Theoretical study of aqueous N-acetyl-L-alanine N′-methylamide: Structures and Raman, VCD, and ROA spectra

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 14, 1998, Pages 2587-2602

  Han, Wen Ge ^a   Jalkanen, K J ^a   Elstner, Marcus ^a   Suhai, Sándor ^a  

^a GERMAN CANCER RESEARCH CENTER DKFZ   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 11644317783     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp972299m     Document Type: Article

References (58)

1. Jalkanen, K. J.; Suhai, S. Chem. Phys. 1996, 208, 81.
2. Grenie, Y.; Avignon, M.; Garrigou-Lagrange, C. J. Mol. Struct. 1975, 24, 293.
3. Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L., III; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5989.
4. Böhm, H.-J.; Brode, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7129.
5. Frey, R. F.; Coffin, J.; Newton, S. Q.; Ramek, M.; Cheng, V. K. W.; Momany, F. A.; Schäfer, L. J. Chem. Soc. 1992, 114, 5369.
6. Gould, I. R.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9255.
7. Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3864.
8. Brooks, C. L., III; Cases, D. A. Chem. Rev. 1993, 93, 2487.
9. Gould, I. R.; Cornell, W. D.; Hillier, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9250.
10. Roberts, G.-M. L. Vibrational Circular Dichroism and Normal Coordinate Analysis of Alanine Dipeptides and Several Deuterared Isotopomers. Ph.D. Thesis, The City University of New York, 1990.
11. Roberts, G.-M. L.; Diem, M. Proceedings of the Second European Conference Spectroscopy of Biological Molecules: Wiley: Freiburg, Germany, 1987; p 77.
12. Avignon, M.; Garrigou-Lagrange, C. Biopolymers 1973, 12, 1651.
13. Deng, Z.; Polavarapu, P. L.; Ford, S. J.; Hecht, L.; Barron, L. D.; Ewig, C. S.; Jalkanen, K. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2025.
14. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
15. Chen, X. G.; Schweitzer-Stenner, S.; Krimm, S.; Mirkim, N. G.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11141.
16. Sieler, G.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1720.
17. Pettitt, B. M.; Karplus, M. J. J. Phys. Chem. 1988, 92, 3994.
18. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.
19. Mezei, M.; Mehrotra, P. K.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 2239.
20. Anderson, A. G.; Hermans, J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1988, 3, 262.
21. Schmidt, A. B.; Fine, R. M. Mol. Simul. 1994, 13, 347.
22. Ösapay, K.; Young, W. S.; Bashford, D.; Brooks, C. L., III; Case, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2698.
23. Gilson, M. K.; McCammon, J. A.; Madura, J. D. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1081.
24. Han, W.-G.; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3942.
25. Parr, R. G.; Yang, W. Density-Functional Theory of Atoms and Molecules; Oxford University Press: New York, 1989.
26. Labanowski, J. K.; Andzelm, J., Eds. Density Functional Methods in Chemistry; Springer-Verlag: New York, 1991.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replole, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94 User's Guide; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1994.
28. Becke, A. D. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2155.
29. Becke, A. D. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 9173.
30. Becke, A. D. J. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
31. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
32. Insight II User Guide; San Diego, CA, 1995.
33. Beglov, D.; Roux, B. Biopolymers 1995, 35, 171.
34. Amos, R. D.; Alberts, I. L.; Andrews, J. S.; Colwell, S. M.; Handy, N. C.; Jayatilaka, D.; Knowles, P. J.; Kobayashi, R.; Koga, N.; Laidig, K. E.; Maslen, P. E.; Murray, C. W.; Rice, J. E.; Sanz, J.; Simandiras, E. D.; Stone, A. J.; Su, M.-D. Cambridge Analytical Derivatives Package (CADPAC), 5.2 ed.; Cambridge: U.K., 1994.
35. Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 1982, 87, 23.
36. Helgaker, T.; Rund, K.; Bak, K. L.; Jourgensen, P.; Olsen, J. Faraday Discuss. 1994, 99, 165.
37. Polavarapu, P. L. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8106.
38. Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 1986, 124, 376.
39. Frisch, M. J.; Yamaguchi, Y.; Gaw, J. F.; Schaefer, H. F., III; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1986, 84, 531.
40. Diem, M. Introduction to Modern Vibrational Spectroscopy; John Wiley & Sons: New York, 1993.
41. Barron, L. D.; Buckingham, A. D. Mol. Phys. 1971, 20, 1111.
42. Barron L. D. Molecular Light Scattering and Optical Activity; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1982.
43. Buckingham, A. D. Adv. Chem. Phys. 1971, 12, 107.
44. Hecht, L.; Barron, L. D. Appl. Spectrosc. 1990, 44, 483.
45. Barron, L. D.; Ford, S. J.; Bell, A. F.; Wilson, G.; Hecht, L.; Cooper, A. Faraday Discuss. 1994, 99, 217.
46. Cheam, T. C. J. Mol. Struct. 1993, 295, 259.
47. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9742.
48. Mirkim, N. G.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1996, 377, 219.
49. Williams R. W. Biopolymers 1992, 32, 829.
50. (a) Jalkanen, K. J.; Stephens, P. J. J. Phys. Chem. 1991, 95, 5446.
51. (b) Jalkanen, K. J. Ph.D Thesis, University of Southern California, 1989.
52. Finley, J. W.; Stephens, P. J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 357, 225.
53. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Ashvar, C. S.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. Faraday Discuss. 1994, 99, 103.
54. Devlin, F. J.; Stephens, P. J.; Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6327.
55. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
56. El-Azhary, A. A.; Suter, H. U. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15056.
57. Bour, P.; Tam, C. N.; Shaharuzzaman, M.; Chickos, J. S.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15041.
58. Jalkanen, K. J.; Suhai, S. To be published.