLOSPORIN; ENZYME INHIBITOR; EPOXOMICIN; FLUOROURACIL; FUMAGILLIN; LEUKOTRIENE RECEPTOR BLOCKING AGENT; METHOTREXATE; MONASTROL; PACLITAXEL; PROTEIN INHIBITOR; PURVALANOL; PURVALANOL A; PURVALANOL B; RAPAMYCIN; SONIC HEDGEHOG PROTEIN; TACROLIMUS; UNCLASSIFIED DRUG;

BINDING AFFINITY; CHEMICAL GENETICS; CYCLOPIA; DEVELOPMENTAL DISORDER; DRUG IDENTIFICATION; GENE MUTATION; GENETIC SCREENING; GENETIC VARIABILITY; GENOME; GOUT; HOLOPROSENCEPHALY; HUMAN; MOLECULE; NONHUMAN; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN TARGETING; PROTEOMICS; REVIEW; SOLID TUMOR; STRENGTH;

CYCLOPIA; ERINACEIDAE;

EID: 5644295871     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1386207043328391     Document Type: Review

References (77)

1. Weisenberg, R.C.; Broisy, G.G.; Taylor, E.W. Biochemistry 1968, 7, 4466.
2. Karlin, A.; Winnik, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1968, 60, 668.
3. Brown, E.J.; Albers, M.W.; Shin, T.B.; Ichikawa, K.; Keith, C.T.; Lane, W.S.; Schreiber, S.L. Nature 1994, 369, 756.
4. King, R.W. Chem. Biol. 1999, 6, R327.
5. Mitchison, T.J. Chem. Biol. 1994, 1, 3.
6. Raftery, M.A.; Hunkapiller, M.W.; Strader, C.D.; Hood, L.E. Science 1980, 208, 1454.
7. Noda, M.; Takahashi, H.; Tanabe, T.; Toyosato, M.; Furutani, Y.; Hirose, T.; Asai, M.; Inayama, S.; Miyata, T.; Numa, S. Nature 1982, 299, 793.
8. Sin, N.; Kim, K.B.; Elofsson, M.; Meng, L.; Auth, H.; Kwok, B.H.; Crews, CM. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1999, 9, 2283.
9. Kim, K.B.; Myung, J.; Sin, N.; Crews, C.M. Bioorg. Med Chem. Lett. 1999, 9, 3335.
10. Sin, N.; Meng, L.; Wang, M.Q.W.; Wen, J.J.; Bornmann, W.G.; Crews, C.M. Proc. Natl. Acad Sci. USA 1997, 94, 6099.
11. McCowen, M.C.; Callender, M.E.; Lawlis, J.F., Jr. Science 1951, 113, 202.
12. Abe, J.; Zhou, W.; Takuwa, N.; Taguchi, J.; Kurokawa, K.; Kumada, M.; Takuwa, Y. Cancer Res. 1994, 54, 3407.
13. Ingber, D.; Fujita, T.; Kishimoto, S.; Sudo, K.; Kanamaru, T.; Brem, H.; Folkman, J. Nature 1990, 348, 555.
14. Hanada, M.; Sugawara, K.; Kaneta, K.; Toda, S.; Nishiyama, Y.; Tomita, K.; Yamamoto, H.; Konishi, M.; Oki, T. J. Antibiotics 1992, 45, 1746.
15. Miller, D.K.; Gillard, J.W.; Vickers, P.J.; Sadowski, S.; Leveille, C.; Mancini, J.A.; Charleson, P.; Dixon, R.A.F.; Ford-Hutchinson, A.W.; et al. Nature 1990, 343, 278.
16. Pelletier, P.S.; Caventon, J. Ann. Chim. Phys. 1820, 14, 69.
17. Corrodi, H.; Hardegger, E. Helv. Chim. Acta 1955, 38, 2030.
18. Dustin, P. Microtubules 1978, Springer Verlag, New York.
19. Borisy, G.G.; Taylor, E. W. J. Cell Biol. 1967, 34, 535.
20. Borisy, G.G.; Taylor, E. W. J. Cell Biol. 1967, 34, 525.
21. Mohri, H. Nature 1968, 217, 1053.
22. Tanaka, H.; Kuroda, A.; Marusawa, H.; Hatanaka, H.; Kino, T.; Goto, T.; Hashimoto, M.; Taga, T. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 5031.
23. Sehgal, S.N.; Baker, H.; Vezina, C. J. Antibiotics 1975, 28, 727.
24. Starzl, T.E.; Fung, J.; Jordan, M.; Shapiro, R.; Tzakis, A.; McCauley, J.; Johnston, J.; Iwaki, Y.; Jain, A.; Alessiani, M. J. Am. Med. Assoc. 1990, 264, 63.
25. Starzl, T.E.; Todo, S.; Fung, J.; Demetris, A.J.; Venkataramman, R.; Jain, A. Lancet 1989, 2, 1000.
26. Harding, M.W.; Galat, A.; Uehling, D.E.; Schreiber, S.L. Nature 1989, 341, 758.
27. Liu, J.; Farmer, J.D., Jr.; Lane, W.S.; Friedman, J.; Weissman, I.; Schreiber, S.L. Cell 1991, 66, 807.
28. Vesely, J.; Havlicek, L.; Strnad, M.; Blow, J.J.; Donella-Deana, A.; Pinna, L.; Letham, D. S.; Kato, J.; Detivaud, L.; Leclerc, S. Eur. J. Biochem. 1994, 224, 771.
29. Gray, N.S.; Wodicka, L.; Thunnissen, A.-M.W.H.; Norman, T.C.; Kwon, S.; Espinoza, F. H.; Morgan, D.O.; Barnes, G.; LeClerc, S.; Meijer, L.; Kim, S.-H.; Lockhart, D.J.; Schultz, P.G. Science 1998, 281, 533.
30. Chang, Y.-T.; Gray, N.S.; Rosania, G.R.; Sutherlin, D.P.; Kwon, S.; Norman, T.C.; Sarohia, R.; Leost, M.; Meijer, L.; Schultz, P.C. Chem. Biol. 1999, 6, 361.
31. Rosania, G.R.; Merlie, J., Jr.; Gray, N.; Chang, Y.-T.; Schultz, P.C.; Heald, R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 4797.
32. Knockaert, M.; Gray, N.; Damiens, E.; Chang, Y.-T.; Grellier, P.; Grant, K.; Fergusson, D.; Mottram, J.; Soete, M.; Dubremetz, J.F.; Le Roch, K.; Doerig, C.; Schultz, P.; Meijer, L. Chem. Biol. 2000, 7, 411.
33. Knockaert, M.; Lenormand, P.; Gray, N.; Schultz, P.; Pouyssegur, J.; Meijer, L. Oncogene 2002, 21, 6413.
34. Shimizu, N.; Sugimoto, K.; Tang, J.; Nishi, T.; Sato, I.; Hiramoto, M.; Aizawa, S.; Hatakeyama, M.; Ohba, R.; Hatori, H.; Yoshikawa, T.; Suzuki, F.; Oomori, A.; Tanaka, H.; Kawaguchi, H.; Watanabe, H.; Handa, H. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 877.
35. Johnson, R.K.; Chitnis, M.P.; Embrey, W.M.; Gregory, E.B. Cancer Treat. Rep. 1978, 62, 1535.
36. Goodman, J.; Walsh, V. The Story of Taxol: Nature and Politics in the Pursuit of an Anti-Cancer Drug 2001 Ccambridge University Press.
37. Schiff, P.B.; Fant, J.; Horwitz, S.B. Nature 1979, 277, 665.
38. Haerri, E.; Loeffler, W.; Sigg, H.P.; Staehelin, H.; Stoll, C.; Tamm, C.; Wiesinger, D. Helv. Chim. Acta 1962, 45, 839.
39. Tamura, G.; Ando, K.; Suzuki, S.; Takatsuki, A.; Arima, K. J. Antibiotics 1968, 21, 160.
40. Oda, K.; Hirose, S.; Takami, N.; Misumi, Y.; Takatsuki, A.; Ikehara, Y. FEBS Lett. 1987, 214, 135.
41. Takatsuki, A.; Tamura, G. Agric. Biol. Chem. 1985, 49, 899.
42. Misumi, Y.; Misumi, Y.; Miki, K.; Takatsuki, A.; Tamura, G.; Ikehara, Y. J. Biol. Chem. 1986, 261, 11398.
43. Fujiwara, T.; Oda, K.; Yokota, S.; Takatsuki, A.; Ikehara, Y. J. Biol. Chem. 1988, 263, 18545.
44. Lippincott-Schwartz, J.; Yuan, L.C.; Bonifacino, J.S.; Klausner, R.D. Cell 1989, 56, 801.
45. Yamashina, S.; Katsumata, O.; Tamaki, H.; Takatsuki, A. Cell Struct. Fund. 1990, 15, 31.
46. Donaldson, J.G.; Lippincott-Schwartz, J.; Bloom, G.S.; Kreis, T.E.; Klausner, R.D. J. Cell Biol. 1990, 111, 2295.
47. Hunziker, W.; Whitney, J.A.; Mellman, I. Cell 1991, 67, 617.
48. Lippincott-Schwartz, J.; Yuan, L.; Tipper, C.; Amherdt, M.; Orci, L.; Klausner, R.D. Cell 1991, 67, 601.
49. Wood, S.A.; Park J.E.; Brown, W.J. Cell 1991, 67, 591.
50. Donaldson, J.G.; Finazzi. D.; Klausner, R.D. Nature 1992, 360, 350.
51. Donaldson, J.G.; Cassel, D.; Kahn, R.A.; Klausner, R.D. Proc. Natl. Acad Sci. USA 1992, 89, 6408.
52. Klausner, R.D.; Donaldson, J.G.; Lippincott-Schwartz, J. J. Cell Biol. 1992, 116, 1071.
53. Randazzo, P.A.; Yang, Y.C.; Rulka, C.; Kahn, R.A. J. Biol Chem. 1993, 268, 9555.
54. Tsai, S.C.; Adamik, R.; Moss, J.; Vaughan, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 305
55. Morinaga, N.; Tsai, S.C.; Moss, J.; Vaughan, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 95, 12856.
56. Peyroche, A.; Antonny, B.; Robineau, S.; Acker, J.; Cherfils, J.; Jackson, C.L. Mol. Cell 1999, 3, 275.
57. Binns, W.; James, L.F.; Shupe, J.L.; Thacker, E.J. Arch. Environ. Health 1962, 5, 106.
58. Binns, W.; Shupe, J.L.; Keeler, R.F.; James, L.F. J. Am. Vet. Med. Assoc. 1965, 147, 839.
59. Chiang, C.; Litingtung, Y.; Lee, E.; Young, K.E.; Corden, J.L.; Westphal, H.; Beachy, P. A. Nature 1996, 383, 407.
60. Roessler, E.; Belloni, E.; Gaudenz, K.; Jay, P.; Berta, P.; Scherer, S.W.; Tsui, L.C.; Muenke, M. Nat. Genet. 1996, 14, 357.
61. Incardona, J.P.; Gaffield, W.; Kapur, R.P.; Roelink, H. Development 1998, 125, 3553.
62. Cooper, M.K.; Porter, J.A.; Young, K.E.; Beachy, P.A. Science 1998, 280, 1603.
63. Chen, J.K.; Taipale, J.; Young, K.E.; Maiti, T.; Beachy, P.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 14071.
64. Chen, J.K.; Taipale, J.; Cooper, M.K.; Beachy, P.A. Genes Dev. 2002, 16, 2743.
65. Mayer, T.U.; Kapoor, T.M.; Haggarty, S.J.; King, R.W.; Schreiber, S.L.; Mitchison, T.J. Science 1999, 286, 971.
66. Blangy, A.; Lane, H.A.; d'Herin, P.; Harper, M.; Kress, M.; Nigg, E.A. Cell 1995, 83, 1159.
67. Sawin, K.E.; LeGuellec, K.; Philippe, M.; Mitchison, T.J. Nature 1992, 359, 540.
68. McPherson, M.; Yang, Y.; Hammond, P.W.; Kreider, B.L. Chem. Biol. 2002, 9, 691.
69. Towbin, H.; Bair, K.W.; DeCaprio, J.A.; Eck, M.J.; Kim, S.; Kinder, F.R.; Morollo, A.; Mueller, D,R.; Schindler, P.; Song, H.K.; van Oostrum, J.; Versace, R.W.; Voshol, H.; Wood, J.; Zabludoff, S.; Phillips, P.E. J. Biol. Chem. 2003, 278, 52964.
70. Quinoa, E.; Adamczeski, M.; Crews, P.; Bakus, G.J. J. Org. Chem. 1986, 51, 4494.
71. Thale, Z.; Kinder, F.R.; Bair, K.W.; Bontempo, J.; Czuchta, A.M.; Versace, R.W.; Phillips, P.E.; Sanders, M.L.; Wattanasin, S.; Crews, P. J. Org. Chem. 2001, 66, 1733.
72. Becker, F.; Murthi, K.; Smith, C.; Come, J.; Costa-Roldan, N.; Kaufmann, C.; Hanke, U.; Degenhart, C.; Baumann, S.; Wallner, W.; Huber, A.; Dedier, S.; Dill, S.; Kinsman, D.; Hediger, M.; Bockovich, N.; Meier-Ewert, S.; Kluge, A.F.; Kley, N. Chem. Biol. 2004, 11, 211.
73. Licitra, E.J.; Liu, J.O. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 12817.
74. Giaever, G.; Shoemaker, D.; Jones, T.; Liang, H.; Winzeler, E.; Astromoff, A.; Davis, R. Nat. Genet. 1999, 21, 245.
75. Lum, P.Y.; Armour, C.D.; Stepaniants, S.B.; Cavet, G.; Wolf, M.K.; Butler, J.S.; Hinshaw, J.C.; Garnier, P.; Prestwich, G.D.; Leonardson, A.; Garrett-Engele, P.; Rush, C.M.; Bard, M.; Schimmack, G.; Phillips, J.W.; Roberts, C.J.; Shoemaker, D.D. Cell 2004, 116, 121.
76. Longley, D.B.; Harkin, D.P.; Johnston, P.G. Nature Rev. Cancer 2003, 3, 330.
77. Frank-Kamenetsky, M.; Zhang, X.M.; Bottega, S.; Guicherit, O.; Wichterle, H.; Dudek, H.; Bumcrot, D.; Wang, F.Y.; Jones, S.; Shulok, J.; Rubin, L.L.; Porter, J.A. J. Biology 2002, 1, 10.