Polyproline II propensities from GGXGG peptides reveal an anticorrelation with β-sheet scales

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 102, Issue 50, 2005, Pages 17964-17968

  Shi, Zhengshuang ^a,b   Chen, Kang ^a   Liu, Zhigang ^a   Ng, Angela ^a   Bracken, W Clay ^c   Kallenbach, Neville R ^a  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

^c WEILL CORNELL MEDICAL COLLEGE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCYLGLYCYLGLYCYLGLYCYLGLYCINAMIDE; PEPTIDE DERIVATIVE; PROLINE; UNCLASSIFIED DRUG;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BETA SHEET; CORRELATION ANALYSIS; ENERGY; PEPTIDE SYNTHESIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN FOLDING; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN STRUCTURE; STRUCTURE ANALYSIS; TECHNIQUE;

MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; ULTRACENTRIFUGATION;

EID: 29144433298     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0507124102     Document Type: Article

References (56)

1. Rose, G. D. (2002) Adv. Protein Chem. 62, xv-xxi.
2. Baldwin, R. L. & Zimm, B. H. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 12391-12392.
3. Shi, Z., Woody, R. W. & Kallenbach, N. R. (2002) Adv. Protein Chem. 62, 163-240.
4. Baldwin, R. L. (2002) Adv. Protein Chem. 62, 361-367.
5. Flory, P. J. (1969) Statistical Mechanics of Chain Molecules (Wiley, New York).
6. Tanford, C. (1968) Adv. Protein Chem. 23, 121-282.
7. Krimm, S. & Tiffany, M. L. (1974) Israel J. Chem. 12, 189-200.
8. Tiffany, M. L. & Krimm, S. (1968) Biopolymers 6, 1379-1382.
9. Tiffany, M. L. & Krimm, S. (1968) Biopolymers 6, 1767-1770.
10. Poon, C. D., Samulski, E. T., Weise, C. F. & Weisshaar, J. C. (2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 5642-5643.
11. Woutersen, S. & Hamm, P. (2000) J. Phys. Chem. B 104, 11316-11320.
12. Schweitzer-Stenner, R., Eker, F., Huang, Q. & Griebenow, K. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 9628-9633.
13. Shi, Z. S., Olson, C. A., Rose, G. D., Baldwin, R. L. & Kallenbach, N. R. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 9190-9195.
14. Asher, S. A., Mikhonin, A. V. & Bykov, S. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 8433-8440.
15. Woutersen, S. & Hamm, P. (2001) J. Chem. Phys. 114, 2727-2737.
16. Woutersen, S., Pfister, R., Hamm, P., Mu, Y. G., Kosov, D. S. & Stock, G. (2002) J. Chem. Phys. 117, 6833-6840.
17. Blanch, E. W., Morozova-Roche, L. A., Cochran, D. A., Doig, A. J., Hecht, L. & Barron, L. D. (2000) J. Mol. Biol. 301, 553-563.
18. Schweitzer-Stenner, R., Eker, F., Griebenow, K., Cao, X. & Nafie, L. A. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 2768-2776.
19. Eker, F., Griebenow, K., Cao, X., Nafie, L. A. & Schweitzer-Stenner, R. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 10054-10059.
20. Ding, L., Chen, K., Santini, P. A., Shi, Z. & Kallenbach, N. R. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 8092-8093.
21. McColl, I. H., Blanch, E. W., Hecht, L., Kallenbach, N. R. & Barron, L. D. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 5076-5077.
22. Kim, Y. S., Wang, J. P. & Hochstrasser, R. M. (2005) J. Phys. Chem. B 109, 7511-7521.
23. Han, W. G., Jalkanen, K. J., Elstner, M. & Suhai, S. (1998) J. Phys. Chem. B 102, 2587-2602.
24. Pappu, R. V., Srinivasan, R. & Rose, G. D. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 12565-12570.
25. Mu, Y. G., Kosov, D. S. & Stock, G. (2003) J. Phys. Chem. B 107, 5064-5073.
26. Sreerama, N. & Woody, R. W. (1999) Proteins 36, 400-406.
27. Mezei, M., Fleming, P. J., Srinivasan, R. & Rose, G. D. (2004) Proteins 55, 502-507.
28. Kentsis, A., Mezei, M., Gindin, T. & Osman, R. (2004) Proteins 55, 493-501.
29. Hu, H., Elstner, M. & Hermans, J. (2003) Proteins 50, 451-463.
30. Zaman, M. H., Shen, M. Y., Berry, R. S., Freed, K. F. & Sosnick, T. R. (2003) J. Mol. Biol. 331, 693-711.
31. Gnanakaran, S. & Garcia, A. E. (2003) J. Phys. Chem. B 107, 12555-12557.
32. Garcia, A. E. (2004) Polymer 45, 669-676.
33. Drozdov, A. N., Grossfield, A. & Pappu, R. V. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 2574-2581.
34. Ramakrishnan, V., Ranbhor, R. & Durani, S. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 16332-16333.
35. Adzhubei, A. A. & Sternberg, M. J. (1993) J. Mol. Biol. 229, 472-493.
36. Swindells, M. B., MacArthur, M. W. & Thornton, J. M. (1995) Nat. Struct. Biol. 2, 596-603.
37. O'Connell, T. M., Wang, L., Tropsha, A. & Hermans, J. (1999) Proteins 36, 407-418.
38. Hovmoller, S., Zhou, T. & Ohlson, T. (2002) Acta Crystallogr. D 58, 768-776.
39. Avbelj, F. & Baldwin, R. L. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 5742-5747.
40. Adzhubei, A. A. & Sternberg, M. J. (1994) Protein Sci. 3, 2395-2410.
41. Sreerama, N. & Woody, R. W. (1994) Biochemistry 33, 10022-10025.
42. Stapley, B. J. & Creamer, T. P. (1999) Protein Sci. 8, 587-595.
43. Cubellis, M. V., Caillez, F., Blundell, T. L. & Lovell, S. C. (2005) Proteins 58, 880-892.
44. Mikhonin, A. V., Myshakina, N. S., Bykov, S. V. & Asher, S. A. (2005) J. Am. Chem. Soc. 127, 7712-7720.
45. Kim, C. A. & Berg, J. M. (1993) Nature 362, 267-270.
46. Rucker, A. L., Pager, C. T., Campbell, M. N., Qualls, J. E. & Creamer, T. P. (2003) Proteins 53, 68-75.
47. Chen, K., Liu, Z., Zhou, C., Shi, Z. & Kallenbach, N. R. (2005) J. Am. Chem. Soc. 127, 10146-10147.
48. Merutka, G., Dyson, H. J. & Wright, P. E. (1995) J. Biomol. NMR 5, 14-24.
49. Vuister, G. W. & Bax, A. (1993)J. Am. Chem. Soc. 115, 7772-7777.
50. Chen, K., Liu, Z. & Kallenbach, N. R. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 15352-15357.
51. Smith, C. K., Withka, J. M. & Regan, L. (1994) Biochemistry 33, 5510-5517.
52. Avbelj, F. & Baldwin, R. L. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 10967-10972.
53. Chakrabartty, A., Kortemme, T. & Baldwin, R. L. (1994) Protein Sci. 3, 843-852.
54. Shortle, D. & Ackerman, M. S. (2001) Science 293, 487-489.
55. Fitzkee, N. C. & Rose, G. D. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 12497-12502.
56. Fitzkee, N. C., Fleming, P. J., Gong, H., Panasik, N., Jr., Street, T. O. & Rose, G. D. (2005) Trends Biochem. Sci. 30, 73-80.