Pauling and Corey's α-pleated sheet structure may define the prefibrillar amyloidogenic intermediate in amyloid disease

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 32, 2004, Pages 11622-11627

  Armen, Roger S ^a   DeMarco, Mari L ^a   Alonso, Darwin O V ^a   Daggett, Valerie ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMYLOID; AMYLOID PRECURSOR PROTEIN; AMYLOID PROTEIN; BETA 2 MICROGLOBULIN; LYSOZYME; POLYLYSINE; PREALBUMIN; PRION PROTEIN;

ALPHA SHEET; AMYLOIDOSIS; ARTICLE; BETA SHEET; CONFORMATIONAL TRANSITION; MOLECULAR DYNAMICS; PH; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STRUCTURE; PROTON TRANSPORT;

AMYLOID; AMYLOID BETA-PROTEIN; BETA 2-MICROGLOBULIN; COMPUTER SIMULATION; DIMERIZATION; HUMANS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; MODELS, MOLECULAR; MURAMIDASE; PREALBUMIN; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 4143067019     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0401781101     Document Type: Article

References (80)

1. Carrell, R. W. & Gooptu, B. (1998) Curr. Opin. Struct. Biol. 6, 799-909.
2. Kelly, J. (1998) Curr. Opin. Struct. Biol. 8, 101-106.
3. Bucciantini, M., Giannoni, E., Chiti, F., Baroni, F., Formigli, L., Zurdo, J. S., Taddei, N., Ramponi, G., Dobson, C. M. & Stefani, M. (2002) Nature 416, 507-511.
4. Chiti, F., Stefani, M., Taddei, N., Ramponi, G. & Dobson, C. M. (2003) Nature 424, 805-808.
5. Saraiva, M. J. M. (2001) Hum. Mutat. 17, 493-503.
6. Inoue, S., Kuroiwa, M., Ohashi, K., Hara, M. & Kisilevsky, R. (1997) Kidney Int. 52, 1543-1549.
7. Pepys, M. B., Hawkins, P. N., Booth, D. R., Vigushin, D. M., Tennent, G. A., Soutar, A. K., Totty, N., Nguyen, O., Blake, C. C. F., Terry, C. J., et al. (1993) Nature 362, 553-557.
8. Prusiner, S. B. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 13363-13383.
9. Chiti, F., Webster, P., Taddei, N., Clark, A., Stefani, M., Ramponi, G. & Dobson, C. M. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 3590-3594.
10. Perutz, M. F. (1999) Trends Biochem. Sci. 24, 58-63.
11. McColl, I. H., Blanch, E. W., Gill, A. C., Rhie A. G. O., Ritchie, M. A., Hecht, L., Nielsen, K. & Barron, L. D. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 10019-10026.
12. Blake, C. & Serpell, L. (1996) Structure (London) 4, 989-998.
13. Hardy, J. & Selkoe, D. J. (2002) Science 297, 353-356.
14. Kayed, R., Head, E., Thompson, J. L., McIntire, T. M., Milton, S. C., Cotman, C. W. & Glabe, C. G. (2003) Science 300, 486-489.
15. O'Nuallain, B. & Wetzel, R. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 1485-1490.
16. Pauling, L. & Corey, R. B. (1951) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37, 251-256.
17. Pauling, L. & Corey, R. B. (1951) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37, 256-261.
18. Pauling, L. & Corey, R. B. (1951) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37, 729-740.
19. Jimenez, J. L., Guijarro, J. L., Orlova, E., Zurdo, J., Dobson, C. M., Sunde, M. & Saibil, H. R. (1999) EMBO J. 18, 815-821.
20. Jimenez, J. L., Nettleton, E. J., Bouchard, M., Robinson, C. V., Dobson, C. M. & Saibil, H. R. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 9196-9201.
21. Day, R., Bennion, B. J., Ham, S. & Daggett, V. (2002) J. Mol. Biol. 322, 189-203.
22. Alonso, D. O. V., DeArmond, S. J., Cohen, F. E. & Daggett, V. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 2985-2989.
23. Alonso, D. O. V., An, C. & Daggett, V. (2002) Philos. Trans. R. Soc. London A 360, 1165-1178.
24. Hamilton, J. A., Steinrauf, L. K., Braden, B. C., Liepnieks, J., Benson, M. D., Holmgren, G., Sandgren, O. & Steen, L. (1993) J. Biol. Chem. 268, 2416-2424.
25. Liu, K., Cho, H. S., Laushuel, H. A., Kelly, J. W. & Wemmer, D. E. (2000) Nat. Struct. Biol. 7, 754-757.
26. Trinh, C. H., Smith, D. P., Kalverda, A. P., Phillips, S. E. V. & Radford, S. E. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 9772-9776.
27. McParland, V. J., Kalverda, A. P., Homans, S. W. & Radford, S. E. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 326-331.
28. Katou, H., Kanno, T., Hoshino, M., Hagihara, Y., Tanaka, H., Kawai, T., Hasegawa, K., Naiki, H. & Goto, Y. (2002) Protein Sci. 11, 2218-2229.
29. Artymiuk, P. J. & Blake, C. C. F. (1981) J. Mol. Biol. 152, 737-762.
30. Booth, D. R., Sunde, M., Bellotti, V., Robinson, C. V., Hutchinson, W. L., Fraser, P. E., Hawkins, P. N., Dobson, C. M., Radford, S. E., Blake, C. C. F. & Pepys, M. B. (1997) Nature 385, 787-793.
31. Garcia, F. L., Zahn, R., Riek, R. & Wuthrich, K. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 8334-8339.
32. Hermann, L. M. & Caughey, B. (1998) NeuroReport 9, 2457-2461.
33. Turk, E., Teplow, D. B., Hood, L. E. & Prusiner, S. B. (1998) Eur. J. Biochem. 176, 21-30.
34. Levitt, M. (1990) ENCAD: Energy Calculations and Dynamics (Stanford Univ., Palo Alto, CA).
35. Levitt, M., Hirshberg, M., Sharon, R. & Daggett, V. (1995) Comp. Phys. Comm. 91, 215-231.
36. Levitt, M., Hirshberg, M., Sharon, R., Laidig, K. E. & Daggett, V. (1997) J. Phys. Chem. B 101, 5051-5061.
37. Hayward, S. (2001) Protein Sci. 10, 2219-2227.
38. Laskowski, R. A., Macarthur, M. W., Moss, D. S. & Thornton, J. M. (1993) J. Appl. Crystallogr. 26, 283-291.
39. Holm, L. & Sander, C. (1998) Bioinformatics 14, 423-429.
40. Watson, J. D. & Milner-White E. J. (2002) J. Mol. Biol. 315, 171-182.
41. Watson, J. D. & Milner-White, E. J. (2002) J. Mol. Biol. 315, 183-191.
42. Li, A. J. & Daggett, V. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91, 10430-10434.
43. Hoshino, M., Katou, H., Hagihara, Y., Hasegawa, K., Naiki, H. & Goto, Y. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 332-336.
44. Monti, M., Principe, S., Giorgetti, S., Mangione, P., Merlini, G., Clark, A., Bellotti, V., Amoresano, A. & Pucci, P. (2002) Protein Sci. 11, 2362-2369.
45. Canet, D., Last, A. M., Tito, P., Sunde, M., Spencer, A., Archer, D. B., Redfield, C., Robinson, C. V. & Dobson, C. M. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 308-315.
46. Blanch, E. W., Morozova-Roche, L. A., Cochran, D. A. E., Doig, A. J., Hecht, L. & Barron, L. D. (2000) J. Mol. Biol. 301, 553-563.
47. Swietnicki, W., Petersen, R., Gambetti, P. & Surewicz, W. K. (1997) J. Biol. Chem. 272, 27517-27520.
48. Caughey, B. W., Dong, A., Bhat, K. S., Ernst, D., Hayes, S. F. & Caughey, W. S. (1991) Biochemistry 30, 7672-7680.
49. Pan, K. M., Baldwin, M., Nguyen, J., Gasset, M., Serban, A., Groth, D., Huang, Z., Fletterick, R. J., Cohen, F. E. & Prusiner, S. B. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 10962-10966.
50. Williamson, R. A., Peretz, D., Pinilla, C., Ball, H., Bastidas, R. B., Rozenshteyn, R., Houghten, R. A., Prusiner, S. B. & Burton, D. R. (1998) J. Virol. 72, 9413-9418.
51. Peretz, D., Williamson, R. A., Kaneko, K., Vergara, J., Leclerc, E., Schmitt-Ulms, G., Mehlhorn, I. R., Legname, G., Wormald, M. R., Rudd, P. M., et al. (2001) Nature 412, 739-743.
52. White, A. R., Enever, P., Tayebi, M., Mushens, R., Linehan, J., Brandner, S., Anstee, D., Collinge, J. & Hawke, S. (2003) Nature 422, 80-83.
53. Hosszu, L. L. P., Baxter, N. J., Jackson, G. S., Power, A., Clarke, A. R., Waltho, J. P., Crave, C. J. & Collinge, J. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 740-743.
54. DeMarco, M. L. & Daggett, V. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 2293-2298.
55. Deacon, A., Gleichmann, T., Kalb, A. J., Price, H., Raftery, J., Bradbrook, G., Yariv, J. & Helliwell, J. R. (1997) J. Chem. Soc. Faraday. Trans. 93, 4305-4312.
56. Tiffany, M. L. & Krimm, S. (1972) Biopolymers 11, 2309-2316.
57. Barron, L. D., Blanch, E. W. & Hecht, L. (2002) Adv. Protein Chem. 62, 51-90.
58. Shi, Z. S., Woody, R. W. & Kallenbach, N. R. (2002) Adv. Protein Chem. 62, 163-240.
59. Shi, Z. S., Olson, C. A., Rose, G. D., Baldwin, R. L. & Kallenbach N. R. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 9190-9195.
60. Keiderling T. A. & Xu, Q. (2002) Adv. Protein Chem. 62, 112-161.
61. Wilson, G., Hecht, L. & Barron, L. D. (1996) Biochemistry 35, 12518-12525.
62. Xu, S. H., Bevis, B. & Arnsdorf, M. F. (2001) Biophys. J. 81, 446-456.
63. Worchester, D. L. (1978) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 5475-5477.
64. Pauling, L. (1979) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76, 2293-2294.
65. Fraser, P. E., Duffy, L. K., O'Mally, M. B., Nguyen, J., Inouye, H. & Kirschner, D. A. (1991) J. Neurosci. Res. 28, 474-485.
66. Malinchik, S. B., Inouye, H., Szumowski, K. E. & Kirschner, D. A. (1998) Biophys. J. 74, 537-545.
67. Antzutkin, O. H., Balbach, J. J., Leapman, R. D., Rizzo, N. W., Reed, J. & Tycko, R. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 13045-13050.
68. Tycko, R. (2000) Curr. Opin. Chem. Biol. 4, 500-506.
69. Chamberlain, A. K., MacPhee, C. E., Zurdo, J., Morozova-Roche, L. A., Hill, H. A. O., Dobson, C. M. & Davis, J. J. (2000) Biophys. J. 79, 3282-3293.
70. MacPhee, C. E. & Dobson, C. M. (2000) J. Mol. Biol. 297, 1203-1215.
71. Jaroniec, C. P., MacPhee, C. E., Astrof, N. S., Dobson, C. M. & Griffin, R. G. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 16748-16753.
72. Gustavsson, A., Engstrom, U. & Westermark, P. (1997) Amyloid Int. J. Exp. Clin. Invest. 4, 1-12.
73. Hiramatsu, H., Goto, Y., Naiki, H. & Kitagawa, T. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 3008-3009.
74. Ohhashi, Y., Hasegawa, K., Naiki, H. & Goto, Y. (2004) J. Biol. Chem. 279, 10814-10821.
75. Ivanova, M. I., Gingery, M., Whitson, L. J. & Eisenberg, D. (2003) Biochemistry 42, 13536-13540.
76. Krebs, M. R. H., Wilkins, D. K., Chung, E. W., Pitkeathly, M. C., Chamberlain, A. K., Zurdo, J., Robinson, C. V. & Dobson, C. M. (2000) J. Mol. Biol. 300, 541-549.
77. Forloni, G., Angeretti, N., Chiesa, R., Monzani, E., Salmona, M., Bugiani, O. & Tagliavini, F. (1993) Nature 362, 543-546.
78. Tagliavini, F., Prelli, F., Verga, L., Giaccone, G., Sarma, R., Gorevic, P., Ghetti, B., Passerini, F., Ghibaudi, E., Forloni, G., et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 9678-9682.
79. Chabry, J., Ratsimanohatra, C., Sponne, I., Elena, P. P., Vincent, J. P. & Pillot, T. (2003) J. Neurosci. 23, 462-469.
80. Lundberg, K. M., Stenland, C. J., Cohen, F. E., Prusiner, S. B. & Millhauser, G. L. (1997) Chem. Biol. 4, 345-355.